分集 共22集
《梅花檔案》第1季 分集劇情共 22 集
第1集2003年10月24日
解放初的四川渝州，土匪頭子白敬齋被鎮壓。白家的老宅被檔案館徵用，但是這裡因為白敬齋的死而傳說鬧鬼，人人自危。剛剛調到檔案館的文員龍飛搬進了白家老宅。在住進這破舊陰森的老宅的當天，龍飛邂逅了失散多年的大學戀人南雲，他心潮起伏思緒萬行，但是南雲卻只是淡淡地告訴他自己在中學當教師，龍飛惆悵地看著婷婷嫋嫋的她遠去。為了照顧家在北京的龍飛，館長給他在檔案館裡找了間宿舍。可是別人都不願意在這個謠傳鬧鬼的老宅裡住。但龍飛不怕，他獨自一人住了下來。但是第二天一大早龍飛睜眼醒來卻發現自己睡在院子裡，而且還有一陌生人的眼睛打量著他，他感到十分奇怪。同事們開始議論老宅鬧鬼的事，白敬齋全家都被害死了，所以他的女兒變作了鬼，回來報仇。龍飛在學校食堂裡再次見到南雲，又燃起他內心的萬千情感。他問南云為什麼突然失蹤，多年沒有音訊。結果南雲的回答不置可否，兩人不歡而散。當晚龍飛把鬧鐘的鈴定好了，可是第二天一早他卻再一次的睡在院子裡，大家開始對他議論紛紛。
第2集2003年10月31日
檔案館同事開始疏遠龍飛。接上來的事更奇怪，他的床頭竟然不知什麼時候插了一枝幹梅花。他的桌子上也有乾梅花，同事對他非常不滿，讓他趕緊把這乾梅花收起來，因為傳說只要一齣現乾梅花就要死人。但龍飛卻悻悻地說，這是我的桌子，想放什麼是我的事，再說我才不信鬼呢。南雲告訴龍飛，讓他認識自己的學生葉雷的父親，當年追剿白敬齋的葉楓聊聊，也許對他有幫助。葉楓告訴龍飛，當年白敬齋被朋友出賣，他的三個女兒也被人殺害。但葉楓決不相信有鬼。直到第二天中午，龍飛才醒來，發現檔案處裡全是公安人員。打掃老宅的清潔工劉佑德橫屍宅內。檔案館人人自危，紛紛收拾東西準備離開，眼看著白家老宅又要成為一幢“鬼宅”。有人向公安局的刑警隊長肖克反映了龍飛的可疑，肖克住進了檔案館開始了調查。夜裡，肖克非常警覺，眼睛一眨不眨地環顧四周，忽然眼前閃過一個白衣人影，肖克緊緊地尾隨其後想看個究竟，直到他離這個人越來越近，對方從他的臉前走過時竟然看他一眼，他吃驚地大氣都不敢喘——這個人竟然就是龍飛。原來他在宅子裡夜遊。肖克見此情形，縱然是有些膽量，也嚇得渾身冒汗。
第3集2003年11月7日
肖克懷疑龍飛可能和劉佑德的死有關，他借同住之機，一邊小心提防龍飛，一邊旁敲側擊地摸龍飛的底，肖克展開了一系列的調查。肖克在學校調查的時候見到了美麗的南雲，對她十分殷情，心裡暗暗地喜歡上了她。龍飛、肖克依然住在檔案館，可是第二天早晨醒來的時候肖克卻發現自己也躺在院子裡的水泥地上。龍飛和肖克突然明白他們倆其實都在夢遊，他們開始懷疑夢遊的原因，覺得一定有人在搗鬼。他們每天都在學校食堂搭夥，會不會是什麼人在食堂的飯菜中放了藥物，但這個人會是誰呢。南雲殷情地邀請肖克晚上到她宿舍和龍飛一起做飯吃，肖克欣然接受，甚至有點莫名的高興。晚上，南雲宿舍的飯桌上，龍飛和肖克暗自較勁，肖克的話顯然比平時多，肖克的主動，卻無意中激發了龍飛和南雲之間原本朦朧的愛火花。肖克自然看出龍飛是“情敵”，對龍飛的懷疑上又多了一層嫉妒。可是葉蕾也來蹭飯，纏著肖克問破案的事，讓他很煩。這天夜裡兩人依然沒有放鬆警惕，在檔案館的的院子裡又同時發現了窗外有個一閃而過的身影，於是他們決定出去追蹤，但是兩個人開始恍恍惚惚，雙腿發軟。龍飛見同樣的變化出現在兩個人身上，頓感是人為所至。可是今天他們是在南雲家吃的飯，為什麼依然會神志不清呢。他們把食堂做飯的師傅——清潔工劉佑德的老伴劉太太倒掉的菜拿去化驗。劉太太做的飯菜的化驗結果出來了，沒問題，他們倆決定到劉家找劉太太瞭解情況。
