分集 共180集
《遊戲王 GX》第 1 季 分集劇情共 180 集
第1集：遊戲的繼承者2004年10月6日
遊城十代在去參加高校的入學考試途中，遇到了傳說中的決鬥者武藤遊戲，並從他手中獲得了一張卡片。十代到達考場時已經遲到，而庫洛諾斯教授卻因十代的記錄成績不好而拒絕補考。十代與庫洛諾斯的決鬥開始了，庫洛諾斯的稀有卡“古代機械巨人”有著3000的攻擊力，十代受到了重創。在最後關頭，十代感到了卡片傳來的聲音，那是從遊戲手中得來的卡 “羽翼栗子球”……。在最後十代終於打敗了庫洛諾斯進入了遊戲學院
第2集：火焰翼人2004年10月13日
決鬥學園的生活開始了，十代被分配到了一個叫奧斯里斯·紅的宿舍，這裡是所謂的劣等生的聚集地。十代與住在奧比利斯·藍宿舍的優等生萬丈目發生口角，約定在深夜以卡片作為賭注決鬥。十代與萬丈目的決鬥開始了，因為沒有注意到萬丈目的奪取對方融合怪物控制權的戰術，十代陷入了被自己的主力怪物攻擊的危險境地。最後十代抽到了一張卡，露出了笑容。可是這場決鬥還是沒有分出勝負。
第3集：人工智慧明星2004年10月20日
庫洛諾斯教授假借明日香的對十代設下陷阱，想讓他變成偷看女生的色狼好被趕出學校，但是翔卻上當了。為了救回被困在女生宿舍的翔，十代與明日香的決鬥開始了，明日香卡組裡華麗強力的怪獸登場，把十代逼入困境，此時十代召喚出了新的元素英雄……。計劃再一次失敗的庫洛諾斯教授還是不肯善罷甘休。
第4集：5重合體！VWXYZ2004年10月27日
每月一度的考試到來了，剛睡完懶覺爬起來趕去的十代，在路上因為幫助一個歐巴桑遲到了。筆試考試結束後，學生們都去購買部入手新的卡片，遲到的十代卻沒趕上，但他從購買部的歐巴桑那裡得到了一張進化之翼的卡。實戰考試中十代與萬丈目再次交鋒，面隊對萬丈目強大的VWXYZ的5體連攜， 十代顯得有些力不從心。可是藉助進化之翼的力量十代還是打贏了決鬥但是他卻並沒有因此升級。
第5集：暗之惡魔卡組2004年11月3日
十代一行人進入了其他學生口中的鬼屋，去尋找明日香哥哥的訊息，行為古怪的泰坦出現在十代他們面前並提出了決鬥。受僱於庫洛諾斯的自稱“暗之決鬥者”和十代的決鬥開始了，泰坦的卡組似乎具有黑暗遊戲的危險性質，十代的生命值削減的同時，身體的一部分也同時消失。
第6集：天使小精靈的奇蹟2004年11月10日
十代和泰坦的決鬥依然繼續著，泰坦不停地向十代發動攻擊，削減他的生命，十代的身體慢慢消失。即將失去意識的瞬間，十代被羽翼毛球的聲音喚醒。正當眾人以為泰坦的詭計被識破之時，真正的黑暗遊戲開始了，十代在黑暗中與泰坦展開了最終決鬥。與此同時，還有另一個人，也聽到了羽翼栗子球的聲音。
第7集：翔的交通工具卡組2004年11月17日
由於私自去了幽靈屋，十代和翔被處罰懲罰雙人決鬥，如果他們不能戰勝庫洛諾斯教授選擇的對手，就要被退學。翔的特訓決鬥開始，翔的卡組是交通工具卡組，決鬥中十代發現翔在某次抽卡時表情怪異，後來得知原來是抽到了“力量結合”，一張超強力的卡。翔曾經有痛苦的經驗，因此不能使用這張卡。
第8集：最強！電子終結龍2004年11月24日
十代知道了翔的傷心事，於是去挑戰翔的哥哥，被稱為凱撒的強豪決鬥者亮。十代與亮的決鬥開始，亮是以“電子龍”為基礎，以融合為主題的卡組，和十代的英雄卡組有共同之處。大家互相承認了對方的實力，看到與亮對戰的十代，情緒失落的翔的心中似乎擺脫掉了什麼。
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第9集：一擊必殺！翻桌子2004年12月1日
隼人的父親前田摩山，不想隼人繼續在決鬥學校，要他回家去。隼人與摩山的決鬥開始，世界高知名度的決鬥者摩山卡組以一擊必殺而出名，稱為醉漢卡組，這讓大家驚歎不已。隼人以考拉怪獸對抗，熊蔵的醉酒怪獸不好對付，並且使用了一擊必殺的永續魔法卡“回到飯桌”。
第10集：十代和翔！雙人決鬥 前篇2004年12月8日
為了留在學校，十代和翔與迷宮兄弟的決鬥開始了。迷宮兄弟是教授特意請來，傳說中的強勁雙人決鬥者，迷宮兄弟用了幾個回合就召喚了“雷魔神”“風魔神”“水魔神”，並融合召喚出了守護魔神。十代很高興能和迷宮兄弟決鬥，但是翔卻帶著不安的情緒，不太敢於進攻。
第11集：十代和翔！雙人決鬥 後篇2004年12月15日
十代和翔與迷宮兄弟的決鬥還在繼續，在攻擊力3750的守護魔神面前，十代和翔陷入苦戰。十代鼓勵翔要積極向前，想幫翔找回自信，他使用魔法卡盾崩壞，守護魔神被破壞了。迷宮兄弟支付出一半的基本分，召喚出了強力的攻擊力3800的黑暗守護神，危機中的十代和翔有沒有勝算呢？
第12集：酸素+水素=H2O水龍2004年12月22日
黃宿舍的三澤無論學習、體育、 決鬥都是新生裡排第一的優等生，三澤想知道十代享受決鬥的原因。另一方面，萬丈目因為敗給了十代，在藍宿舍裡面的地位開始動搖，於是他以留在學校作為賭注，挑戰黃宿舍第一的三澤。三澤與萬丈目的決鬥開始，萬丈目使用炎之卡組，三澤使用酸素、水素的小型龍，化合成水屬性召喚出了強力的水龍。
第13集：野生解放！SAL決鬥2004年12月29日
為了尋找行蹤不明的萬丈目，十代遇到了被人類研究改造的決鬥猿SAL，SAL以女子作為人質企圖逃走。十代與SAL決鬥，SAL的卡組召喚出了猿系怪獸，通過“DNA改造手術”“野性解放”破壞了自己的怪獸，這似乎就在暗示SAL自己的未來。
第14集：VS人造人-念力震懾者2005年1月5日
寒假就要到了，學生們都回家了。喜歡研究異靈的高寺呼喚出了人造人的精靈，之後人造人出現了，說要把高寺作為祭品。十代追尋消失的高寺，與不完全體的人造人精靈展開決鬥，人造人的永續魔法逐漸削弱十代的基本分，隨後人造人在決鬥中召喚了自己……
第15集：青春的決鬥網球2005年1月12日
網球課上，十代把球擊中了教授。網球部的熱血部長綾小路出現了，綾小路誤解了明日香的話，為了成為明日香的未婚夫，他提出了決斗的請求。十代與綾小路的決鬥開始，綾小路的卡組充滿了網球的特色，猜覆蓋卡的種類，並且帶有削弱基本分和強烈攻擊的戰士。在網球的古怪氣氛中，十代有點困惑了。
第16集：暗夜之哥布林王2005年1月19日
深夜，藍宿舍的學生被迷之巨人強逼決鬥，之後奪走罕有卡的事件頻繁發生，於是教授命令十代尋找犯人。黃宿舍的大原是一個很強壯的男子但他決鬥並不厲害，他的死黨小原有決鬥的實力卻比較怕事，因此經常落敗，藍宿舍的學生經常說他們是笨蛋。夜裡，十代追捕犯人，結果發現犯人竟然是大原……
第17集：抽卡！抽卡！抽卡！2005年1月26日
十代喜歡買稀有的黃金面包，但這幾天麵包卻不知道被誰偷了，犯人能在那麼多面包中能偷走黃金包，看來是抽卡運很強的強者，最後他抓到了半野生化的原藍宿舍學生大山。為了強化“抽”的力量，大山這一年都在大自然中生活的。十代與大山展開決鬥，大山的卡組是以“抽”為賭注的卡組，十代能否獲勝？
第18集：VS遊戲卡組（前篇）2005年2月2日
學校又起風波，這次遊戲學院要展視遊戲王武藤遊戲過去所使用過的牌組，大家因為都能一睹傳說中的牌卡感到興奮不已。小賣部得到了牌組的參觀券，但是隻剩下最後一張了，太陽神·黃的學生神樂坂與翔只要用決鬥來爭奪參觀券。
第19集：VS遊戲卡組（後篇）2005年2月9日
神樂從展示櫃中偷走了遊戲王的牌組, 並且用這個牌組和十代展開了對戰。神樂坂擁有攻擊力2800的混沌黑魔法師，局面變得很棘手。神樂信心滿滿，以為既然是遊戲王的牌組，那就一定是無敵的……
第20集：戀愛中的少女是很強的卡組！2005年2月16日
決鬥學院和北方學校的友好決鬥照例進行，教授本以為會和去年一樣，由優秀的丸藤亮作為代表參賽。沒想到對方提出了異議，要求選舉新的代表，而丸藤建議的人選竟然是十代，看來這次決鬥會好玩起來了……
第21集：融合封印！十代VS三澤（前篇）2005年2月23日
為了要選出新的學院代表，去和北方學校進行友好戰鬥，遊城十代和三澤大地展開了一場非常戰鬥。雖然在LP上是十代有利，但十代牌組中的王牌讓E·HERO融合特殊召喚的怪物，如果不能融合的話，十代就輸定了。
第22集：融合封印！十代VS三澤（後篇）2005年3月2日
被三沢封印了融合的十代，因為無法進化E-HERO而陷入了苦戰。十代用場地魔法摩天樓強化了E-HERO的力量和三沢的水龍（攻擊力2600）進行對抗。但是，由於三沢完美的戰術，在鑽石龍的面前，十代的場上變得空無一物。但就在這時，十代召喚了新的E-HERO——（荒野人）……。
第23集：虛脫無力的戰鬥！2005年3月9日
十代使用不到最後不放棄的韌性大逆轉，終於擊敗了毫無破綻的三澤。儘管十代打敗了三澤，獲得了參賽資格，但庫洛諾斯教授還是不肯讓他擔任友好決鬥的代表。教授搬出潘多拉的盒子，計劃對十代展開陰謀計劃。
第24集：復活！萬丈目閃電！2005年3月16日
不甘心曾經輸給十代的萬丈目準， 在一場奇遇之後，名正言順的進入了戰鬥遊戲學院諾斯校。新生要接受傳說中的“歡迎儀式”，死之五十人決鬥，按照排位順序戰鬥，萬丈能一舉成名嗎？
第25集：VS萬丈目閃電（前篇）武裝龍的威脅2005年3月23日
決鬥學院和北方學校的友好決鬥大會終於開始了， 雙方派出的選手都是一年級的學生，北方學校派出的是一戰成名的萬丈目，這讓十代驚訝不已。比賽將會全國直播，萬丈目與十代的比賽開始，兩人都抱著必勝的決心。
第26集：VS萬丈目閃電（後篇）武裝龍LV72005年3月30日
友好比賽在十代和萬丈目之間展開，萬丈目指揮武裝龍LV7直接攻擊十代，十代發動陷阱英雄靈魂躲過一擊。萬丈目的回合結束，輪到十代抽排了，但形勢看上去還是對萬丈目有利。面對無敵的武裝龍LV7，十代該如何對抗？
