分集 共11集
《天才駭客F》第 1 季 分集劇情共 11 集
第1集：天才駭客與恐怖病毒2008年10月11日
平安夜的俄羅斯極寒之地，神秘女子折原瑪雅從神秘組織手中奪取致命病毒 “聖誕虐殺”，其目標直指日本。為應對危機，日本警視廳成立秘密調查小組 THIRD-i，因需破解間諜留下的暗號，他們找到 18 歲的天才駭客高木藤丸求助。藤丸被迫入侵俄羅斯軍用電腦，震驚地發現該病毒已在俄東部城市散播，整座城市瞬間消失。與此同時，瑪雅以生物老師的身份潛入藤丸就讀的彌代學院高中，開始暗中監視他的一舉一動，一場圍繞病毒與駭客技術的較量悄然拉開序幕。
第2集：致命的相遇2008年10月18日
藤丸與好友九條音彌著手調查 “聖誕虐殺” 相關事件，逐漸懷疑新上任的生物老師瑪雅與影片中散播病毒的女子高度相似。就在調查推進之際，藤丸接到神秘電話，妹妹高木遙被綁架，對方以妹妹的生命相威脅，要求他入侵 THIRD-i 的資料庫竊取病毒情報。此前大型超市發生的系列案件被證實是恐怖組織製造的偽裝恐怖活動，藤丸意識到這只是更大危機的序幕，而他為了拯救妹妹，不得不陷入恐怖組織設下的圈套，在駭客任務與親人安危之間艱難周旋。
第3集：間諜現身2008年10月25日
藤丸與好友九條音彌著手調查 “聖誕虐殺” 相關事件，逐漸懷疑新上任的生物老師瑪雅與影片中散播病毒的女子高度相似。就在調查推進之際，藤丸接到神秘電話，妹妹高木遙被綁架，對方以妹妹的生命相威脅，要求他入侵 THIRD-i 的資料庫竊取病毒情報。此前大型超市發生的系列案件被證實是恐怖組織製造的偽裝恐怖活動，藤丸意識到這只是更大危機的序幕，而他為了拯救妹妹，不得不陷入恐怖組織設下的圈套，在駭客任務與親人安危之間艱難周旋。
第4集：背叛者2008年11月1日
藤丸、THIRD-i 特工迦納生馬與恐怖組織成員寶生小百合被瑪雅帶到一間廢棄倉庫，藤丸為阻止寶生舉槍相向，卻發現槍中沒有子彈，反被對方制服。寶生隨即向迦納開槍，導致迦納重傷無法動彈，瑪雅與寶生趁機奪走存有重要資訊的 USB 後撤離，藤丸立刻展開追擊。與此同時，THIRD-i 本部接到謊報，誤以為迦納是內奸 “蜘蛛”，內部陷入混亂，期間更遭到不明人士亂槍掃射，地下室的監視器拍下了入侵者的痕跡，內奸的存在讓調查陷入更大困境。
第5集：父親的秘密2008年11月8日
瑪雅將藤丸帶到一家餐廳，讓他首次見到了恐怖集團的首腦 J。J 向藤丸丟擲震撼訊息，聲稱他的父親高木龍之介早已加入恐怖組織，並試圖說服藤丸也加入其中。這一說法讓藤丸備受打擊，而此時餐廳內突然有顧客疑似中毒倒下，圍在餐廳外的警察陷入慌亂，唯有藤丸保持冷靜，識破這是 J 精心設計的偽裝測試，堅決拒絕了對方的拉攏。這場虛驚過後，藤丸對父親的身份產生深深懷疑，而恐怖組織的真實目的也愈發撲朔迷離。
第6集：尋找解藥2008年11月15日
藤丸在父親龍之介慌忙逃走前使用的電腦中找到線索，推測生物研究所可能藏有病毒解毒劑。同班同學音彌和朝田葵得知後，堅持要與他一同前往探尋。三人抵達研究所後，恰好遭遇同樣前來奪取解毒劑的恐怖分子，藤丸迅速運用駭客技術侵入大樓系統，通過監視器鎖定了持有解毒劑的敷村教授。然而，恐怖分子的調虎離山之計讓局勢變得複雜，他們必須在避開敵人阻撓的同時，儘快找到解毒劑的下落，為對抗病毒爭取希望。
