分集 共13集
《機巧魔神》第 2 季 分集劇情共 13 集
第1集：消滅的世界與記憶的殘骸2009年10月1日
因智春的誤會再次引起大騷動的科學部，被罰打掃泳池。但在追趕突然出現的可疑考拉時，智春他們踏入了複雜交錯的地下隧道。
第2集：被惡魔吞噬的副葬處女2009年10月8日
哀音消滅以來，想救操緒的念頭一直在智春腦中揮之不去。決心去見一切開端的直貴的智春，找冬琉幫忙調查直貴的所在地……
第3集：自由且不自由的選擇題2009年10月15日
暑假在海邊 pension 開始打工的智春他們。副葬處女=貝利亞爾·多爾的秘密藏在心中、沒精神的智春一旁，樋口策劃撮合智春和奏，提議試膽大會。
第4集：喚作犧牲的代價2009年10月22日
智春在暮海崎的地下遺蹟被GD的恭武襲擊，無法召喚黑鐵的情況下阿尼亞被帶走。之後，在加賀篝他們那裡恢復意識的智春，知道了庫魯斯蒂娜和琴裡協助加賀篝的理由等。
第5集：愛與魔力間的痛苦關聯2009年10月29日
因體育祭準備而熱鬧的洛蘆和高中。因樋口的計謀，智春和奏組成兩人三腳組合，但不知為何訓練開始就接連發生麻煩。綁腳的絲帶沾上凝固劑，兩人分不開了。
第6集：獻給你的真相2009年11月5日
失蹤的直貴突然來電話說“現在馬上從那裡逃”，緊接著智春他們被戴著奇怪假面的神秘騎士襲擊。朱浬和奏拼命反擊也徒勞，智春他們被逼入絕境。
第7集：毀滅的時刻 消失的黑暗2009年11月12日
被直貴告知衝擊性事實，被指示老實潛伏的科學部一行。但阿尼亞被假面襲擊者奪走，連依靠的冬琉也被襲擊，被要求用人質交換智春。
第8集：失去回憶的未來2009年11月19日
因與成為魔神相剋者=阿斯拉克萊因的塔貴也的戰鬥，智春他們3人本應連同黑鐵一起被拖入時空的黑暗中。但智春一個人醒來時，是在與原來世界相似卻微妙不同的世界。
展開其餘 5 集劇情 ▾
第9集：相鄰的死與和平2009年11月26日
在秋希的安排下與奏再會，並與比智春他們早5年被吹飛的阿尼亞合流的智春，暫且為了確認第一巡的洛高而登校。但與朋友們度過熱鬧時光中，智春想起了第二巡的慘劇。
第10集：留下的生命，消散的生命2009年12月3日
世界的非在化和走失使魔的出現，是由重力爐實驗失敗引起的。在世界滅亡 trigger 的研究所與操緒再會的智春，下降到直貴管理黑鐵的次元潛行室。
第11集：對你的思念將破壞世界2009年12月10日
回到第二巡的世界、成為魔神相剋者=阿斯拉克萊因的智春，但要阻止塔貴也明顯戰力不足。即使如此仍準備對決的智春，被玲士郎和瑤命令成為第三學生會會長。
第12集：過去和因果與別離的絕望2009年12月17日
同時召喚4體機巧魔神的塔貴也，通過讓魔力暴走成功打開了重力門，第二巡的世界也開始急劇非在化。此時，變成空殼的朱浬開始講述真相。
第13集：選擇的齒輪2009年12月24日
為了阻止試圖犧牲所有世界來奪回秋希的塔貴也，智春他們發起挑戰。但即使擁有強化的“黑鐵·改”和使魔佩爾塞福涅的力量，也被操縱4體機巧魔神的塔貴也壓倒。