分集 共41集
《飛天小女警》第 2 季 分集劇情共 26 集
第1集：惡霸公主1999年6月25日
飛天小女警的班上來了一個公主。公主想要成為飛天小女警，卻遭到花花等人拒絕。不死心的公主於是跟小女警們對上了。
第2集：大鬧校園1999年6月25日
壞死幫派來到小橡樹幼稚園，瞞著老師，欺負幼稚園的小朋友。花花等人本想教訓壞死幫派，可是礙於校規不能動手，最後用躲避球結束了這一場危機。
第3集：收集狂1999年8月6日
藍尼是小女警迷，專門收集所有小女警的商品。但是他仍不滿足，便綁架小女警成為他收集的一部份。最後尤教授帶著小朋友，攻破藍尼的心防救出小女警。
第4集：超級壞蛋1999年8月6日
平凡的史密斯先生受不了飛天小女警打敗壞人。就在史密斯太太請小女警來晚餐時,史密斯先生終於忍受不住，成了大壞蛋。大家也不用吃美好的晚餐了。
第5集：大鬧生日會1999年8月20日
飛天小女警過生日，關在牢裡的壞蛋各自準備了禮物要毀掉小女警。小女警最後打敗了那些怪物，雖然生日會一團糟，但是來玩的客人都非常高興。
第6集：小女警罷工1999年8月20日
小女警們厭煩了小鎮村民事事依賴他們，因此決定冷眼旁觀遭受攻擊的小鎮村。就在小女警們的引導下，小鎮村民打敗了怪獸，但是依賴的習慣好像還是改不過來。
第7集：花椰菜外星人1999年9月10日
花椰菜外星人利用花椰菜，催眠了小鎮村的家長，並打算大舉入侵地球。為了保護地球，小女警們連合鎮上的小朋友，一起吃光了入侵的花椰菜。
第8集：毛毛臭臭1999年9月10日
小女警們打敗怪獸後，每次都會弄得全身髒兮兮的。花花跟泡泡喜歡洗澡，可是毛毛卻討厭碰水，大家開始遠離毛毛，最後連怪獸都不肯跟毛毛打。毛毛只好乖乖的回家去洗澡。
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第9集：睡魔發威1999年9月24日
睡魔因為忙著讓大家入睡，自己反而得不到片刻的休息。因為做了讓大家永遠睡著的機器，小女警們只好跑進睡魔的夢裡，嚇得他不敢睡覺，才救醒了全世界的人。
第10集：魔人的計劃1999年9月24日
魔人啾啾設計了一個完美的計劃要摧毀小女警，沒想到計劃隨風飛出視窗，被阿米巴幫撿到。小女警以為這是張撿破爛的單子，於是幫忙組合摧毀他們的機器。
第11集：倒霉的一天1999年10月8日
飛天小女警救了壞死幫派的大比利，比利很感謝小女警，便到小女警家中，自願幫他們的忙。沒想到比利越幫越忙，不僅讓搶匪逃走，還毀了小鎮村，所以花花生氣了。
第12集：兩個魔人啾啾1999年10月8日
泡泡在與魔人啾啾戰鬥時被擊傷頭部，誤以為自己就是魔人啾啾，並與花花及毛毛打了起來。最後，魔人啾啾受不了泡泡的喧賓奪主，又重擊泡泡，泡泡終於醒了過來。
第13集：父親節的禮物1999年11月26日
為了讓尤教授高興地度過父親節，小女警們打算幫尤教授準備禮物。尤教授最想要的高爾夫球具卻價值兩千元。沒有錢買高爾夫球具的花花，在發現櫥窗破了以後，偷偷拿了球具送給教授，結果害得教授背上偷竊的罪名。
第14集：節約能源1999年11月26日
小女警們忙於對抗邪惡、打擊犯罪，累得在課堂上睡著了。基妮老師請了尤教授到學校來商量對策，最後決定小女警必須按時間上床睡覺。失去保護的小鎮村頓時陷入一片火海，教授此時發現時間錯了，於是小女警又拯救了小鎮村。
第15集：法網恢恢2000年2月13日
