星際奇兵：亞特蘭提斯 第 3 季
2006-07-13 首播 · 共20集
小隊面臨與新舊敵人的衝突升級，包括“幽靈”和一個致命的新派系。一項可能改變遊戲規則的技術被發現，引發了新的倫理困境，同時團隊內部的關係也在日益增長的壓力下經受著考驗。
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《星際奇兵：亞特蘭提斯》第 3 季 分集劇情共 20 集
第1集：無人地帶2006年7月13日
邁克爾率領的幽靈突然倒戈，麥凱和羅農被俘，兩艘幽靈母艦正朝地球駛去。韋爾下令達達尼爾號和俄裡翁號出擊攔截。謝潑德駕駛戰機附著在一艘母艦上伺機行動。麥凱和羅農從繭中逃脫。邁克爾因遭女王輕視而心生不滿，主動聯絡謝潑德尋求報復。謝潑德趁機策反邁克爾，小隊在叛變幽靈的協助下向母艦釋放了逆轉錄病毒。
第2集：孽種2006年7月20日
逆轉錄病毒成功將整艘母艦的幽靈轉化為人類。小隊將俘虜帶回亞特蘭蒂斯囚禁在靜滯艙中。國際監督委員會派伍爾西前來審查韋爾的領導能力。如何處理這些已變成人類的幽靈——尤其是曾多次協助小隊的邁克爾——成了一個棘手難題。與此同時，部分轉化後的幽靈開始逐漸恢復記憶。
第3集：無法抗拒2006年7月27日
小隊外出尋找適合搭建跨星系星門橋的星門時，發現了一個村莊。村裡所有人都瘋狂崇拜一個名叫盧修斯·拉文的男人。此人聲稱擁有各種靈藥，貝克特醫生將他帶回亞特蘭蒂斯後，全城上下都被他的魅力所傾倒——唯有謝潑德保持清醒。麥凱和謝潑德很快發現，盧修斯身上藏著一個不可告人的秘密。
第4集：薩特達2006年8月3日
小隊造訪一顆星球時遭到伏擊被俘。原來羅農當年被幽靈追殺時曾到過此地，給當地帶來了滅頂之災，首領的女兒也在那場災難中喪生。村民們與幽靈達成協議——交出羅農即可免除未來的收割。羅農被再次植入幽靈追蹤器，扔回了早已荒廢的母星薩特達。隊員們隨即前往薩特達營救同伴。
第5集：子嗣2006年8月10日
小隊收到一顆星球的訊號回應，對方自稱是古人。他們發現了一座比亞特蘭蒂斯更加宏偉的城市，居住著數百萬居民。領袖奧伯羅斯聲稱他們是早年間因分歧離開亞特蘭蒂斯後重建家園的古人後裔。麥凱震驚地發現他們擁有近乎無限的零能模組。然而小隊很快意識到，一切都並非表面看起來那樣——這些人並非血肉之軀，而是機械生命——複製者。
第6集：現實世界2006年8月17日
韋爾博士在華盛頓特區外的一家精神病院醒來。醫生告訴她，過去兩年在亞特蘭蒂斯的經歷全是她因車禍創傷而產生的妄想。她被告知星際之門計劃根本不存在，亞特蘭蒂斯也從未有過。就連奧尼爾將軍也表示對此一無所知。深夜中她看到可怕的黑影似乎在試圖與她溝通。韋爾堅信自己在亞特蘭蒂斯的經歷才是真實的，而眼前的“現實”才是虛假的。
第7集：共同立場2006年8月24日
小隊收到基尼盟友發來的訊號前往一顆星球，卻遭到科利亞的伏擊。謝潑德被俘，科利亞要求用拉頓·拉迪姆來交換。韋爾斷然拒絕後，科利亞讓一隻幽靈吸食謝潑德的生命能量，並將酷刑過程即時播放給亞特蘭蒂斯。謝潑德與隔壁牢房的幽靈囚徒建立了奇特的同盟關係，兩人聯手越獄。幽靈還向他展示了一項亞特蘭蒂斯從未知曉的能力。
第8集：麥凱與米勒夫人2006年9月7日
麥凱被召回地球，說服多年未見的妹妹珍妮·米勒協助空軍完成一項重要的數學證明。珍妮起初拒絕簽署保密協議。麥凱不得不向她透露星際之門計劃的存在。兄妹二人隨後前往亞特蘭蒂斯進行實驗。實驗試圖通過連線平行宇宙獲取無限能源，卻出了岔子——來自平行宇宙的另一個麥凱突然出現。這個“另一個麥凱”性格與眾人熟知的那位截然不同——風趣隨和，而非緊張急躁。
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第9集：幻影2006年9月14日
