X檔案 第 1 季
1993-09-10 首播 · 共24集
聯邦調查局特別探員史考莉被調入和另一特別探員穆德一同辦理X檔案。穆德因其妹薩蔓莎幼年失蹤，懷疑是被外星人綁架而對研究外星人產生興趣，政府高層害怕真相的揭露而又不敢動作過大，於是希望借史考莉的科學觀點把穆德拉回主流。結果是，史考莉也陷入其中而不能自拔。本季內容除了外星人，還有不可解釋的自然現象、基因突變的怪獸、古老的咒語與傳說。本季結束於X檔案的調查被終結。
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《X檔案》第 1 季 分集劇情共 24 集
第1集：試播集1993年9月10日
Dana Scully被派去與Fox Mulder合作調查X檔案。兩人的第一個案子是去奧勒岡調查森林中的離奇死亡案，由此追查到過去三起相似的案件並找到了相關的證據。就在真相水落石出時有人截走了證據。真相掌握在誰的手中？
第2集：深喉1993年9月17日
M和S參與調查空軍基地綁架自己的試飛員一案，M認為與UFO有關。深喉出場，警告他們不要插手。M執意調查，親眼看到了使用UFO技術製造的飛機，後被基地洗腦，忘記了看到的一切，調查不了了之。
第3集：吃肝人1993年9月24日
馬里蘭州發生連環殺人案，死者的肝臟都被取走了。從現場取到的一枚奇怪指紋上，M和S追查到嫌疑人Tooms，並發現這是一宗每隔30年便會發生一次、已經超過100年的連環案件……
第4集：聯絡1993年10月1日
M的妹妹Samantha多年前離奇失蹤，露宿在Okobogee湖邊的一個女孩也失蹤了，M認為兩者都是被UFO綁架，展開調查。女孩的弟弟能從電視機的雪破圖中接收各種數碼資訊並以二進位制碼記錄下來，M認為他是找到女孩的關鍵。最後女孩被送回，卻沒能告訴M任何有價值的資訊。
第5集：澤西惡魔1993年10月8日
紐澤西發現吃人的野人，M認為與X檔案中澤西惡魔的案例一致，不顧S的反對，獨自調查，在一處流浪者聚集區發現了野人的蹤跡。根據線索，推算出野人為雌性。在警方參與的圍堵中，女野人被打死……
第6集：保護人1993年10月22日
老闆被人謀殺，偽裝成自殺。他的鬼魂一直通過精神力量保護著像女兒般的女秘書，並再現給她自己被害的場景。最後，鬼魂幫助M找到了殺他的兇手並揭發了其與恐怖分子交易的證據。可惜S錯過了所有能讓她相信鬼魂一說的精彩場面。
第7集：人工智慧1993年10月29日
COS是智慧化大樓中的超級電腦，有了人工智慧，殺了想要中斷COS計劃的老闆和前來調查的FBI探員。M找到了超級電腦的發明人，做出了病毒，終結了這台殺人機器。政府似乎也盯上了這項技術……
第8集：冰核計劃1993年11月5日
在阿拉斯加進行冰核計劃的科考隊在接近成功時，忽然向外界發出一個奇怪的警告訊號，自此杳無音訊。M、S與幾個科學家到達那裡，發現全隊人員死於自相殘殺。他們還在開採出的冰層樣本中發現了隨著隕石墜入地球的外太空蟲子，這種蟲子會使感染的人產生暴力傾向。M、S的小組中有人被感染了……
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第9集：太空幽靈1993年11月12日
M、S收到訊息稱有人蓄意破壞太空總署的太空計劃。在調查中發現該計劃的負責人隱瞞真相、知情不報，並且以往多起失敗的太空計劃均與其有關。原來此人在多年前親歷的太空任務中被太空中神秘人形物質附身……
第10集：墜落天使1993年11月19日
威斯康辛有不明物體墜毀，軍方封鎖了該區域清理現場。有隱形物體從該區域逃出，能以超強輻射殺人。在深喉指點下，M潛入該區域調查，被抓，認識了UFO迷Max。M認為Max曾被外星人綁架，S認為Max有妄想症。最後Max在M眼前被不明力量虜走，政府又一次掩蓋了事情的真相。
第11集：夏娃1993年12月10日
相隔遙遠的兩地同時發生相似的命案，M和S經過調查發現，多年前政府的一項基因實驗終止後，代號‘EVE’的基因變種人利用其醫生的身份，通過人工授精繼續這項實驗，創造出了更多的‘EVE’……
第12集：火1993年12月17日
