分集 共23集
《反恐特勤隊》第 2 季 分集劇情共 23 集
第1集：換防2006年9月19日
麥克接到調令，蒂菲與他一同面對換防帶來的種種後果。與此同時，行動組被派往巴基斯坦，必須阻止一場針對西方世界多個城市的生物武器襲擊。
第2集：非常引渡2006年9月26日
小隊潛入保加利亞，要幫助一名前行動組叛逃成員從監獄中逃脫，藉以追查世界頂級軍火商的線索。後方，莫莉為了照顧生病的母親，接受了一份一次性招募工作，試圖從行動組挖走一個有潛力的年輕人，為此做出了艱難抉擇。
第3集：殺戮地帶2006年10月3日
小隊原定前往巴拉圭清除一名民兵叛軍首領的任務被迫叫停，轉而營救兩名被狙擊手困住的特戰隊員，並收回一名陣亡隊友的遺體。回到後方，妻子們幫助死者的未婚妻爭取兩個繼女的撫養權。
第4集：天羅地網2006年10月10日
小隊全力追捕一名企圖對核廢料列車發動襲擊的恐怖分子。後方，金看到女兒塞雷娜在校外與一名陌生男子交談，頓生警覺。
第5集：不可抗力2006年10月17日
颶風來襲，小隊被派往北卡羅萊納州一家醫院，撤離一名在此接受治療的非洲流亡獨裁者，卻發現醫院裡還有其他病人被遺棄。後方，莫莉在是否要滿足兒子傑裡米上伊拉克前線的請求之間掙扎；蒂菲與麥克決定再要一個孩子。
第6集：舊日情懷周2006年10月31日
小隊的妻子們籌辦“舊日情懷周”活動，為駐伊部隊及家屬募集善款。另一頭，小隊被派往非洲追查一批走私鑽石的流向，鮑勃在此過程中發現了行動組一個深藏多年的秘密。金髮現了一封1944年陣亡士兵未能寄出的情書，她設法通過這名士兵的戰友找到其遺孀，將信送達。
第7集：帳外活動2006年11月7日
喬納斯與鮑勃利用私人時間，為老朋友羅恩·奇爾斯辦一件私事——將其女兒從一個企圖逃離美國的宗教組織中救出，事情卻變得異常複雜。後方，蒂菲目睹夏洛特·瑞安駕車發生事故並在其車內發現藥片，出於愧疚替她向警方頂罪，由此陷入遠比預想更嚴重的麻煩之中。
第8集：物競天擇2006年11月14日
鮑勃與翻譯員在俄羅斯偏遠地區遭遇直升機墜毀後倖存。在極端惡劣的環境中，沒有任何裝備可用，鮑勃為救翻譯員拼死掙扎，並不斷閃回當初通過選拔進入行動組的種種考驗。
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第9集：例外報告2006年11月21日
小隊奉命暗殺一名威脅美國石油供應的南美高階官員。行動期間，一名參議員向媒體洩露機密情報，致使小隊身陷險境。湯姆·瑞安上校前往華盛頓，在國會簡報會上為行動組的任務進行辯護。
第10集：誘餌2006年11月28日
喬納斯在喬治亞共和國被俘，他主動充當籌碼，要求美方釋放一名在押的高階叛軍首領。瑞安上校在華盛頓尋求合作的努力宣告失敗，隨即命令小隊自行展開換囚行動。後方，蒂菲面臨一場幾乎必敗的法庭審判；夏洛特·瑞安仍拒絕站出來說出真相，但以其他方式提供了幫助。
第11集：銀星勳章2006年12月12日
喬納斯的父親因在朝鮮戰爭中的英勇表現被授予銀星勳章，全家人為此慶祝。然而，喬納斯的侄子——一名年輕士兵——把戰鬥留下的創傷發洩在妻子身上，惹出麻煩。另一邊，麥克和鮑勃接到緊急求助：一架飛機的駕駛員神秘死亡，他們必須幫助唯一會開飛機的乘客安全降落。
