天才黃金腦～神之謎 第一季 本篇
2011-10-02 首播 · 共25集
熱愛解謎的私立路學園高一學生大門凱特，在偶然機遇下挑戰了潛藏在學園近郊地下遺蹟中的“不可解之謎”——那是由神秘智囊集團POG所製造的、招致生命危險的“賢者謎題”。被真相激怒的凱特漂亮地攻克了賢者謎題，意外地從中獲得了“解答者”的資格。於是凱特與青梅竹馬的野乃葉以及其他擁有解答者身份的同伴們一起，以存在於世界各地的“賢者謎題”為舞台，與POG展開解謎對決。
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《天才黃金腦～神之謎》第一季 本篇 分集劇情共 25 集
第1集：迷宮的隱藏契約2011年10月2日
路學園高中部一年級生大門凱特，收到神秘出題者米諾陶洛斯的“賢者謎題”邀請函。那是解錯可能喪命的危險謎題。無法坐視不理的凱特與野乃葉一同挑戰沉睡在遺蹟地下的巨大迷宮。
第2集：第賢者的報酬2011年10月9日
擁有“伽利略”稱號的逆之上伽蒙出現在凱特面前。以“我的頭腦是用來賺錢的”為信念的伽蒙，將凱特視為眼中釘，時時挑釁。凱特收到新的賢者謎題邀請，得知此事的伽蒙……
第3集：天才少年的憂鬱2011年10月16日
擁有“愛迪生”稱號的天才中學生立方·G對凱特的才能產生興趣，邀請他進行有益人類的共同研究。但只對謎題感興趣的凱特充耳不聞。立方給他戴上了自己發明的“避謎護身符”。
第4集：密室的少女2011年10月23日
應總司委託，凱特與擁有“達·芬奇”稱號的安娜·格拉姆一起在風景畫家家中解開賢者謎題。凱特不願將他人捲入危險，卻被我行我素的安娜牽著走。擔心凱特和安娜單獨行動的野乃葉……
第5集：來自惡夢的邀請函2011年10月30日
在畢曉普帶領下前往POG研究設施的凱特們。POG日本總負責人希望與凱特會面，但在設施中等待他們的卻是三個謎題。解開後總負責人在前方等待，但出現的都是對自己意義深遠的謎題，凱特感到違和。
第6集：朝向光芒的復活2011年11月6日
凱特因俄耳甫斯腕輪的力量而情感失控，無法解謎。此時新的出題者“鬼之手姬”發來邀請，但凱特連簡單的暗號也解不開而動搖。野乃葉鼓勵他說“難受的話放棄謎題也沒關係”。
第7集：野乃葉的稱號2011年11月13日
野乃葉看到路幼兒園的搭野老師偷偷給凱特遞信。立方和安娜起鬨“是情書吧”，凱特沒有否認。想知道信上內容的野乃葉覺得“這不像自己”，於是質問凱特。
第8集：第螃蟹！溫泉！猜謎王2011年11月20日
受謎題王·天才奧寺邀請，凱特們來到即將重新開業的度假酒店“謎題度假酒店”。據說該酒店以經理祖父留下的賢者謎題為賣點。凱特與經理天才一同挑戰庭園中的謎題。
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第9集：落下的蘋果與道路的延續2011年11月27日
學園祭開始了。野乃葉忙於社團攤位，安娜開個展，立方搞發明發表會，凱特和伽蒙參加“路先生選拔賽”。遠離喧囂的學園森林深處有一頂帳篷——那是POG出題者赫爾伯特設下的賢者謎題。
第10集：歡迎前來女王之國2011年12月4日
擁有“安托瓦內特”稱號的偶像姬川艾蕾娜向凱特發起挑戰。艾蕾娜奉赫爾伯特之命要連同夥伴一起排除凱特。她將伽蒙和野乃葉捲入，設下考驗信賴的謎題。
第11集：女王大人的逆襲2011年12月11日
