X檔案 第 7 季
1999-11-07 首播 · 共22集
穆德遠途調查出了意外，在精神病院醒來有了預見的能力，還能讀取他人的心理活動。史考莉在非洲海岸發現那裡發現了刻有人類基因圖的遠古遺物及關於第六次物種大滅絕的記載。 癌人一直在進行外星混血兒的試驗，注入病毒已檢驗是否成功，這個實驗關係到世界末日時人類的生存問題，穆德的變異使他成為唯一的成功案例——但他“超能力”基因的表達只是暫時的。穆德最後在調查當地一起飛船墜毀事件時被賞金獵手乘飛碟抓走。史考莉最後發現懷孕了。
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《X檔案》第 7 季 分集劇情共 22 集
第1集：第六次大滅絕（上）1999年11月7日
史卡莉回到非洲西部繼續研究碎片，希望能找到穆德的病因，然而一個神秘男子不斷出現又消失，伴隨著一系列怪事阻撓她的研究。另一邊，穆德被關進了精神病院，對前來探視的斯基納張牙舞爪，其實是暗中把“救我”的字條留給他。斯基納順著穆德留下的線索找到克里斯高。穆德雖然不能言語，但他從外星人那裡獲得了一項能力，能夠預讀別人的思想，克里斯高向他身體中注射藥物，戴安娜聞訊趕來卻晚了一步，她隨後向穆德表白……史卡莉和當地的女大學教授發現碎片上的文字跟很多人類文明有關係，然而那個神秘男不斷出現阻止她深究下去。史卡莉烏雲散亂的回到穆德身邊，看著口不能言的他，暗自神傷。只能不斷講述自己在非洲的見聞，讓穆德堅持下去……
第2集：第六次大滅絕（下）1999年11月14日
病榻上的穆德被癌人帶走，癌人向他表明自己是他的父親，把他帶入另一種生活，一場夢境。在夢裡穆德娶妻（戴安娜）生子，時光飛逝。夢境之外，克里斯高告訴史卡莉癌人他們要的是穆德對外星病毒的免疫能力，戴安娜則匿名給史卡莉寄了一本書，書中描繪了第六次大滅絕的場景。史卡莉向斯基納尋求幫助，斯基納被人威脅，無奈拒絕。正在史卡莉四處碰壁，一籌莫展之際，新墨西哥州的埃爾伯出現在她面前，提醒她在自己的心中尋找。戴安娜看著昏迷中的穆德很是擔心，癌人則認為穆德會走過這英雄涅盤之路，他親自進入穆德夢境照顧他。戴安娜看著穆德遲遲不醒萬分焦急，想起了史卡莉，於是把秘密實驗室的卡寄給了她。史卡莉趕到，將在夢境中行將就木的穆德喚醒。穆德醒來，恍若隔世……
第3集：無比飢餓1999年11月21日
穆德和史卡莉調查加州某餐館的一起命案，他們在屍體身上發現了只有員工才持有的牌子，而斯平克斯沒有帶牌子，成為了最大嫌疑人。被炒魷魚的他在現場發現羅伯茨丟下的藥瓶，跑去要封口費，沒想到他是“怪物”，被腹中飢餓的羅伯茨吃了下去。吃人的快感令羅伯茨難以自拔，他又抱著負疚感接連吃了很多人。羅伯茨向心理醫生傾訴，心理醫生意識到他就是多起命案的兇手，但仍想努力感化他。正當羅伯茨內心掙扎之際，穆德史卡莉趕了過來，羅伯茨明白自己只是個怪物，沒法變成好人，死於穆德槍下。
第4集：千禧計劃1999年11月28日
四名前FBI探員先後自殺身亡，他們的屍體隨後被盜，不知其蹤。穆德調查發現，他們都是千禧集團的成員。隨後他找到已退休的布萊克探員，起初布萊克不願意透露。在史卡莉保證他不會被再次捲進千禧集團之後，布萊克才願意透露內幕，原來一切都是一個巫師作祟。穆德按照布萊克告訴他的資訊挨個查訪，終於在一個偏僻的地方找到巫師的住處。在他闖入後不久，巫師也回來了，他把穆德關在地下室中，念起了咒語。幸好穆德之前抓了一把鹽帶在身上，殭屍暫時傷不到他。布萊克隨後趕來，他持槍闖入地下室，卻被殭屍纏住，危急時刻史卡莉趕來，擊斃殭屍，救下了他們。
第5集：極速快感1999年12月5日