第27集：課外教學暗之決鬥？！（前篇）2005年4月6日
大德寺老師帶著十代一行共四人，來到了傳說中的古墓，他們打算進去探險。古墓裡貌似沉睡著很了不得的怪物，這讓翔有了不好的預感。古墓外出現了奇怪的光，大家逃進遺蹟裡，十代發現自己竟然能摸到羽翼栗子球了。課外教學竟然是黑暗決鬥，這究竟是怎麼回事？
第28集：課外教學暗之決鬥？！（後篇）2005年4月13日
在大德寺老師的帶領之下，十代一行人來到了王家古墓, 打算進行探索。沒想到他們遇到了守墓計程車兵，同伴們紛紛被抓，十代與其展開對決。在古代墓地中無法使用墓地的效果，十代陷入苦戰。
第29集：VS Darkness 真紅眼黑龍的挑戰2005年4月20日
鮫島校長把十代、 三澤大地、丸藤亮及明日香、萬丈目等人集合起來, 告訴他們島上有關七精門和三幻魔之卡的傳說。古代傳下來的三張卡片，就埋在這座島上，而這個學校就在封印那三張卡的地點之上。
第30集：VS Darkness 真紅眼暗龍的攻擊2005年4月27日
LP很快變成了700VS3000，十代的形勢非常不利。每一次的傷害都會讓自己的身體受到火焰的燒傷，再加上擔心翔和隼人的危險，十代的身心都處於十分辛苦的狀況。達克尼斯召喚了真紅眼暗龍。並因為墓地裡有7只龍族，攻擊力達到了4500。十代巧妙地運用荒野人和魔法野性分半降低了真紅眼暗龍的力量，並通過融合召喚出了荒野鋸齒俠…
第31集：庫洛諾斯 VS 吸血美女卡繆拉2005年5月4日
作為第二名刺客，美麗而又恐怖的吸血鬼女郎卡繆拉（卡米拉）來到了島上。十代因為之前的黑暗遊戲消耗了太多的體力而需要休息。心裡想逃走的克羅諾斯教授卻逃跑失敗，克羅諾斯VS卡米拉的決鬥開始了。克羅諾斯使用以古董齒輪為代表的中世紀卡組。而卡米拉使用以吸血鬼(吸血鬼創造主)為代表的吸血鬼卡組迎擊。一場以敗者成為人偶的條件黑暗遊戲開始了。
第32集：凱撒 VS 卡繆拉！幻魔之扉發動2005年5月11日
擊敗了克羅諾斯的卡米拉挑選了長相英俊的愷撒亮(丸藤亮)作為下一回合的對手。愷撒亮VSカ卡米拉的決鬥開始了。雖然愷撒在序盤就好不留情地使用功率混合(力量結合)強化了網路終端(電子終極龍)（攻撃力8000）並進行攻擊，但形勢慢慢地向熟悉瞭解亮的卡組的卡米拉一邊轉換了。愷撒用網路巴利亞龍(電子護罩龍)和網路雷射龍(電子雷射龍)組合而成多種攻擊方式追擊著カ卡米拉。但是當卡米拉使用魔法卡(幻魔之門)時，利用黑暗力量的卑鄙戰術開始了
第33集：閃耀吧！閃光火焰翼人！2005年5月18日
十代從吹雪手上接過了暗黑道具，向卡米拉發出了決鬥挑戰。復活的十代VS卡米拉的決鬥開始。十代召喚了暴風俠（攻撃力2800）。卡米拉原本打算用幻魔之門將明日香他們變成祭品，但是被十代手上的暗黑道具所阻礙。將自己作為祭品，奪去了數字明星，十代的生命值一口氣被削減到了1200。在偷看了十代卡組的卡米拉麵前，十代的戰術完全不起作用…
第34集：冒著熱氣的溫泉旅情！青眼白龍2005年5月25日
持續著的沉重戰鬥令十代感到疲憊和厭煩。在哈尼克裡克的指引下，進入了向著溫泉方向的精靈界。在那裡出現了精靈凱曼。以有著藍眼珠(青眼白龍)的卡片為名向十代發出挑戰。十代VS凱曼的決鬥開始。這是海馬瀨人所使用的卡組。在藍色、白龍之聖騎士的面前，不知不覺十代又找回了決斗的感覺，開始認真起來。終於，阿爾提斯(青眼終極龍)召喚了出來…。
第35集：兄弟的結束！擾亂三角颶風2005年6月1日
萬丈目的哥哥想要收購學校（十代所在的決鬥學校）。作為收購的條件，萬丈目VS萬丈目的哥哥·長作的決鬥開始了。由於被強加了不得使用攻擊力500以上的怪物這個不公平條件，萬丈目只能使用從四處收集的弱小怪物組成卡組。召喚出來的怪物除了防守表示以外沒有其他辦法。長作場上有攻擊力高達2500的龍族怪物，形勢方面完全壓倒了萬丈目。然而，當擾亂3人組登場出現在場上時，萬丈目的反擊開始了…。
第36集：三澤VS亞馬遜的決鬥！2005年6月8日
作為第三名刺客的亞馬遜卡組塔尼婭（塔尼雅）。指明要和三澤決鬥，而且輸了的話就要當她的新郎。三澤利用化學卡組進行了徹底的計算，用正負磁鐵怪物控制了戰鬥的主導權。但是，塔尼雅的亞馬遜卡組和其雜亂無章的形象不同，其實是有經過精心計算的卡組。在塔尼雅積極地表達自己的好感下，冷靜的三澤的精神開始動搖了。
第37集：肉搏決鬥！亞馬遜之圓環2005年6月13日
三沢被塔尼雅作為新郎帶走，但是過了一晚就被放了回來。タニヤ的體力、精神力、決鬥等級，不論哪一方面都是三沢所無法超過的。十代因為興趣向塔尼雅提出了挑戰。十代VS塔尼雅決鬥開始了。十代在與亞馬遜的劍士的戰鬥中雖然獲勝但是生命值也削減了。而且在場地魔法亞馬遜的死鬥下，雙方開始了除非雙方的體力耗盡否則不會結束的肉搏戰。在戰鬥中，兩人互相肯定了對方的實力。
第38集：水中決鬥！傳說之都亞特蘭提斯2005年6月22日
一位名叫安娜西斯的大富翁男子來到了島上。以三幻魔卡為賭注提出了暗黑決鬥。但當他提出要在海底決鬥時，眾人才意識到對方把海之決鬥同暗黑決鬥混淆了（注：日語裡海和暗的發音近似）。很想在海底決鬥的十代，接受了對方的挑戰。十代VS安娜西斯的決鬥開始。在場地魔法傳說之都阿特蘭蒂斯的作用下，安娜西斯的水屬性怪物變得十分有利。暗黒大要塞鯱、海竜ダイダロス等強力水屬性怪物另十代陷入了困境。
第39集：名偵探萬丈目VS黑蠍盜賊團2005年6月29日
十代他們的七精門的鑰匙被偷走了。這是潛伏在學院裡的黑蠍盜掘團5個人搞的鬼。為了解決事件，萬丈目VS黑蠍團的決鬥開始了。萬丈目使用的武裝龍升級的進攻戰術，被黑蠍團5人眾封鎖了。5人的協力攻擊令萬丈目一回合就受到2000LP的傷害，只要再受一次攻擊就會輸掉決鬥。危機時刻，萬丈目將一切都賭在了擾亂鬼的身上。
第40集：HERO閃光2005年7月6日
seven stars的下一位刺客，創下古代埃及無敗神話，被稱為決鬥之神的少年王——阿維多斯三世出現在了十代他們面前。十代VS阿維多斯三世的決鬥開始。十代與對方打得難分勝負，而阿維多斯卻說“其實你還是很弱的”。然而，阿維多斯卻第一次因決鬥而感覺愉悅。阿維多斯用場上的3個棺材召喚出了法老之魂，同時召喚了4個下僕加強了防守。但是十代已經設下了大反擊的佈局……。
第41集：暗之鬥牛場發動！明日香VS泰坦2005年7月13日
明日香探望還沒恢復記憶的兄長。兄長的記憶將會恢復，明日香和泰坦的決鬥開始了。泰坦以前是，真的暗之決鬥者。泰坦使用人造系的怪獸，利用黑暗的鬥牛場~黑暗Arena引誘明日香進入黑暗決鬥，確立了優勢。明日香的網路武器在黑暗中不能選擇攻擊物件，不能破壞對方的怪獸。
第42集：學院祭決鬥！黑魔導女孩亂入2005年7月20日
學院祭的COSPLAY（角色扮演）決鬥開始了。明日香cos神鷹女郎，萬丈目cosXYZ。和十代決鬥的是，一個cos黑魔導女郎的迷之美少女。十代VS黑魔導女郎的決鬥，黑魔導女郎的卡組意外地強大，馬吉香斯·瓦爾基亞、兄弟姐妹先後召喚制壓著十代。實力擁有這個程度的少女，絕對不是學院裡面的人……
第43集：明日香的第二次戀愛機會！？2005年7月27日
在賭博界成名的青年“Boy”來到了學院。Boy以“同SevenStar決鬥過”自居（這整句話幾個語法不是太明確，也有很大可能是自稱是7星之一）。作為舊友的明日香向Boy提出了決鬥邀請。Boy的戰術，是使用以猜硬幣正反來決鬥的“賭博卡組”。利用第2次機會進行2次投幣使猜測正反面的準確率提高。而明日香卻利用了Boy從小就有的弱點完全看透了Boy的行動……。
第44集：第7人的影子2005年8月3日
大德寺老師不見了，眾人都擔心是否老師被7星擊敗了。十代他們為了尋找大德寺老師進入了黑森林。另一邊，明日香為了搜尋失蹤的吹雪，反而遇上了身為最後的7星成員的迷之決鬥者，並被其以壓倒式的力量擊敗。萬丈目也是為了查探大德寺的線索，而遇上了迷之決鬥者且慘敗。大德寺老師會沒事麼……？還有迷之決鬥者的真身是……？
第45集：VSアムナエル！元素英雄絕對封鎖2005年8月10日
七精門的六個鑰匙打開了。十幾歲的人去了廢宿舍，發現了大德寺的木乃伊屍體。最後的Seven Stars“阿姆納爾”出現了。十代VS阿姆納爾的決鬥。敵人是以鍊金術的想法為基礎的甲板。當十代用豐富的屬性的E英雄攻擊的時候，被無效化為永續陷阱。另外，從鍊金鍋混沌·迪斯蒂開始出現怪物，並進行直接攻擊。
第46集：VS阿姆納爾！ 地水炎風融合！2005年8月17日
十代VS阿姆納爾的決鬥阿姆納爾是大德寺，木乃伊的屍體也是大德寺。這個樣子是用鍊金術的力量向人偶注入靈魂的人造人告白。阿姆納爾使用永續陷阱宏大波斯菊、原始太陽海麗、雙胞胎的太陽等，將舞台變成太陽系宇宙。由明日香、萬丈目、吹雪關在構成的行星上。十代受到行星直列的攻擊。終於三個孩子的太陽（攻擊力3900）出現了……
第47集：明日香VS萬丈目！電子化天使-弁天-2005年8月24日
萬丈目無法抑制對明日香的愛慕之情。被暴風雪包圍，盜取七精門的鑰匙，嚮明日香強求決鬥。賭上萬丈目VS明日香的戀愛的決鬥。萬丈目一邊使用《戀文》、《隱藏的思念》的卡片，一邊隨意地妄想戀愛的驕傲。穿著浴衣令牌和穿衣王封住明日香的怪物召喚來抓住勝利，但以“戰勝戀愛”為優先，錯過了好機會。明日香以“網路天使”為目標。
第48集：VS影丸（前編）2つの幻魔2005年8月31日
