分集 共26集
《忍者龜》第 2 季 分集劇情共 26 集
第1集：突變危機2013年10月12日
李奧納多、拉斐爾、米開朗琪羅和多納泰羅正在回憶之前打敗過的所有壞蛋，米開朗基羅堅持他們打倒過一個叫鄉村芝士惡魔的壞蛋，拯救了世界免於淹沒在臭臭的芝士裡。拉斐爾說不過他，只好隨他去。大夥商量著去奧尼爾開派對慶祝，但是奧尼爾卻沒法邀請忍者神龜們進屋，奧尼爾的爸爸瘋狂迷上了綁架外星人，這讓她很苦惱。
第2集：跟隨領導者2013年10月19日
忍者神龜們正在四處尋找突變劑，多納泰羅的粘液掃描器突然有了反應，他相信突變劑肯定就在附近。終於，他們在房頂找到了一罐突變劑，但是還有剩下的六十三罐突變劑散落在各處，忍者神龜們必須儘快找到，以免傷及無辜。時間已經過了好幾天，忍者神龜們還是沒有找齊突變劑，他們要怎麼辦呢？
第3集：突變鬆鼠入侵2013年11月2日
多納泰羅的粘液掃描器掃描到了很多訊號，他指揮著李奧納多開車，結果車子行駛路線變得歪七扭八。突然多納泰羅發現了一個很強的訊號，他們趕緊停車追蹤。多納泰羅帶上粘液鏡片追蹤器尋找突變劑的痕跡，在地上發現了一串腳印，那一定跟突變劑有關。大家隨著腳印尋找，結果發現了一罐只剩一半的突變劑。
第4集：突變劑人作亂2013年11月9日
米開朗琪羅正在看《超力金剛機器人》的錄影帶，他是在一個垃圾堆裡發現的。垃圾堆裡丟棄的錄影帶不止那一卷，還有其他好多卷，米開朗琪羅把它們全帶回了家。多納泰羅很不屑看這種錄影節目，但是李奧納多、拉斐爾跟米開朗琪羅卻看的津津有味。多納泰羅回到實驗室裡，他要努力研製出反突變劑，好解除大家的危機。
第5集：米開朗基羅的青春痘噩夢2013年11月16日
忍者神龜們正在家裡做早餐，他們用武力製作早飯，卻把廚房弄的一團糟。多納泰羅、李奧納多和拉斐爾知道自己沒有做飯的天賦，他們決定把米開朗琪羅叫醒給他們弄早飯吃。米開朗琪羅睡得迷迷糊糊，昏昏沉沉的起床後發現自己的臉蛋起了大變化。他昨晚睡覺前吃了好多東西，結果起床後發現長了滿腦袋的青春痘。
第6集：目標艾普奧尼爾2013年11月23日
奧尼爾成了壞蛋們的目標，她在回家的路上總覺得自己被跟蹤了。其實那是多納泰羅在跟著奧尼爾，他只是想確認奧尼爾的安全。可是奧尼爾卻不這麼想，她的煩心事很多，作業、國際象棋俱樂部，還有爸爸變成了殺人突變蝙蝠的事。奧尼爾把一肚子的怨氣都撒在多納泰羅身上，多納泰羅非常的委屈，他也無能為力。
第7集：猛煞出閘2013年11月30日
米開朗琪羅正在玩遊戲，拉斐爾怒氣衝衝的跑了進來。米開朗琪羅不小心把披薩醬汁弄到了拉斐爾珍藏的雜誌上，但米開朗琪羅卻覺得這不算什麼大事，李奧納多也幫著米開朗琪羅說話。拉斐爾覺得米開朗琪羅的態度太隨便，而李奧納多又不向著自己。生氣的拉斐爾大吵大鬧的走掉了，卻打擾到了正在做實驗的多納泰羅。
第8集：特冷的陰謀2014年2月2日
忍者神龜們飛快的穿梭於高樓大廈之間，奧尼爾非常吃力的跟在他們後面。這種訓練對於忍者來說是小菜一碟，但是奧尼爾卻吃不消這種耗體力的訓練。奧尼爾想接受真正的任務，但是她才剛剛入門，還有很長的路要走。正當他們交談之際，遠處有人正在監視他們，還偷拍了照片。
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第9集：凱西瓊斯出動2014年2月9日