第4集2003年11月14日
龍飛卻多了個心眼，他找到葉蕾，詢問昨天晚上有沒有恍惚、睡過頭，或是夢遊的反應，葉蕾一切正常，南雲知道龍飛的懷疑後十分氣憤。而就在這時候，劉太太卻忽然失蹤了。肖克和龍飛決定去劉太太家找她，卻在她家的地窖裡發現了劉太太的死屍。劉太太死了，她的飯菜又沒有問題，那問題出在哪了呢。劉太太和劉佑德，這其中的關聯，不是鬧鬼那麼簡單。龍飛對晚上時時作響的水管產生了懷疑，龍飛忽然想到，是自來水管有問題，這奇怪的聲音很像是水管抽水的響聲。這時候他們兩人都看見了一個白色的影子。龍飛想告訴肖克，但為時已晚，肖克剛剛喝了茶。在藥力發作之前，龍飛想借肖克的槍來守夜，肖克斷然拒絕，還趁著最後的清醒，把槍藏了起來。龍飛一個人去了院子裡追那個穿白衣披著長髮的影子，飄飄忽忽地突然出現在龍飛的面前，當她看到龍飛十分清醒的時候，竟顯得十分驚懼。此時，反倒讓龍飛塌實了很多，影子肯定是人，根本沒什麼可怕的，但一瞬間又肖失了。南雲宿舍突然竄出幾隻老鼠，龍飛奮力撲打，那一幕彷彿又讓他們回到了大學時代。公安局調查發現死去的劉家是假冒的，可為什麼要有人假冒他們呢，這冒名頂替的是什麼人呢。肖克和龍飛都更加懷疑每晚作響的水管，他們於是開始順著水管查詢水的問題，可不成想順著水管的方向果然找到了隱藏多年的暗道。暗道很深，而且還發現了一個巨大的迷宮樣的防空洞。裡面的牆壁上還印有巨大的梅花圖。地下迷宮的發現，讓龍飛和肖克信心大增，他們感覺到，老宅“鬧鬼”的謎馬上就要揭開了。肖克調來市政工人，抽乾地下迷宮的水，看看裡面到底有什麼蹊蹺。
第5集2003年11月21日
龍飛因那晚探查地下迷宮而感冒了，南雲來照顧他，又勾起了兩人以前的情愫，龍飛和南雲相互傾訴這麼多年來分手之後的情況。原來龍飛的父親曾經是資本家，解放前工廠倒閉跳江自殺了，成為孤兒的龍飛參加了革命。南雲聽後情不自禁地告訴龍飛，自己的母親為了保護自己被壞人抓走了，一去不復返，兩人如此相似的經歷使曾經分開的心又靠近了。抽水的工人們夜以繼日的工作，突然從抽出的地下水裡發現了人骨頭，工人們嚇的四處逃散，肖克拿著骨頭去做鑑定。更讓人吃驚的是龍飛在檔案館的鏡子上又發現了暗道機關，進去看後是防空洞的另一個入口，龍飛壯著膽子獨自在地下迷宮中尋找那些人骨的出處，龍飛又發現了三具屍骨。順著迷宮走出一看原來是劉太太家的後門。那麼劉太太和底下迷宮到底是什麼關係。究竟是不是劉太太往水裡放的致幻劑？劉太太和女鬼到底有沒有關係。龍飛回到宿舍準備睡覺，突然燈滅了，聽到異常響聲。
第6集2003年11月28日
