機動戰士鋼彈SEED 機動戰士高達SEED 第 1 季
2002-10-05 首播 · 共50集
在人工衛星生活的新人類“COORDINATOR”，在認知世間開始了數十年後…C.E.70.02.11…地球聯合與Z.A.F.T.因為經濟的摩檫而引起對立，正處於膠著狀態，兩者試圖循外交手段來解決糾紛，但種種問題把兩方塞在岔道中，最後終於宣佈開戰。兩派的戰與和在所謂的“血染情人節”事件後變成了徹底的戰爭，情人節期間，人類利用核彈攻擊了新人類的衛星，造成大量傷亡。兩方勢力的全面開戰直接導致了一些事件的發生，比如將第三方中立勢力拖入戰鬥，也把一些少年捲入戰爭的旋渦。基拉·大和是一名的工業大學學生，曾與新人類勢力的最高權利人士薩拉議長的兒子阿斯蘭是非常要好的朋友，阿斯蘭回國後，基拉過著平靜的日子。一直到有一天與一幫朋友去學校，卻碰到ZAFT軍來這裡搶奪高達，基拉便因此得以進入高達內部開始駕駛高達，並與自己兒時的好朋友阿斯蘭作戰。
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《機動戰士鋼彈SEED》機動戰士高達SEED 第 1 季 分集劇情共 50 集
第1集：虛假的和平2002年10月5日
札夫特軍和聯合軍開戰至今，已過了11個月。 中立國奧布的資源衛星赫利奧波利斯，懸浮在L5區。基拉・大和是在該地的工業學院就讀的學生，他與平常一樣出席研討會時，在那裡碰上了入侵太空殖民地，欲奪取高達的札夫特軍。 配件所發生爆炸，太空殖民地內部也被MS基恩入侵，整個赫利奧波利斯陷入一片混亂。札夫特軍不僅突襲成功，就連聯合軍秘密地製作的五架機動戰士高達，也有三架落入他們手中。 找尋避難所的基拉，為了追逐一名未能及時逃脫的少女，在工廠區域內迷了路，並無意中在那裡看到倖存的兩架高達。同行的少女看到它們後，不知為何驚聲尖叫。基拉設法讓那少女找到了地方避難，自己卻無處可躲。 在現場的聯合軍官瑪硫・拉米亞斯，原想指引他到倖存的MS強襲高達中，但卻遭到札夫特士兵襲擊！而那個人，正是基拉的兒時好友阿斯蘭・薩拉。
第2集：其名高達2002年10月12日
熊熊大火中，阿斯蘭奪走剩下的MS神盾高達後逃走。這時基拉和瑪硫已坐上強襲高達，勉強從崩坍的工廠中逃出。然而札夫特軍的MS基恩已經駐紮在外面，負傷加上根本不會駕駛的瑪硫無法操縱高達。在這千鈞一髮之際，基拉代替瑪硫操縱高達。他極速修改了高達的OS，解放強襲高達的潛能，以壓倒性的力量擊敗基恩。雖然基拉和朋友逃過一劫，卻因知悉軍方機密，而被瑪硫拘留。儘管他們曾嘗試反抗，但最終被迫服從。 與此同時，由於基恩被破壞，克魯澤也開始採取行動，察覺到這事的穆，也前往赫利奧波利斯，兩機在戰場相遇交戰，闖進了太空殖民地的內部。 另一方面，娜塔爾等人被困在爆炸後的礦山區中，他們聚集倖存的人啟動大天使號。太空殖民地傳出詭異的鳴動聲。期間，克魯澤操控的MS席古，與強襲高達展開激戰。被身經百戰的克魯澤耍得團團轉的基拉，雖然有穆的支援，也無法改變形勢。在這個節骨眼上，大天使號衝破巖壁，強勢登場！
第3集：崩壞的大地2002年10月19日
基拉等人遭克魯澤操縱的MS席古襲擊，大天使號在這個時候出現在他們面前。戰況正酣之際，本來想狙擊克魯澤的強襲高達，意外射穿了太空殖民地，所有人都被這種威力嚇呆了。克魯澤眼看形勢不妙，暫時撤退。 基拉等人登上了大天使號，士兵們驚奇地發現這個孩子竟能操縱高達。穆則看出基拉是調整者。 另一方面，回到戰艦中的克魯澤，由於感到高達效能所帶來的威脅，決定再次出擊。沒有獲准出擊的阿斯蘭，私下乘坐神盾高達，前往基拉的所在地。 被基拉修改了OS的高達，只有他一個人能操縱。雖然他拒絕再次駕駛高達，但由於敵人的接近，他已無路可退。 戰鬥再次展開，太空殖民地所受的破壞也愈來愈大。基拉擊落了米歇爾駕駛的吉恩，再次與駕駛著神盾高達的阿斯蘭相遇。雙方的敵對立場，讓兩名少年都感到很迷惘。 另一方面，他們四周的戰鬥更加白熱化，赫利奧波利斯受了致命傷，開始崩潰。
第4集：靜默的狂奔2002年10月26日
基拉帶著救生艇從崩潰的赫利奧波利斯宙域逃脫，一同返回了大天使號。大天使號選擇前往友軍的軍事衛星阿爾狄彌斯。克魯澤雖然追丟了大天使號，卻推測出了大天使的行動，並謀劃了封住大天使號道路的作戰。 基拉回到戰艦後，和托爾等人一同留在難民居住區。穆叫他去維修高達，他卻反駁說自己不是駕駛員。 另一方面，阿斯蘭被克魯澤質問有關上次出擊的事，他說自己想說服故友基拉，併發誓若不成功，會親手解決他。 戰況就如克魯澤料算的一樣，大天使號遭前後夾擊。在一片戰鬥部署的聲響中，托爾等人體諒到基拉的苦衷，決定自願承擔戰艦的工作。獨自苦惱著的基拉，被穆的話語和朋友的行動所打動，決定再次駕駛高達。 大天使號啟動引擎的同時用特裝炮展開炮擊。敵艦彷彿收到訊號一樣，隨即派出MS隊。 基拉在彈射器上高呼：「基拉・大和，高達出擊！」
第5集：相轉移裝甲失效2002年11月2日
出現在強襲高達面前的，是四架被搶奪的高達。札夫特軍把奪取的高達全部投入了戰場！基拉和阿斯蘭再次在戰場上相遇，決鬥高達也闖入二人之間，就連暴風高達和迅雷高達都加入戰團，戰況一片混亂。 另一方面，穆駕駛著梅比烏斯零式先行出擊，突襲梅薩琉斯號戰艦。遭突襲的梅薩琉斯號被迫逃離戰場，然而處於上風的伊扎克和提亞哥，漠視撤退命今，繼續攻擊基拉。尚未習慣作戰的強襲高達耗盡了能源，導致相轉移裝甲消失，陷於九死一生的危機中！ 就在這時，以MA形態出現的神盾高達，將基拉抓住。阿斯蘭打算把基拉帶去札夫特軍，基拉動彈不得，無從反抗。此時穆闖入並支援基拉，替他更換能源盒，才讓他好不容易地擊退伊扎克等人。 大天使號終於脫離險境，安全抵達地球聯合軍的要塞阿爾狄彌斯，然而又一場危機卻在那裡等待著他們……。