凱西瓊斯是一位熱血青年，他看不下去自己的城市被突變怪物和忍者佔領，決定自己出面擺平這一切。他用各種體育器材武裝了自己，決定跟這些人一決高下。斯普林特老師正在教導忍者神龜們團隊合作的道理，他讓四位忍者自由競賽，最後留下的那個就是勝者。大家都在奮戰，最後獲勝的會是誰？
第10集：恐懼黴菌2014年2月16日
奧尼爾很開心自己有了位同伴，她一直苦於不能向別人傾訴自己的煩惱，如今有了凱西，她覺的自己輕鬆了很多。凱西還是覺得忍者神龜的存在很不可思議，但是他還是接受了他們。這天，奧尼爾和凱西悄悄前往忍者們的住處，在下水道里他們遇見了一位驚慌失措的水管工，他尖叫著逃走了。下水道里究竟發生了什麼事？
第11集：金屬頭重啟動2014年2月23日
多納泰羅把機器人金屬頭升級了一下，他把金屬頭的人工智慧升級了，現在金屬頭就可以作為非常棒的練功工具了。大夥聽聞都躍躍欲試，經過一番測試之後，金屬頭果然沒有令人失望，它的戰鬥值比四位忍者還要高。米開朗琪羅被金屬頭的飛行拳頭揍的滿屋子飛，直到斯普林特老師出面他才得救。
第12集：人鼠之間2014年3月2日
奧尼爾和凱西還有艾爾瑪在路上發現了一隻流浪貓，奧尼爾和凱西決定去給這隻小貓找個家。艾爾瑪一心想要找出奧尼爾和凱西的秘密卻一無所獲，她正準備回家的時候，一個巨大的黑影出現襲擊了她。斯普林特老師正在訓練忍者神龜們，他矇住自己雙眼讓忍者們攻擊自己，忍者們能成功攻擊斯普林特老師嗎？
第13集：重振大地 上2014年3月14日
施萊德的女兒莘擅自行動，準備突襲忍者神龜們。忍者神龜在行進的時候感覺到異樣，他們突然就遭到了莘手下們的攻擊。忍者神龜們奮力反擊，李奧納多努力想告訴莘關於她父親的事情。其實施萊德並不是她的親生父親，莘的父親另有其人。莘聽不進去李奧納多的話，他們越打越激烈，突然樓房開始晃動，一顆煙囪倒下來砸到了李奧納多。
第14集：重振大地 下2014年3月14日
施萊德回來了，還帶回來一個得力手下虎爪。虎爪把忍者神龜們一一抓獲，但是沒有傷害他們，因為施萊德下令要留他們活口，他要親手終結忍者神龜們。虎爪和莘決定先對付斯普林特師父，斯普林特師父在危急關頭切斷了捆綁忍者神龜們的繩子，用自己換取了徒弟們的安全。
第15集：突變迷宮2014年4月27日
忍者神龜們正在玩遊戲突變迷宮，斯普林特師父走過來詢問他們在幹嘛。師父質問他們為什麼不去尋找突變劑，忍者神龜們找藉口想休息一天。大家不理會師父的質問，斯普林特師父總覺得事情沒有這麼簡單。在某個陰暗角落，忍者神龜們的一舉一動已經被壞人監視，這個壞人到底是誰？
第16集：寂寞的突變人史塔曼2014年5月4日
施萊德計劃製造一支突變人大軍，但是實驗結果卻不是很理想。巴克斯特博士製造的試驗品都是徒有外表，沒有什麼實質用處。施萊德覺得巴克斯特博士不再有利用價值，他用突變劑把巴克斯特博士變成了蒼蠅。另一方面，多納泰羅正在實驗室裡研究製造反突變劑，他的實驗似乎取得了重大進展。
第17集：化敵為友2014年5月11日
拉斐爾和凱西聯手追緝搶走布的犯人，途中拉斐爾發現了異樣。犯人在某個陰暗小巷裡被襲擊，被奪走的布也不知去向。拉斐爾對這個襲擊了犯人的神秘人很警戒，因為能造成這麼大的破壞必須要有非常強大的攻擊力，如果這個神秘人是跟忍者神龜對著幹的，那將對忍者神龜們造成非常大的威脅。
第18集：虎爪之怒2014年5月18日