中學生瑞德被指控殺害警官，穆德和史卡莉對他進行盤問，他卻守口如瓶。不久，唯一的證物手電筒莫名失蹤，監視器中只看到“一陣風”。沒有了證據，瑞德被無罪釋放。穆德史卡莉在學校裡找到他的朋友馬克思和瑞恩絲，瑞恩絲欲言又止，馬克思的父親是警長，因此態度囂張。由於再一次考試中，老師認為馬克思作弊而判他不及格，他便用殘忍的手段將老師殺死。警長對他也有了一絲懷疑，搜查家中發現了那個證物，怒不可遏。正當馬克思要下手殺死自己父親的時候，瑞德阻止了他。原來他們是在一個洞中獲得的能力，可以讓時間變慢，因此從外界看來，他們的身體彷彿在極速狀態中執行。最終，他們三人回到洞裡，瑞恩絲運用子彈時間的能力，槍殺馬克思，自己也死於同一個子彈之下……
第6集：幸運兒1999年12月12日
穆德接到線報，一個男人從大廈頂層掉落下來卻幾乎毫髮未損，爬起來走了。他在現場找到假眼球，並與史卡莉一同查出這個叫亨利的男人的身份。看過了亨利精緻的“多米諾”手工藝品，以及隨後追殺他的人的離奇死亡，穆德覺察出這是個無比幸運的人。他仔細探查，從通風口中揪出了躲起來的亨利，追殺亨利的人也接踵而至，卻開槍擊中亨利胸前的小刀，子彈經過數次反彈最終打中自己。在醫院中，亨利終於吐露實情：樓上孩子得了絕症，需要10萬手術費。亨利為了幫助他，去跟卡通那賭錢並取勝，就被他從頂層摔下……經過勸說，亨利終於同意出庭作證，卡通那則綁架了孩子的母親，亨利隻身前往，靠著幸運殺死了卡通那，而卡通那的血型正好與那孩子相配……
第7集：替天行道2000年1月9日
又是關於史卡莉的充滿了宗教色彩的一集。罪犯東尼成功越獄，穆德認為是監獄牧師協助他逃出。牧師佈道過程中對人們進行心理暗示，製造幻象幫助他越獄。在調查過程中，史卡莉不斷聽到一首小時候的歌，她認為這是在提醒她惡魔正在靠近。牧師本來希望東尼能夠改過自新，他卻不知悔改，牧師只好掏出手槍想解決掉東尼。不料東尼是真正的惡魔化身，牧師反而被他殺死。東尼去往史卡莉的家，制服了她。正在他準備肢解史卡莉時，穆德趕了過來，史卡莉也掙脫了東尼的捆綁，親手幹掉了東尼。
第8集：魔術大師2000年1月16日
魔術師馬力尼在一次表演過後人頭落地，意外身亡。穆德史卡莉順著線索找到他的雙胞胎哥哥和另一位魔術師拉博，實際上，這正是他倆設的局，利用這個離奇事件吸引FBI介入調查，通過20萬借據將他們的目光引到阿爾瓦雷斯處，正是這個男人害的八年前拉博銀行盜竊的計劃功虧一簣。拉博緊接著化裝成阿爾瓦雷斯搶劫鈔票運輸車，陷害於他，而馬力尼則通過變紙牌戲法取得穆德的指紋，再加上穆德證件上的徽號，兩人就可以輕而易舉的進入銀行後台。整個計劃天衣無縫，毫無證據，但他們找錯了物件。穆德最終看穿其陰謀，從證據室調走馬力尼的錢包，印上他指紋的紙牌就在其中……
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第9集：不義之徒2000年1月23日
田納西州有一名男子慘死車內，身上遍佈蛇的咬痕。穆德和史卡莉詢問了當地牧師瑞瓦，得知遇難者的妻子格蕾絲臨近生產。他認為另一個宣傳邪教的伊諾牧師嫌疑最大，格蕾絲夫婦想脫離伊諾的團體遭到伊諾報復。隨後，瑞瓦的助手也離奇死亡，死因相同。穆德史卡莉找到伊諾，發現他是一個出色的馴蛇人，伊諾提醒他們注意自己站在哪一方。兩人發現伊諾是格蕾絲的父親，懷疑格蕾絲肚子裡的孩子是伊諾的。伊諾已經先行一步把格蕾絲帶走了，格蕾絲生下一群小蛇……伊諾去找瑞瓦算賬，穆德趕到，擊傷伊諾。聽了他的解釋，穆德明白自己冤枉了好人，瑞瓦才是真正的兇手……
第10集：生命的奇蹟（上）2000年2月6日
