分集 共19集
《海底小縱隊》第 3 季 分集劇情共 20 集
第1集：海底小縱隊與水熊蟲2013年9月4日
巴克隊長等來到熔岩隧道，將測量岩漿的溫度。皮醫生偶然發現一塊會說話的岩石，原來是小型生物水熊蟲。水熊蟲不小心掉進熔岩隧道，巴克隊長決定帶領小縱隊去熔岩隧道搜救。
第2集：海底小縱隊與梭魚2013年9月5日
章魚堡周邊出現一些紅樹種子，巴克隊長命令植物魚前往與謝靈通匯合，收集紅樹種子。卻被梭魚跟蹤，植物魚遇到了危險。
第3集：海底小縱隊與雞心螺2013年9月6日
章魚堡遇到岩礁和急流，巴克隊長手動駕駛章魚堡，逃過一劫。呱唧無意中拿到了雞心螺，被雞心螺襲擊中毒。巴克隊長命令大夥尋找逃跑的雞心螺，以解除危機。
第4集：海底小縱隊與人工魚礁2013年9月9日
突突兔的小丑魚艇遇到了麻煩。章魚堡即將遇到颶風，巴克隊長髮出警報，命令呱唧、謝靈通和突突兔做好應急準備，以躲避風暴。颶風過後，魚礁被風暴破壞了。海底小縱隊幫助小魚們建了一座人工魚礁。
第5集：海底小縱隊與座頭鯨2013年9月10日
巴克隊長和呱唧到北極探險，找到了白鬍子的寶藏。可是鑰匙不小心掉入水中，巴克隊長和呱唧分頭尋找鑰匙，呱唧偶遇座頭鯨。
第6集：海底小縱隊與鴨嘴獸2013年9月11日
一陣急流之後，章魚堡恢復了平靜，但是河裡的動物被沖走了。巴克隊長命令小縱隊啟動章魚警報，去上游幫助遇到麻煩的生物們。
第7集：海底小縱隊與彈塗魚2013年9月12日
紅樹林被淹沒了，巴克隊長等前去一探究竟。在返回魚艇的時候，發現彈塗魚跑進各自的頭盔裡。瞭解了彈塗魚們目前面臨的困境，海底小縱隊決定幫助彈塗魚尋找到新的地方安生。
第8集：海底小縱隊與燈塔水母2013年9月13日
皮醫生又開始給生物們做體檢了，一隻老水母也來檢查身體。聞聲而來的烏龜，把老水母嚇著了，變成了水母寶寶。皮醫生十分好奇。原來這是一隻會變身的燈塔水母。
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第9集：海底小縱隊與水黽2014年3月10日
一群不明生物正向章魚堡游來，新的任務即將開始。呱唧感覺很無聊，巴克隊長讓呱唧幫助突突兔修理魚艇。呱唧駕駛魚艇獨自離開，卻偶遇一群水黽。狂風來襲，新的危機又要來臨。
第10集：海底小縱隊與管水母2014年3月11日
章魚堡周圍出現不明生物，謝靈通通過海洋生物大全查詢到這是一隻巨型管水母。教授和謝靈通向大家解讀管水母。就在這時，管水母遊走了。達西西和呱唧決定駕駛孔雀魚艇追尋管水母。
第11集：海底小縱隊與海膽入侵2014年3月12日
謝靈通帶領大夥去海藻林見一個朋友，路途中偶遇被破壞的海藻，十分危險，原來是紅海膽入侵了海藻林。謝靈通遇到了姐姐珍珠，珍珠帶著大夥來到海面，見到了謝靈通出生不久的外甥。
第12集：海底小縱隊與獅鬃水母2014年3月13日
皮醫生幫助獅鬃水母恢復了健康，其他生物也來找皮醫生檢查身體。突突兔檢修章魚堡的時候，打開了門，卻不小心把獅鬃水母吸了進來，令章魚堡狀況百出。
第13集：海底小縱隊與鵜鶘2014年3月14日
皮醫生檢查完最後一位病人的身體後，巴克隊長命令皮醫生前往發射台。原來巴克隊長帶來很多受傷的鵜鶘，皮醫生展開緊急救援工作。
第14集：海底小縱隊與雙髻鯊2014年3月17日
謝靈通在海底發現了一群雙髻鯊幼鯊，正在學習獵食的雙髻鯊誤以為謝靈通駕駛的艦艇是魔鬼魚，而發起進攻。魔鬼魚艇遇到危險，巴克隊長帶領小縱隊前去救援。
第15集：海底小縱隊與紅石蟹2014年3月18日
謝靈通正在用他的放大鏡觀察生物，卻意外發現一些紅石蟹。謝靈通感到情況不妙，並向巴克隊長請求支援，海底小縱隊要將紅石蟹送往它們自己的家園。
第16集：海底小縱隊與大洋豬2014年3月19日
章魚堡前行的路途中，遇到了大洋豬。謝靈通發現情況不妙，得知情況的小縱隊決定駕駛艦艇，去幫助被腐爛海藻吸引的大洋豬，避免其掉入海溝。
第17集：海底小縱隊與海綿2014年3月20日
海綿體內有很多小生物，他要為海綿體內的小生物找居住地，最後皮醫生在海綿體內發現了一隻鯨蝨。為了幫助海綿，大家幫助鯨蝨找寄生體鯨魚。
第18集：海底小縱隊與紅海龜2014年3月21日
海底小縱隊在海底遨遊，突然發生海底地震，巴克隊長和呱唧因此失蹤，呱唧發現了一隻紅海龜，紅海龜的頭和蹼太大，無法縮排龜殼。
第19集：海底小縱隊與港海豹2015年9月21日
一隻港海豹哈里來到章魚堡，它要為大家尋找一條小魚諾拉，港海豹的鬍鬚可以偵測到小魚發出的水波，哈里和皮醫生一起尋找小魚諾拉。
第20集：海底小縱隊與雪人蟹2015年9月22日
突突兔安排大家首次試航馬蹄蟹艇，他們準備在午夜區測試。大家在測試的過程中發現了雪人蟹，雪人蟹身上的味道很重。