第6集：消失的高達2002年11月9日
大天使號好不容易才擺脫札夫特軍的追擊，逃進軍事要塞「阿爾狄彌斯」，然而，原本的盟友方士兵們卻舉槍恭候，大天使號的成員被要塞司令賈西亞軟禁。 雖然同為地球軍，但瑪硫等人所屬的是「大西洋聯邦」，而阿爾提密斯則是「歐亞聯邦」的要塞，兩者不算是同路人。賈西亞打算搶走大天使號和高達，作為返回歐亞本土的交換條件。他用基拉的朋友要挾基拉，要他為高達解鎖。 與此同時，在遠處包圍阿爾狄彌斯的卡莫夫號戰艦採取了行動。阿爾狄彌斯擁有一種名為「全方位光波防禦帶」的特殊防禦兵器，能夠完全反制敵人的攻擊。 然而，迅雷高達的「幻象粒子」（即將機體隱形）模式，卻能夠攻破這種兵器。阿爾提密斯受到突如其來的攻擊。由於士兵們一直對光波防禦帶充滿信心，所以紀律散煥，被意料之外的情況弄的措手不及。基拉乘這空檔突圍而出，返回強襲高達，迎擊闖進來的迅雷高達！此外，決鬥高達和暴風高達也在外圍向阿爾狄彌斯展開攻擊。強襲高達與迅雷高達的戰鬥也因塞破壞而終止。基拉與脫身的大天使號，一起離開了完全崩壞的無敵要塞。
第7集：宇宙的傷痕2002年11月16日
雖然大天使號利用札夫特的攻擊，成功逃離阿爾狄彌斯要塞，但艦上嚴重缺乏物資，瀰漫著的不安情緒也愈來愈濃重。穆心生一計，建議前往廢棄區域，在被遺棄的艦艇上尋找物資。在「血腥情人節」中遭破壞的尤尼烏斯7也在該處。克魯澤返回PLANT，並出席最高評議會的研訊會，說明「赫利奧波利斯崩潰」的經過。他在那裡與暗中有聯絡的PLANT國防委員長派屈克・薩拉，將會場的氣氛誘導至傾向消滅自然人的方向。 另一方面，托爾等人繼續在尤尼烏斯-7的殘骸中搬運物資。漂浮中的大陸殘骸，生動地呈現出戰爭的現實。負責巡邏的基拉，遇上偵察型基恩，搬運的地方就在它的偵察路線上！基拉的希望落空，吉恩發現了托爾等人。 強襲高達擊敗了吉恩，基拉第一次體會到親手奪走別人性命的那份沉重。他在那裡發現了救生艇，以及裡面的拉克絲•克萊因。這次命中註定的邂逅和哈羅一起翩然而至。
第8集：敵軍的歌姬2002年11月23日
廢棄區域中救出的救生艇內，有一名少女，以及一個小小的機器人。少女是拉克絲•克萊因，機器人是哈羅。她是PLANT最高評議會議長西蓋爾・克萊因的女兒，為了出席「血腥情人節」悲劇發生一週年的追悼儀式，以慰問團團長的身份來到這裡。天真爛漫的她為氣氛緊張的大天使號，帶來了奇妙的安心感。惟獨天生討厭調整者的芙蕾・阿斯達，拒絕接受她。 與此同時，在梅薩琉斯號維修期間先回家的阿斯蘭受到召集，奉命搜尋未婚妻拉克絲•克萊因的下落。阿斯蘭承擔了把她救出來，以英雄身份返回PLANT的義務。 另一方面，大天使號在就如何處置拉克絲而出現爭執的時候，收到期待已久的第8艦隊先遣部隊發出的救援訊號。這個好訊息讓艦上的陰霾一掃而空，然而，札夫特軍的梅薩琉斯號，也正逐步逼近救援艦隊……。
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第9集：逐漸消失的光2002年11月30日
期待已久的救援來臨，大天使號終於可以放鬆神經了。和艦艇會合的是第八艦隊的蒙哥馬利號、伯納德號和羅爾號三艘艦隻。芙蕾的父親、地球軍外務次官喬治・阿斯達，也在蒙哥馬利號上。艦隊遭到札夫特軍襲擊，臨危受命的大天使號馬上前往支援，見到的卻是瞬間擊沉伯納德號和羅爾號的神盾高達。基拉駕駛強襲高達出擊，卻被阿斯蘭擋住去路，兩雄互不相讓。札夫特軍艦梅薩琉斯號逼近蒙哥馬利號，父親危在旦夕！ 芙蕾目睹這個情況，將被軟禁的PLANT評議會議長女兒拉克絲•克萊因拉到艦橋上，打算用她的生命來確保蒙哥馬利號的安全。可惜她的希望落空，蒙哥馬利號在芙蕾眼前，被梅薩琉斯號的炮火擊沉。芙蕾的提亞哥慘叫聲響徹雲霄！娜塔爾心意已決，以拉克絲為人質，迫使梅薩琉斯號停止攻擊。
第10集：分開的道路2002年12月7日
雖然大天使號以拉克絲・克萊因作為人質，制止了札夫特軍戰艦梅薩琉斯號的攻擊，但看到救援艦隊在眼前遭敵軍全部消滅的景像，艦上的人們士氣大跌。特別是父親被殺的芙蕾，陷於半瘋狂狀態的她把憤怒發洩在基拉身上：「你也是調整者，所以才不願認真作戰吧！？」 基拉大受打擊，沉默不語，應被軟禁的札夫特軍歌姬拉克絲，來到他身後和他攀談。拉克絲認識基拉的摯友阿斯蘭，同時是他的未婚妻。基拉回想起昔日的好友，如今二人卻兵戎相見。她溫柔的低聲說道:「若你們二人能不用戰鬥就平息事件……那該多好。」 經過一番猶豫，基拉決定把拉克絲送回阿斯蘭身邊，並藉著朋友的協助，在未經批准的情況下啟動強襲高達。強襲高達和神盾高達、基拉和阿斯蘭第四次相遇。基拉把拉克絲交到阿斯蘭手中，在好友的呼喚中轉身離去，二人各自走上自己的命運，正式決裂。
第11集：覺醒的刀刃2002年12月14日
基拉按照約定返回艦上，瑪硫衡量利弊後，對於他擅自把拉克絲放回札夫特軍一事，決定不作追究。 托爾等人雖然被先遣部隊在眼前遭毀滅的景像所打擊，但很快就因無須再戰鬥而感到安心…除了芙蕾之外。雪上加霜的是，卡茲告訴芙蕾，他無意中聽到奪走芙蕾父親性命的神盾高達駕駛員，曾是基拉的好朋友。 然而芙蕾在基拉和朋友面前出現時，不知為何道了歉，意外的言語讓基拉感到不解。這個時候傳來警報，札夫特軍的三架高達，想在基拉等人與艦隊會合前，作出最後一擊！一名難民少女和芙蕾對基拉說：「請保護我們」，基拉聽到後，向戰場出發。 札夫特軍看穿了大天使號的戰鬥模式，攻擊極為猛烈，迅雷高達擺脫強襲高達和梅比烏斯零式，逼近大天使號，使它走投無路！這個時候，基拉體內出現異變，強襲高達一下子就擊退了決鬥高達。由於伊扎克受傷，其餘兩架高達也被迫撤退。