理事長的影丸老人奪取了七精門的鑰匙，把“三幻魔”的卡片掌握在手中。十代VS影丸老人的決鬥。影丸召喚了第一個幻魔“神炎皇烏利亞”。攻擊力在墓地的陷阱卡的數×1000，把對方的陷阱返回。十幾歲的人打破了亞利亞，但每次都能簡單地復活。此外，第二個幻魔“降雷皇哈蒙”（攻擊力4000）被召喚，十代在兩個幻魔面前出現了痛苦的狀況。影丸通過幻魔，得到了二人怪物的精氣，成為了年輕的肉體。
第49集：VS影丸（後編）三幻魔覚醒2005年9月7日
十代VS影丸的決鬥擋住十代的兩個幻魔的攻擊力是5000和4000。並且第3的幻魔“幻魔皇拉比愛蜜”（攻擊力4000）也被召喚。影丸的目標是奪取十代，從二代怪物得到永遠的生命。十代的是LP降到600。但是，在大德寺留下的謎之卡上許願，巧妙地使用了shenning fachan的融合和解除，懷念危機。在伊麗克西勒安裝了那張卡，一口氣瞄準逆轉。
第50集：隼人VSクロノス！艾爾斯巖的日出2005年9月14日
隼人的畫很好，在I2公司的卡設計競賽中獲得冠軍。但是如果不戰勝與克羅諾斯教諭的考試決鬥，就成了希望的卡設計師。隼人VS克羅諾斯的決鬥。隼人沒有比賽失誤，與克羅諾斯的古董齒輪系卡相差無幾，漸漸被安迪克齒輪卡爾姆所壓倒，變得氣餒。想起了一年前在澳大利亞旅行下的決心，以魔法“艾斯洛斯·Solls”來瞄準逆轉
第51集：VS凱撒（前篇）力量結合×電子終結龍2005年9月21日
學園首位的凱撒亮指名了畢業紀念模範二代的對戰物件。十代VS凱撒亮的決鬥。揹負著的十代比平時都是周密的，要防止長龍和強大的能量。然而，凱撒將從第1個回合開始將網路末端龍融合召喚。雖然避免了致命的傷害，但由於凱撒的巧妙的融合和解除，十代被剝奪了主導權。終於被召喚到強化了能量的網路末端龍（攻擊力8000）。
第52集：VS凱撒（後篇）決戰融合2005年9月28日
十代終於以100LP的姿態控制住了強化後的電子終結龍的猛攻。空腹的十代吃了飯團，找回了自信。於是聯合了地水火風4屬性的元素英雄，通過陷阱卡將愷撒的場上一掃而空。然而凱撒卻再度召喚了強化的電子終結龍，並更通過「限制解除」將攻擊力提升到了16000。同樣精通“融合”戰術的兩人的決鬥預演預烈…。
第53集：命運的相遇！新入生愛德菲尼克斯2005年10月5日
十幾歲的人進入二年級。一個看似大人的新生和十幾歲的人決鬥。新生的甲板雖然不是很強大，但這也應該是這樣的，之前在小賣部買的8包就趕上了40張的即興。即便如此，在“大天使研討會”中，將十代的LP降至1200。在決鬥中用手機和神秘的男人說話，感受到了這兩個男人的預言是沒有意思的。翔們，新生著名的明星決鬥者的愛德·菲尼克斯。漸漸注意到···。
第54集：閃電VS精英！機械擾亂王出發2005年10月12日
萬丈目與中等部的最高成績的精英新生五階堂合作。以前是中等部的第一位，現在在紅宿舍，據說新生已經淪落到了使用浴衣怪物的萬丈目。萬丈目在XYZ轉換器上很帥地進行先發制人的攻擊，但是被“吉爾福德·扎克傑德”等戰士族甲板反擊。但是，萬丈目不動，看這一年的集大成！正因為如此，使用了“梅卡浴衣”…
第55集：恐龍劍山登場！2005年10月19日
黃舍的1年中最高層的提拉諾劍山，向十代挑戰二代。是原·番長的劍山，證明了打倒十代，在學院也有魅力。劍山非常喜歡恐龍，使用恐龍甲板。在場魔法「朱拉雅·世界」中，使恐龍族·鳥獸族提升，也會陷入陷阱。然後用“超·進化藥”的始祖鳥進化為“黑蒂拉諾”（攻擊力2900），威脅十代。
第56集：翔VS昆蟲少女！昆蟲公主2005年10月26日
在翔上登上了黃黃宿舍升格的故事。克羅諾斯準備的是藍色宿舍的胡蝶蘭的少女，以雙擊取勝是條件。翔雖然害怕，但對於十幾歲的人說的話，也開始出了氣。翔在維克羅伊德甲板上，小蘭在昆蟲甲板上戰鬥。小蘭在翔的場上增殖螞蟻，攻擊它，把“Incoro·布丁”的攻擊力提高到2900。翔不使用「功率波」而戰鬥，使3個的比克羅伊德合為合體，召喚“巨型鑽頭”。
第57集：凱撒VS愛德！職業決鬥者之戰2005年11月2日
職業聯賽的決鬥，愷撒亮和愛德·菲尼克斯決鬥的。愛德甲板甲板，E英雄，但十代不同卡和戰術，凱擁有“鳳凰”融合召喚。凱撒用網路龍系迎擊。十代他們，是以前的戰鬥，愛德強烈。終於，凱撒在力量圈中強化了網路雙龍。
第58集：VS愛德（前篇） EHERO VS EHERO2005年11月9日
為了證明誰才是真正的HERO使用者，十代VS愛德的決鬥開始了。十代使用火焰翼人先制攻擊。愛德使用同樣素材融合召喚鳳凰人，互相不分勝負。繼續下去，是閃光火焰翼人VS閃光鳳凰人的上級融合EHERO的戰鬥。愛德對樂觀的對待EHERO的十代並不認可。
第59集：VS愛德（後篇）命運之D-HERO2005年11月16日
（續前）十代VS愛德的決鬥②。愛德發動了場地魔法——「幽獄の時計塔」，詭異的命運之時針開始轉動。有著「D?HERO」之名的HERO怪獸一個接一個地在場上召喚。那是傳說中，受到了命運的引導，具有能夠自由操縱時間的能力，比E?HERO還更上級的怪獸群。決鬥中，十代苦於自軍英雄被消滅使局勢回到數回合前，復活卻又受到對方操縱對自己造成攻擊等戰術連鎖。終於，被幽禁在「幽獄の時計塔」中著的神秘D?HERO出現了……。
第60集：明日香VS吹雪！兄妹兩人的偶像之路2005年11月23日
十代在決鬥中輸給了愛德，卡片變成了白紙。另一邊，受到克羅諾斯的安排，吹雪與妹妹明日香展開了決鬥。吹雪希望通過決鬥說服明日香，同妹妹組成兄妹偶像組合進軍演藝界。決鬥中，吹雪發動了場地魔法——「究極的舞台服裝」，使怪獸的攻擊力上升了3000點。然而卻因為衣服太大了限制了行動，攻擊時又恢復到了原本的攻擊力而沒有任何效果。面對哥哥的進攻，明日香使用了通過儀式召喚的擁有「網路天使」之名的怪獸們進行反擊。
第61集：齋王登場！命運的塔羅卡組2005年11月30日
一位神秘的男子——齋王，突然出現在了萬丈目面前，並提出了決鬥挑戰。齋王將手牌蓋伏在了場上，並將卡組交給萬丈目洗牌，還說通過抽到的卡，能夠預示萬丈目的命運，這種戰鬥方式簡直就如同塔羅牌占卜一般。齋王通過「ザ?ハングドマン（倒吊男）」的正位與逆位的變換，發揮出了完全不同的效果。……相信命運是絕對的齋王，與認為命運是靠自己開闢的萬丈目，究竟誰才能站到最後？
第62集：新的E-HERO！NEOs2005年12月7日
失意的十代彷徨在亞空間之中。而在他面前突然出現了一位神秘的海豚型宇宙人。在友好的宇宙人的指引下，十代與兒時自己所繪的、被海馬公司帶到宇宙中的繪圖卡再會了。但它們已經被宇宙意志的力量所影響、進化成了真正的決鬥卡片。十代通過與敵對的宇宙生物的決鬥，在宇宙的深處獲得了能量體——「NEO SPACE」的力量，並構思瞭如何讓決鬥怪獸們提高能力的新生卡組。
第63集：劍山 VS 咖哩魔人！辛辣的決鬥2005年12月14日
劍山等黃宿舍的學生長期賴在紅宿舍裡的行為終於引起了黃宿舍的宿舍長樺山教授的不滿。而教授希望通過美味的咖哩料理來誘使劍山他們回到黃宿舍的主意也碰上了釘子。終於，事態演變成了劍山VS樺山教授的決鬥。 決鬥中，樺山教授發動了永續魔法（咖哩壺），並將“胡蘿蔔”、“土豆”和“洋蔥”（咖哩的三種主要材料）依次從決鬥中除外，召喚出了具有將調味料卡轉換為攻擊力的特殊能力，使得其攻擊力上升到了4100。這簡直就像是準備周全、精心料理出來的咖哩一般……。
第64集：對大哥的崇拜決鬥2005年12月21日
十代不在期間，翔和劍山經常為“十代大哥的小弟”地位互相爭吵。終於，各自賭上自己對大哥的崇拜，翔VS劍山的決鬥開始了。 決鬥中，劍山用其主力怪獸（暗黑霸王龍），對翔進行直接攻擊，佔了上風。翔也不甘示弱，發動了永續陷阱（電子聚集（召喚）衝擊波），以300為單位逐漸地削減劍山的生命值，並使用（救援訊號？）、（誘餌？）完成了防禦組合……。
第65集：地獄愷撒亮！嵌合超載龍！2005年12月28日
競技比賽中輸給愛德以來，愷撒亮上精彩。被奇怪的職業發動機邀請，在地下決鬥中出場。這是在野蠻的觀眾面前，挺起身體的視覺要素的強大的決鬥。凱撒亮VS犬飼的決鬥。通過使網路龍等機械族生鏽的“玻璃機器病毒”，凱撒被封印了怪物召喚，受到傷害。在LP減少的時候，電流被沖走，觀眾興奮…。
第66集：十代的首次夢中決鬥！2006年1月4日
在森林中迷路的十代，由於空腹而意識逐漸淡薄，而以往的決鬥的畫面漸漸浮現在眼前…… 入學考試中，用（火焰翼人）將克羅諾斯教授的（古代機械巨人）擊敗…入學後，與藍宿舍的精英萬丈目的（XYVWZ龍加農）的戰鬥…以決鬥學園的代表為賭注，與三沢的第7副卡組的戰鬥…在愷撒亮的（電子終極龍）前第一次敗北的情形…
第67集：VS愛德(前篇)新的力量！水波新宇俠2006年1月11日
經過了漫長的時間，十代終於回到了大家的身邊。而卻又遇上了紅宿舍將要被廢除的危機。以紅宿舍的廢除為賭注，十代再次向愛德發起了挑戰。 愛德的D·HERO依然十分強勁。然而十代早已從上次的敗北中完全振作了起來，用掌握了宇宙的波動而進化的[NEOS]卡組鬥志昂揚地迎接了挑戰。 決鬥中，十代將（Aqua Dolphin）、（E·HERO NEOS）、（Aqua NEOS）共同進化，擊敗了愛德的D·HERO——紅羅卜，但卻在那瞬間返回了卡組之中。十代到底能否自由運用[NEOS]卡組這新的力量呢？
第68集：VS愛德(後篇)炎之新宇俠2006年1月18日
尚未能靈活運用NEOS卡組的十代，被D·HERO的直接攻擊使得生命值下降到了200這個危險階段。但通過NEOS卡組中的（Air Hmmingbird）的效果使得生命值得到大量恢復，並將（Flare Scarabe）召喚了出來並提升了攻擊力。接著十代發動了場地魔法將決鬥帶到了新的空間（NEOS Space）內，以「（E·HERO NEOS）[攻擊力2500]為媒介，召喚出了（Flare·NEOS）…
