星際奇兵：亞特蘭提斯 第 4 季
2007-09-27 首播 · 共20集
隨著領導層的變動和新盟友的加入，小隊繼續與“幽靈”作戰，並應對新的生存威脅。個人關係因成員們面對失去、做出重大抉擇而發生變化，這些抉擇將決定亞特蘭蒂斯及其在飛馬座星系任務的命運。
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《星際奇兵：亞特蘭提斯》第 4 季 分集劇情共 20 集
第1集：漂泊2007年9月27日
亞特蘭蒂斯城從複製者的衛星武器下驚險逃脫，卻陷入了更深的困境——城市護盾正在急速消耗早已不堪重負的零能模組。能源所剩無幾，全城上下爭分奪秒展開搶修。韋爾博士在之前的戰鬥中身受重傷，麥凱和凱勒醫生被迫做出艱難抉擇——重新啟用她體內的複製者奈米機器以保住她的性命。然而城市能源仍在持續衰減，已無力進入超空間，徹底困在了太空深處。麥凱、謝潑德和澤倫卡發現有一架跳躍者飛船搭載了超空間引擎，足以抵達附近的複製者母星。他們決定孤注一擲，前往那顆星球搶奪新的零能模組。
第2集：生命線2007年10月4日
為獲取新的零能模組，謝潑德上校率隊——連同韋爾博士一起——向複製者母星發起了一場大膽的偷竊行動。與此同時，卡特上校和比爾·李博士正在阿波羅號上協助搜尋失蹤的亞特蘭蒂斯城。小隊憑藉韋爾與複製者網路的連線輕鬆盜取了一枚零能模組，並趁機向複製者系統輸入了一條指令——迫使它們向幽靈開戰。指令成功執行，但韋爾被複制者俘獲，為小隊爭取了逃脫的時間。然而小隊很快陷入包圍，能源耗盡無法進入超空間。千鈞一髮之際，阿波羅號找到了亞特蘭蒂斯的位置趕來救援，以火力掩護小隊降落，隨後將城市拖離險境。新的零能模組就位後，亞特蘭蒂斯被駕駛至一顆新的星球安全降落。
第3集：重逢2007年10月11日
羅農在一顆外星球上遇到了幾位舊日的同伴，他們講述了薩特達陷落時自己是如何倖存下來的。新任探險隊指揮官卡特上校認為這些人存在安全隱患，不願讓他們進入亞特蘭蒂斯。羅農不得不在新家園與昔日戰友之間做出抉擇。然而他並不知道，這些所謂的“同伴”隱藏著一個關於他們真正生存方式的黑暗秘密。
第4集：二重身2007年10月18日
小隊在一顆星球上遭遇了一種晶體生命體——與傑克·奧尼爾在星際之門第一季中遇到的物種類似。謝潑德在與它接觸後無意中將其帶回了亞特蘭蒂斯。這種生命體可以通過導電體傳播，並通過觸碰侵入人類的意識，在受害者腦海中製造噩夢。心理醫生凱特·海特邁爾最終因此喪生。
第5集：旅行者2007年10月25日
謝潑德被一個世代生活在太空中的種族俘獲——他們為了躲避幽靈，常年漂泊於星際之間。這個種族聽聞了亞特蘭蒂斯探險隊對抗幽靈的傳聞，打算利用謝潑德啟用一艘古人戰艦。
第6集：空白2007年11月1日
一種致命病毒在亞特蘭蒂斯城內迅速蔓延，導致全體隊員失去記憶。蒂拉和羅農是僅有的未被感染的人。他們必須在所有人的記憶徹底消失之前，說服這些完全不知道自己是誰的同伴們齊心協力尋找解藥。
第7集：失蹤2007年11月8日
蒂拉和凱勒醫生前往新阿索斯星球時，發現阿索斯人的定居點早已人去樓空。取而代之的是一群名為博拉凱的原始戰士，他們決意不讓任何人活著離開這顆星球。
第8集：先知2007年11月15日
小隊在搜尋失蹤阿索斯人的過程中，遇到了一個名為維迪南的原始文明，其中一位名叫達沃斯的男子擁有預見未來的能力。達沃斯帶來了關於亞特蘭蒂斯將遭受攻擊的預言。與此同時，複製者在與幽靈的戰爭中採取了新策略——直接滅絕幽靈的食物來源。隨著人類星球接連遭到攻擊，一年前被科利亞俘獲的那名幽靈戰士——“托德”——主動提出與亞特蘭蒂斯結盟，共同關閉複製者的攻擊程式碼。
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第9集：米勒的十字路口2007年11月29日