第12集：芙蕾的決擇2002年12月21日
大天使號終於成功地與地球軍第八艦隊合流。一片慌亂中，戀戀不捨的基拉努力整備著強襲高達，瑪硫前來感激他一直以來的幫忙。旗艦墨涅拉奧斯號的艦隊司令哈爾巴頓提督親自登上大天使號，他是「Ｇ」計畫的最大支持者。大天使號和他進行會議後，被告知要前往位於地球軍總部所在地阿拉斯加。會議期間也因對基拉的處置方式而出現糾紛，娜塔爾主張強行讓他繼續駕駛強襲高達，但卻被哈爾巴頓駁回。 為了方便行動而加入軍隊的塞等人，得到了娜塔爾發出退伍令，然而芙蕾卻要求加入軍隊，她表示是為了繼承亡父的遺志，終結戰爭。朋友們也受到她的感召，繼續留在軍隊。目送進入逃脫用艦船難民的基拉，拿到了朋友們遞過來的退伍令，並被告知他們都已成為了軍人。這時警報突然響起，原來克魯澤的艦隊在重整戰力後，發起了總決戰。基拉的腦海中，浮現出瑪硫，哈爾巴頓，還有難民少女的說話。他把退伍令丟棄，奔向強襲高達。
第13集：落在宇宙的隕星2002年12月28日
第8艦隊在地球軌道上與札夫特軍展開了壯烈的會戰。雖然地球軍在數量上佔有優勢，但在克魯澤隊的基恩和四架高達面前，地球軍節節敗退，不斷被擊落。 激戰之中，大天使號提出緊急降落地面。這不是要在敵人前面逃跑，而是要以身為敵軍目標的大天使號作誘餌，讓艦隊免於全滅的命運。基拉為了守護船艦，決心再度出擊。然而，一心復仇的伊扎克，駕駛裝上突擊護甲的決鬥高達，擋在基拉的面前。降落的倒數繼續進行，逼近突入臨界點時，札夫特軍艦卡莫夫發動自殺式攻擊，千鈞一髮之際，哈爾巴頓提督把墨涅拉奧斯號撞向卡莫夫號，在宇宙中灰飛煙滅。 然而趁雙方激戰啟航的難民們的救生艇，被怒火中燒的伊扎克擊中，基拉一路守護著的難民，竟都在他面前喪命……。雖然大天使號最後成功降落地球，但代價卻是第8艦隊的重大犧牲。
第14集：在無盡的時間裡2003年1月4日
在與第八艦隊決戰的前夜，拉烏在威薩利烏斯號自己的房間裡回顧了自赫利奧波利斯遇襲以來的所有事情，並且提到了喬治·格雷恩——第一個調整者。 喬治·格雷恩是在受精卵階段接受了人為遺傳因子操作而誕生的人，因此無論是智力還是身體，他都比一般人更加優秀，所取得的成就也令普通人望塵莫及。在乘坐自行設計的宇宙船執行木星探測任務的時候，喬治·格雷恩公佈了自己出生的秘密。隨著調整者的逐漸增多，其與自然人的衝突也愈演愈烈，喬治·格雷恩本人也死於自然人的暗殺。
第15集：各自的孤獨2003年1月11日
為了拯救和決鬥高達戰鬥的強襲高達，大天使號大幅偏離了原定軌道，降落在屬於札夫特軍勢力範圍中的非洲。 基拉雖然獲救，但傷勢嚴重發高燒暈倒了，芙蕾意外負起照顧基拉的責任。身為調整者的基拉，開始展現驚人的恢復速度。 然而，基拉看到芙蕾帶來的小摺紙，卻陷入了恐慌狀態。因為這是那名乘坐救生艇離開、卻在基拉眼前喪生的少女送給他的東西。芙蕾像慈母一般安慰狂亂的基拉，懷抱傷痛的二人因此拉近距離。然而，芙蕾心中卻打著別的主意，她心中一直默唸的是：基拉要戰鬥，再戰鬥，然後死亡。藏在她心底深處的，不是對基拉的傾慕之情，而是復仇的闇火。 另一方面，一支游擊隊發現了在沙漠降落的大天使號。其中一名隊員，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈……她是基拉在赫利奧波利斯的戰火中，曾有過一面之緣的少女。
第16集：燃燒的沙塵2003年1月18日
大天使號在北非的沙漠著陸，艦上的人還沒來得及喘口氣，就遭到札夫特軍的夜襲。率領精銳部隊來襲的猛將，是安德烈・巴爾菲魯特，又名「沙漠之虎」。 不想再有人死了！基拉無法抑制想戰鬥的心情，在黑暗中出擊。然而他不習慣沙漠戰，連姿勢也無法好好控制。這時以四腳行走的MS巴庫來襲，幸虧基拉身為調整者，戰鬥能力十分卓越。他配合沙漠的環境調整觸地壓力，迅速修改資料。巴爾菲魯特對這種速度驚訝不已。 沙漠之虎的旗艦雷塞布斯用主力炮進行炮轟，巴爾菲魯特也終於開始認真。就在這時，基拉等人收到神秘通訊。他們聽從指示，把巴庫引到沙模的地洞中，用奇襲將其一舉擊潰。拯救基拉的，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈率領的游擊隊「光明沙漠」，是一支對抗沙漠之虎的部隊。
第17集：再遇卡嘉莉2003年1月25日
憑藉反抗組織「光明沙漠」的協助，強襲高達幾經辛苦擊退了由巴爾菲魯特率領的巴庫部隊的強烈攻擊。與等待天明的大天使號會合的「光明沙漠」隊員中，基拉認出曾在赫利奧波利斯遇襲時，有過一面之緣的少女卡嘉莉•尤拉•阿斯哈，彼此都有些吃驚。 在反抗組織首領賽布帶領下到達秘密基地的瑪硫一行人，得知地球軍在非洲的據點「維多利亞基地」已經失守。如今大天使號只能橫越紅海，通過太平洋進入阿拉斯加。然而「沙漠之虎」巴爾菲魯特和地上航母雷塞布斯，卻駐守在這條航線上。 與此同時，巴爾菲魯特正準備對「光明沙漠」進行報復攻擊。夜幕再次低垂，大天使號上的人稍作休息。為了與雷塞布斯作戰，正在調整強襲高達的基拉，被捲入芙蕾與塞的爭執中。芙蕾公開了自己與基拉的關係非比尋常，被惹惱的塞向基拉求證。一直壓抑著感情的基拉，終於忍不住爆發。這個時候，夜空染成了火紅色，反抗軍的家人居住地塔修魯，正在燃燒。
第18集：代價2003年2月1日