第69集：克羅諾斯VS拿破崙！玩具兵的行進2006年1月25日
圍繞著是否廢除紅宿舍的話題，各自堅持己見的克羅諾斯臨時校長與拿破崙教頭的衝突愈演愈烈，終於演變成了教授間的決鬥。 決鬥中，拿破崙從其拿手的玩具軍團卡組中召喚了三體（玩具兵），並通過魔法卡「強行軍」、「鼓笛隊」的效果，給於了克羅諾斯很大的生命值傷害。每當克羅諾斯的生命值受到傷害的瞬間，紅宿舍便會受到拆除隊的拆毀鐵球的猛烈撞擊。而隨著克羅諾斯用其擅長的古代機械怪物的反擊，工匠門又會逐漸修復紅宿舍……。
第70集：明日香VS萬丈目白色閃電！2006年2月1日
萬丈目陸續擊倒藍宿舍的學生、作出把藍宿舍染成白色的不可理解的行為。宣言學校將會納入齋王領導的「光の結社」統治。明日香為了阻止這種行為和萬丈目決鬥。萬丈目使用永續魔法「赫茲·白」、自己的手卡全部被看見來使用、並且給與對方600分的傷害。明日香被這種戰術擾亂。萬丈目接著使用武裝龍進行追擊。最終明日香戰敗，昏倒在地，接受了光之結社的洗腦。正在眾人激勵明日香時，被成功洗腦的她已選擇了加入光之結社，在眾目之下跪下以示臣服，並表達了將永遠效忠於光之結社。
第71集：VS遊戲冠軍！巨大戰艦Tetra發進2006年2月8日
洗腦後的明日香被同化成了光之結社的一員，換上了統一的白色制服，開始為齋王效忠。明日香告訴十代自己獲得了新生。新生後的明日香性格和言語變得古怪起來。她離開了十代等人，與光之結社的成員們生活在一起，被齋王培養成光之結社的幹部，與萬丈目一起直接為齋王服務。白色結社、射擊遊戲的霸者·銀流星作為刺客來到學校。使用好像宇宙戰艦一樣的決鬥系統的銀和十代決鬥。銀的「巨大戦艦テトラン」，帶著3層的保護罩，並且不會被破壞。還有永續魔法「頭頭高峰」，不斷召喚出水晶核心、大核心等巨大戰艦。十代使用格林格像鼴鼠那樣在空間上做出了一個蟲洞……
第72集：卡組破壞的破壞2006年2月15日
白色結社派來強大的職業決鬥者艾克斯到學校、和十代決鬥。艾克斯的戰術是“卡組破壞”、那種獨特的戰術在初次碰上要想勝利是很困難的。在艾克斯的戰術下，十代的大量德卡被送到墓地。雖然使用格羅摩斯能暫時找出突破口，但是被艾克斯奪去了。逐漸地，在心理上，十代開始對卡組裡面的怪獸的信賴受到動搖……
第73集：劍山VS齋王！恐龍DNA2006年2月22日
齋王為了確定塔羅占卜出來的（不屈服之力），進入了決鬥學院並和劍山決鬥了。齋王的塔羅卡組，隨著卡片的正位置、反位置被命運所翻轉。劍山的恐龍卡組作出對抗，雖然暫時領先，但是好像都在齋王的占卜之中。齋王巧妙使用象徵著“不屈服之力”的正·反位置，對劍山作出追擊。
第74集：黃泉青蛙！活青蛙！死亡青蛙！2006年3月1日
為了決定修學旅行的目的地，十代為齋王們代表的少女玫瑰決鬥。她的甲板是青蛙甲板。從序盤開始，為了把“惡魂邪苦止”為墓地，召喚了3個“小姐加爾”（攻擊力1900）的玫瑰。並且，在魔法卡“死的合唱”中被全滅了怪物的十代，被決定直接攻擊，受到相當大的傷害
第75集：修學旅行雙人決鬥2006年3月8日
決鬥學院的學生一行人修學旅行到了童野實町。童野實町是出現了武藤遊戲和海馬瀨人的決鬥聖地。十代在去拜訪武藤遊戲的家的時候遇到了雙六老爺子。在町散步中的雙六被抓走，追上去的翔和劍山互相背靠，和光之結社的2個刺客——雷丸和冰丸的雙人決鬥組合進行決鬥。劍山的恐龍怪獸，被「氷帝の城」降低力量，受到先制攻擊。
第76集：究極合體！雷克斯聯盟2006年3月15日
翔和劍山VS雷丸和冰丸的雙人決鬥②。雷丸和冰丸雖然互相不喜歡對方不過卻很厲害。翔和劍山的LP很快就只剩下1000了。劍山的恐龍卡組和冰丸的卡組相性很差，而翔的交通工具卡組又被雷丸的「降低系統」「暴走電容器」封印行動。當此時的翔他們知道十代有麻煩時，團結了起來……
第77集：恐怖的四帝！創造神·EMA2006年3月22日
因為想擊敗十代卻被斎王的妹妹美壽知通知已經被排除在戰力之外的巖丸激動了起來。在不知道十代的樣子而沒有辦法的情況下和紅宿舍的教學旅行隊伍合流了。十代和巖丸互相不知道對方的身份、成為了好朋友。當2人進行友誼的決鬥時卻知道了對方的身份，瞭解到彼此應該憎恨對方的存在。以「地帝格林格」（攻擊力2400）為開始，集合了4帝力量的「戴維爾戈斯EMAD」召喚了出來，攻擊力高達4900……
第78集：最強組合！？十代和愛德 前編2006年3月29日
十代和愛德在美壽知的引導下進入了假想空間。十代和愛德VS美壽知的非正常規則雙人決鬥開始。美壽知使用「鏡」再現了另一個自己。想救出翔的十代、想證明自己是第一的愛德，2人的聯手並不順利。「神聖的結界-映象」像是用對接在一起的鏡子一樣，無限地映射出怪獸，把十代他們的怪獸破壞。而場上的「月輪鏡」映出來的滿月在怪獸被破壞時都會令他們覺得詭異……
第79集：最強組合！？十代和愛德 後編2006年4月5日
十代和愛德VS美壽知的非正常規則雙人決鬥②。美壽知把2只「魔鏡の式神」祭品，召喚出不會被戰鬥破壞的無敵的（暗之神-Dark God）（攻擊力3000）。再使用場地魔法「無限の降魔鏡」，通過拼合的鏡子互相對映、10只暗神出現在場上。和已經有戰敗的覺悟的愛德相反，十代還是有著很強的鬥志。新的新空間俠（黑豹）召喚了。
第80集：絕望國度的美少女愛麗思！2006年4月12日
在紅宿舍裡出現了轉校生的美少女愛麗絲。劍山雖然迷上了愛麗絲，但覺得可疑的三澤，知道有同樣名字的神秘卡。那天晚上，十幾歲的愛麗絲知道了二人的決鬥者，於是就知道了劍山。十代VS愛麗絲的決鬥。愛麗絲一個接一個地重複攻擊力0的人偶零件，召喚合在河岸上的人偶“Doel Kamera”。多爾基米拉在受到攻擊的時候增加了那個零件，不斷提高攻擊力。
第81集：知識問答比賽！？VS 猜謎卡組！2006年4月19日
暗戀明日香的猜謎王神田，看到和明日香吵架的十代，決鬥挑戰。神田使用猜謎卡組，發動永續魔法卡（猜謎時間）。非常明顯地像是換了一個身份，十代攻擊前都好像猜謎會的主持人一樣要提出問題。十代的體力勝負問題通過了，但是決鬥的知識全都不會，Lp開始下降……
第82集：三澤大地 VS 萬丈目！2006年4月26日
三澤想著光之結社不來勸降自己，在考慮自己是否太弱而著急起來。三澤找到齋王，宣言如果戰勝齋王，齋王就從離開這個島。代替齋王的萬丈目和三澤決鬥。萬丈目新的同盟怪獸合體召喚（強襲加農甲蟲）（攻擊力2800），把擾亂者當作彈藥一樣使用，三澤的LP剩下1600。三澤看著前方思考著戰術，不過……
第83集：地獄凱撒亮VS師尊鮫島2006年5月3日
地獄凱撒亮，為了尋求封印的強力卡組，訪問（電子流決鬥）的昔日的創始人原鮫島校長。亮VS鮫島的師弟的決鬥。亮在序盤就召喚了電子終極龍，鮫島使用複製怪獸防了。鮫島的電子流風格是以柔制剛，吸收了亮的怪獸的攻擊力後攻擊力高達4000，而亮也用電子雷射龍避免了攻擊。鮫島使用陷阱卡、奪取亮的電子終極龍，展開了最終決戰……
第84集：世界大會開幕！目標第一！2006年5月10日
鮫島校長宣佈（決鬥·世界盃）開始。以決鬥學校的島為舞台、學生和世界的職業決鬥者一起參加的最大的決鬥大會。齋王和歐洲的強國的名流王子決鬥。王子放出要一回殺取得勝利的豪言壯語、齋王也作出在自己的回合到來前決鬥會結束的預言。（衛星加農炮）攻擊力4000，向齋王攻擊了……
第85集：操縱神之卡太陽神的翼神龍的男子2006年5月17日
研究者風的法蘭茲出現在十代面前。從I2社趕來的帕伽索斯和前田隼人告知，I2社有社員使用最強的卡「勒之翼神龍」的複製卡，非常危險。十代VS法蘭茲的決鬥。序盤就召喚了「勒之翼神龍」。本來要受到神罰，不過是用了他自己製作的魔法卡（束縛神之鎖）從而操縱神。不過十代也有前田隼人親自設計而送給他的新場地魔法卡（摩天樓2-英雄都市）。
第86集：決鬥的花道2006年5月24日
在感嘆找不到對戰對手的十代面前，突然打鑼打鼓響了起來，在櫻吹雪之下舞蹈。在那之中穿著歌舞伎衣服的職業決鬥者卡布爾基德登場，並挑戰十代。卡布爾基德說讓觀眾高興才是職業的決鬥，主張在華麗的舞台上演出，發動了場地魔法「歌舞伎舞台～大橋」。不關心決鬥是否華麗的十代開始有了疑問……
第87集：加油！搗亂3人組（上集）2006年5月31日
萬丈目和職業對戰者決鬥。作為光之結社的一員的他使用（白色騎士·劍客）、壓倒性的強的勝利。萬丈目對觀戰了決鬥的十代作出了挑戰。十代發現萬丈目的卡組已經沒有了（擾亂者）了。十代便去尋找那些對於萬丈目很重要的「擾亂者」，想通過那些卡令萬丈目變回以前的樣子。得到了擾亂者的十代便和萬丈目決鬥了。
第88集：加油！搗亂3人組（下集）2006年6月7日
身為光之結社的一員，使用齋王所託付的卡（白色騎士·領主）展開了攻勢。另一方面，十代使用對於萬丈目很重要的卡「擾亂者」進行防守。面對不斷的攻擊，十代始終使用擾亂者オ防守。擾亂者也在向萬丈目說出了“夥伴”……終於，看到擾亂者的悽慘狀況的萬丈目覺醒了。
第89集：地獄凱撒VS暗吹雪2006年6月14日
地獄凱撒亮回到決鬥學院參加世界賽。見到凱撒這個樣子的吹雪決定要和凱撒決鬥。為了以前凱撒在自己受到暗黑力量影響時幫助自己的恩情。吹雪VS凱撒的決鬥開始了，吹雪使用了（Darkness，前作故事吹雪受到此暗黑力量成為“7星”）召喚了真紅眼黑龍。另一方面，凱撒……
第90集：決鬥學院的驕傲2006年6月21日
由於決鬥學院的學生不斷敗給職業決鬥者，決鬥學院的評價會變得很差，害怕這種情況出現的克諾羅斯教授和拿破崙教頭派出了稱之為秘密武器的人物參加世界賽。
