哥吉拉vs太空哥吉拉

打敗機械哥吉拉之後，哥吉拉帶著嬰兒哥吉拉來到位在南太平洋的巴斯島上，並且將這塊孤立的土地當做牠們的家。一年後，一顆奇怪的隕石從天空掉在島上，觸發了一連串不尋常的事。從隕石裡長出的神秘水晶形成火山口狀，無數謎樣的水晶體隨著一種奇異的能量開合。 Ｇ對策中心為了打敗哥吉拉，同時進行了兩個計畫，分別是製造打敗哥吉拉的新型戰鬥兵器「機械土龍」(M.O.G.E.R.A.)為主的「Ｍ計畫」，與透過精神控制操控哥吉拉的行動的「Ｔ計畫」，對於「擊潰哥吉拉」這件事抱持著強烈信念的Ｇ部隊隊員結城，打著以小哥吉拉為誘餌引出哥吉拉的方法在巴斯島上佈置了無數陷阱與地道。此時，為了支援Ｔ計畫而來到島上的新城功二與佐藤清志，在島的中央處發現了無數謎樣的水晶體林立，於是兩人對此展開調查。另一方面，超能力者三枝未希則接收到了化身為精靈魔斯拉型態的小美人姐妹傳來帶有不吉祥意味的訊息。 正當Ｇ部隊因為完成機械土龍而熱血沸騰的當下，以地球為目標的巨大怪獸卻正急速逼近，而這隻怪獸的真實身分是由飛散到宇宙的Ｇ細胞產生變異而誕生的宇宙怪獸：太空哥吉拉。 為了阻擋太空哥吉拉，G部隊出動機械土龍，卻被太空哥吉拉輕鬆打敗，降落到巴斯島上的太空哥吉拉，也在與哥吉拉首次的對峙中以強橫的實力壓倒哥吉拉，並使用結晶體把小哥吉拉給制伏。 大久保博士也因為Ｔ計畫失敗而被Ｇ對策中心除名，不甘心的大久保博士選擇與犯罪組織勾結綁架了身為T計畫核心人物的未希，打算控制哥吉拉來進行犯罪...... 此時太空哥吉拉對日本各地發動攻擊，最後選擇了福岡作為登陸地點。回到日本的新城功二等人，將與大久保勾結的組織一網打盡，救出受困的未希。 而完成修理、強化，並以太空哥吉拉為首要目標再次出戰的機械土龍，以及從鹿兒島灣登陸北上的哥吉拉，與太空哥吉拉三者將以福岡當做舞台進行決戰。