巴爾菲魯特的「沙漠之虎」，襲擊了抵抗組織居住的村莊塔修魯。巴庫發射的導彈把村莊變成了一片火海。幸好他們預先發出攻擊警告，沒人傷亡，只有村莊被焚燬。 另一方面，前往救援塔修魯的穆和反抗組織成員，看到敵人撤退後留下一片灰燼，憤怒異常。「用這種程度的報復來了事，算是他們的仁慈嗎？」穆的話語，讓反抗部隊成員義憤填膺。 結果，數名一心想復仇的反抗軍，魯莽地駕駛越野車追擊，然而完全不是MS巴庫的對手。在反抗部隊被打得人仰馬翻之際，強襲高達前來營救。基拉在戰鬥中改寫熱對流的引數，迎擊巴庫。收集了強襲高達實戰資料的巴庫部隊，眼見形勢不利，自行退卻。 然而，卡嘉莉在這一仗中失去了戰友亞夫門德，崩潰痛哭，更因為基拉說這種戰爭一點意義都沒有，而向其大發雷霆。 不過下一秒，基拉扇了卡嘉莉一耳光，大聲喊出「只會感情用事，又能保護什麼！？」
第19集：宿敵之牙2003年2月8日
基拉和卡嘉莉為了補充欠缺的物資，潛入札夫特軍基地所在的班納迪雅市場。二人偶然結識了正在那裡吃飯的安德烈•巴爾菲魯特，被過份熱情的安德烈折騰的夠嗆。這時他們突然遭到反調整者的激進組織「藍色宇宙」的游擊隊襲擊！ 巴爾菲魯特為感謝二人的幫忙，邀請他們到家中作客。在那裡，安德烈的戀人愛夏，替卡嘉莉換上裙子。兩人對這種詭異的熱情招待，感到困惑不已。 其實巴爾菲魯特早已看穿二人的身份，他用槍指向基拉，質問他應該如何結束這場戰爭，是不是要把敵人完全消滅才能完結？然而，他又出乎意料的收起手槍，放走二人，還說很高興能和他們交談。 另一方面，在大天使號內，塞在機庫中擅自啟動強襲高達，引起騷動。塞對於自己無法隨心操作，喪氣不已，目睹這件事的芙蕾，也不禁眼泛淚光。
第20集：在安穩的日子裡2003年2月15日
在久違的休息日中，阿斯蘭驅車前往拉克絲的家。克萊因府位於PLANT的高階住宅區中，二人在裡面開心地聊天。 阿斯蘭從拉克絲口中，得悉基拉仍非常珍惜她送的禮物-托利，不禁惆悵起來。 與此同時，二人的父親正在最高評議會中，就繼續戰爭，還是與自然人共存進行激辯。穩健派的西蓋爾•克萊因，一邊壓制企圖發動「割喉作戰行動」的強硬派屈克・薩拉，一邊苦惱如何能走上和平之路。 另一方面，駐留在反抗組織基地中的大天使號裡，也正在擬定突破「沙漠之虎」防線的策略。穆認為以地雷區為主要戰場的誘敵作戰，會造成大量犧牲，而憂心忡忡，但反抗部隊成員的心意已決。 這個時候，基拉推開準備投入自己懷抱的芙蕾，跑出房間。準備迎接新的戰鬥。
第21集：沙塵的盡頭2003年2月22日
身處直布羅陀基地的伊薩克和提亞哥，與雷塞布斯會和。「沙漠之虎」巴爾菲魯特認為，要擊敗大天使號，兵力越多越好，於是接受二人，以增強戰鬥力。另一方面，大天使號和反抗組織也出發與雷塞布斯進行決戰。大地立刻被巨大的爆炸火焰所包圍，反抗組織事前佈置的地雷陣遭到敵軍突破，這讓他們明白「沙漠之虎」是真心要消滅他們。 大天使號派出強襲高達和空中霸王出擊，戰況非常激烈。巴爾菲魯特也親自駕駛MS拉寇出戰。大天使號動彈不得，「光明沙漠」也陷於苦戰。 為了開啟局面，卡嘉莉駕駛空中霸王出戰，大天使號也發射戈特弗裡德主炮扭轉戰局，場面開始對他們有利。 基拉的強襲高達與巴爾菲魯特的拉寇展開最終決戰。基拉高喊：勝負已分，投降吧……但巴爾菲魯特拒絕答應。基拉使出殺手鐧，看著眼前的拉哥在光芒中爆炸，絕望地大叫起來。
第22集：被染紅的海2003年3月1日
經過一番激戰，強襲高達和大天使號打敗巴爾菲魯特，打開了前往阿拉斯加的通道。不知何故，連「光明沙漠」的卡嘉莉也堅持自己是必要的，強行登上大天使號。 駛入紅海後，一直緊繃著神經的大天使號成員們，終於能得到片刻放鬆。眾人一邊吹著海風，一邊休息。 卡嘉莉和芙蕾，在甲舨上展開了一場基拉爭奪戰……。 然而，平靜的時光轉瞬即逝。札夫特軍的摩拉西姆小隊，率領空戰用MS迪因，以及水用MS古恩，從空路和海路兩面夾擊大天使號！強襲高達裝備了火箭炮，潛入水中，雖然初次水戰是一場苦戰，但依舊成功地擊退了兩艘古恩。 另一方面，留在太空中隸屬克魯澤隊的阿斯蘭和尼科爾，為了加入大天使隊追擊作戰，向地球進發。
第23集：命中註定的相逢2003年3月8日
阿斯蘭和尼科爾與克魯澤會合，克魯澤小隊久違地全員齊聚。因為發動「割喉作戰行動」，無法自由行動的克魯澤，命令阿斯蘭代替自己，擔任追擊大天使號行動的隊長。伊扎克和提亞哥不滿決定，對阿斯蘭百般挑釁。 另一方面，雖然大天使號經過水中苦戰，成功逃脫，但摩拉西姆小隊的潛水母艦隊仍然緊追不放。卡嘉莉也駕駛空中霸王趕赴戰場。摩拉西姆小隊察覺到大天使號的弱點，利用水中MS佐諾由下而上攻擊。瑪硫為了確保火線，竟然將艦艇360度旋轉，發射戈特弗裡德主炮，擊退進擊的MS。 阿斯蘭乘坐運輸機，前往卡貝塔利亞基地接收MS母艦，途中遇上因戰機中彈而偏離作戰區的卡嘉莉並開戰。運輸機上的阿斯蘭連人帶MS，以及被擊中的卡嘉莉的空中霸王，在互不相識的情況下，一同墜落到無人島上。
第24集：二人的戰爭2003年3月15日
卡嘉莉的空中霸王，因中彈而偏離航線，其後擊落了運載神盾高達的空中運輸機，兩機被迫降落無人島。她和運輸機上的阿斯蘭，在沙灘上相遇。 這個時候，由於卡嘉莉沒有返回大天使號，基拉遂駕駛強襲高達外出搜尋。娜塔爾認為，戰鬥期間下落不明，即「作戰失蹤」，形同戰死，這遭到了瑪硫激烈反駁，並下令繼續搜尋。另一方面，伊扎克等人也開始搜尋失蹤隊長的下落。 卡嘉莉在島上遇到阿斯蘭，短兵相接，最後卻被制伏。由於無線電接收不良，無法和同伴取得聯絡，二人只好一同等待救援。夜幕降臨，兩人生硬地交談著。隨後卡嘉莉趁阿斯蘭打瞌睡之際，猶豫之後還是搶過他的槍並瞄準他，糾結是否開槍之時卻無意中走火。為了彌補過錯，開始照顧受傷的阿斯蘭。 終於等到天亮，無線電通訊也恢復，二人即將返回自己的陣營，臨別之際，他們第一次報上了各自的名字。
第25集：和平的國度2003年3月22日