第91集：一回殺的死神2006年6月28日
有能一回殺的玩家參加了世界賽的傳言流出。它的真正身份是和死神之卡訂立了契約，得到抽卡力量的叫做橘的決鬥者。向死神出賣了靈魂的橘和十代決鬥了。決鬥剛開始，橘就使用了魔法卡(一擊必殺居合型抽卡)，十代面臨著被一回殺的危險。十代會……。
第92集：三方決鬥2006年7月5日
學院中流傳著克諾羅斯平教員和拿破崙教頭會的流言，被鮫島校長怒嚎“出去~”。意氣消沉的2人，遇到了前來訪問鮫島校長的I2社會長帕伽索斯，並表達了想去I2社就職的意願。帕伽索斯說如果能勝出決鬥就通過就職許可。帕伽索斯VS克諾羅斯VS拿破崙的三角決鬥開始。克諾羅斯和拿破崙會…… 注：這一話預告中克諾羅斯教授的頭銜已經變成了“平教員”。
第93集：白夜的決鬥！十代VS明日香（前篇）2006年7月12日
齋王的2個人格在糾纏著。受到光之波動影響要世界破滅的人格，以及防止此事發生的善良的人格。善良的心的人格知道要防止世界的破滅，十代和愛德是關鍵。也知道此事的被光之波動影響的另一個人格的齋王，為了得到這個關鍵，派明日香到十代的面前。得到齋王強力卡組的明日香用白夜之女王對十代開始攻擊了。
第94集：白夜的決鬥！十代VS明日香（後篇）2006年7月19日
使用被齋王強化過的卡組的明日香逐步追擊十代。處於苦戰的十代不斷嘗試喚醒明日香的「心」。對十代的話完全聽不進的明日香召喚出了最強的卡白夜龍（白夜之女王）。處於絕境的十代，使用萬丈目和吹雪所說的充滿了「（明日香的所想）的卡作為王牌……
第95集：仁至義盡的兄弟決鬥 亮VS翔2006年7月26日
想兄長恢復回過去令人尊敬的樣子的翔，向地獄凱撒亮作出了決鬥挑戰。但是，亮很絕情的對翔提出了、基本分減少的同時要受到電流襲擊的條件。這樣亮VS翔的兄弟決鬥開始了。翔還是像往常一樣尊敬著對手的情況下展開了決鬥，而亮使用電子流的裡卡組，對翔做出了致命的襲擊。
第96集：相對性地形！十代VS天才博士2006年8月2日
受到光之波動影響的齋王要奪回重要的“關鍵”，不斷往十代派送刺客。那個刺客就是利用十代的不得意理論而組合了卡組的天才物理博士發動相對性領域迎擊十代。並且，使十代最得意的融合無效、怪獸不能召喚，在優勢下展開了決鬥。
第97集：登場！謎之世界冠軍！2006年8月9日
鮫島校長開辦世界賽的真正目的原來是為了查出誰是持有(究級的D之卡)。同樣愛德為了查出誰是弒父並且奪走卡片的人而進行著決鬥。而同時，決鬥的職業比賽的世界錦標賽開始了。世界賽十年君臨的王者「DD」。愛德的後見人DD和IQ200的收藏家展開了決鬥。但是，勝負只在一瞬間就決出了。DD使用了究級的D之卡。
第98集：發動了！究級的D之卡2006年8月16日
愛德知道了世界冠軍DD殺死了自己的親父並奪走卡片的事實。作為被齋王認為是關鍵的愛德做出了挑戰。使用DHERO之卡，愛德戰鬥了。但，作為不斷經歷世界賽級別以上的決鬥的DD，終於使用了究級的D之卡(Bloo-D)。處於窮途末路的愛德……
第99集：十代VS鐳射衛星的恐怖2006年8月23日
十代從歐洲王子的秘書口中得知了“鍵”的秘密。那個“鍵”其實就是鐳射衛星的控制器。歐洲王子也受到齋王的命令去奪回十代這個“鍵”、於是乎彼此都提出了挑戰。王子召喚了3體衛星加農炮並作出了攻擊。在危機中使用火焰翼人對抗的十代會……
第100集：究極的秘密儀式「THE WORLD」2006年8月30日
愛德從父親的話之中瞭解到齋王被光之波動纏繞的事，去了找齋王。到達了光之結社專用決鬥場的愛德向齋王諮詢一切。齋王的思想被光之波動奪取換了另一個人格，要愛德交出鐳射衛星的鑰匙。愛德下定了決心和齋王決鬥了。齋王就像已經看透了一切命運般的使出了各種秘儀卡。
第101集：愛德 必殺的一擊！「Bloo-D」2006年9月6日
齋王和愛德的決鬥。齋王讓秘儀之21「THE WORLD」(世界)爆炸。受到了大傷害的愛德，仍然相信被光之波動控制的齋王之中有著「真正的齋王」而堅持戰鬥。然而愛德被齋王完全不留手的攻擊逼入了絕路。已經死心的時候，愛德發生了異變，開始了反擊。從那個愛德的身上，似乎可以看到「善良的齋王」的影子。
第102集：光之波動VS新空間俠2006年9月13日
和被光之波動控制的齋王決鬥的愛德落敗了。齋王向十代提出用鐳射衛星的鑰匙換取愛德的要求。十代被逼入了絕境。此時「NEOS」出現了並阻止了十代把鑰匙交給齋王。狂怒的齋王和十代決鬥了。齋王和跟愛德決鬥時一樣預言了未來，在決鬥中佔據了優勢。另一方面，十代用最擅長的融合召喚了怪獸。
第103集：十代危機！場地魔法「光之結界」2006年9月20日
被光之波動控制的齋王發動了場地魔法「光之結界」。這個結界有著使「卡之精靈們」削弱的效果、十代的怪獸陷入了劣勢。齋王還使用了秘儀之力「THE WORLD」(世界)襲擊十代。另一方面，被邪惡齋王控制的王子拿著鐳射衛星的2個鑰匙啟動了衛星。劍山前去制止，不過一切已經晚了，鐳射衛星已經向地球發出了光束。結果將會……
第104集：勝利的去向？！十代VS齋王2006年9月27日
十代召喚格羅尼亞斯，破壞光的結界。逆轉局勢的十代，向邪惡的齋王進行直接攻擊。陷入窘境的邪惡的齋王，將猴子的真實載荷、扎菲、扎克·海倫·羅勒作為生品，召喚了終極卡片“阿爾加福斯·賽爾·萊特·盧勒”。給予強烈的一擊。另一方面，十代也會使“格林格”和“內公”相融合，召喚“格倫·內公”，轉為反擊……
第105集：新學期開始！波折的預感2006年10月4日
迎來新學期的前一天，萬丈目把因為白色結社而塗白的校舍塗回了藍色。另一方面，十代回憶了到齋王戰為止的和NEOS一起戰鬥的日子。在愛德戰中敗北，卡片全部變成了雪白的現象的經歷，遇到了新空間人，得到了新空間NEOS的卡，再次和愛德一決勝負、並和愛德結成組合和美壽知的決鬥。
第106集：十代和寶玉獸卡組的約翰2006年10月11日
決鬥學院的新學期開始了。決鬥學院招待了學校的冠軍(阿蒙)、(奧布賴恩)、(鱷魚)、(教授·眼鏡蛇)和「謎の男」(迷之男)為留學生，他們成為了新的同伴。另一方面，有少年能看到十代校舍屋上的精靈。那個少年就是「謎の男」約翰。眼鏡蛇提議進行公開決鬥。那個決鬥就是十代VS約翰。約翰是使用很珍稀的怪獸寶玉獸的決鬥者。
第107集：新空間VS寶玉獸2006年10月18日
約翰接連召喚出寶玉獸(紫晶貓)、(黃玉虎)。十代使用新空間的弗雷亞·星拉貝和混沌接觸融合出(火焰新生俠)對抗。約翰破壞了十代的場地魔法，使出新的地形魔法、發動了」(虹之古代都市・彩虹廢墟)，新空間人回到了卡組。看到了這些精湛攻勢的愛德，開始說起和約翰、寶玉獸不為人知的關係。
第108集：教授·眼鏡蛇的刺客2006年11月1日
教授·眼鏡蛇宣言舉行使用能公開實力的系統的顯示器(Disclosure Duel/注)。全校學生都裝著能測定決鬥者熱情、集中力、決斷力和決鬥心的決鬥腰帶。眼鏡蛇命令奧布賴恩和十代決鬥。那個作戰將會使十代使出全部的潛在能力。作戰開始實行，奧布賴恩用翔作為人質和十代決鬥。
第109集：十代與炎之奧布賴恩2006年11月8日
奧布賴恩把翔作為人質徹底激發十代的潛能。十代如奧布賴恩所想的那樣認真地接受了決鬥，迎戰炎卡組。奧布賴恩對十代的直接攻擊發動了永續陷阱(火焰之壁)，使直接攻擊無效化。另一方面，十代使用新生俠和火焰甲蟲進行接觸融合，融合出火焰新生俠進行了反擊……
第110集：暴龍劍山與化石龍之吉姆2006年11月15日
吉姆·鱷魚發現決鬥學校出現了強力的電磁波。吉姆和十代、約翰、翔、劍山一起到森林裡面調查。突然發生了強烈的電磁波，鱷魚的「卡倫」向劍山發出了襲擊。同時劍山野因為受到電磁波影響失去自我地襲擊吉姆。劍山和吉姆決鬥了。面對劍山本能般地召喚強力恐龍，吉姆使出了魔法卡化石融合，召喚出了化石龍。
第111集：萬丈目與雲卡組之阿蒙2006年11月22日
眼鏡蛇發現了阿蒙調查自己身邊的事情。於是眼鏡蛇催促阿蒙進行死亡決鬥。阿蒙也發現自己的行動可能已經被察覺並且目標是自己、有計劃地進行著。另一方面，萬丈目也注意到了阿蒙，調查了他的資料。結果查出阿蒙是加拉姆財團的長子，知道此事後萬丈目對阿蒙提出了決鬥。阿蒙使用雲之卡組對萬丈目作出了攻擊。
第112集：閃電VS颱風之眼2006年11月29日
萬丈目召喚出了VWXYZ-神龍彈射炮，對阿蒙展開了怒濤般的攻勢。不過，面對此攻勢阿蒙露出了綽綽有餘的笑容。並且展開了反擊。翻開2張覆蓋卡(暴風雨)和(自然災害)使萬丈目受到了傷害。迎戰的萬丈目被阿蒙的連續攻擊逼入了劣勢。但是，萬丈目使出了(擾亂三角閃電)做出了反擊……
第113集：十代VS背叛的元素英雄2006年12月6日
死亡決鬥中出現了大量的傷者，確信這樣的事情和眼鏡蛇教授絕對有關係的十代，秘密潛入了眼鏡蛇的研究設定SAL。在裡面發現了連線到地下的電梯，於是乎十代他們便到了SAL的地底、分頭打探眼鏡蛇的事情。在裡面十代遇見了佐藤先生。佐藤說出“如果不在打倒我通向眼鏡蛇的門是不會開啟的”的話。十代便和佐藤決鬥了。佐藤召喚了能把攻擊的物件變為我方怪獸的(瘡痂·骷髏騎士)。面對攻擊十代的爆炎女郎，十代會……
第114集：絕體絕命！滿是傷痕的英雄2006年12月13日
佐藤通過滑雪夜的效果把爆炎女郎和天空蜂鳥變為我方怪獸、並對十代攻擊。另一方面十代融合召喚出水手俠對佐藤直接攻擊。通過監視器看到這個決鬥的眼鏡蛇，告知十代這個決鬥是一個圈套。圈套就是明日香作為人質，當作藤受到攻擊，關閉明日香的密室的水位就會上漲。面對不能攻擊的十代，佐藤毫不留情的展開了攻擊。