龍飛循聲而去發現原來是肖克和公安小劉進住了檔案館，肖克讓龍飛保密他們入住的秘密。南雲來到龍飛的宿舍倆人一起做飯吃，天黑了龍飛送南雲離開，南雲突然看見一個白衣人影閃過。龍飛、肖克以為劉太太死了水就沒問題了，於是毫無防備地喝了水，二人又有不同程度的迷糊。恍惚間那個影子又出現，並且走入地下迷宮，像是尋找什麼東西。龍飛和肖克全力追趕，卻敵不過藥力發作。南雲和回去後想起那個閃過的人影，睡不塌實，就返回來找龍飛。看到肖克藏起來的槍，順勢拿起趕到迷宮，對女鬼連開數槍，同時自己也受了傷。龍飛和南雲再一次經歷了生與死的考驗，心靈再一次相交，他們決定結婚。公安局派人進一步調查迷宮，肖克和龍飛終於在地下迷宮的牆上找到一個密室。發現了一本相簿和一個裝著一張紙的玻璃瓶。龍飛急不可待地開啟那張紙，上面是梅花和人名，但是沒等看清，紙便自燃了。龍飛嚇得不敢動其他東西，原封帶給技術部門。相簿中有十二張照片，照片上都是年輕男人，玻璃瓶中能裝過什麼藥水，但是已經揮發開淨了，法醫告訴肖克是因為那個小瓶上有磷粉，所以那張紙都會自燃。不過可以肯定，這密室裡找到的東西很可能使一起重大案件初露端倪，而所有的線索終於開始有了一個清晰的走向。肖克認為女鬼就是特務，是白敬齋留下的人來找重要的東西。
第7集2003年12月5日
“女鬼”叫莊美美，她的丈夫叫夏文亭，在一家保密單位工作，似乎這是一個大案子。經過調查發現那十二個照片上的男人是白敬齋留下的特務組織成員，這個組織叫梅花組織。肖克他們找到了夏文亭，夏文亭對妻子的死很悲傷，雖然很愛莊美美，但卻並不瞭解她。夏文亭告訴他自己是工程師，父親是大學教授，他和父親是解放的時候國外回來參加新中國建設的，參加了雷達站的設計。這次設計對外嚴格保密，地方公安部門一概不知。莊美美和夏文亭閃電結婚嫁入夏家，她的動機不一定是愛情。但是他們父子是否被髮展成特務了呢？不得而知。於是“梅花案件”特別專案小級成立了，公安局決定監視夏家父子。夏老先生十分通情達理非常配合公安人員的監視工作，而夏文亭非常不滿與公安戰士大吵大鬧。館長在檔案館找了間空房間作為龍飛和南雲的結婚新房。他們開始準備操辦婚姻大事。肖克得知龍飛和南雲結婚的事，心裡有點惆悵。龍飛和南雲坐車買結婚物品的時候突然聽到售票員報站名“清泥窪路到了”，這句話點醒了龍飛，他想起了那張自燃的紙條上的“清泥窪路”字樣，於是他給清泥窪路上的每一位住戶都發了一封信。火葬廠方面傳來了壞訊息，說莊美美的屍體沒經過同意就被火化處理了。肖克急了，趕到火葬廠火化工卻說人已經被燒了。但是醫學院解剖室卻有人報案說多了一具女屍。肖克找到醫學院解剖室的教師向學一，吃驚地發現那具多出來的女屍竟然就是莊美美。
第8集2003年12月12日
肖克對莊美美的屍體來歷進行了細緻調查，屍體是怎麼到了解剖室的。疑點集中到了向學一身上，為什麼這個屍體被運來運去，難道屍體裡有什麼有價值的東西？突然有人報告向學一去了火葬廠，肖克決定加強對向學一和解剖室的監控。龍飛不斷地收到清泥窪路的退信，同事對他的行蹤感到奇怪。葉蕾畢業了分配到肖克的身邊工作。第一次任務就是跟肖克一起到醫學院檢視莊美美的屍體，可是她只看了一眼彈痕累累的屍體就被嚇的暈了過去。她心裡十分羞愧，父親卻鼓勵她給她勇氣和信心。龍飛總是早出晚歸，一心一意準備結婚的南雲幾次和他相約卻撲了空，心裡很不高興，隱隱約約地覺得他們兩人之間出了問題，龍飛安慰她並興致勃勃地計劃婚禮的內容。在公共汽車上，龍飛邂逅了護士梅香。龍飛去找她看病，梅香護士對他百般曖昧。因為上次的暈倒，葉蕾很不好意思，於是她自報奮勇地去醫學院解剖室蹲點，監視向學一。但她心裡卻打起了鼓。晚上實在害怕，於是找龍飛幫忙陪她壯膽，龍飛答應了。