麥凱的妹妹珍妮·米勒在地球上被實業家亨利·華萊士綁架。華萊士相信麥凱能利用複製者的奈米技術救活自己垂死的孩子。麥凱前去營救妹妹，卻也不慎被俘。兄妹二人必須設法挽救華萊士女兒的生命——然而一旦失敗，複製者奈米機器將在地球上失控蔓延。
第10集：凡人終局2007年12月6日
一枚神秘無人機撞上了亞特蘭蒂斯城。隊員們懷疑複製者是否已經找到了城市，達沃斯的毀滅預言是否即將成真。事態很快表明複製者已經混入了他們中間——然而更離奇的是，早已失蹤的韋爾博士竟然再次出現了。
第11集：罪孽皆銘記2008年1月3日
小隊掌握了星系中所有複製者戰艦的位置後，達達尼爾號和阿波羅號被派往亞特蘭蒂斯發動攻擊。兩艘戰艦搭載的新型阿斯加德武器迫使複製者逃回母星。麥凱想出了一個計劃——利用他親手創造的一個複製者“弗蘭”將其他複製者轉化為無害的物質。為集結更多戰艦，小隊與托德合作招募幽靈加入戰鬥，最終獲得了七艘母艦。旅者種族的拉琳也在會議後抵達，謝潑德說服她為艦隊增加了六艘飛船，其中包括旅者手中的一艘古人戰艦。聯合艦隊向複製者母星發起總攻。麥凱的計劃初步成功，但最後一步——引爆複製者的零能模組以引發內爆——卻失敗了。卡特和麥凱意識到可以將那團物質沉入星球核心，依靠地心的高溫高壓完成內爆。倖存飛船撤離後，整顆星球爆炸，複製者被徹底摧毀。然而一艘複製者戰艦殘骸中，韋爾博士的身影赫然出現——她面帶微笑，終於可以不受其他複製者干擾，繼續執行自己的計劃了。
第12集：戰利品2008年1月10日
複製者被消滅後，小隊收到了托德的定位信標訊號，在一艘廢棄的母艦上找到了他。蒂拉駕駛這艘母艦，小隊在艦上發現了一張地圖，指向一處對幽靈戰勝古人至關重要的地點。他們飛抵那裡，發現了一座幽靈的克隆設施。托德解釋道，幽靈曾利用繳獲的零能模組在這裡大量克隆戰士，憑藉數量優勢擊敗了古人。托德在與複製者的戰鬥中繳獲了幾枚零能模組，本打算用它們為自己培育一支絕對忠誠的軍隊，卻被同伴背叛。小隊被俘，托德獨自逃回母艦。得知同伴的處境後，蒂拉藉助腹中胎兒增強的心靈感應能力，控制了幽靈女王的軀體，救出了朋友們。女王險些殺死蒂拉腹中的孩子，謝潑德在蒂拉的催促下果斷擊斃了女王。母艦遭到另一艘幽靈飛船的攻擊，小隊寡不敵眾被迫撤離。為防止幽靈再次利用這座設施，謝潑德讓蒂拉駕駛俘獲的母艦撞向克隆基地，將兩者一同摧毀。托德被釋放，小隊返回亞特蘭蒂斯——經歷了這一切，蒂拉終於明白自己不能再外出執行任務，拿腹中的孩子冒險了。
第13集：隔離2008年1月17日
一次醫療警報觸發了亞特蘭蒂斯全城封鎖。關鍵人員被困在城市的各個角落，身邊偏偏是最意想不到的同伴。這場意外的隔離讓一些人際關係受到了考驗，也讓另一些悄然萌發。
第14集：哈莫妮2008年1月24日
在一顆熟悉的星球上，謝潑德和麥凱答應護送一位名叫哈莫妮的年輕公主前往一處廢墟，在那裡她將正式加冕為王。原本是一次簡單的例行任務，卻意外發現基尼人的一支小隊正在追殺哈莫妮——幕後主使竟是她的親姐姐，意圖除掉妹妹奪取王位。
第15集：棄子2008年1月31日
謝潑德的父親去世了，他與羅農返回地球參加葬禮。然而計劃被徹底打亂——他們發現一個人形複製者正在舊金山街頭流竄。調查得知，這名複製者是地球上的一位科學家非法制造的，並被程式設計為逃避一切抓捕。更令人震驚的是，這位科學家的助手本身也是一名複製者——她是被製造出來替代科學家失去的一位故人。在謝潑德前妻和那名助手複製者的協助下，謝潑德將定位信標刺入了複製者體內，阿波羅號隨即將其傳送至近地軌道，在大氣層中燒燬。另一名複製者助手因過於危險無法釋放，她的身體被銷燬，意識則被上傳至虛擬現實世界。最終，謝潑德回到家中，與疏遠多年的兄弟達成了和解。
第16集：三人行2008年2月7日
麥凱博士、凱勒醫生和卡特上校在外星球上被困在一處洞穴中，四周無路可逃。漫長的等待中，三人只能苦中作樂，試圖藉此機會彼此多一些瞭解。
第17集：中轉站2008年2月14日