莘從李奧納多那裡得知，斯普林特老師才是她真正的父親。施萊德看出了莘的反常，他認為莘有心事瞞著他。莘想知道事情的真相，她向施萊德詢問自己母親的事情，施萊德迫不得已只能告訴她事實。正當施萊德準備繼續說的時候，虎爪推開大門闖了進來。莘以為他被外星巨蟲吃掉了，可虎爪卻不願意就這麼死去。
第19集：披薩臉2014年6月8日
艾爾瑪約奧尼爾出來看電影，奧尼爾著急要趕去忍者神龜那裡，她打算編個理由說要跟凱西約會，好藉此開溜。但是艾爾瑪卻不是那麼好騙的人，她更加懷疑奧尼爾的那些“秘密朋友”了。正當艾爾瑪準根究底不放過奧尼爾的時候，一個騎著摩托的男生衝過來撞倒了艾爾瑪，嘴裡大叫著他被人攻擊了。
第20集：黑甲頭盔的傳奇2014年6月15日
亞歷山大大帝的胸甲，命運之矛，斷鋼劍，這都是世界上最偉大的收藏品。不過史德瑞克還是少了一樣收藏，那就是施萊德的黑甲頭盔。史德瑞克命令澤克去偷來黑甲頭盔，它在施萊德的巢穴裡收嚴密保護。如果澤克能順利把黑甲頭盔偷回來，那他射瞎史德瑞克眼睛的事情就可以不用再追究。
第21集：計劃102014年6月22日
克朗計劃把人類的大腦全部替換成克朗的大腦，這樣就能把地球變成克朗星球。他們正在進行最後的實驗，用克朗精神交換機把抓來的人類當作實驗品，替換成鴿子的大腦。這一切都被忍者神龜們看在眼裡，實驗馬上就要進行，忍者神龜們出動準備救出人質，可是卻晚了一步，那個可憐的人質的大腦已經被替換成了鴿子的大腦。
第22集：新的復仇2014年6月29日
莘被施萊德下令關在了地牢裡，莘趁著看守不注意準備逃離這個鬼地方。正當她要突破最後一道關卡的時候，虎爪現身把莘制服在地。虎爪原打算痛下殺手，施萊德現身制止了他。施萊德不忍心看到莘受傷害，但他還是一心希望能替家族報仇。莘已經知道了事情的真相，她再也不想把施萊德當做自己的父親。
第23集：中國城幽靈傳說2014年9月12日
奧尼爾在樓頂尋找莘的蹤影，凱西和多納泰羅在一旁不停的拌嘴。兩人在爭吵的過程中，多納泰羅發現了紫龍幫的人正在闖入博物館，他們立刻前往博物館抓捕這群傢伙。兩幫人在博物館裡展開了激烈的戰鬥，但是卻讓紫龍幫的人逃掉了。紫龍幫的人逃走時還偷了一把古老的刀，那把刀似乎隱藏著什麼秘密。
第24集：勇闖X次元2014年9月19日
克朗已經研究出來改良突變劑，刺霸得知後想盡快通知忍者神龜們。不料他的行蹤已經被克朗發現，在一番奮力抵抗後，刺霸還是沒能抵過克朗們的攻擊，他被電擊昏了過去。多納泰羅正在研究新的攻擊武器，他的研究遇到了瓶頸。煩惱的他不小心把器材掉到了地上，結果陰差陽錯的連線到了X次元。
第25集：入侵 上2014年9月26日
施萊德正在回憶與莘的過去，虎爪進來通知他說時間已到。克朗至尊要求施萊德現在就作出決定，跟他們合作還是與之為敵。克朗至尊答應施萊德，幫他抓住忍者神龜們和斯普特林，把莘恢復原來的模樣；但是與之相對的，施萊德必須付出相應的代價。施萊德必須要幫克朗至尊征服紐約，之後就是全世界。
第26集：入侵 下2014年9月26日
克朗至尊在施萊德的幫助下在紐約大肆破壞，把無辜的人們都變成了怪物。奧尼爾最好的朋友居然是克朗，這讓她無比震驚。多納泰羅和米開朗琪羅躲在奧尼爾家裡，他們看過新聞後更加覺得事態嚴重。奧尼爾認為這都是她的錯，她必須負起這個責任來。李奧納多和拉斐爾還有凱西還在街上躲避追殺，忍者神龜們要如何做才能讓紐約恢復以往的樣貌呢？