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第9集2003年12月19日
在醫學院解剖室裡龍飛給葉蕾講起了“背靠背”的恐怖故事，正在兩人毛骨悚然的時候，黑乎乎的醫學院的樓道里摸進來了個人影，葉蕾被嚇的逃離醫學院。只剩下龍飛一個人，那個人從解剖室裡抱著莊美美的屍體正準備往外偷，龍飛經過一翻苦戰終於將他打倒在地，肖克等人及時趕到，並將其捕獲。開燈一看竟然是肖克曾經找過的火化工向永福，原來他是向學一的父親。但是向永福眼疾手快同時把莊美美眼睛裡的膠捲迅速曝光了。向永福交待，他的使命是要把莊美美拍到的軍事基地的建築平面圖交給梅花組織。但是自己敗露了，膠捲決不能落在公安人員手裡，所以他只能毀了它。葉蕾受到擅自離守的處分，保證不再犯錯。南雲向肖克及葉雷瞭解到龍飛的情況，並希望不要影響他們，兩人和好如初，定下婚期。但是龍飛覺得梅香不是普通的護士，依然時不時的去造訪她。龍飛想從梅香那裡瞭解白家老宅的情況，梅香好像一無所知。
第10集2003年12月26日
專案組制定了下一步行動計劃，讓向永福去接頭。卻沒想到向永福左思右想，他不願意出賣他的組織，又不願意連累兒子，最後選擇了死。向永福自殺，線索中斷。這給行動造成了更大的困難，肖克向專案組請命，以讓他假扮向永福，利用向永福單線接頭中的漏洞，直接和取圖的人接上關係，代替向永福，打入特務組織。龍飛越來越懷疑梅香是特務，說要和她玩抓特務的遊戲。肖克提前來喝南雲和龍飛的喜酒，叮囑龍飛今後好好待南雲。葉蕾也在婚禮的一大早趕來告訴他臨時有任務不能參加婚禮了，提前送來禮物。龍飛突然明白今天江邊有行動，追至江邊，還告訴肖克不要去，肖克罵龍飛太沒有原則，堅持行動。肖克被前來接頭的特務黃櫨看出破綻，行動失敗了。龍飛因洩露情報被我公安人員抓獲，沒能如時進行婚禮。龍飛跟趙處長說明了一切他所做的事的目的，並讓轉告肖克。南雲由於龍飛沒能與她正常進行婚禮，十分傷心。龍飛保證以後不會再有這樣的事，並向南雲道歉。
第11集2004年1月2日
行動失敗後，趙處長給大家開會，批評了肖克。南雲來找龍飛，他又不在家，門上掛著一把鎖。依然是屢屢失約，常常找不到他的蹤跡。葉蕾懷疑龍飛是特務，就對肖克講了。梅香果真是特務。黃櫨的公開身份是電影院的副經理，電影院就是他們活動的地點。他一直在打梅香的主意。當他發現他和梅香之間又冒出個龍飛的時候心中很是不快。黃櫨早看出梅香對龍飛的態度曖昧，他已經追求梅香多年。於是黃櫨在龍飛進到護士站的時候在背後將他打暈綁架了龍飛。梅香制止了黃櫨為瀉私憤折磨龍飛，但是她並沒有很快放龍飛走。梅香問龍飛為什麼行動那天要救肖克。龍飛告訴梅香肖克是他的朋友。她對龍飛的解釋頗為滿意，她決定放龍飛走，但要他說出是誰殺死了莊美美，卻沒想到，龍飛說莊美美就是他殺死的。黃櫨想問清龍飛到底是什麼人，並對龍飛施以私刑。龍飛反問梅香能否加入特務組織。黃櫨的父親黃飛虎逼問龍飛是怎麼殺死他女兒黃菲也就是莊美美的，並讓他帶殺死黃菲的真正凶手來。龍飛明白這就是考慮他的加入了。一連幾天不見龍飛的蹤影，南雲心裡有了不詳的預兆。她撬開龍飛的門，亂翻他的東西，發現了梅香寫給龍飛的信箋，上邊寫著“老時間，老地方見”，心如刀絞。