倫納德少校帶領的小隊逾期未歸且無線電失聯。謝潑德率隊前往搜尋，卻發現三名隊員已死，證據表明倫納德少校親手殺死了自己的部下。小隊遭到攻擊後開始產生幻覺——謝潑德看到了阿富汗戰場，羅農看到了幽靈，他們實際上在互相射擊。這一切的源頭是一個實驗性幽靈脈衝發生器。麥凱無法關閉裝置，最終只能靠蒂拉來化解危機。
第10集：迴歸（上）2006年9月21日
跨星系星門橋首次測試成功。然而麥凱在測試中發現一艘古人戰艦正在接近光速飛行。達達尼爾號施以援手，戰艦上沉睡了數千年的近百名古人獲救。回到亞特蘭蒂斯後，古人向小隊表達了感謝——隨即要求地球人立即撤離這座城市。與此同時，複製者也盯上了亞特蘭蒂斯。
第11集：迴歸（下）2006年11月19日
複製者攻佔了亞特蘭蒂斯，擊敗了剛剛接管城市的古人。奧尼爾將軍和伍爾西因留下與古人談判而困在城中一處隱蔽角落。奧尼爾此前曾下達命令——一旦亞特蘭蒂斯落入敵手，立即用核彈將其摧毀。謝潑德、韋爾、麥凱和貝克特召集蒂拉和羅農，策劃秘密潛入城市營救同伴。麥凱必須在複製者重新程式設計自身使武器失效之前找到消滅它們的方法。
第12集：迴響2006年11月26日
蒂拉在亞特蘭蒂斯的走廊裡看到了古人的幻影。起初只有她能看見，隨後其他隊員也陸續出現了各自的幻覺。麥凱在城外發現了一年前救過他的那頭鯨魚——但這次它不是獨自前來，數十頭同類正一同朝亞特蘭蒂斯游來。
第13集：不負責任2006年12月3日
小隊聽說有一位偉大的戰士曾擊敗過基尼人和幽靈，決定前去尋找這位潛在的強大盟友。到了才發現，所謂的“偉大戰士”竟然又是盧修斯。隊員們以為他又在耍老把戲。經過檢測，他身上並沒有那種令人著迷的藥物——他只是把隊員們的戰鬥故事拿來當作自己的吹噓資本。
第14集：麥凱之道2006年12月10日
為了節約能源，麥凱關閉了古人啟用後留下的非必要系統。他不慎被一台神秘裝置發出的能量束擊中。貝克特醫生檢查後確認他並無大礙。然而不久後麥凱開始展現出超常能力——感官極度敏銳、具備意念移物能力。
第15集：遊戲2006年12月17日
洛恩少校發現一顆星球，軌道上執行著數十顆衛星。星球上的文明尚處於文藝復興時期。更奇怪的是，他看見了一面印有麥凱肖像的旗幟。向謝潑德和麥凱報告後，小隊意識到幾年前在亞特蘭蒂斯發現的一款遊戲，其意義遠比他們以為的要深遠得多。
第16集：方舟2007年1月7日
麥凱調查一個位於中空小行星內部的空間站時，不慎喚醒了一名處於靜滯狀態的科學家。科學家亨裡克解釋說，這個基地是他們種族為躲避幽靈世代收割而做的最後努力。他們改造了幽靈的靜滯技術，建造了一個可容納大量人口沉睡數千年的艙室，希望幽靈發現星球空無一人後會以為他們已經消失了。
第17集：星期天2007年1月11日
全城被要求休假一天，隊員們各自放鬆。毫無預兆地，一場神秘爆炸撕裂了城市，多人死傷。麥凱和貝克特趕到現場時發現蒂拉被彈片擊中重傷。現場找不到任何爆炸殘留物，唯一的線索是目擊者稱一名科學家突然“爆炸”了。
第18集：潛淵2007年1月14日
小隊潛入深海，搜尋古人遺留的一處移動地熱鑽探平台。古人曾希望利用這顆星球地表之下的能源獲取近乎無限的能量。隊員們找到了鑽井平台並小心翼翼地展開探索。
第19集：復仇2007年1月28日
協助塔拉尼斯居民遷移後，小隊發現已經很久沒有收到這個村莊的訊息。韋爾派謝潑德帶隊前往調查。表面上看塔拉尼斯人似乎只是遺棄了村莊。但麥凱探測到舊村莊地下工業設施的深處有生命訊號。
第20集：第一擊2007年2月4日
阿波羅號抵達亞特蘭蒂斯，帶來情報稱複製者正在組建一支龐大的艦隊準備直接攻擊地球。埃利斯上校在亞特蘭蒂斯小隊的協助下發動先發制人的精確打擊，用核彈摧毀了整個艦隊。危機似乎已經解除。然而一顆裝載著星際之門的人造衛星悄然進入亞特蘭蒂斯上空的同步軌道。