第115集：狩獵精靈的基斯2006年12月20日
眼鏡蛇教授派出第2個刺客前往去找十代。那個刺客就是能看到精靈的(基斯)。他抓了寶玉獸藍寶石比薩斯，強行要求決鬥。代替體力消耗過多的十代，約翰和基斯決鬥。約翰和基斯的決鬥開始了。基斯發動了捕抓怪獸的反擊陷阱(狩獵網)，捕獲了紫晶貓。想要救助寶玉獸的約翰，面前是陷阱在等待著他。
第116集：寶玉獸VS地獄之番犬2006年12月27日
基斯用各種各樣的陷阱捕抓寶玉獸。並召喚了地獄之番犬，向約翰攻擊。對基斯的卑鄙決鬥感覺憤怒的約翰開始了反擊。約翰預計基斯的陷阱戰術，使用更高明的戰術召喚出了黃玉虎、翡翠龜攻擊。被追擊入困境的基斯，抓住約翰的弱點，制止了約翰的攻擊。面對不出手的約翰，基斯發動永續魔法(代替的傷疼)，給與了傷害。
第117集：決戰！十代VS眼鏡蛇教授2007年1月4日
擊敗了眼鏡蛇教授的刺客的十代和約翰會合了明日香和基姆等夥伴一起去找眼鏡蛇教授。另一方面，單獨前往去找眼鏡蛇教授的阿蒙，比十代先到達眼鏡蛇教授的地方，被告知“他們沒來”。而在趕往的十代等人，因為電子防禦裝置發生短路、牆壁不斷逼近，在無路可走之時，奧布賴恩出現了並用雙肩頂住牆壁。在奧布賴恩的幫助下十代到達了眼鏡蛇教授的所在之處。和眼鏡蛇教授的決鬥開始了。
第118集：恐怖！毒蛇王2006年1月10日
科布拉斯發動了場魔法“威諾姆·斯圖普”，對十代召喚的怪物毒害，降低攻擊力，破壞。對的十代，融合了蘇格曼和邊緣人，召喚新的英雄“等離子者”。破壞了“威諾姆·斯內克”。但是，科布拉使用拖拉卡的效果召喚了兩個怪物。繼續進行毒攻。而且，兩個怪物的攻擊被召喚到“毒蛇王Vonamon”，破壞了“等離子·維斯曼”。
第119集：三重接觸融合！溶岩新生俠2007年1月17日
十代無法如自己計劃的那樣攻擊眼鏡蛇教授的「毒蛇王ヴェノミノン」。但抽到了(奇蹟融合)，十代召喚了荒野劍齒人，終於破壞了毒蛇王。被破壞了毒蛇王的眼鏡蛇教授發動陷阱卡「毒蛇神降臨」，召喚」(毒蛇神 維諾米納加)。毒蛇神的攻擊使十代受到了傷害，這個傷害也使毒蛇神發動了效果，3回合後毒將會偏布全身，決鬥敗北。十代仍不放棄、融合閃電俠和死靈黑俠，召喚（暗耀俠)，攻擊眼鏡蛇教授……
第120集：異世界的戰鬥！寶玉獸VS神鷹女郎2007年1月24日
和眼鏡蛇教授死鬥後昏迷過去的十代醒來後發現的是……沙漠。在那片沙漠中只有決鬥學院的校舍，情況很異常。熟悉地質學的吉姆告訴大家決鬥學院進入了異世界了。在這個異常事態之下決鬥學院的學生混亂起來了。還有更大的危機。在這世界會遭到實體化怪獸的襲擊。約翰與襲來的神鷹女郎對峙。
第121集：沙漠的生存戰！約翰VS蟻地獄2007年1月31日
早乙女禮因為某人受到重傷。為了得到治療禮的藥，十代去找三澤看到的潛水艇。潛水艇的在需要越過沙漠的地方。在那裡泰坦在十代的面前實體化了，阻止了他們的前進。泰坦VS約翰的決鬥開始。(沙漠獅蟻)實體化，面對攻擊，約翰讓寶玉獸對抗。在沙漠中召喚出了強大怪獸的泰坦，讓約翰陷入了苦戰。
第122集：決鬥學園危機！喪屍學生的恐怖！2007年2月7日
在潛水艇得到藥的十代趕回去決鬥學院。另一方面，在為保護學院而警備的萬丈目那邊來了幾個很怪的學生，並提出「來決鬥吧～」的決鬥請求。萬丈目決鬥了，然後一個接著一個地提出決鬥請求……回到學院的十代發現本該在警備的學生不見了而感到奇怪，此時出現了奇怪的學生帶著「來決鬥吧～」的請求。察覺到學院奇怪狀況的十代會……
第123集：禮救出作戰！元素英雄VS墮天使護士2007年2月14日
學院內的腐屍學生不斷增殖。想到禮因為重傷而休息所處的保健室可能會被佔領，十代擔心了。大家協力的衝向了保健室。途中還好幾次和腐屍學生相遇，十代和約翰終於到達了保健室。在那裡等候的，是已經腐屍化的鯰川先生。鯰川阻止給禮喂藥。十代決定與鯰川決鬥。鯰川先生召喚出了(墮天使護士-麗菲庫魯)，給與十代恢復生命……
第124集：學院分裂！空腹決鬥2007年2月21日
十代陷入了學院內有腐屍學生徘徊，外面有實體化的怪獸的危險境地。儘管如此還是要保護剩下的學生，並且製作路障強化保護。但是在此情況下因為耐不住肚餓的原田、寺岡、山中逃走了變得下落不明。馬丁被十代叫去尋找失蹤的學生。十代也想用已經佔據的發電廠地區交換食品倉庫。在那個區域的決鬥對手是「笑」「無表情」「怒」的3個假面學生。和他們對決的奧布賴恩、約翰、吉姆……
第125集：約翰·吉姆·奧布賴恩VS假面三騎士2007年2月28日
約翰VS「無表情」假面、奧布賴恩VS「笑」假面、吉姆VS「怒」假面的決鬥在食品倉庫繼續。約翰被「無表情」假面的「沈黙の虛構」慢慢逼進了困境，吉姆不斷被、（怒之鏈錨騎士)削弱基本分。奧布賴恩冷靜的進行決鬥，把握了決鬥中的誘導，一口氣決出了勝負。約翰、吉姆聽到了奧布賴恩關於「誘導」的事情，應戰也開始逆轉了。另一方面，拿破崙教頭因為擔心馬丁而去禮那裡叫十代跟上找回馬丁。
第126集：十代VS萬丈目·龍騎士暗黑之劍2007年3月7日
十代追趕往著三幻魔封印之地走的馬丁。但，擋在十代面前的是已經腐屍化的萬丈目。面對不會讓路的萬丈目，十代決鬥了。萬丈目召喚出了(復活腐屍)和(血魔)襲向十代。另一方面，約翰等人的決鬥是誘導，而學生們知道了有食品的地方就一擁而入，結果遭到腐屍學生的襲擊，全部被腐屍化。在那樣的情況下，奧布賴恩似乎在發電廠區域聽到了什麼人的通訊。
第127集：封印解除者·瑪魯坦2007年3月14日
鮫島校長和帕伽索斯發現了(虹龍)的石板，並前去那個現場。得到了三幻魔的馬丁，對阿蒙作出了挑釁、提出了決鬥。阿蒙的信心有所動搖，在調整了心態後應戰了。馬丁使用(瘋狂裝載者)守備表示召喚，阿蒙召喚了攻擊力3000的(雲魔物 －颱風之眼)，對馬丁造成了3000的傷害。馬丁面對這種攻擊綽綽有餘。另一方面，約翰為了領取(虹龍)的卡片而前去了其所在地的設施。
第128集：寶玉獸VS電子終結龍2007年3月21日
要得到虹龍)必須要有很強大的決鬥能量。在那裡地獄凱撒亮和約翰的決鬥開始了。亮在最初的回合已經召喚了(嵌合超載龍)，並且再發動裝備魔法(未來融合)，2回合後召喚(電子終結龍)。約翰使用紫晶貓直接攻擊，亮並沒有動搖，更召喚出了(暗黑電子龍)。
第129集：三幻魔的威脅！十代VS瑪魯坦2007年3月28日
馬丁以腐屍學生作為人質威脅十代決鬥。十代和馬丁決鬥了。十代在警戒馬丁的三幻魔的情況下開始了決鬥。馬丁召喚了攻擊力0的(混沌之核)並放置了1張卡就結束了回合。十代一口氣召喚了E·HERO。另一方面，約翰和奧布賴恩在收有虹龍的密封艙落下的沙漠探索……
第130集：虹龍覺醒2007年4月4日
十代和得到了虹龍回來的約翰交換，繼續和馬丁決鬥。不介意不利條件的馬丁召喚出了（幻魔皇 拉比艾爾)、(降雷皇 哈蒙)、(神炎皇 尤利亞)。約翰作為對抗，把自己場上·墓地的寶玉獸集齊，召喚出了虹龍。三幻魔VS虹龍，勝利將偏向哪一方……
第131集：皇牌卡大集合！開啟吧，次元之門！2007年4月11日
藉助虹龍的力量十代一群人平安地回到了現實世界。但是，卻發現約翰沒有回來。知道這次的事件的元兇是青年的卡的十代覺得自己有責任，於是乎回去找約翰。另一方面明日香從鮫島校長的口中得知青年的卡和十代的關係。同時，三澤和博士感覺到決鬥校園再次出現了異變。
第132集：賭上生死的決鬥2007年4月18日
為了找回約翰，十代從決鬥校園出現的迴盪再次回到了異次元的世界。但是，回到的世界和以前的不一樣了。為了救出約翰而單獨行動的十代，在地下迷宮迷路了。察覺了十代不見了的奧布賴恩和三澤也出現在地下迷宮中。タニヤ出現在地下迷宮合流了的十代他們面前，一起走出迷宮。在離開時遭遇了守護地下迷宮的鳥人，十代和之決鬥。這個世界的決鬥是真正的賭上生死的決鬥。
第133集：十代VS暗黑界的斥候斯卡2007年4月25日
從地下迷宮脫出，十代他們從出口的門到了下一個世界。那個世界是由像歐洲中世紀風格的石道和石建築組成的。但是，鎮上面沒有人，像是被什麼人襲擊過一樣荒廢著。那個時候，一個叫做カイル的少年被暗黑界的斥候滑車襲擊。為了保護少年十代決鬥了。十代VS滑車的決鬥。滑車召喚出了(惡魔士兵)，而十代則召喚閃電巨人進行連續攻擊。明日香對十代充滿氣魄的決鬥感到驚訝。
第134集：十代VS暗黑界之騎士祖爾2007年5月2日
得到據說有人看到約翰的情報，十代一個人去了那個地方。留下來的明日香等人不知所措結果也跟著十代一起去。另一方面保護著卡爾的戦士(費雷德)覺得十代前往暗黑界的地方是一個好時機於是乎把居民移到避難所。認為約翰也在避難所的十代，面前等待他的是黑暗界的騎士蘇爾。知道這是陷阱的十代接受了挑戰。十代把新生俠與光輝青苔人接觸融合召喚光輝新生俠攻擊卡爾同時魔爪也伸向了跟隨十代的明日香他們……
第135集：十代VS暗黑界之狂王布隆2007年5月9日
得到了地圖和(音速鴨)的十代一個人先去了下個目的地的城堡。另一方面，明日香等人一邊不理解十代的先行行動而繼續跟隨著十代。明日香、萬丈目、吹雪、劍山等人遭到黑暗界的狂王羅恩手下武神和軍神禮帽的襲擊。先行到達的十代進入了城堡。在那裡等待的是布隆。十代和布隆的決鬥開始了。布隆召喚了黑暗界的獵人兄弟，並發動了永続魔法「邪心経典」。
第136集：邪心經典發動！暗黑界的魔神雷恩2007年5月16日
（續）狂王發動了永續魔法「邪心経典」，並且發動了速攻魔法「邪心教義・怒」讓人質中的萬丈目變成了光之粒子消失了。如果十代繼續攻擊的話，作為人質的明日香、劍山、吹雪將會犧牲，十代不能攻擊了。被逼進了絕境並且不能攻擊。只好把羽翼俠守備表示召喚。狂王發動了永續陷阱（暗黑分裂)，在十代場上召喚了2只(黑暗衍生物)。另一方面，翔得到吉姆和奧布賴恩的幫助逃離了武神、軍神的威脅，前往十代那裡。