凱特們受邀出演姬川艾蕾娜主演的特攝劇。但將謎題視為工具的艾蕾娜與凱特意見不合，再次進行謎題對決。凱特們協力解開艾蕾娜的謎題，但其中隱藏著赫爾伯特的陷阱。
第12集：再一次的解謎時間2011年12月18日
與闊別九年的好友路克重逢的凱特，短期留學到英國名校克羅斯菲爾德學院。兩人漫步於回憶之地，來到了曾遇見青年X的地下迷宮。那裡有一扇以前沒有的謎之門。
第13集：決別之塔2011年12月25日
凱特在陷阱逼迫下不斷攀登愚者之塔。途中發現消失的路克倒在地上。路克說要逃出塔就必須捨棄自己向塔頂前進，但凱特卻……
第14集：友情的資格2012年1月8日
立方收到暗號，那是來自POG的訊息。立方對路克燃起鬥志——要證明誰才配與凱特同行，於是前往廢墟軍事設施。在那裡等待的是POG幹部馮加，他出的運算謎題本是立方擅長的領域……
第15集：藍色太陽、深紅色月亮2012年1月15日
得知立方被POG襲擊的凱特前往克羅斯菲爾德學院的研究設施尋找路克線索。安娜被神秘聲音引導，來到凱特與路克的回憶之地巨石陣，那裡有POG幹部梅茲在等待。
第16集：斷罪的迷宮2012年1月22日
為躲避POG追捕來到義大利的凱特們。立方和凱特無精打采，伽蒙、野乃葉、安娜乘貢多拉遊覽威尼斯。總司隻身前往路克處，以國際象棋對局試探他的意圖。
第17集：真實2012年1月29日
為解開種種謎團，凱特去見巴隆。但巴隆在凱特們赴英期間失蹤了。此時凱特的手機上收到某人發來的新影像——那是當年凱特父母喪命的石舞台謎題所在地。
第18集：朝向光芒的背叛2012年2月5日
知曉凱特沉重過去的同伴們不再現身，天才露台一片寂靜。擔心的野乃葉去找立方和安娜，但兩人都想與凱特保持距離。野乃葉說服伽蒙時，被叫來的凱特出現，伽蒙向他發出重大通告。
第19集：背叛的證明2012年2月12日
野乃葉去凱特家時美晴出現，她在找未歸的伽蒙。攻入POG的伽蒙向馮加、梅茲、骰子男三幹部展現了華麗的出題者身手。畢曉普為驗證伽蒙是否真有出題者資質，以摩托競速謎題與其對戰。
第20集：加速中的挑戰者2012年2月19日
伽蒙和凱特在立體謎題中對戰。凱特確信勝利的瞬間，前所未有的感覺襲來——廢墟、兜帽男子、倒下的伽蒙和立方……看到這不祥幻象的凱特劇烈動搖。
第21集：閃光之淚2012年2月26日
立方突然把凱特叫到實驗室，警告他正在發生的現象非常危險。凱特不聽勸告繼續解謎，此時POG幹部馮加出現，邀請他挑戰新的愚者謎題。留下的立方和總司……
第22集：繼承大志之人2012年3月4日
立方和總司突破POG總部的安保，試圖訪問機密情報。巴隆找到被囚禁的真方仁。面對伽蒙的追問，巴隆開始講述俄耳甫斯腕輪和神之謎題的秘密——那是真方仁與巴隆對抗畢達哥拉斯伯爵野心的故事。
第23集：剩下的選項2012年3月11日
因知曉兜帽男子真面目而混亂的凱特來到第二美術室，看到安娜的畫理解了她的心意。當晚艾蕾娜來訪，遞上伽蒙的謎題邀請函……凱特與伽蒙在以巨柱為目標的對戰謎題中，凱特找到了決定勝負的一手，但那卻是奪走伽蒙性命的一手。
第24集：永遠的存在2012年3月18日
“真想回到那一天”——凱特雖懷疑路克的提議，仍前往約定的地點。等待他的是昔日那個溫柔目光的路克。為什麼這個路克會帶來毀滅？找不到答案的兩人獨處時光流逝……
第25集：解謎時間的開始！2012年4月1日
決戰之地俄耳甫斯島上，凱特挑戰以太陽系為模型的巨大拼圖謎題。此謎題一旦解開就會崩壞，中心的路克將如願死去。凱特決心解開謎題並拯救路克。凱特給出的答案是……!?