第12集2004年1月9日
龍飛下決心要成為黃飛虎他們中的一員，他時不時地和梅香出雙入對。南雲因為失望到寺院找弱行師傅尋求解脫，弱行希望南雲一定好好選擇，好好活著。檔案館的同事們議論紛紛，跟龍飛說處理好男女關係，這讓龍飛很惱火，葉蕾更加覺得龍飛有問題。肖克去找南雲發現她正站在房頂以為她要自殺，一把將她攬在懷裡。心事重重的南雲啼淚具下，肖克一番勸說安頓好南雲便回家了。梅香收到一封莫名其妙的信，黃飛虎要她查清是寫的，並說要給龍飛看看。黃飛虎看信後得知龍飛與南雲的關係，同時也對他的身份大為懷疑，便派梅香去證實。龍飛再次向南雲保證一定要辦一次婚禮，只有他們兩個人。結婚的晚上，南雲準備好一桌飯菜等著龍飛，龍飛沒能及時回來，讓南雲倍加心酸，再次絕望。正當南雲暗自落淚的時候，梅香卻尾隨龍飛回到檔案館的新房。她逼著龍飛殺死南雲證明自己的身份，意想不到的是南雲一把奪過了槍，用槍口對著自己，開槍自殺了。南雲自殺事件給龍飛造成了極其惡劣的影響，他被開除了檔案館的公職。龍飛將黃菲的骨灰送致黃飛虎處，並得到他的初步信任。
第13集2004年1月16日
為進一步考驗龍飛，梅香給他佈置了一個取膠捲的任務，在她的指揮下，龍飛、梅香、黃櫨來到醫學院，到了發現莊美美屍體的現場，把藏在人體標本右眼中的微縮相機取出。龍飛恍然大悟，原來向永福身上的圖並不是真的，他已經把真圖藏在這裡。在路上卻碰到了暗中監視龍飛的葉蕾，雙方發生衝突，葉蕾向龍飛開了槍，她懷疑龍飛已經投靠了敵人。黃飛虎對龍飛的任務很滿意。龍飛受了傷，梅香悉心照顧，而且再次向他示愛。龍飛問膠捲裡是什麼東西，梅香說是雷達站的平面圖紙，這是黃菲從夏文亭那裡弄到的。因為膠捲的事龍飛贏得了黃飛虎的信任，他把膠捲教給大老李嚴加看管，並繪出雷達站平面圖，以便在特務組織破壞行動時使用。龍飛把這個訊息告訴了肖克，趙處長開始佈置了一系列反破壞雷達站計劃。龍飛幾次想接近大老李正在畫的圖紙，但未果。肖克告訴龍飛，讓他用雷達站圖去調換真圖，以破壞敵人行動的計劃。
第14集2004年1月23日
龍飛的傷在梅香的照料下恢復的很快，他對梅表示感謝，梅香藉機進一步向龍飛示愛，恰好被黃櫨看到，他非常惱怒，但遭到梅香痛斥，憤怒中梅香說自己是白敬齋的女兒叫白薔，龍飛暗自吃驚，不知道梅香還隱藏了多少重要秘密。龍飛終於找到機會獨自進入繪圖室，將圖紙掉了包，龍飛巧妙地銷燬了正在繪製的真圖。黃飛虎得知後大發雷霆。大老李和黃櫨對圖紙燒燬表示懷疑，他們開始懷疑龍飛。黃櫨決定從夏文亭開刀，夏文亭果然給黃櫨找來了真圖，但黃櫨拿到真圖時卻翻臉威脅，讓夏文亭好好為特務服務，否則死路一條。小劉經查實證明白敬齋確實有三個女兒，分別叫：白薇、白薔、白蕾。大李繪老完了其圖，黃飛虎決定要喚醒冬眠已久的梅花組織成員準備開始大規模破壞雷達行動。但不少人卻不願繼續為組織效力了，黃櫨開始對這些人產生不滿。但龍飛卻並不知道敵人手裡已經又有了真的雷達站平面圖，趙處長他們依舊按照龍飛掉包的假圖紙部署反破壞計劃。