大天使號和薩拉小隊的四台高達，在奧布的近海地區激戰。中立國奧布近在眼前，大天使號卻被薩拉小隊精妙的組合攻擊漸漸逼得走投無路。 然而，當雙方接近奧布的領海時，札夫特軍和大天使號卻收到奧布軍的通訊，警告大天使號從該國的領海撤離。 卡嘉莉聞訊後，透過內線聯絡奧布，表明自己是奧布前代表烏茲米‧那拉‧阿斯哈的女兒。然而，奧布的司令官提林古卻不為所動，終於奧布開始了炮轟……但這其實是為了救助大天使號的偽裝攻擊，艦艇被收容到島中一個秘密船塢中。 事實上，奧布的目的是得到強襲高達擁有的實戰資料。他們以對方的技術提供為條件，收容了大天使號。 另一方面，薩拉小隊的成員，在奧布面前沒辦法出手，為了確認大天使號的位置，他們決定冒險潛入調查。
第26集：瞬息之間2003年3月29日
自從中立國奧普在太空的殖民地赫利奧波利斯遭到攻擊開始，少年基拉大和駕駛的強襲高達就與大天使號一路展開逃命之旅。在扎夫特軍的層層追殺中，基拉與過去的好友阿斯蘭屢次在戰場上相逢。兩人迫於無奈，內心不知歷經多少煎熬。回憶像電影一樣一幕幕的翻過，來到了現在，迎向未知的將來。
第27集：永不終結的圓舞曲2003年4月12日
在戰鬥中受到破壞的大天使號，停泊在奧布的船塢中進行維修。摩根雷堤公司的技術員愛莉卡．西蒙斯，是Ｍ１異端高達的責任開發員，負責分析大天使號提交的資料。她解讀了強襲高達以往多場戰鬥的資料，對基拉・大和的能力值之高感到驚訝。 不久後，基拉受到招待參觀摩根雷堤公司的工廠，該社為奧布軍開發的MS，Ｍ１異端高達遲遲未有進展，愛莉卡拜託基拉協助研發支援OS。 基拉大為驚訝，同行的卡嘉莉向他表示，這就是和平國度奧布的真實面貌：不侵略他國，不容許他國侵略，不干涉他國內政…為了守護這種意志，才有了這種軍事力量。但是她同時也怪責父親烏茲米打破這規矩，協助地球聯合軍。 愛莉卡責備卡嘉莉有所誤解，並叫來Ｍ１異端高達的機組人員，向他們展示訓練情況。 愛莉卡表示，MS的動作笨拙，並不是因為駕駛員技術不足，而是因為OS也只是處於開發階段。她希望自己的MS，也能像基拉的強襲高達一樣，得到強化。
第28集：基拉2003年4月19日
在瑪硫等人的安排下，學生船員得以在奧布軍總部中和雙親見面。眾人久別重逢，得悉親人無恙，都異常開心。芙蕾由於父親已死沒有人接見，而基拉則藉口受愛莉卡所託，正忙於開發Ｍ１異端高達的OS，拒絕與雙親見面。 芙蕾聞訊後，將積聚的怨憤發洩到基拉身上：「你是在同情我嗎？可憐蟲是你才對！」芙蕾不斷地捶打基拉的胸膛，而基拉卻不知如何回應她。 基拉的雙親打消與兒子見面的念頭，改向烏茲米問好，並許下莫名其妙的承諾：無論發生什麼事，都絕不可以向基拉說明真相。 基拉向穆吐露心聲：倘若自己再見到父母，也許會忍不住問他們，為什麼自己是調整者。就在這時，放在床上的托利突然從基拉身邊飛走，護欄網的對面，追出去的基拉看到的，是潛入奧布的阿斯蘭。隔著護欄網的重逢…但如今的兩人，只能擦身而過。
第29集：命運之楔2003年4月26日
大天使號完成修理和補給工作，準備離開奧布。另一方面，阿斯蘭率領的小隊，已在奧布領海之外，張開包圍網嚴陣以待。 卡嘉莉原打算與大天使號同行，但被父親烏茲米一句「要認識戰爭的根源」所說服，打消了這個念頭。雖然大天使號偽裝成奧布的軍艦隊出海，但卻被薩拉小隊輕易識破，一離開奧布領海，便遭到四部高達的攻擊。大天使號除了派出基拉和穆，也派出空中霸王的新駕駛員托爾出擊。 在敵我雙方的激烈交戰中，基拉的強襲高達卸除炮擊戰用的重炮，換上空戰中的飛行器，與阿斯蘭的神盾高達展開了激戰。為了支援阿斯蘭，尼科爾駕駛利用幻象粒子偽裝的迅雷高達加入戰圈，然後…強襲高達阿爾狄彌斯劍光一閃，直擊尼科爾所在的駕駛艙！ 尼科爾駕駛的迅雷高達隨即爆炸，灰飛煙滅。
第30集：閃光的一刻2003年5月3日
基拉擊落了薩拉隊的閃電高達，迎接他的是瑪多古和其他整備兵的讚歎聲。基拉緊握拳頭，心痛地聽著這些話。 另一方面，薩拉隊失去了尼科爾這位重要夥伴，士氣大為動搖。當中阿斯蘭心底對自己無法認真與基拉戰鬥深感懊悔，認為自己太天真，自責不已，並決心下次一定要親手打敗基拉。 再次發現大天使號影蹤的薩拉小隊，燃燒著復仇的念頭，展開最後的決戰。遭鐳射攻擊的大天使號受到重創，被迫降落地上。在這次危機中，托爾也駕駛空中霸王出擊。 提亞哥的暴風高達，由於機能停止而投降。另一方面，神盾高達單挑強襲高達。阿斯蘭對於殺死尼科爾的基拉，燃燒著熊熊怒火，放聲大吼，更把前來支援、由托爾駕駛的空中霸王擊破，托爾喪生……。 怒吼著的基拉砍掉神盾高達一條手臂，卻反被阿斯蘭抓住，阿斯蘭更啟動自爆模式！ 在一聲巨響中，強襲高達和仍在駕艙中的基拉，還有神盾高達一同爆炸……。
第31集：慟哭的天空2003年5月10日
強襲高達和空中霸王二號機的通訊一起消失，這使得大天使號內一片混亂。而且滿目瘡痍的大天使號，仍然受到札夫特軍咄咄逼近，必須儘快離開現場……要拋棄失蹤的同伴？ 危急中，瑪硫想出苦肉計，向奧布發出救援訊號。另一方面，受到毀滅性打擊的札夫特軍薩拉小隊，也接獲中止作戰和迴歸的命令。 奧布的救援隊抵達現場時，那裡只剩下強襲高達的殘骸，以及慘遭摧毀的神盾高達碎片。他們也收留了在現場發現的身穿紅色駕駛員服，被衝上沙灘的札夫特軍人，原來是好不容易逃出神盾高達的阿斯蘭。卡嘉莉向恢復意識的阿斯蘭詢問戰鬥經過。他也坦承當時有殺掉基拉之心。卡嘉莉傷心過度，一時迷失本性，猛地撲到阿斯蘭身上。阿斯蘭也再次自責不已，只能向卡嘉莉怒吼：他是敵人…那麼，我只能打敗他啊。 不久，札夫特來迎接阿斯蘭的人來到，卡嘉莉向阿斯蘭送上她一直珍視著的毫梅亞守護石，祈求再沒有人死亡。
第32集：約定之地2003年5月17日