一個人的身體結構有異常人，能控制火。心理也有異常，殺了好幾個人。M的舊情人找到M，要求他一起調查這些案件。同時，S也以自己的方式獨自調查，並有了很大的發現……
第13集：靈媒1994年1月7日
S的爸爸死了。 發生連環綁架案，一個自稱靈媒的死刑犯向M和S提供線索，以求免於死刑。M和S在這件事上有了分歧，M堅信他是個騙子；而通過一系列事實，S開始相信他靈媒的能力，卻又害怕面對。最後案子破了，那人還是進了毒氣室。
第14集：性別扭曲1994年1月21日
接連發生幾起命案，死因都是激情後的動脈爆裂。M和S把嫌疑物件鎖定在一個名為Kindred的族群中。這群人與世隔絕、遠離花花世界、低調地生活。M和S找到了他們的群居地，有了驚奇的發現。返回後，兇手被找到，卻被族人帶回。之後所有Kindred人憑空消失，留給M和S的只有解不開的謎團。
第15集：還魂1994年2月4日
S的前男友Jack也是FBI探員，在銀行劫案中與劫匪同時中槍，經搶救活了下來。未料在Jack身體中復活的卻是劫匪。劫匪利用Jack的身份四處尋找他的愛人同夥，還把S扣為了人質……
第16集：返老還童1994年2月11日
M剛出道不久時，在圍捕一殺人犯的過程中，因墨守陳規給自己留下了遺憾，跟殺人犯也結下了梁子，後來，獲悉此人在獄中病死。沒想到最近發生了幾起案子，種種跡象都表明了是此人對M的挑釁和復仇。調查中，M發現那人並沒死，而是在獄中被當成了返老還童試驗的物件，並且政府也知曉此事……
第17集：外星訪客1994年2月18日
空軍擊落一架不明飛行物，軍方以普通卡車為掩護運送UFO殘骸和外星人屍體回美國。M和S追查卡車司機，深喉給他們假訊息，意圖阻止調查。M和S識破了假訊息，循著線索找到了卡車的目的地……
第18集：神蹟1994年3月18日
Samuel有種天賦，通過手的觸控，就能替人醫治疑難雜症，甚至能讓人起死回生，許多人視他為神。在最近的治療中卻連續有人死亡，Samuel認為自己的天賦消失，心懷愧疚，其實兇手另有其人……Samuel在獄中死去，屍體消失……
第19集：變身1994年4月1日
一個印第安人被槍殺，殺他的人堅持說射擊的是具有攻擊性的野獸，種種跡象也證實了他的說法。M發現X檔案中有極其相似的案例，在與印第安老人談話後，認為確有可能是人變身成了野獸。此時，S正身處險境而不自知……
第20集：夜幕低垂1994年4月15日
伐木工人在國家公園裡大量開採樹木資源，導致許多古木被伐，裡面的許多遠古時期的變異小昆蟲逃逸到森林裡，專門在夜間吸食人類和動物體的體液，有極為伐木工因此喪命，M和S負責去調查，兩人發現這些被吸乾體液的人會被某種生物織繭包在內部，後來M和S也遭遇到了那種畏光的蟲子，兩人差點變成乾屍！
第21集：終結突變異種1994年4月22日
在本季第三集中吃肝臟的TOOMS被法庭釋放，但受一位醫生監管，M和他兩人決心報復對方,還差兩個肝臟即可進入新一輪冬眠的TOOMS又幹起了動物管理所的工作,屢次被M制止的他將監護他的醫生的肝臟吃掉了.終於進入冬眠,M和S在老警員的幫助下找到了制裁TOOMS的證據,兩人再次前往TOOMS的老巢,最後M冒著生命危險開動扶梯,將欲爬出地窖追殺M/S的TOOMS壓得粉碎.突變異種終結......
第22集：輪迴1994年4月29日
一警察在警局離奇墜樓，繼而又有一警察因不知名力量而死，兩案現場都有同一名小女孩在場。M調查了兩名死者和古怪的小女孩，斷定小女孩是多年前遭殺害的警察的轉世，而他正是回來向謀害他的人復仇的……
第23集：雙胞奇緣1994年5月6日
一位在空氣動力實驗室做清潔工作的弱智有著非凡的數學能力,他在偶然的情況下發現了自己孿生哥哥因為自己的研究被同事竊取而被殺,於是在哥哥未死的大腦的感知下開始了他的報復行動,此時,他孿生哥哥的大腦正被儲存在一個液態氮的容器裡,弟弟最後完成了哥哥的遺願,在打算報復最後一個同夥時被M和S阻止.
第24集：外星混血1994年5月13日
一場離奇的警匪追逐,犯人縱身越河,只留下一攤滴綠色的血液,大學基因工程的教授也被殺害,一連串的事讓M和S百思不得起解,在深喉的幫助下,兩人各自找到了相應的證據,而後M被擒,S在深喉的幫助下找到了用以交換M的"條件"-外星小綠人的標本,在一個晚上,深喉用自己的生命換來了M.陰謀再一次展開,X檔案被關閉!