第15集2004年1月30日
肖克在南雲的檔案裡發現她母親還是個烈士，是解放前被一個叫劉吉祥的人出賣的。黃飛虎對龍飛非常信任，加之梅香對龍飛又情有獨鍾，黃櫨妒意大發，不斷地給龍飛設定障礙，並對他的身份產生進一步的懷疑。梅香和黃家父子的矛盾進一步加深。原來黃家一系是原軍統的，而白敬齋屬於中統一系。中統、軍統矛盾複雜，白、黃兩系也一直不睦。龍飛把這一重要線索告訴肖克，他覺得黃白兩家的矛盾可能會幫他不少忙。同時，白薔讓龍飛負責與潛伏特務聯絡，龍飛感覺此次是大好時機，也許離一舉破獲梅花組織的日子不遠了。他說服肖克不要阻攔特務組織購買炸藥等準備行動，而是等到最後，一舉全殲。梅香對龍飛再次示愛，龍飛明白地告訴她，他們倆的關係只能是朋友。龍飛在盯梢黃櫨的時候被公安人員當成無業遊民抓了起來，黃家對他的行為產生了懷疑，但龍飛憑藉自己的機智駁斥眾人的懷疑之辭，重新贏得了黃飛虎的信任。專案組制定了下一步行動計劃，讓向永福去接頭。卻沒想到向永福左思右想，他不願意出賣他的組織，又不願意連累兒子，最後選擇了死。向永福自殺，線索中斷。這給行動造成了更大的困難，肖克向專案組請命，以讓他假扮向永福，利用向永福單線接頭中的漏洞，直接和取圖的人接上關係，代替向永福，打入特務組織。龍飛越來越懷疑梅香是特務，說要和她玩抓特務的遊戲。肖克提前來喝南雲和龍飛的喜酒，叮囑龍飛今後好好待南雲。葉蕾也在婚禮的一大早趕來告訴他臨時有任務不能參加婚禮了，提前送來禮物。龍飛突然明白今天江邊有行動，追至江邊，還告訴肖克不要去，肖克罵龍飛太沒有原則，堅持行動。肖克被前來接頭的特務黃櫨看出破綻，行動失敗了。龍飛因洩露情報被我公安人員抓獲，沒能如時進行婚禮。龍飛跟趙處長說明了一切他所做的事的目的，並讓轉告肖克。南雲由於龍飛沒能與她正常進行婚禮，十分傷心。龍飛保證以後不會再有這樣的事，並向南雲道歉。
第16集2004年2月6日
但黃櫨對龍飛的懷疑卻有增無減，同時他看到龍飛不僅重新取得了大家的信任而且還更加讓梅香著迷，他不肯善罷甘休，非常生氣，並企圖施暴梅香，梅香幾度掙扎，恰好龍飛趕來制止，梅香開槍打死了黃櫨。黃櫨的死引起了特務的不安，黃飛虎為了安定軍心，忍住失去愛子的悲痛，讓大家不要動搖。但是黃飛虎卻改變了計劃，暫停了行動。然而肖克他們依然認為特務們會依照假雷達站圖計劃行動。梅香派人打開了南雲的墓，發現裡邊竟然是空的。夏文亭在特務活動裡陷的太深，其父親讓他到政府投案自首，他卻嘲笑父親放棄英國的優越生活條件，一廂情願地回國建設，卻被懷疑成特務，真是不可思議。在行動之前黃飛虎接到了一個電話，讓他們馬上行動，並改變了進攻方向，沒收了龍飛的槍。龍飛面臨計劃突變只能乾著急，無法通知肖克他們計劃已改。原來行動前，黃飛虎接到上級命令，說組織內有臥底，黃飛虎決定帶著電影院全體特務撤離，夏文亭要求跟黃飛虎走。肖克趕來時已經人去院空，公安人員散開開始搜查，向山中轉移。這時卻一隻槍從背後頂過來，肖克呆住了。
第17集2004年2月13日