祖想要毀掉飛天小女警，可是她又想不出好辦法來，於是僱用了魔人啾啾替她計劃邪惡的陰謀。她假裝被魔人綁走，卻設下陷阱，想消除小女警的超能力。最後花花識破她的陰謀，將她及魔人都送進監獄。
第16集：超級寵物2000年2月13日
尤教授發明了最完美的寵物，一生只需要吃一次。可是小女警們餵了太多次，結果畢寶長得太大，不停地吃，就快把小鎮村毀了。小女警們只好忍痛對付畢寶，最後畢寶爆炸，變成好多可愛的小畢寶。
第17集：看不見的麻煩2000年3月17日
幼稚園裡來了一位新生麥克，麥克想要交朋友，但是因為太害羞，於是自己幻想了一位好朋友。沒想到小派卻在教室裡搗亂，飛天小女警只好幻想一位正義的兔女郎將小派打敗，解決了危機。
第18集：蝨子惹的禍2000年3月17日
大家都傳說海利身上有蝨子。所以當海利想親吻大家時，所有的人都逃得精光。魔人啾啾發現後，便將海利當作對抗飛天小女警的法寶。每次魔人作案，小女警一看到海利就嚇跑了。後來花花真的被海利親到，卻什麼事也沒有。這下魔人啾啾可慘了，被毒打一頓送進了監獄。
第19集：雨天的冒險2000年4月28日
因為小鎮村下起大雨，街上一片寧靜，也沒有人犯罪。無聊的飛天小女警，於是在自己家中玩起飛天小女警打擊犯人的遊戲。最後小鎮村的天氣放晴，壞蛋又出來了。遊戲結束，小女警又開始打擊犯罪了。
第20集：真是活該2000年4月28日
普通的壞蛋哈洛在出獄之後，老婆瑪麗安已經一切準備齊全，決定向毀了晚餐的飛天小女警報復。他們趁著小女警跟教授出門買東西的時候，闖進小女警的家，毀了一切。沒想到小女警並不感到氣餒。憤怒的瑪麗安於是駕車想要毀了小女警，結果下場反而更悽慘。
第21集：惹禍的小女警2000年5月26日
小女警們覺得工作量太大，讓她們受不了，她們決定要找人幫忙，於是仿效尤教授製造她們的過程，創造出小女警邦妮。可是邦妮沒有打擊犯罪反而惹禍，小女警們只好去找邦妮。邦妮傷心的離開後，小女警們遭到圍攻，邦妮叫了大家卻又爆炸了。
第22集：毛毛的毯子2000年5月26日
每次市長打來求救的電話時，毛毛老是跑得不見人影，讓花花跟泡泡找了半天。原來是毛毛在戰鬥以前需要她的舊毯子給她信心。有一次毛毛找不到毯子，竟然失去了戰鬥力。花花只好找來毯子安撫毛毛，沒想到連尤教授也迷信毯子的力量……
第23集：光速的災難2000年6月2日
飛天小女警比賽飛回家，沒想到他們用光速飛行後，他們的時間停止。小鎮村卻過了五十年，他們發現五十年後的小鎮村已被“他”控制住了。大家都責怪小女警不該離開小鎮村，小女警在小鎮村恢復以後，再也不敢離開了，甚至連跟教授一起去渡假都不肯。
第24集：魔人的陰謀2000年6月2日
魔人啾啾利用小孩子羨慕飛天小女警的心理，賦予他們神奇的力量，唆使他們去除掉小女警。小朋友們發現上當以後，便用剩餘的力量救活小女警們，讓小女警將魔人啾啾繩之以法。
第25集：法網恢恢22000年6月30日
罪犯瑟杜莎打扮成貝倫小姐的樣子，到處搶劫，再假裝目擊犯案打電話給飛天小女警，最後又綁架貝倫小姐，想借此消滅飛天小女警，最後被小女警識破。在貝倫小姐的協助下，將瑟杜莎送進監獄。
第26集：與敵人的睡衣會2000年6月30日
飛天小女警請了所有的女孩子們到家裡來開睡衣舞會。魔人啾啾也打扮成小女孩的模樣參加，小女警們因為找不到他使壞的證據，誤以為他是真心來參加舞會的。沒想到他趁大家熟睡時，偷了教授的解毒劑，毀去小女警的超能力，最後所有的小女孩合力將魔人揍個半死，結束了一場危機。