損失慘重的大天使號，好不容易才抵達位於阿拉斯加的地球聯合軍總部。可是對方卻不批准艦上人等進入基地，命令他們在艦上等候。艦上人員拼著命來到總部，卻受到這種不公平的待遇，心中浮現一抹不安。 這時，在札夫特軍的卡貝塔利亞基地裡，負傷的阿斯蘭接到克魯澤的命令，被提拔為開發中的新MS的駕駛員，為了接收機體，克魯澤下令他返回PLANT。 另一方面，基拉在PLANT的克萊因府中甦醒過來，他以為自己在與阿斯蘭的死鬥中必死無疑，卻被一個名叫馬爾奇奧的神秘男子所救，並帶往PLANT。面帶溫柔微笑的拉克絲，與震驚得渾身發抖的基拉交談，基拉向拉克絲盡訴心聲。 這時，成為大天使號俘虜的提亞哥，輕佻地問失去了托爾的米麗雅莉婭是否是失去了男朋友。米麗雅莉婭勃然大怒，舉起刀子逼近他，質問為何這種人竟能活下來。就連介入二人之中的芙蕾，也朝提亞哥開了槍。不知為何挺身阻止了芙蕾的米麗雅莉婭，也終於恢復了冷靜。
第33集：黑暗的胎動2003年5月24日
米麗雅莉婭和芙蕾對戰俘提亞哥實施的暴力行為，在大天使號中引起了重大問題。娜塔爾就俘虜的處置以及槍械的管理問題追究瑪硫的責任。 瑪硫、穆和娜塔爾終於獲得阿拉斯加基地傳召，並接受沙札蘭德上校的盤查。他就調整者少年駕駛強襲高達一事，嚴厲質問瑪硫。在固執的盤問中，他終於承認，他認為調整者的存在是世界混亂的根源。這已不是一個軍人該說的話，而是一個擁有根深蒂固偏見的人的台詞。 這時，米麗雅莉婭再次來到提亞哥所在的單人房中。提亞哥尷尬地向她詢問被殺的男友之事。米麗雅莉婭低聲回答。態度驟變的提亞哥於是表示：若你來是想殺我，就動手吧。米麗雅莉婭低頭不語。 經過漫長的盤查，穆、娜塔爾和芙蕾，被下達轉職命令。
第34集：目光的前方2003年5月31日
三人的轉屬命令，令一直支援大天使號的機組人員開始動搖。一波未平，一波又起，大天使號被命令離開所屬的第8艦隊，加入阿拉斯加總部的駐守隊伍。對於宇宙母艦要駐守地球一事，艦上成員不禁心生疑慮。 另一方面，札夫特軍在衛星軌道、地面基地，以及在海中航行的潛水艦，陸續完成佈防。最高評議會議長薩拉表示，為了早日結束戰爭，最終決定發動「割喉作戰行動」。這次作戰的真正目標，並不是當初預定的巴拿馬，而是地球軍總部所在地阿拉斯加。 然而，負責迎擊的阿拉斯加總部，卻設下了空城計。無視轉職命令而返回總部的穆，遇上潛入了這個無人基地的克魯澤，二人發生激烈槍戰。但克魯澤只是一味地逃走，途中更擄走了偶然遇上的芙蕾，然後逃出基地。 一直在克萊因府療傷的基拉，為了守護阿拉斯加的同伴，以及尋找戰鬥的意義，決定返回地球。拉克絲交給他一樣東西，那就是「新劍」，即札夫特開發的最新銳MS自由高達！
第35集：飄落之劍2003年6月7日
在阿拉斯加，大天使號與札夫特軍展開激戰。負責守護巴拿馬的聯合軍主力部隊，對上敵方氣勢逼人的MS部隊，苦戰在所難免。穆在這時獲悉軍方故意放棄阿拉斯加基地，坐上可開動的戰鬥機，往大天使號進發。札夫特軍在戰事中取得壓倒性優勢。 穆抵達大天使號後，向瑪硫講出上級放棄阿拉斯加的真相。他們計劃以駐軍做餌，引札夫特軍前來，然後利用設定在基地深處的超級兵器「獨眼巨人系統」，將己方軍隊和敵人同時消滅。瑪硫聞言大為驚愕，苦惱之下決定離開戰線，然而四周卻被札夫特軍包圍，失去逃跑機會。大天使的去路被基恩阻擋，束手無策。這時眾人眼前出現一台未曾見過的高達，它展開雙翼，站在他們前面…基拉駕駛著自由高達趕來了。 基拉高叫雙方軍隊馬上撤離戰鬥海域，一瞬間，阿拉斯加基地發出閃光和巨響，然後被灼熱的大火球吞噬，完全湮滅…。
第36集：以正義之名2003年6月14日
「割喉作戰行動」失敗，札夫特國防委員會陷入混亂。與此同時，薩拉獲悉札夫特軍秘密開發的最新銳MS自由高達被搶走後，向被召回國的阿斯蘭說，拉克絲將負起本次奪取作戰失敗的責任，並因叛國罪而被通緝，兩人的婚約也取消了，阿斯蘭聽後大感愕然。怒氣衝衝的薩拉議長，命令阿斯蘭奪回自由高達，並把所有牽涉之人消滅。 另一方面，基拉在發動了獨眼巨人系統的阿拉斯加，及時解救了大天使號的危機，並與艦上成員重逢，喜不自禁。不過，自再次見到拉克絲以來，基拉心中一直想要找出這場戰爭的意義。 與此同時，阿斯蘭在哈羅的引導下，在廢墟的劇場中重遇拉克絲。他得知基拉仍活著後，驚愕不已。拉克絲向他拋下「你要和什麼戰鬥？」這一神秘的問題之後，揚長而去。 為了再次面對基拉，阿斯蘭駕駛新得到的MS正義高達，重新返回地球。
第37集：神雷2003年6月21日
滿身傷痕的大天使號，好不容易逃離自爆的阿拉斯加基地。為了修理遭破壞的船身，到達可以前往奧布的淤能碁呂島。卡嘉莉親眼看到活生生的基拉，不禁熱淚盈眶，飛撲到他身上，還說起了她和阿斯蘭之間的事。 然而，危機正迫近奧布。失去阿拉斯加的地球聯合軍，為了準備迎接戰爭的最終階段，向奧佈施壓，迫使它放棄中立國的立場，加入地球聯合軍。 另一方面，為了破壞地球聯合軍所留下的最後一台質量加速器，札夫特軍的MS部隊在破曉時分，埋伏於巴拿馬的領土上。阿拉斯加一役令札夫特軍非常憤怒，欲一雪前恥。地球聯合軍則投入大量量產型MS強襲高達刃式，以對抗札夫特軍，並取得上風。但札夫特軍卻派出能使電子兵器失效的新兵器「奧丁之雷」，剎那間，地球軍的兵器停止運作。復仇之心熊熊燃燒的札夫特軍無視條約，向投降計程車兵開炮。這已不是戰爭，而是單方面的虐殺…
第38集：決意的炮火2003年6月28日