那支槍是特務的。因為天色已晚，只有肖克一人仍然緊追不捨，和大部隊失去了聯絡，反而落在特務們的包圍中，黃飛虎讓龍飛當眾人的面殺死肖克，龍飛艱難地舉起槍將肖克一槍擊倒在地，葉蕾聽到槍聲趕來，看到肖克已倒在了血泊中。黃飛虎等繼續向山中行動，眾人分散到特務村的各家各戶安頓下來，白薔與龍飛住在山中，龍飛神情恍惚。肖克被葉蕾送到醫院搶救，在醫生的努力和葉蕾的看護下搶救過來，肖克接受上級任命，全力追繳特務組織，他發出的第一道命令就是通緝龍飛，龍飛由於失去朋友、妻子情緒很低落，和白薔無端爭吵了起來，失手打了白薔。趙處長讓大家認真總結一下這次行動失敗的原因。山中營地通過電台接到一個代號叫“吉祥”的人發來的命令，要求全體人員按兵不動，等待梅花圖的出現，龍飛聽到訊息後更加著急，尋找機會下山求援，一番驚心動魄的洞穴歷險，龍飛終於摸下了山，白薔發現龍飛獨自下山，沒有通知手下便悄悄跟了下來。龍飛摸進城裡後沒想到到處都是通緝他的通緝令，於是撤到醫院看肖克。
第18集2004年2月20日
龍飛探望中槍在醫院的肖克，葉蕾這時進來，用槍對準龍飛。龍飛反以葉蕾作人質才得以逃出。龍飛來到南雲墓前，梅香出現，她告訴龍飛南雲是她的姐姐，這時公安來搜捕龍飛，龍飛將南雲和梅香的照片放在墓前。梅香在小河邊向龍飛講起了白家三姐妹的事，南雲是她的姐姐，叫白薇，她叫白薔，她還有一個小妹妹叫白蕾。講起她們小時候的事還有白家老宅以及他們身上的梅花，雖然是同父異母的姐姐卻沒見過幾次面。三號命令的二級行動是細菌戰——鼠疫。黃飛虎對這種下九流的行動計劃嗤之以鼻，拒不執行。他和龍飛被關。肖克的調查在進行，他們發現南雲的真相，原來她不僅沒有死，而且也是個特務。
第19集2004年2月27日
南雲用脫身法潛伏在尼姑庵。特務村鼠疫流行，有人還因此死亡。一時間人心惶惶。梅香來迎接黃飛虎和龍飛，他們三個商量譁變，取得了山寨的控制權。三人再次約見神秘三號。肖克的會議在開著，根據瞭解的情況，範圍縮小到梅山縣是特務山寨。南雲的特務身份進一步確定。肖克來到葉蕾家吃飯，葉蕾的爸爸葉楓和媽媽都非常殷情地款待他，肖克走了以後，爸爸開玩笑問她，你是不是和他談戀愛了，葉蕾滿臉通紅地否認了。肖克來到化驗室，從化驗的結果看，肖克吃驚發現莊美美眼裡的微縮膠捲是被南雲取走的。肖克一行人追到梅山鎮，探尋特務的行蹤。但不幸被特務們發現，葉蕾被特務抓走，龍飛被我公安抓住。
第20集2004年3月5日
雙方協商在河邊交換葉蕾和龍飛，肖克聽了一下子火冒三丈，立刻帶上龍飛來到山裡。這時候他才意識到，原來葉蕾在他的心裡已經是那麼重要。我公安已做好戰鬥準備，在人質交換後，大部隊上山圍剿特務將他們一網打盡，大部分特務被抓，只有龍飛、梅香和黃飛虎在逃。龍飛跟著黃飛虎、梅香等四人來到山洞，龍飛趁大家睡覺時，下了他們的槍，龍飛明確告訴黃司令和梅香他是公安，梅香憤怒而去，黃司令被龍飛押著回到指揮部，肖克終於明白龍飛的立場，他向龍飛伸出了雙手。部隊押解黃飛虎回城，途中遇冷梅，黃司令中彈身亡。槍是梅香開的，梅香自己也受了傷。梅香死在了他愛的人龍飛的懷裡。龍飛回到公安局。三號是誰，梅花組織還沒有徹底消滅，梅花組織的三級行動是刺殺我軍重要將領，這個行動的危害最大。這時梅花組織找到了隱藏的南雲，為了掩人耳目，南雲殺了弱行尼姑，她開始行動了。