第137集：翔的決意！友情之證2007年5月23日
劍山、吹雪、明日香相繼變成了光之粒子消失，翔看到十代面對此情況仍然抱著求勝的心態而不顧朋友去決鬥的做法開始產生了疑問。之後，打算忘記十代而一個人離開的翔發現了溺水的擾亂黃，並提供了幫助。那個正是萬丈目的擾亂黃。從擾亂黃的口中得知萬丈目最後情況的翔對十代的疑惑更大了，並且把決鬥盤投入了山谷中。就在此時惡魔鏟土蟲出現在翔和擾亂黃的面前並襲擊過了。
第138集：霸王降臨·死之決鬥者們2007年5月30日
吉姆和奧布賴恩尋找失蹤的十代。途中他們幫助了被橄欖戰鬥員襲擊的老人和少年。從老人處得知有霸王軍狩獵決鬥者的事情。吉姆他們暫時前往老人和少年的村子。那個村子也被霸王軍襲擊了，絕対防禦將軍巴基迪正守護著村子。從巴基迪處知道了霸王軍的情報，吉姆他們前往十代可能所在的霸王城。
第139集：暗黑融合！業火之翼2007年6月6日
霸王的真正身份是……十代。吉姆和奧布賴恩都大吃一驚。吉姆對霸王十代大喊“為什麼！”，霸王十代也不給出任何回覆。吉姆和奧布賴恩暫時逃離了那個地方。吉姆對奧布賴恩說出了自己右眼失明的秘密。小時候為了救鱷魚卡蓮而失去了右眼。之後右眼裝上了當拯救無可替代的朋友時會出現奇蹟的(奧利哈鋼之眼)。當代表著不吉的紅色彗星飛來的時候就是用這隻（奧利哈鋼之眼）拯救十代的時刻。下定了決心的吉姆向霸王十代提出決鬥。
第140集：空前絕後·超融合發動2007年6月13日
霸王十代召喚了(Evil Hero Malicious Edge/邪心英雄 惡意之刃)，對吉姆展開了強烈的攻擊。另一方面吉姆召喚了(烏露露之守護者)展開防守。進一步攻擊的霸王十代召喚「E－HERO(邪心英雄 地獄勝利者)展開追擊。接近瀕死的吉姆繼續站立著堅持決鬥。為了在霸王十代中找出以前的十代，吉姆使用了(奧利哈鋼之眼)。
第141集：恐怖的霸王！彷徨的奧布賴恩2007年6月20日
地獄凱撒亮和愛德搜尋十代的下落。從葛布林士兵口中打聽到霸王十代的事情，前往了霸王城。另一方面，因為霸王十代的強大而感到恐懼的奧布賴恩逃跑了躲入了廢墟。奧布賴恩手中仍然拿著吉姆的奧利哈鋼之眼。無法戰勝恐懼心的奧布賴恩丟下了決鬥盤離開了。翔看到了這個樣子的奧布賴恩。在森林中出現在彷徨的奧布賴恩面前的是(海神之巫女)與「(舞蹈妖精)。她們問奧布賴恩「你就是挑戰霸王的勇者麼」。
第142集：生存下來的勝利者就是正義！2007年6月27日
識破（骷髏主教)的叛變陰謀的奧布賴恩提出了決鬥分勝負。奧布賴恩召喚了火山利刃慢慢削弱對方的LP。斯科比發動了儀式魔法·合成魔術，召喚了(人狼)。被人狼的攻擊和效果追擊至剩下100LP的奧布賴恩召喚了王牌卡「(火山惡魔)，戰勝了斯科比。看到了這場決鬥的村民都請求奧布賴恩以領導者的身份守護城市。同時，霸王軍以城市為目的地進軍了。
第143集：火山惡魔VS最兇之邪心英雄2007年7月4日
進入了霸王城的奧布賴恩和霸王十代的決鬥開始了。霸王十代發動暗黑融合，召喚(荒野旋風)進行攻擊。另一方面奧布賴恩發動永續魔法火炎加農炮-三叉戟式進行對抗，十代召喚(地獄狙擊者)繼續進行追擊。在決鬥中，吉姆託付的奧利哈鋼之眼發出光輝，映射出了霸王真正的姿態。奧布賴恩開始進行反擊。召喚了火山惡魔，追擊十代。
第144集：發動！究級封印解放儀式術2007年7月11日
經過和奧布賴恩的決鬥，霸王十代變回了以前的十代。十代因為霸王身份時的決鬥而發起了高燒倒下了。看護中的愛德和亮發現了同樣來到了這個次元世界而被怪獸襲擊的克羅諾斯教員和艾珂。愛德發現了艾珂掉落的飾品，發現了飾品裡面的阿蒙的照片。亮·愛德·克羅諾斯·艾珂他們對話的地方突然起了霧。霧散去後發現到了另一個地方，而「阿蒙」正站在那裡。
第145集：究級封印神艾克佐迪奧斯召喚！2007年7月18日
愛德VS阿蒙。阿蒙的決鬥戰略是以解放被封印的練習進行手卡補充的戰術。愛德注意到了此事發動了限制只能最多4張手卡的(力量之四)。始蹤想得到艾克佐迪亞的阿蒙發動了「究極封印解放儀式術」，作為祭品。並且召喚出了究極封印神(究級封印神艾克佐迪奧斯)。艾克佐迪奧斯每次攻擊都要把名字帶有「封印されし」的卡送去墓地。另一方面愛德也把圓盤人·鑽石人·陰溼人作為祭品召喚出了教義人。
第146集：被封印的融合2007年7月25日
十代失去了戰敗給阿蒙的愛德。失去了繼續戰鬥的氣力，只求見到約翰，稍微前進已經竭盡全力。見到這樣的十代，亮說“就在這裡和我決鬥吧”強行要求決鬥。十代被逼決鬥。但是和平時的樣子不一樣。面對亮的怒濤的攻擊十代也只是敷衍了事的應對。然後亮發現十代已經不能夠再使用融合之卡。在不能使用融合的十代面前，(守護者巴奧)出現並提出決鬥。
第147集：因緣之對決！電子流VS寶玉獸2007年8月8日
巴奧知道十代不能夠再使用「融合」的卡而提出決鬥。發動(等級包圍網-重力增幅-)，讓等級4以下的怪獸不能進行攻擊，把十代逼入絕境。這場決鬥的進行中三澤和タニヤ(塔尼婭)跟大家會合了，並鼓勵十代。十代想盡辦法，但是以往的「融合」卡現在無法使用了。另一方面，亮因為地下決鬥的影響患了心臟病。在他面前「約翰」出現了。打算給以前超越次元的決鬥畫上句號的亮向約翰提出了決鬥。
第148集：究級龍對決！電子終極VS虹黑龍2007年8月15日
亮VS約翰。亮使用電子龍對約翰進行2連打，但約翰也發動陷阱卡彩虹的去向進行攻擊封鎖。並且，約翰特殊召喚出了究極寶玉神(究級寶玉神 虹黑龍)，向亮進行攻擊。被逼入絕境的亮召喚電子鐳射龍進行反擊，也被虹黑龍的效果破壞和無效。但是亮並沒有放棄，展開只顧以破壞虹黑龍為目標的決鬥。
第149集：魔神對決！幻魔VS艾克佐迪亞2007年8月22日
和亮的決鬥消耗過多體力的約翰暫時在十代面前消失，回到(休伯特)城。但是，在最上層的寶座等待著他的是得到了艾克佐迪亞的阿蒙。為了證明自己才是王，阿蒙對約翰做出了決鬥挑戰。阿蒙VS約翰的決鬥開始了。約翰第一回合就召喚了降雷皇哈蒙，並且發動針對艾克佐迪亞戰術的手札団殺。阿蒙召喚了艾克佐迪奧斯對抗。另一方面，十代在看過亮的決鬥、並且在三澤的鼓勵下，重新下定了決心，前往約翰所在的地方。
第150集：“休伯特”召喚！2007年8月29日
繼續阿蒙VS約翰的決鬥。約翰把三幻魔融合成究極的幻魔(亞米泰勒)，並封住了阿蒙艾克佐迪亞的召喚。但是阿蒙沒有被動搖，發動場地魔法(霧之王城)，召喚(霧之王)，反擊消滅了亞米泰勒。另一方面，尋找約翰的十代終於到達了休伯特城。在那裡他看到的是……
第151集：新宇俠VS高等寶玉獸2007年9月5日
十代終於到達戰勝了阿蒙並恢復了體力的約翰面前。為了從附身約翰的休伯特手中救出約翰，相信「決鬥之力」並展開了決鬥盤。十代VS約翰（休伯特）的決鬥。約翰召喚出了(高等寶玉獸 藍鈷鷹)。另一方面，十代抽到了融合的卡。下定決心發動「融合」召喚出了火炎翼人並攻擊，但約翰使用（高等黑暗)的效果讓攻擊無效。
第152集：超融合發動！虹皇新宇俠2007年9月12日
繼續十代VS約翰的決鬥。約翰召喚了究級寶玉神虹黑龍，破壞了新生俠。十代雖然被逼入絕境，但是不斷想著一切辦法反擊。在決鬥中，十代從寶玉獸們口中得知，約翰之魂在虹黑龍中，變回原來的虹龍就能救出約翰。於是，召喚了水之海豚、天空蜂鳥、新生俠，用究極的三重接觸融合召喚出(風暴新生俠)。
第153集：被選中之卡的對決！2007年9月19日
為了救出約翰，十代用「超融合的卡」把虹龍與新生俠融合，召喚出（彩虹新生俠)。雖然安全地救出約翰，但是「超融合的卡」卻落入休伯特手中。然後，最後的勝負，十代和休伯特的決鬥。約翰把寶玉獸託付給了十代。另一方面，翔也因為跟著十代來到休伯特這裡成為這場決鬥的唯一目擊者。跟休伯特的決鬥終於開始了，休伯特召喚了(納祭之蓮)。
第154集：甦醒的霸王十代！2007年9月26日
十代VS休伯特決鬥繼續。休伯特把自己召喚上場。對休伯特的攻擊會全部變成對對方玩家的傷害，十代陷入苦戰。心意已決的十代讓已經在自己心內死去的「霸王十代」甦醒了過來，與休伯特對峙。十代用新空間俠們的力量攻擊休伯特，休伯特也用陷阱卡(零洞)、(憎恨破壞光)的效果來對抗。在那決鬥中，休伯特念起了咒文。然後……
第155集：彩虹新生俠VS休伯特究極態2007年10月3日
十代使用約翰託付的寶玉獸卡，召喚了彩虹新生俠，並裝備(虹之衣)，向休伯特攻擊。另一方面休伯特變為第二形態，發動(魔物玫瑰)防禦傷害。再發動(魔法旋風)破壞了虹之衣，對十代進行反擊。只剩下很少LP的十代用墓地的(死靈衛士)的效果總算勉強撐了過去。在那一進一退的持續攻防戰之中，休伯特終於進化成為了究極形態(休伯特/極度悲哀之龍)。
第156集：十代復活！？新的旅程2007年10月10日
萬丈目、明日香、劍山、翔、吹雪、克羅諾斯、奧布賴恩、吉姆、約翰回到了決鬥學園。但是在他們之中沒有十代的身影。之後，一週過去了，紅宿舍的食堂被掛上了包括與十代一樣沒回來的三澤、亮和十代3人的照片，看著十代的照片萬丈目想起初次和十代決鬥時候的事。看著如此深深感概的萬丈目，翔堅信十代一定會回來。
第157集：潛在的威脅！謎之來訪者2007年10月17日
十代回到決鬥學園後，一個月即將過去了。約翰、奧布賴恩、阿蒙、吉姆回到了各自的學校，翔、萬丈目和禮搬去了藍宿舍，新的學園生活開始了，但十代仍沒有踏出紅宿舍一步。就在此時，決鬥系統突然發生了問題。不出現立體影像的卡開始陸續出現。為了查明原因的萬丈目、明日香、還有藤原優介去了電腦室等地方調查。另一方面，十代收到傳送者不明送來的手機，並且傳來了某個資訊。