第7集：深山的秘密2008年11月22日
瑪雅透露被殺害的敷村教授電腦中留有抗病毒藥劑處方的線索，藤丸與迦納、南海薰等人根據線索前往指定地點，卻發現這裡竟是藤丸童年時與家人度假的地方，如今已被敷村教授改造成秘密研究所。藤丸等人的行蹤被恐怖分子察覺，陷入險境。他們在地下室成功找到抗病毒劑樣本，卻在撤離時被追蹤而至的寶生搶走，不料寶生隨後被組織成員殺害，病毒樣本最終落入 J 手中。與此同時，THIRD-i 總部因出現叛徒和入侵者，指揮官霧島遭到上司責罵，鐮田接替其職位成為新的指揮官，調查團隊面臨重組。
第8集：校園攻防戰2008年11月29日
警官船木被殺，藤丸莫名蒙上殺人兇手的不白之冤。此時的他既遭遇父親的 “背叛”，又難以完全信任 THIRD-i 的人，學校新聞部的音彌、小葵等人成為他最後的心靈寄託，眾人偷偷聚集在學校教室商議對策。然而恐怖組織的滲透無孔不入，成員已悄然潛入學校。J 故意向 THIRD-i 散佈虛假訊息，稱藤丸等五人中了病毒，要求釋放被拘留的組織教祖神島紫門來交換解毒劑，將校園變成了新的博弈戰場。
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第9集：解藥之爭2008年12月6日
藤丸與夥伴們在學校與潛入的恐怖分子展開激烈爭鬥，最終成功奪回解毒劑，但同班同學立川英已出現嚴重中毒症狀，在注射解毒劑前不幸身亡。藤丸將小英的死歸咎於自己，陷入深深的悲痛與自責，但這份傷痛也讓他更加堅定了對抗恐怖組織的決心。另一方面，J 率領手下突襲拘禁神島紫門的拘留所，成功將其救出，恐怖組織醞釀已久的 “血色星期一” 病毒計劃正式進入執行階段，東京面臨空前的病毒威脅，藤丸決定全力協助 THIRD-i 對抗恐怖分子。
第10集：兄弟對決2008年12月13日
J 意外造訪藤丸家，告知他一個震撼的秘密 —— 自己與音彌其實是有血緣關係的親兄弟，隨後便轉身離去。這個訊息讓藤丸陷入兩難，開始懷疑音彌可能會背叛自己，兩人之間的信任出現裂痕。與此同時，瑪雅陪著神島紫門出現在 THIRD-i 相關區域，拿出了致命的 “BLOODY-X” 病毒，恐怖組織的最終行動即將啟動。藤丸在親情、友情的糾葛與恐怖危機的雙重壓力下，必須儘快理清思緒，制定阻止病毒散播的計劃。
第11集：真相大白2008年12月20日
恐怖集團的真正首腦 K 終於現身，令人震驚的是，她竟是與藤丸同屬學校新聞部的安齋真子。真子希望藤丸協助自己完成最終計劃，並用槍對準了他，危急時刻藤丸的父親龍之介挺身而出，替他擋下了子彈。K 與瑪雅慌亂逃走，藤丸和受傷的龍之介得到 THIRD-i 的保護。恐怖集團決心開啟 “珠寶箱” 完成最後目標，而藤丸發現 “珠寶箱” 實則是能通過手機訊號傳播的超級病毒裝置。在錯綜複雜的人際關係與緊迫的危機中，藤丸四處奔走，憑藉駭客技術侵入病毒散播系統，成功阻止了病毒大規模擴散。最終，真子和 J 被逮捕，神島紫門服毒自盡，龍之介傷愈後父子和解，這場牽動東京的恐怖危機終於化解。