肖克和龍飛也來找南雲，但是他們來晚了一步。專案組制定了下一步行動計劃，讓向永福去接頭。卻沒想到向永福左思右想，他不願意出賣他的組織，又不願意連累兒子，最後選擇了死。向永福自殺，線索中斷。這給行動造成了更大的困難，肖克向專案組請命，以讓他假扮向永福，利用向永福單線接頭中的漏洞，直接和取圖的人接上關係，代替向永福，打入特務組織。龍飛越來越懷疑梅香是特務，說要和她玩抓特務的遊戲。肖克提前來喝南雲和龍飛的喜酒，叮囑龍飛今後好好待南雲。葉蕾也在婚禮的一大早趕來告訴他臨時有任務不能參加婚禮了，提前送來禮物。龍飛突然明白今天江邊有行動，追至江邊，還告訴肖克不要去，肖克罵龍飛太沒有原則，堅持行動。肖克被前來接頭的特務黃櫨看出破綻，行動失敗了。龍飛因洩露情報被我公安人員抓獲，沒能如時進行婚禮。龍飛跟趙處長說明了一切他所做的事的目的，並讓轉告肖克。南雲由於龍飛沒能與她正常進行婚禮，十分傷心。龍飛保證以後不會再有這樣的事，並向南雲道歉。
第21集2004年3月12日
在回去的路上龍飛問肖克是不是在和葉蕾談戀愛，肖克臉紅了。肖克晚上送葉蕾回家，問她覺得自己怎麼樣，葉蕾幸福地笑了。但是葉蕾發現了自己的媽媽朱娜的鞋上沾滿了他們在山洞裡看到過的蝙蝠屎，心裡對她產生疑問。把家裡廚房裡的很多東西都拿到公安局去化驗。發現家裡有密寫藥水。法醫告訴她這種東西不是老百姓過日子用的東西。朱娜原來也是冒名頂替的。葉蕾拿著那堆從家裡拿來的一些化學藥品回家，不小心藥水打溼了自己的衣服，回到家才發現自己的肚皮上竟然也有一朵梅花。她五雷轟頂，痛苦之下準備去找肖克，路上白薇把她拽到油菜花地裡，告訴她，她們都是白敬齋的女兒，她們是親姐妹，葉蕾痛苦萬分，只好對著天空連發數槍。葉蕾急切地見到肖克，撲在他的懷裡，把埋在心裡的一切都告訴了他，肖克堅持葉蕾是無辜的，葉蕾堅決要求監視朱娜的任務攬了下來。
第22集2004年3月19日
葉蕾在家中繼續著對朱娜的偵察，終於發現了她的秘密，葉蕾的家裡的一堆照片裡發現朱娜原來就是舊報紙上的登載過的劉吉祥，她的身上紋著一朵梅花，朱娜果真是特務，她正吃驚的時候又親眼看見父親葉楓竟然親手勒死了朱娜，不僅朱娜是特務，連她非常崇拜的父親也是壞人，她感到情況的危急。葉蕾馬上打電話給肖克，但肖克拿走電話時對方卻已結束通話了。肖克覺得不妙，趕到葉家，但空無一人，只看到地上的朱娜的照片，葉楓卻假悲痛報了案。原來，葉楓就是三號，他見朱娜暴露，便搶先一步將她殺死，免除了後患。他決定不惜一切代價重組梅花組織，為反攻大陸做好準備，因此才冒險暴露自己，綁架白蕾，要挾白薇。空軍作戰會議隆重召開，可是肖克在會場裡卻忽然發現了白蕾的身影。就在海軍將領們向著白蕾的方向走來的時候，白蕾則隨著一聲巨響化成了一道灰燼。這又是葉楓的罪惡之舉。白薇約見三號葉楓，告訴他他夢寐以求的梅花圖就在自己的身上。葉楓果然如約而至，用特製的藥水將梅花圖顯影。白薇則把葉楓引到江邊的懸崖旁，誘惑他說出了自己當年潛伏大陸，贏得信任，出賣白敬齋，駕禍黃飛虎的全部事實。最終，白薇與葉楓同歸於盡，用自己的生命為自己父親和妹妹報了仇。而龍飛和肖克也終於得到了全部潛伏特務的名冊——梅花圖。龍飛和肖克立功受獎，他們保衛了國家利益。