由於地球聯合軍的巴拿馬基地被攻陷，他們失去了質量加速器，前往宇宙的途徑被截斷。地球聯盟想出各種對策，希望能奪取地球上餘下的質量加速器。實際上領導著地球聯盟的大西洋聯邦，與藍宇宙的盟主阿茲拉埃爾一起前往奧布，準備下一次作戰。 地球聯盟向奧布發出最後通諜，表示由於奧布再三拒絕聯盟的合作請求，提出解散奧布的現任政權，並解除武裝。若奧布不遵從，將被視為札夫特的支援國家，將遭到聯合軍武力制裁。這份通告令世界變為只分敵我，不許中立的局面，令奧布的首長們苦惱不己，也激怒了烏茲米。這時瑪硫對艦上眾人表示，要戰鬥或是離開戰艦，由各人自己決定。 時間逐秒迫近，市民從城市地區和軍事裝置四周撤離，奧布進入備戰防衛狀態，戰幕隨即拉開。
第39集：阿斯蘭2003年7月5日
基拉駕駛自由高達，同地球聯合軍三台最新銳高達交戰。這時出現在基拉麵前的，是阿斯蘭駕駛的正義高達。由於未能判斷新加入戰場的MS是敵是友，現場氣氛緊張。然而，阿斯蘭不是以札夫特軍人的身份而來，而是按自己的意志來支援基拉。自由和正義高達，雖然初次連手，卻以令人意想不到的精妙配合，壓制三台敵機。地球聯合軍三台高達的駕駛員藥品耗光，緊急撤退。 然而就在此時，地球聯合軍在淤能碁呂島鄰近海域，展開大規模攻擊，派出數量驚人的量產型MS強襲高達刃式，將奧布逼上絕路。雖然在基拉和阿斯蘭的奮戰下，好不容易擊退聯合軍，但奧布軍也受到重創，瀕臨毀滅。 卡嘉莉含淚迎接歸來的基拉和阿斯蘭。二人再次見面，終於能坦率說出心底話。阿斯蘭聽到基拉決心為同伴而戰，不禁陷入沉思，認為自己也必須選擇屬於自己的道路。
第40集：奔向黎明的宇宙2003年7月12日
奧布屢次嘗試與地球聯盟交涉，但都被聯盟的阿茲拉埃爾拒絕。聯盟幾乎已一致決定要武力制裁奧布。 在敵方再次發動總攻擊前，基拉和阿斯蘭終於心意相通，解開心中的芥蒂。一度淪為俘虜的提亞哥，也同意和阿斯蘭一起「為守護同伴」而戰。 終於，由禁斷高達，瘟神高達和侵略高達率領的地球軍MS部隊，踏上奧布大地，將淤能碁呂島的海岸線淹沒。在壓倒性的戰力前，烏茲米‧那拉‧阿斯哈決意放棄淤能碁呂島，讓國民和大天使號逃走，並宣言自己要留在國家，戰到最後一刻。 為了讓大天使號和戰艦草薙號發射上太空，質量加速器在輝夜港陸續進行發射準備。烏茲米自知將與卡嘉莉死別，向她說出衝擊性的真相：「你不是孤獨一人，你有一個弟弟。」 大天使號和草薙號，還有自由和正義高達，擺脫聯合軍MS的追擊，飛向宇宙。目送他們離開的烏茲米，親自將質量加速器和摩根雷堤公司引爆，葬身其中。
第41集：動盪的世界2003年7月19日
草薙號和大天使號到達宇宙，前者已順利完成對接，機組人員為了進行補給和整備，前住因戰亂而變成廢墟的L4殖民衛星群。 與此同時，拉克絲繼續進行秘密反抗活動，向PLANT的市民進行地下廣播，影響力之大，就連薩拉議長也感到棘手，並出動MP搜尋她的下落，卻空手而回。 另一方面，地球上，聯合軍雖然沒能成功奪取奧布的質量加速器，但卻奪回了維多利亞基地，開通前往宇宙的途徑。擊破札夫特軍MS部隊的地球軍乘勝追擊，開始將以新型MS部隊為主的物資，通過質量加速器逐一射上太空，準備展開大規模侵略作戰。阿茲拉埃爾憑著手上三台高達的作戰記錄，發現自由高達和正義高達擁有的非凡動力的秘密，於是計劃將其奪走。 身處大天使號的阿斯蘭，堅定了自己的意志，為了問出父親的真正心意，決定隻身前往PLANT。
第42集：拉克絲出擊2003年7月26日
阿斯蘭的父親派屈克．薩拉是札夫特最高評議會議長。阿斯蘭為了確認父親作戰的真正用意，決定前往PLANT。基拉自告奮勇，想駕駛自由高達去保護阿斯蘭駕駛的太空穿梭機。阿斯蘭向基拉說出自己的決心，基拉了解後，在臨別時向他說：「你和我…都還不能死。」 阿斯蘭與父親見面後，問他這場戰爭的真正意義，然而在他眼前的已不是從前的父親。幾近癲狂的薩拉說出戰爭的目的時，阿斯蘭大感愕然。薩拉用槍指著阿斯蘭，要他說出正義高達和自由高達的下落。阿斯蘭被扣上叛國者的罪名後被帶走。 由達哥斯塔坦率領的拉克絲派成員，將阿斯蘭救出。拉克絲終於展開行動，搶走最新銳戰艦永恆號，逃出了PLANT！艦橋上的人，還有曾被稱為「沙漠之虎」的巴爾菲魯特。永恆號在L4與大天使號和草薙號會合，眾人放棄從前的敵對立場，組成獨立部隊。因為父親西蓋爾．克萊因的死亡而悲傷不已的拉克絲，在基拉的懷中把悲哀埋藏。
第43集：攔路者2003年8月2日
大天使號級別的二號艦主天使號，正在地球軍的月面基地上，日夜進行備戰訓練。坐在艦長席上的是娜塔爾．巴基露露少校。主天使號搭載了侵略高達、禁斷高達和瘟神高達，為了追擊大天使號，將駛往L4殖民衛星群，同行的還有以觀察員身份列席的阿茲拉埃爾。不得不對戰昔日同伴的娜塔爾，無法掩飾內心的衝擊。 這時，大天使號、草薙號和永恆號，來到了廢置了的門德爾殖民衛星，三艘艦艇就今後的去向討進行商討。阿斯蘭沒有現身，擔心不已的卡嘉莉前往尋找，發現獨自沉思的他。阿斯蘭說：「我什麼都做不到，什麼都不明白……」卡嘉莉努力安慰阿斯蘭，被他抱住，迷惘卻又安寧的時間，在二人之間流逝。 然而娜塔爾終於在門德爾港中，發現大天使號的蹤影，主天使號先發制人。昔日的同伴，如今兵戎相見。
第44集：螺旋的邂逅2003年8月9日
主天使號為討伐大天使號點燃戰火。三台高達被基拉和阿斯蘭合作無間的攻擊連番壓制。娜塔爾得知草薙號也可以參戰後，認為戰況對己方不利，決定暫時撤退，大天使號勉強躲過危機。 另一方面，穆和提亞哥發現札夫特軍入侵殖民衛星內部後出擊。克魯澤駕駛新型MS蓋茲，與穆展開宿命對決。戰鬥正酣之際，伊扎克發現敵機是暴風高達，感到困惑，可他不知道機上的駕駛員是提亞哥，憤怒之下不斷攻擊。暴風高達不斷在殖民衛星軸心四周飛來飛去，努力想躲開攻擊。提亞哥無法跟決鬥高達對打，終於呼喚伊扎克，令伊扎克停下動作。兩人離開MS對峙，氣氛緊張。 這時，克魯澤駕駛蓋茲與穆的死鬥，被前來支援的自由高達終止，他逃到一幢建築中，基拉和穆緊隨其後…更在這幢建築物中，得知驚天真相！
