超時空奇俠 第 2 季
2006-04-15 首播 · 共13集
這是第一個以大衛·坦南特為第十位博士的系列。他繼續與他的同伴羅斯·泰勒（比莉·派珀飾）一起旅行，他與他的依戀越來越緊密。他們還與羅斯的男友米奇·史密斯（諾埃爾·克拉克飾）短暫旅行，卡米爾·科杜裡重新扮演羅斯的母親傑基。該系列由一個鬆散的故事弧連線起來，該故事弧由反覆出現的單詞“火炬木”組成。這也是第一個在聖誕節特別節目之前推出的系列，該特別節目旨在瞭解該節目在聖誕節的表現如何。“聖誕入侵”的成功使聖誕節特別節目成為一年一度的傳統。
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《超時空奇俠》第 2 季 分集劇情共 13 集
第1集：新興地球2006年4月15日
50億零23年後的新地球，新生的博士和羅斯來到了一個位於M87 銀河系的新地球，在那裡羅斯被人（或者說是人皮）附身。新地球原來的居民――長著貓臉的人為了治療人類移居到這個星球時所帶來的種種疾病，用自己的身體細胞培養人體，關在密室中做病毒實驗。有一個傳說：Boe之臉會在臨死前會對一個孤單的旅行者說出他最大的秘密，博士見到Boe之臉，但後者告訴博士，下一次見面的時候就是說出秘密的時刻。
第2集：張牙舞爪2006年4月22日
博士和羅斯陰差陽錯地回到了十九世紀的蘇格蘭，在那裡他們將遇到維多利亞女王，以及傳說中在滿月時出現的狼人。女王逃過一劫後決定針對超自然現象與外星人事務設立火炬木研究院 (Torchwood Institute)。
第3集：校園重聚2006年4月29日
2006年英國倫敦，博士和羅斯以及米奇·史密斯(Mickey Smith)來到了某學校，博士發現，這裡的學生擁有超時代的知識（如何超越光速等），而大部分學生被一群大蝙蝠變化成的老師（克里烴人）控制著，在用電腦破解創世密碼，想要控制整個宇宙。（博士的舊夥伴莎拉和King Dog出現）
第4集：壁爐女孩2006年5月6日
18世紀的法國，凡爾賽宮遭受到時鐘殺手的攻擊。路易十五的情婦，蓬皮杜夫人，呼喚她夢中的神秘男子—博士 。
第5集：賽博崛起2006年5月13日
2006年英國倫敦，博士、羅斯和米奇意外來到平行世界的21世紀，在那裡他們發現這是一個從未見過的21世紀，羅斯發現她的父親皮特·泰勒還活著，並且幫助約翰·魯米克製造了一個人類升級工廠，開始人類佩戴工廠製造的耳機下載任何資料。可是魯米克卻要將人類改造成人造人。但是，改造後的人類，卻變成了一個新的種族——賽博人(Cybermen)。
第6集：鋼鐵時代2006年5月20日
2006年英國倫敦，賽博人與人類，還有來自另一個21世紀的博士、羅斯和米奇，將開始一場精彩的戰鬥。
第7集：變臉2006年5月27日
1953年英國倫敦，博士和羅斯在50年代的城裡，看到人們在買電視機，準備收看伊麗莎白的加冕典禮。在柯濃裡的家裡，博士和羅斯發現一個沒有臉的婦人被警察帶走了，博士為了要知道真相也去了警察局。而羅斯看了看柯濃裡家的電視機後，好像發現了什麼便去調查。但隨即羅斯也被警察局發現在大街上，並且也沒了臉。
第8集：不可能星球2006年6月3日
四萬三千年後的太空基地，博士和羅斯來到了未來的太空基地。他們看到了有一群名為無德 (Ood) 的外星人給在太空基地工作的人們做奴僕。太空基地是建在一塊巨大的岩石上面，基地外面竟有一個巨大的黑洞。在一次小地震後，部分太空基地和塔迪斯塌陷了，博士為了尋找塔迪斯決定到地底去看一看。
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第9集：魔鬼深淵2006年6月10日
四萬三千年後的太空基地，被邪惡力量控制的無德 (Ood) 包圍太空基地，基站裡的隊員決定帶著羅斯離開太空基地。而留在地底的博士將會看到一個巨大的魔鬼。
第10集：愛成魔2006年6月17日
2006年英國倫敦，埃爾頓和一群好朋友出於好奇心，在圖書館地下室建立了一個小團體，專門收集一些有關博士的資料。但是在維克多·肯尼迪加入後，有人發現他們的夥伴越來越少了。後來埃爾頓發現原來維克多是一個外星人，而博士和羅斯會出現嗎？
第11集：畏懼她2006年6月24日
2012年英國倫敦，博士和羅斯來到了6年後的倫敦，當時的群眾應該準備迎接，第30屆倫敦奧運會的開幕。但是博士和羅斯看到在某條街道上的人，不明原因地一個個的消失。然後博士和羅斯來到一個小女孩克洛伊的家裡發現，不知什麼原因，克洛伊畫的人和消失的人一樣。博士經過調查後知道了，原來是一種外星植物進入了克洛伊的體內，所以克洛伊畫的人會在街道上消失進入畫中。
第12集：幽靈大軍2006年7月1日
羅斯和博士回到現在的倫敦，發現滿大街都是幽靈。火炬木小組(Torchwood)的女指揮伊馮·哈特曼，因為一個用機器無法測量到任何資料，只有肉眼看見的大球在金絲雀碼頭出現，便在大球出現的裂縫處建了大廈，並且控制裂縫使鬼魂出現。但所謂鬼魂實為賽博人，賽博人趁機入侵火炬木，開啟裂縫引入賽博大軍。而那來自零空間的大球實為一個通道，裡面出來了四個戴立克。
第13集：末日侵襲2006年7月8日
接上一集，賽博人宣稱已統治地球，並要移除人類的恐懼、性、階級、人種和信條，把所有人類都變成賽博人。而四個戴立克保護著同樣從大球裡出來的“創世方舟”，並揚言一個戴立克就能摧毀五百萬賽博人。平行世界的羅斯的父親皮特，米奇也都通過裂縫來到這個地球加入了戰爭。“創世方舟”是時間領主製造的監獄，內關有數百萬戴立克，一場惡戰開始，人類面臨滅絕。博士逆轉裂縫把賽博人和戴立克關進零空間，羅斯被“父親”接去平行世界無法回來，博士引爆了一顆超新星以獲得足夠能量穿越時空，向站在惡狼灣的羅斯道別；火炬木小組第一分組全部覆滅。