分集 共13集
《機巧魔神》第 1 季 分集劇情共 13 集
第1集：機巧魔神2009年4月2日
除了被青梅竹馬的幽靈附身以外很普通的智春。高中入學式前夕，為了開始獨自生活而開啟搬家行李的他面前，出現了一個陌生女性。
第2集：所謂的毀滅未來2009年4月9日
智春來到鳴櫻宅的房東潮泉老人那裡做搬家問候。但老人謎一般的話語讓智春更加困惑。回家路上，智春遇到的是寄居在親戚潮泉家的奏。
第3集：科學之光落下的影子2009年4月16日
因玲士郎操縱的機巧魔神“翡翠”的攻擊，操緒消失了。奏被關押等待第一學生會的審判。憤怒的智春試圖召喚“黑鐵”，但附身玲士郎的哀音阻止了他。
第4集：遺失了去處的思念2009年4月23日
為了調查和捕獲神秘生物，智春他們訪問土琵湖。作為第一學生會會長正式委託科學部任務的玲士郎，卻忍不住在意合宿中可能進展的智春和奏的關係。
第5集：糾纏在一起的心靈與身體2009年4月30日
握著銀色小手提箱倒在鳴櫻宅前的朱浬。但醒來後的她自稱“紫浬”，連性格都像另一個人。到底發生了什麼？
第6集：漂浮於黑暗中的祭品2009年5月7日
智春因感冒倒下，科學部一同戰力下降。此時，瞄準朱浬持有的穩定器的瑤襲擊過來。瑤的機巧魔神“白銀”的力量是切割空間。
第7集：夢想散落於無情的空中2009年5月14日
因為“黑鐵”安裝了“穩定器”，操緒變得普通人也看得見。智春望著歡鬧的操緒，想起了改變命運的3年前飛機事故。
第8集：惡運之王最小的女兒2009年5月21日
因只針對惡魔的無差別連續襲擊事件，嵩月家也氣氛緊張。被禁止去學校的奏忍無可忍，逃到鳴櫻宅。
展開其餘 5 集劇情 ▾
第9集：本應不存在的禁忌存在2009年5月28日
惡魔狩獵的犯人被查明是機巧魔神的演操者兼惡魔契約者的禁忌存在“魔神相剋者（阿斯拉克萊因）”。玲士郎出現，忠告智春不要和奏契約走上同一條路。
第10集：被時光的鎖鏈纏繞2009年6月4日
惡魔狩獵的犯人被查明是機巧魔神的演操者兼惡魔契約者的禁忌存在“魔神相剋者（阿斯拉克萊因）”。玲士郎出現，忠告智春不要和奏契約走上同一條路。
第11集：身邊的日常與非日常2009年6月11日
智春他們決定出席哀音的母親霧繪主辦的派對。派對進行中，霧繪講述了哀音、玲士郎、玲子過去與現在截然不同的姿態。
第12集：直到世界枯竭2009年6月18日
科學部查明，智春在霧繪的派對上得到的肌肉像的一部分是機巧魔神的擴充套件功能（外掛）。智春決定將神秘的擴充套件功能就這樣寄存在第三學生會會長冬琉那裡。
第13集：被詛咒的罪人之烙印2009年6月25日
為了得到伊格奈特，加賀篝劫持了修學旅行中的洛蘆和高中2年級學生乘坐的飛機，向智春提出交易。在混亂狀況中，智春答應了交易，但是……！？