第158集：再見吧決鬥校園！十代選擇的道路2007年10月24日
十代識破了神秘學生「藤原優介」的存在。十代也做出了重大的決定，向鮫島校長提出了退學的請求。鮫島校長不接受十代的退學請求並要十代見一些人。那些人正是影丸和齋王。影丸和齋王是感覺到今後校園將會發生危機特地來找十代的。突然，穿著西裝的男子出現在3人的面前。
第159集：Darkness的真相！十代VS吹雪2007年10月31日
從藤原優介那裡幫助了吹雪的是奧布賴恩。奧布賴恩從I2社那裡接受了新的任務返回了決鬥校園。十代為了解開Darkness之謎和吹雪決鬥。吹雪藉助Darkness之力召喚了(真紅眼黑龍)，並且再用真紅眼暗龍作為祭品召喚了(真紅眼暗龍)，襲向了十代。
第160集：融合之魂！新生俠VS五神龍2007年11月7日
藤原優介的正體是(歐尼斯特/誠實/Honest)。對峙中的十代使用了在靈魂裡的休伯特之力，制止住歐尼斯特的攻擊。同時十代對現在發生的世界異變一事質問歐尼斯特，歐尼斯特開始慢慢解釋。見到那個狀況的Darkness的使者(杜魯門/Truman)、(T先生/Mr.T)企圖殺掉十代而發出攻擊。那個攻擊打傷了歐尼斯特。怒在心頭的十代向Mr.T提出決鬥。Mr.T第1回合就召喚了「F・G・D」(五神龍)。
第161集：我們去決鬥好嗎？配對決鬥的邀請2007年11月14日
劍山等人和2年生們在計劃舉辦能製造回憶的決鬥派對。另一方面，明日香正為以後該走哪條路而苦惱。是應該留在學園當兒童教室的講師還是到海外去留學。就在此時，舉辦的決鬥派對要組成男女配對組合，讓畢業生和在校生決鬥。就在明日香難以決定誰當拍檔時，意想不到的和十代組成了配對組合。
第162集：十代VS明日香 隱藏了心意的覆蓋卡2007年11月21日
配對決鬥的決勝戰。十代·明日香和劍山·禮的一戰。明日香想好戰略，放了覆蓋卡。另一方面禮確認到十代和明日香配對的步調不一致，放置了似乎帶有某種含意的覆蓋卡。而十代雖確認了明日香所說的覆蓋卡，但卻不理會明日香的想法只顧自己決鬥。就在對此情況感到很不高興的明日香面前禮打開了覆蓋卡。那張卡居然是……
第163集：來自精神震撼者的挑戰書2007年11月28日
突然間，襲擊鮫島校長的人出現了。那個人竟是操縱可以說是和電子流同時創立的流派(念力流)的男子「豬爪誠」。他的目的是為了讓念力流成為主流流派，所以來打倒電子流的。打倒了電子流原師範鮫島的豬爪的下個目標是。。。。電子流繼承者「丸藤亮」。這個時候「亮」被安置在決鬥學園的療養所康復中。挑戰書從豬爪送到那樣的亮面前。並且終於亮和豬爪對峙了。
第164集：被繼承的電子暗黑龍2007年12月5日
翔宣言要繼承亮的決鬥。使用亮卡組的練習很不順利。十代出現在翔的面前並告訴翔。「一味只是對亮的模仿是不行的。那個卡組是與亮一起戰鬥了很長日子的，能識穿哪些是模仿亮的人，哪個才是亮。要更加認識卡組的一切，再讓它成為你的卡組」。然後翔終於與豬爪開始決鬥了。最初，翔像哥哥那樣用同樣的戰術戰鬥，豬爪也又用同樣戰術作戰著。翔召喚(鎧黑龍-電子暗黑龍)的同時豬爪也把(人造人-精神震撼者)特殊召喚了。
第165集：目標！萬丈目，成為職業決鬥者之路2007年12月12日
萬丈目藉助哥哥們的力量以成為職業決鬥者為目標。但到他手只有不錄取的通知。看不過去萬丈目那種情況的克羅諾斯帶著萬丈目去了某個地方。那地方是愛德的遊艇。在那克洛諾斯向萬丈目提出「請收萬丈目為弟子吧」的請求。萬丈目成了愛德的弟子，然而他所見的職業決鬥者「愛德」的日常遠超想像。早上7點的時候響起了很多采訪電話。握手會那大排長龍的隊伍等等。而最感到吃驚的是與被稱為天才的愛德教練那要命般的決鬥練習。
第166集：武裝龍VS龍騎·D·終焉2007年12月19日
因為萬丈目犯下的過錯，愛德從職業決鬥者界引退後不知去向…。另一方面，萬丈目被TV導演(邁克)發掘明星時發現，打算利用明星決鬥者的寶座這個點子。邁克下次要搞的是「師徒對決！愛德vs萬丈目！！」。然而，愛德從職業決鬥界引退一事背後另有秘密…。現在，萬丈目和愛德的決鬥終於開始了。
第167集：報恩決鬥！克羅諾斯VS元祖吊車尾男2007年12月26日
十代他們的畢業相簿終於完成了！但克羅諾斯在看過之後開始了異常的行動。上課時沒有任何理由突然地變得很嚴厲，要人抄寫九九乘法表和漢字，還有做俯臥撐…。結果是學生集體罷課，全逃了。此時十代向克羅諾斯提出決鬥。十代和克羅諾斯的對決自從入學考試那次以後這是第1次。二人都召喚了和那個時候相同的怪獸。
第168集：畢業決鬥開始！新生俠VS黑炎龍2008年1月4日
決鬥學園的畢業決鬥開始了。很多人提出挑戰十代的請求。雖然為2年生但卻屬藍宿舍中的實力者·空野向十代發出了挑戰。空野第一回合就把(荷露斯之黑炎龍)成長為LV8，使得觀眾都沸騰了起來。而十代也用EHERO卡組接受了挑戰！！就在那時，奧布賴恩感覺到了童實野町的異變。
第169集：決斷的代價！奧布賴恩的炎之暗2008年1月9日
引發異變的元兇原來是T先生。奧布賴恩和T先生的決鬥開始了。奧布賴恩很慎重地決鬥，但在謎之怪獸(暗黑讀心眼)之眼睜開時，奧布賴恩受到了幻覺的襲擊！
第170集：齋王再現！“絕對命運決定力”發動2008年1月16日
大量的T先生出現、並包圍了十代。已經無路可逃的十代面前出現的是……齋王。齋王告訴了從T先生手中逃脫的十代重要的情報。那就是T先生的目標是決鬥學園這件事情。不讓十代去學園的齋王突然提出了決鬥。無奈之下只好應戰的十代被摘王用(愚者)和(死者之巡遊)組合的戰術封鎖了怪獸的召喚、陷入了困境。
第171集：命運終結！熔岩新生俠VS暗之支配者2008年1月23日
卡組被(愚者之種蒔)不斷削卡、十代被逼入困境。此時傳來了羽翼栗子球的聲音、勉強應戰的十代由於（暗之支配者)的正位置效果在戰鬥流程中被攻擊2次。只剩下13張卡片了、處於絕境的十代聽到了美壽知"請救救齋王"的求助。意識到要撐救齋王就必須打倒齋王的十代下定決心與齋王正面對決。
第172集：決鬥學園的危機！阻擋在前的寶玉獸2008年1月30日
結束與齋王的戰鬥，打算趕回決鬥學園的十代面前出現的是T先生。另一方面，T先生的魔爪伸向決鬥學園，變成空野樣子的T先生和劍山展開著決鬥。十代和T先生決鬥，但T先生不知為何使用的竟是約翰以外的人不可能擁有的寶玉獸卡組。想到連約翰也已落入T先生手中的十代抱著必死的決心迎戰寶玉獸。
第173集：達克尼斯的侵佔！被奪去的記憶2008年2月6日
在決鬥學園，T先生變成的空野不斷地襲擊學生將其引導去達克尼斯的世界。學園只剩下吹雪、萬丈目、明日香、純子和百惠。T先生終於也出現在他們面前並展開襲擊。T先生打倒的學生都被拉進達克尼斯的世界。還留在世上的人失去被消去學生的記憶。萬丈目、明日香輸給T先生，最終失去了他們記憶的吹雪一人彷徨於誰都不存在的學園中。在那吹雪面前，達克尼斯出現了。
第174集：發動！「淨界」恐怖的負影響2008年2月13日
達克尼斯的正體是藤原優介。藤原向吹雪說明了達克尼斯的世界是多麼美好，但吹雪始終反對那個說法。藤原發動場地魔法(淨界)，給與吹雪負影響。同時，召喚了上級(淨怪獸)的(淨惡龍)。這是能變成對方怪獸攻擊力2倍的攻擊力的怪獸。吹雪被逼進困境。藤原更進一步給那樣的吹雪看到了萬丈目、明日香、翔他們的內心黑暗。
第175集：大混戰！十代VS約翰VS藤原2008年2月20日
十代和約翰組隊，與藤原開始決鬥。藤原用場地魔法「淨界」，發動負影響。藤原更用(淨怒巨人)和(淨之幻影)的組合對十代展開攻擊。但在約翰的幫助下十代成功逃出困境。悟出如不斬斷十代約翰的羈絆就難以獲勝的藤原窺探約翰的心，探索內心黑暗。
第176集：守護羈絆 虹皇新生俠VS淨墮騎士2008年2月27日
十代·約翰VS藤原 後編。藤原利用約翰的內心黑暗企圖破壞十代和約翰的堅固羈絆失敗。因2人的羈絆而勃然大怒的藤原發動了屬性重力和屬性変化。藤原陸續放出的二個業，讓約翰和十代雙方怪獸間互相攻擊。但，就在藤原面前歐尼斯特出現，開始說起藤原悲哀的過去。
第177集：恐怖的組合！「虛無與無限」2008年3月5日
十代成功從藤原身上把達克尼斯分離出來。可是，世界被日全食的黑暗包圍了。終於從那黑暗之中，真·達克尼斯現身了。達克尼斯告訴十代，是決鬥者內心的黑暗創造了達克尼斯的世界。為了從達克尼斯的世界救出大家，十代向達克尼斯挑戰！面對發動了恐怖組合「虛無與無限」的達克尼斯這十代會……
第178集：最後的希望！遊城十代2008年3月12日
十代把新生俠和休伯特融合，召喚(新生大賢者)，攻擊達克尼斯。然而，臉上還是一臉綽綽有餘般笑容的達克尼斯，復活(暗之眼)，再度發動「虛無與無限」的組合。一進一退的攻防戰進展中，達克尼斯說出了衝擊性的現實。那就是達克尼斯本身將會就是人類未來的樣子。十代賭上人類的命運而戰。
第179集：再見了十代！淚之畢業禮2008年3月19日
十代進行究極接觸融合召喚了(神・新生俠)終於打贏了達克尼斯。世界恢復原樣，十代和翔他們迎來了一個圓滿的畢業禮。那天晚上舉辦了謝師宴，但現場卻不見十代的蹤影。收拾好行李準備去旅行的十代面前，羽翼栗子球出現並引導他前往某個地方。
第180集：真正的畢業決鬥！十代VS傳說決鬥者2008年3月26日
遊城十代VS武藤遊戲！在羽翼栗子球的引導下，十代穿越來到武藤遊戲還是十幾歲的時代，和持有神之卡的遊戲的真正的畢業決鬥進行著，那時十代找回了3年來持續的戰鬥中失去的重要之物。十代召喚出了“新生俠”，遊戲也召喚出了“黑魔術師”，激烈的決鬥開始了！最後的結果到底會……