加州一個小女孩晚上睡覺時候失蹤，父親事先預見女孩慘死的景象，而綁架威脅信上的字跟母親的字跡一模一樣。穆德認為女孩遭綁架跟他父母沒關，為求佐證，他拜訪了女子監獄中同樣蒙冤的凱西。他指出凱西當初為獲假釋才承認自己謀殺了自己的孩子，實際上是某種力量借用她的手寫下那封信。穆德的母親給他留言，說有事告訴他。然而她沒等到穆德回覆就撒手人寰。穆德傷心不已，同時發現家裡關於妹妹的檔案都不見了。此時，加州的事件有了新進展，母親聲稱自己晚上看到了女兒，她口中唸叨“74”。史卡莉在地圖上找到了這個地點：聖誕老人公園。他們趕到那裡，嫌疑人慌忙逃跑，最終在公園後的墓地旁，他們抓獲了嫌犯。望著眼前這片陰森森的墓地，穆德心事重重……
第11集：生命的奇蹟（下）2000年2月13日
找到了孩子們的屍體，穆德仍未停歇，史卡莉知道他想找到他妹妹。一名“警察巫師”皮拉爾來找穆德，聲稱自己能夠看到行走的靈魂，穆德半信半疑。在他的公寓中，皮拉爾看到了穆德母親的靈魂，穆德無意識地寫下了“四月基地”，皮拉爾說這是穆德母親給他的留言。另一方面，史卡莉發現了癌人親筆簽署的檔案，下令停止對穆德妹妹的尋找行動。癌人現身史卡莉的公寓，並作出瞭解釋：薩曼莎已死，而不告訴穆德是想讓他抱有希望。穆德在基地裡找到薩曼莎的手印，在史卡莉的逼問下，皮拉爾道出了他的真正目的：找到他的兒子。三人重返基地，圍圈請神，在小男孩幽靈的帶領下，穆德找到薩曼莎的日記。他們去找當年薩曼莎的護士，得知她也曾預見薩曼莎的死亡。小男孩幽靈引導穆德見到薩曼莎的魂靈，穆德百感交集，尋妹之路終於走到了終點……
第12集：Ｘ警察2000年2月20日
本集使用了新穎的手持攝像技術，從攝像師的角度記述了一段穆德史卡莉的辦案過程。威茲警官在巡邏途中發現狀況，警車被一股大力掀倒側翻。穆德勘察現場，認為跟一個月前滿月之夜的狼人襲擊案件如出一轍。威茲卻說攻擊者像他小時候害怕的黃蜂人。滿腹狐疑的穆德史卡莉繼續調查，又發現一名女性受害者，聲稱是被一個名叫米諾維的男子傷害。兩人費盡周折找到他，卻發現此男子已死亡一個星期。史卡莉驗屍過程中，助手一直在嘮叨病毒的危害，突然倒在地上，症狀如病毒感染相同。穆德瞬間明白，他們所追尋的是一個幽靈，能夠變幻出人們內心深處的恐懼進而攻擊人類。隨後，威茲再次被幽靈糾纏，穆德史卡莉趕到，大聲鼓勵他戰勝恐懼。幸好太陽昇起，幽靈煙消雲散……
第13集：虛擬戰鬥2000年2月27日
穆德和史卡莉調查一個在虛擬FPS遊戲中中了真實子彈死亡的案件，孤槍俠三人組作為遊戲的投資人也參與其中。通過對遊戲復盤，女負責人菲比發現是一個神秘少女開得槍。著名遊戲設計師丹尼爾也來試玩這個遊戲，同樣死於那個女性之手。兩人找到了那個女性在現實中的原型，斷定有人掃描了她的資料，在遊戲中設計成大BOSS。孤槍俠三人進入到遊戲中，穆德大驚，進入幫助他們，卻遇到了BOSS。菲比趕緊關掉遊戲電源，穆德卻消失在了遊戲中。菲比承認是她創造了boss，卻不知她是怎樣跳出了程式，成為真正的殺手。史卡莉沒有其他辦法，重新下載進入遊戲，她和穆德浴血奮戰，很快就要支撐不住了。菲比不顧男負責人伊凡的阻擋，告訴了孤槍俠結束遊戲的方式，穆德史卡莉像兩個英雄一樣歸來……
第14集：奪命魔咒2000年3月12日
加州一位老醫生死於非命，穆德根據醫生床上一撮擺成人形的土，認定此案與巫術有關。幾天之後，老醫生兒子威德爾的妻子也患上了病，起初威德爾拒絕相信穆德的巫術論，直到兇手畢提出現在他面前，並親自奪走了他妻子的命。原來畢提的女兒因車禍送進醫院，救治她的正是威德爾醫生，眼見小姑娘傷重不治徒增痛苦，威德爾給她注射了大量嗎啡結束了她的生命。畢提卻認為威德爾此舉是偷走了自己女兒的性命，因此自己也過來取他家人的命。史卡莉帶著威德爾及其女兒赴郊外避難，殊不知畢提帶著女兒的頭骨緊隨其後……