應卡特上校的邀請，泰爾克來到亞特蘭蒂斯，協助指導正在接受國際監督委員會審查的羅農。然而兩人之間氣氛緊張，羅農拒絕聽取泰爾克的任何建議。就在他們準備從中轉站前往地球時，幽靈攻佔了中轉站，並向地球派出了一支突擊隊。泰爾克和羅農緊隨其後追擊，亞特蘭蒂斯也派出小隊奪回中轉站。奪回行動成功了，但卡瓦諾博士的失誤觸發了空間站的自毀程式。倖存人員乘坐緊急跳躍者逃離，中轉站被摧毀。在地球上，羅農和泰爾克聯手消滅了入侵星際之門指揮部的幽靈，兩人也因此結下了深厚的情誼。在泰爾克的幫助下，羅農順利通過了審查，搭乘達達尼爾號返回亞特蘭蒂斯。中轉站被毀數週後，達達尼爾號找到了並救出了空間站的倖存者——得知地球安然無恙，所有人都鬆了一口氣。
第18集：血親（上）2008年2月21日
一種神秘的新型疾病開始在飛馬座星系蔓延。蒂拉堅信她腹中孩子的父親正在通過心靈感應與她溝通。然而凱勒醫生髮現，這種病毒其實是霍法病毒的一種改良版本——這種病毒會讓倖存的人類對幽靈產生毒性。小隊懷疑邁克爾又在實施他的復仇計劃。與此同時，蒂拉追隨自己的幻象，卻被邁克爾綁架。邁克爾透露了他的野心——他要利用自己創造的新型幽靈-人類混種統治整個星系，許多阿索斯人——包括蒂拉孩子的父親卡納安——都已被轉化。霍法病毒的目的是削弱幽靈，使其更容易被攻擊。在托德的協助下，小隊找到了邁克爾的基地，卻來得太早，邁克爾並不在場。邁克爾的飛船與達達尼爾號交火——但達達尼爾號不能摧毀敵艦，因為蒂拉還在上面。邁克爾的飛船最終帶著蒂拉逃離了戰場。讓所有人震驚的是，小隊在邁克爾的基地中發現了一年前已經犧牲的貝克特醫生——他竟然還活著，被囚禁在這裡。
第19集：血親（下）2008年2月28日
貝克特醫生奇蹟般地活著回來了。經過檢測和審問，小隊意識到眼前這個貝克特並非本人——而是邁克爾在短暫囚禁真正的貝克特期間，利用他的記憶和DNA製造出來的克隆體。邁克爾曾利用這個克隆體研究霍法病毒並加以改良，靠一種特殊的血清維持著他的生命——沒有血清，克隆體的身體就會開始衰敗。利用克隆體提供的情報，小隊抓獲了邁克爾的一名手下，凱勒醫生認出此人正是她和蒂拉在新阿索斯遇到過的那名男子。在得到前往另一個星系的承諾後，此人供出了邁克爾基地的星門地址。在基地中，邁克爾透露他打算利用蒂拉的孩子來完善他的混種實驗，阿索斯人全部被囚禁於此。蒂拉試圖說服卡納安幫她逃走，但邁克爾回來了一切努力付諸東流。小隊進攻基地營救蒂拉，邁克爾殺死了自己的實驗品準備再次逃離。小隊救出了阿索斯人，貝克特救出了驚魂未定的蒂拉。然而邁克爾突然現身，阻止了貝克特開槍，再次帶著蒂拉乘飛船逃走。由於貝克特克隆體的身體狀況持續惡化，小隊被迫將他送入靜滯艙，直到找到治癒的方法。
第20集：最後一人2008年3月6日
謝潑德搜尋蒂拉未果返回亞特蘭蒂斯時，發現城市已被遺棄。城市四周不是海洋，而是一片廣袤的沙丘荒漠。隨後，一個蒼老了許多的麥凱的全息影像聯絡了他——一場意外事故將謝潑德拋到了四萬八千年後的未來。沒有謝潑德，飛馬座星系的局勢急轉直下——他們最終找到了蒂拉，但她已經死了。邁克爾完善了他的混種大軍，摧毀了幽靈。羅農離開亞特蘭蒂斯獨自對抗邁克爾，在托德的協助下摧毀了邁克爾的一處實驗室，自己也犧牲了。卡特駕駛新戰艦“鳳凰號”展開游擊戰，最終在戰鬥中與三艘幽靈母艦同歸於盡。此後，伍爾西接管了亞特蘭蒂斯，下令停止援助星系中的其他文明，導致麥凱和凱勒離開並返回地球。兩人相戀，但凱勒最終因霍法病毒的併發症去世。麥凱將餘生獻給了尋找將謝潑德帶回過去以改變歷史的方法。二十五年後，他終於成功了，說服已成為少將的洛恩允許他回到亞特蘭蒂斯實施計劃。麥凱將一切解釋給謝潑德聽後，將他送入靜滯艙，等待時機成熟時將他送回自己的時間線。憑藉麥凱的努力，謝潑德成功返回了現在——距離他離開僅僅過去了十二天，並且得到了蒂拉的下落。謝潑德率隊趕往邁克爾的基地，卻來得太早，觸發了陷阱，整座建築轟然倒塌將他們掩埋。