第12集：掃帚間2007年1月16日
喬納斯被總統親自召見：在率隊前往亞洲為一位參議員執行安保任務的同時，他還必須秘密介入總統的一項秘密外交，阻止這位參議員亂搞外交政策。後方，妻子們幫助傑里米為克里斯托準備一個驚喜。
第13集：潛意識2007年2月6日
鮑勃首次擔任任務督導，但金把關乎任務的夢境告訴了朋友，導致行動面臨暴露的風險。另一邊，喬納斯遭遇一位不合作的船長，必須想方設法完成科學家的營救任務。
第14集：約翰尼·B·古德2007年2月6日
一次伊朗行動中一切都出了差錯。面對聯合國調查的壓力，少將以閃回的方式對這次任務進行復盤審查。種種壓力之下，每個人所受的影響各不相同。
第15集：碧波萬頃2007年2月13日
喬納斯及隊友在聯合國大樓執行護衛任務，期間接連發生多起危機。另一邊，莫莉與蒂菲四處尋找一名失蹤計程車兵。
第16集：偶然遊戲2007年2月20日
特種部隊版的“奧運會”開賽，喬納斯率隊與各國特種作戰單位同場競技，卻無意中撞見一個真正的威脅。後方，金飛往猶他州出差，與舊情人重逢，陷入感情漩渦。
第17集：月暗無光2007年2月27日
行動組在巴基斯坦瓦濟里斯坦地區押解三名恐怖嫌犯，途中與當地部隊爆發衝突，被迫在一處美軍前沿支援基地暫避。基地指揮官威信全無，一名狂妄自大的中士不僅威脅到任務本身，更將所有人的性命置於險境——喬納斯被迫接管聯合指揮權，準備迎擊來犯之敵。
第18集：兩枚硬幣2007年3月20日
小隊前往以色列學習應對自殺式炸彈威脅的新戰術。查爾斯對一名以色列女兵產生好感，兩人單獨外出時陷入危險境地。後方，蒂菲意外獲得一批二戰紀念物，由此陷入一場良心危機，在道義與誘惑之間苦苦掙扎。
第19集：局外人2007年4月3日
鮑勃與赫克托奉命前往巴布亞紐幾內亞，回收一架被擊落的美軍飛機黑匣子。殘骸墜落在部落聖地上，他們必須通過參與部落儀式來獲得首肯。後方，克里斯托為報復麥克的拒絕，向記者洩露訊息，令整個小隊及國家安全面臨威脅。
第20集：代行親職2007年4月10日
維吉尼亞州一所知名學校發生劫持事件，行動組協助特警隊處置危機，必須在不傷及學生的情況下解救人質。後方，蒂菲過去的婚外情開始波及到女兒莉茜。
第21集：同床異夢2007年4月24日
鮑勃在戰場上被迫做出艱難抉擇。麥克認定蒂菲有外遇，家庭戰線陷入動盪，最終做出了一個改變命運的決定。
第22集：自由落體2007年5月1日
麥克、格雷和威廉姆斯在美國本土保護來訪的泰國王子一家，卻發現皇室內部充滿陰謀、誘惑與背叛，甚至涉及不忠與謀殺——他們能否保住王子，使其不喪命於自己家族之手？另一邊，不聽瑞安勸阻的喬納斯在久戰疲憊狀態下加入鮑勃的行動，從四萬英尺高空跳傘追擊一名恐怖分子頭目。然而，空中突發故障，喬納斯的首要任務瞬間變為全力保住鮑勃的性命。
第23集：失樂園2007年5月8日
小隊完成一次成功任務後歸來，卻發現自己的世界轟然崩塌——行動組被政府勒令解散，全體成員因過去的隱秘行動遭到調查，面臨軍事法庭的審判。瑞安上校被解除指揮權，將在恥辱中退役。莫莉和妻子們苦心經營多年的社群，眼看就要分崩離析、隨風而散。