第45集：開啟的門2003年8月16日
基拉和穆為追捕克魯澤，進入一幢建築物，原來這裡是門德爾殖民衛星的基因研究所。三人在此展開槍戰，隨後彷彿是為了令緊張氣氛爆破似的，克魯澤說出了衝擊性的真相。 與此同時，在地球下落不明的提亞哥，和久未聚頭的伊扎克，互相用槍瞄準對方，伊扎克質問提亞哥的意圖。 另一方面，在殖民衛星外，阿茲拉埃爾強硬地說服娜塔爾，決定率領主天使號，與大天使號再決高下。 克魯澤在槍戰中說出，這個研究所曾經進行以人造子宮孕育調整者的實驗。基拉是研究員從他的親生父母中拿走，唯一的成功例子，還說出自己和穆的因緣……原來克魯澤承繼了穆的父親的基因，是一個「失敗」的複製人。兩人知道這個驚人的真相後，不由內心動盪。克魯澤大叫「我有權利制裁全人類！」後離去。 克魯澤返回旗艦梅薩琉斯號，將一枚光碟交給被他俘虜的芙蕾，並把她交還給地球軍，還說這是終結戰爭的「最後之門」。
第46集：靈魂的歸所2003年8月30日
大天使號與主天使號再次展開激戰。克魯澤派出梅薩琉斯號，想趁機攻擊永恆號。他單方面通知將歸還被札夫特軍拘留的俘虜，然後在戰鬥領空放出救生艇，裡面的乘客是對現況毫無所知的芙蕾。雙方艦隊對克魯澤的行為都大為不解。芙蕾察覺到有危機，拼命向操縱救生艇的大天使號求救：「我、我拿著鑰匙。」沉默片刻後，大天使號決定出動。阿茲拉埃爾阻止前去救援的基拉，把救生艇回收到主天使號。 另一方面，被包圍的永恆號和草薙號，決定把火線集中於札夫特軍的梅薩琉斯號，打算突破封鎖。最後梅薩琉斯號被擊沉，地球軍和札夫特軍見狀，一同撤退。 返回永恆號的基拉，因沒有救出芙蕾而悲傷哭泣。與此同時，阿茲拉埃爾取得芙蕾手上的光碟，內容是「使核子能夠使用的反中子干擾器」的資料，這令阿茲拉埃爾大喜過望。
第47集：惡夢再現2003年9月6日
地球聯合軍從芙蕾手中取得的光碟中，得到了反中子干擾器的技術。受到阿茲拉埃爾的慫恿，把核彈帶上宇宙。札夫特軍預測到聯合軍會展開大規模攻擊，將戰力集中於雅金・杜維和波亞茲的絕對防衛線上。 然後…決戰的帷幔終於揭開。 搭載了核子的梅比烏斯零式部隊「和平締造者」，進入了札夫特的軍事衛星波亞茲。接著閃光飛舞，再次投入使用的核子火焰瞬間毀滅要塞。芙蕾看著波亞茲逐漸崩潰，對自己一手造成的局面，感到無限懊悔。原來「為了終結戰爭」這句話，等同虐殺。 基拉和阿斯蘭分別出擊，以阻止擁有核導彈的「和平締造者」部隊再度攻擊。高達裝備了流星，成功擊落所有射向PLANT的導彈。與此同時，派屈克．薩拉也發誓要向自然人報復，終於下令使用巨大的雷射武器「創世紀」。創世紀的閃光，終於從雅金・杜維要塞的暗處，朝地球軍艦隊發射！
第48集：憤怒之日2003年9月13日
「創世紀」發射出的伽瑪射線閃光，瞬間將聯合軍的前線艦隊消滅。札夫特軍利用幻象粒子，一直隱藏著王牌，並且可以輕易地瞄準地球。 陷於歇斯底里的阿茲拉埃爾猛烈攻擊地球軍，然而處於毀滅狀態的聯合軍，也總算重新建立體制，悲壯地決定破壞「創世紀」。可是，前面有雅金・杜維要塞，而創世紀本身也裝備PS裝甲。 基拉等人為了阻止雙方的殺戮，決定前往最後的戰場。基拉和拉克絲、卡嘉莉和阿斯蘭，還有瑪硫和穆，各人心知這次可能是死別，均向對方吐露心聲。 還有一個人，決定製裁全人類的克魯澤駕駛神諭高達出擊。最終決戰的戰火燃起。地球軍殺到PLANT，獨立軍也前來阻止核子武器發動。可惜大家來遲一步。最終武器創世紀，已向地球軍的月球基地發射出第二次攻擊！
第49集：終結之光2003年9月20日
「創世紀」的第二次攻擊，毀滅了地球聯合軍的月球基地，下一個目標是地球嗎？聯合軍把已被摧毀的艦隊再次編組，和平締造者隊也再次出擊，目標是以核武直接攻擊PLANT。基拉一行人在創世紀和核武之間奮戰，Ｍ１異端高達隊在戰況最激烈時被毀滅，穆和克魯澤也在戰鬥期間受傷。不過，伊扎克和提亞哥經過合作，最終艱辛地擊破瘟神高達和禁斷高達。 與此同時，在與大天使號戰鬥中的主天使號內，阿茲拉埃爾和娜塔爾也處於對峙中。暴走的阿茲拉埃爾，向下令全員退艦的娜塔爾開炮，更發射了羅安格林。眼見大天使號迴避不及，穆挺身相護而中炮，機體爆炸。失去了穆、情緒失控的瑪硫，大叫「發射羅安格林！」壓制了阿茲拉埃爾的娜塔爾也同時高喊：「攻擊，瑪硫．拉米亞斯！」兩名犧牲了心愛之人的女性，把戰爭的原兇之一，藍色宇宙的盟主剷除。
第50集：飛向永無止盡的明天2003年9月27日
儘管犧牲者眾多，但戰火卻仍未平息。離開主天使號的芙蕾，彷佛被難以割斷的思念牽引，闖入自由高達與神諭高達的戰場，最終在基拉麵前，被克魯澤無情襲擊而喪生。無法保護應該守護之人的基拉悔恨不已，眼前卻出現芙蕾的幻象。芙蕾的靈魂終於在最後時刻，與基拉心意相通了嗎？ 另一方面，薩拉將創世紀的目標對準地球，可是在札夫特軍當中，有人為了制止這種瘋狂舉動而挺身而出。阿斯蘭為了阻止父親，與卡嘉莉一起進入雅金・杜維，然而目睹的，卻是薩拉被阻止他以創世紀虐殺敵人的軍官射殺的場面。薩拉臨死前低聲咀咒自然人，之後便氣絕身亡。 然而就算薩拉死亡也無法阻止失控的局面。與雅金的自爆連動的創世紀也開始啟動。阿斯蘭隻身闖入創世紀，利用正義高達的核子引擎，將失控的創世紀破壞，計劃成功。原本打算犧牲自己的阿斯蘭被卡嘉莉制止，和她一起逃走。 與此同時，基拉和克魯澤在最後一戰中，互相向對方發出最後一擊。札夫特中以卡納巴為首的舊克萊因派呼籲停戰，終於踏上和平之路。阿斯蘭在慘烈的戰場中感到絕望。 這時候，托利飛向宇宙，在他前面的是已變成殘骸的自由高達，還有基拉的身影…希望，仍然存在。