末日孤艦 第 2 季
2015-06-21 首播 · 共13集
驚人的事實曝光後，Chandler艦長和他的團隊在巴爾的摩知曉了這個國家的命運，以及他們自己的命運。儘管他們遭遇了嚴重挫折，但他們還是決定與一個地下抵抗組織聯合起來擊敗所謂的總統Amy Granderson（她命令馬里蘭州警控制了“內森·詹姆斯號”和病毒的原始樣本，還決定只用解藥治療“有用之人”，從而建立一個“完美的社會”）。解藥的劑量已經很少，仍然被囚禁在Avocet的Rachel試圖盡其所能為患病者做些善事。與此同時，Slattery和“內森·詹姆斯號”的船員必須爭分奪秒營救Tophet並重新奪回戰艦的控制權，他們能確保每一個人都獲得解藥嗎？
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《末日孤艦》第 2 季 分集劇情共 13 集
第1集：不真實的城市2015年6月21日
埃及開羅爆發一種快速傳播的惡性疾病，美國疾控中心專家Rachel Scott醫生來到當地檢視情況。眼前的慘狀令Rachel心情沉重。當地醫生告訴Rachel，只要病人身上出現斑點，他們最多還能活兩天。Rachel對這種疾病無能為力，她只是從最新的病人身上抽取血液樣本後便匆匆離開了。
第2集：守住軍艦2015年6月21日
Rachel表示一旦從卡拉腹中孩子身上提取到治癒藥，卡拉以及“內森·詹姆斯號”上的所有人一定會被殺。千鈞一髮之際，艦長帶領夥伴們展開救援行動。
第3集：這不是謠言2015年6月28日
Rachel接到導師Dr.Hunter的電話很是激動，眼含熱淚表示自己很健康的活著，並且已經研製出治療惡性疾病的藥物。
第4集：平靜號2015年7月5日
美國海軍平靜號醫務船在兩週前離開諾福克軍港，並且經過特殊改造，Rachel懷疑這就是諾福克那個消失的實驗室。
第5集：阿基里斯號2015年7月12日
“內森·詹姆斯號”航行中監測到一艘執行相當平靜的潛艇，因距離較遠，而無法判斷其執行航向，同時潛艇也監測到了驅逐艦並打算攔截。
第6集：漫長的旅行之日2015年7月19日
Dr.Hunter在襲擊前給Rachel發了一段影片，影片中Dr.Hunter說自己已經找到了治癒藥的研究方法，但未來得及把配方傳給Rachel就遭到了襲擊。
第7集：漫長的營救2015年7月26日
“內森·詹姆斯號”在牙買加附近收到一個緊急求救訊號，Chandler率領一支小分隊展開營救任務。但是他們遭遇一場出人意料的攻擊，Chandler和Tex被困在大海之上。Slattery和其他船員不顧一切地搜尋在海上失蹤的船長和戰友。如果讓敵人搶先找到他們，後果不堪設想。
第8集：安全區2015年8月2日
Mike Slattery看到了一段關於副總統的影片，她表示如果Scott博士研製出治癒藥，船員們就必須立刻趕回國。然而當船員們趕回國的時候卻發現形勢不容樂觀。他們在研究如何大批次生產治癒藥時遇到了麻煩。與此同時，Chandler艦長等人在影片中觀察著Slattery對這些訊息會作何反應。
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第9集：不得安眠2015年8月9日
Scott邀請Niels一起看看她關於霧化治癒藥物的研究，而這一研究需要貽貝。Wolf和Cruz負責去採集貽貝。船員們遇到了Ray Diaz，他是一名大二學生，曾有人告訴他們海軍所發的治癒藥其實是在注射病毒，並給了他們食物和槍支。Chandler艦長希望通過Ray Diaz找到這些賞金獵人。
第10集：友軍火力2015年8月16日
船員們抓獲了三名俘虜，他們在俘虜身上發現了無法使用的手機，希望得知這些手機的用途，破解手機網路。與此同時，Scott博士表明自己要研究如何改造疫苗。而艦長等人也在調查著Niels的死因
第11集：瓦爾基里2015年8月23日
新奧爾良陷入一片火海，船員們盡全力把倖存者從水裡救出來。船長從眼鏡蛇小隊處得知，被衝上岸的殘骸裡有水雷的碎片，看起來像是綁在了一艘帆船的船體上。情況緊急，船長下令繼續搜救，並隨時向他報告情況。
第12集：決戰2015年8月30日
艦長下令不等拉姆齊先發制人，要與他們決一死戰。艦長計劃讓總統先生與最具經驗的船員一起登陸。總統先生作為最高統帥，當然不同意這樣的安排，可他也別無選擇。
第13集：更好的世界2015年9月6日
總統通過廣播號召全國人民到達臨近的港口接受治癒傳染的藥物，並公佈了詹姆斯號未來幾天具體的停泊位置。民眾得知這一訊息大受鼓舞，但船員們卻為詹姆斯號的安危表示擔憂。