星際奇兵：亞特蘭提斯 第 5 季
2008-07-10 首播 · 共20集
當亞特蘭蒂斯面臨前所未有的巨大威脅時，小隊必須依靠意想不到的聯盟和新技術來保衛他們的城市和星系。本季劇情逐步推向高潮，在一場考驗整個遠征隊的力量、智慧和決心的終極對抗中達到頂點。
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《星際奇兵：亞特蘭提斯》第 5 季 分集劇情共 20 集
第1集：搜尋與營救2008年7月10日
謝潑德從四萬八千年後的未來返回，得知了蒂拉的下落，隨即率隊趕往邁克爾的基地。然而他們的到來觸發了陷阱，整座建築轟然倒塌，謝潑德和羅農被埋在廢墟之中。卡特上校組織營救行動，卻不知道邁克爾也正在同一片廢墟中搜尋倖存者。與此同時，伍爾西正式接替卡特成為亞特蘭蒂斯的新任指揮官。
第2集：種子2008年7月17日
一種神秘的外星生物在凱勒醫生體內生長，將她當作宿主。剛剛復活的貝克特醫生和全體醫療人員爭分奪秒尋找血清，阻止這個不斷進化的入侵者滲透整座城市。與此同時，伍爾西正式接任亞特蘭蒂斯探險隊指揮官。
第3集：斷裂的紐帶2008年7月24日
羅農被泰爾捕獲，泰爾打算將他交給幽靈以換取自己在幽靈陣營中的地位。然而交易出了岔子，泰爾被幽靈拋棄等死。亞特蘭蒂斯小隊說服泰爾合作營救羅農。但幽靈已經將羅農改造成了一名幽靈崇拜者。
第4集：達達尼爾號變奏曲2008年7月31日
亞特蘭蒂斯在太空中發現了一艘被遺棄的達達尼爾號飛船。謝潑德小隊登船調查時，飛船神秘消失——他們很快意識到這艘船來自平行宇宙，搭載著一台“平行現實引擎”不斷穿越不同的現實。小隊被困在這艘飛船上，必須在引擎徹底燒燬之前找到回家的路。
第5集：機器中的幽靈2008年8月14日
謝潑德小隊在一次任務中無意間將一個神秘實體帶回了亞特蘭蒂斯。他們很快發現這個實體不是別人，正是被複制者俘獲後被認為已經犧牲的韋爾博士。這個脫離了肉體的複製者意識體開始系統性地破壞城市的技術基礎設施。
第6集：聖壇2008年8月21日
麥凱感染了一種名為“第二次童年”的疾病——這是飛馬座星系中與阿茲海默症類似的疾病，患者的記憶和認知能力會迅速退化至孩童狀態。唯一的救治方法在塔魯斯星球上的一座古人聖壇中，但那裡如今已被幽靈佔據。麥凱的妹妹珍妮趕來與他做最後的告別。
第7集：耳語2008年9月4日
貝克特醫生被召回協助調查邁克爾廢棄的一處實驗室。小隊在實驗室中發現了一批處於靜滯狀態中的實驗體。然而一名村民為了尋找失蹤的妻子釋放了這些實驗體，局面迅速演變成了一場活死人之夜般的噩夢。
第8集：女王2008年9月11日
亞特蘭蒂斯計劃利用邁克爾資料庫中的實驗性基因療法來消除幽靈對吸食生命能量的依賴。為了說服幽靈領袖“主腦”接受這一方案，蒂拉必須假扮一位蜂巢女王。托德同意協助提出這一大膽的提議，卻暗中另有打算。
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第9集：追蹤者2008年9月18日
凱勒醫生前往外星球為一座受幽靈威脅的村莊提供醫療援助時被綁架。麥凱和羅農展開追蹤營救，卻發現綁架者其實是一名被幽靈追捕的“逃亡者”——與羅農當年一樣的命運。
第10集：初次接觸2008年9月25日
丹尼爾·傑克遜博士造訪亞特蘭蒂斯。他和麥凱在城中發現了一間隱藏的古人實驗室，這項發現引來了一股新的敵人。
第11集：失落的部族2008年10月9日
亞特蘭蒂斯與一個新外星種族發生了接觸。與此同時，達達尼爾號迎來了一位幽靈盟友，參與一項特殊計劃。
第12集：局外人2008年10月16日
一群人類文明組成了“聯盟”，以危害飛馬座星系和平的罪名對亞特蘭蒂斯探險隊進行審判。
第13集：審判2008年10月19日
聯盟對亞特蘭蒂斯探險隊的審判仍在繼續。亞特蘭蒂斯必須在法庭上為自己在飛馬座星系的一系列行動辯護。
第14集：浪子2008年11月6日
邁克爾帶著他的混種大軍潛入了亞特蘭蒂斯。他切斷了星門操作區和周邊樓層的通路，企圖奪取蒂拉的孩子並摧毀整座城市。小隊奮起反擊，必須在邁克爾帶著他想要的東西離開之前奪回城市控制權。
第15集：殘骸2008年11月13日
伍爾西正在接受國際監督委員會的績效評估，期間遇到了一位美貌的新科學家。然而這位科學家並非表面看起來那麼簡單。與此同時，謝潑德被一個他以為早已死去的宿敵捕獲並嚴刑拷打。麥凱和澤倫卡則在海底發現了一個神秘物體。
第16集：頭腦風暴2008年11月20日
亞特蘭蒂斯舉辦了一場跨星系科學會議，多位頂尖科學家齊聚一堂。
第17集：感染2008年12月4日
托德的蜂巢母艦突然出現在亞特蘭蒂斯上空，發出求救訊號。謝潑德率隊登艦調查，發現全體船員都感染了一種疾病——正是亞特蘭蒂斯當年幫助研製的那種基因療法的併發症。
第18集：身份2008年12月11日
凱勒醫生的身體被一名狡猾的盜賊妮娃·卡索爾無意中佔據了。妮娃試圖逃離亞特蘭蒂斯，而凱勒的意識則被困在另一顆星球上，面臨死刑判決。小隊必須爭分奪秒在凱勒被處決之前將她換回自己的身體。
第19集：維加斯2008年12月18日
在平行宇宙的拉斯維加斯，警探約翰·謝潑德正在調查一系列離奇的謀殺案——每具屍體都呈現出詭異的乾枯狀態。隨著調查的深入，他追查到了51區，發現兇手竟是一名藏匿在地球上的幽靈。
第20集：兵臨城下2009年1月8日
小隊獲悉一支叛變幽靈派系獲得了多枚零能模組，用來驅動一艘威力驚人的超級蜂巢母艦，並且這艘母艦正在朝地球駛來。亞特蘭蒂斯全體出動，必須在母艦對地球構成威脅之前將其摧毀。這是亞特蘭蒂斯探險隊的終極之戰。