第15集：爾虞我詐2000年3月19日
本集由癌人的扮演者戴維斯編導。維吉尼亞州的一個小孩患上癌症突然自愈，據稱他是被天使救治的。史卡莉前往調查，碰上了癌人。他表明自己並無惡意，小孩也是他通過脖頸後面的晶片治好的。癌人稱他已行將就木，願意把他這些年的研究結果即治療癌症的方法給史卡莉看，從而造福全人類，前提是不把事情告訴穆德。史卡莉猶豫再三，還是跟癌人走了。穆德知道之後很擔心她，請來孤槍俠尋找也是一無所獲，只發現了她電腦裡與“眼鏡蛇”的通訊記錄。穆德瞬間明白，癌人在利用史卡莉，他和他的手下以史卡莉的身份與“眼鏡蛇”聯絡，騙取資料。如今一旦得手，後果不堪設想。另一邊，史卡莉渾然不覺，一步步走入癌人設好的陷阱之中……
第16集：賢妻良母2000年4月2日
復活節的夜晚，深受鄰居喜愛的瑪莎失蹤，她的女兒聲稱在家中看到了渡鴉。她的丈夫聞訊從外地趕回，搜尋家中發現避孕藥和鑰匙，認為瑪莎跟男人私奔了，但隨後在自家院子裡發現她的屍體。穆德懷疑案件與向來跟瑪莎不和的珍妮有關，她卻拒絕承認。警長的妻子海倫在家中發現奇怪的鑰匙，隨後也遭到怪物攻擊，僥倖逃脫。穆德從警長看到鑰匙後不自然的神情認為他就是瑪莎的出軌物件，在珍妮也被怪物襲擊身死之後，警長向穆德吐露了真相，承認自己同時與瑪莎和珍妮有染。穆德推斷，所謂的怪物就是海倫，她在得知丈夫出軌之後，激發出了另一面，把瑪莎和珍妮殺死。穆德趕緊去找海倫，卻在與怪物的搏鬥中處於下風，海倫卡住他的脖子，沉入浴缸……
第17集：人生旅程2000年4月9日
本集由史卡莉的扮演者安德森編導，充滿了女性思維的特點。穆德要去英國檢視麥田之謎，史卡莉沒有跟他同去。在拿屍檢報告時，史卡莉偶然看到自己以前的導師及戀人華特森的病歷，他因心臟病住院。史卡莉前往探視，卻得知華特森當年為了他拋棄家庭，百感交集，她漸漸覺得身邊一切有節奏的聲音都代表著時光的流逝。穆德拜託她去艾薩家拿資料，艾薩對道學頗有研究，她給了史卡莉一些建議，讓她試著慢下來生活。史卡莉並不完全明白，她無意中走到一座寺廟中，在佛像前虔誠的下跪，她看到了他的人生旅程……史卡莉和艾薩找來一個道士幫助治療華特森，竟然奇蹟般的收到成效，史卡莉告訴醒來後的華特森，是時候彌補他的家庭了……
第18集：超級菸草2000年4月16日
斯基納負責保護的證人在自家浴室離奇死亡，死狀慘不忍睹。他所要指控的物件莫雷菸草公司對此事諱莫如深。之後不久，第二樁慘案發生，死亡方式幾乎一模一樣，穆德尋找鄰居求證，發現了一個叫威佛的人。他在穆德面前抽起了從莫雷公司拿到的香菸……史卡莉從屍體肺部發現了大量幼蟲，而這正是兩人的死因，此時穆德忽感不適，症狀與他們相同。莫雷公司的佛斯博士終於站了出來，承認他們新研製的香菸有問題，而唯有威佛抽了沒事。他們感到其住所，發現莫雷公司的人想要除掉威佛這個人證卻失了手。斯基納知道威佛會回公司取菸草，終於等到了他。威佛卻認為自己是個很好地研究物件，斯基納不敢殺他，有恃無恐地點燃香菸，但斯基那還是扣動了扳機。史卡莉看著威佛被尼古丁染黃的手，突然明白只有大劑量尼古丁能救穆德……
第19集：好萊塢式Ｘ檔案2000年4月30日
本集由穆德的扮演者杜楚尼編導。奧菲倫主教的地窖離奇爆炸，穆德奉命調查，與以往不同的是這次他不得不帶上斯基納的朋友好萊塢編劇費德曼。他在墓穴中發現會動的骸骨，如獲至寶，覺得已經拿到足夠的素材，回去趕劇本。穆德在爆炸死者赫夫曼家中發現一些宗教檔案，疑為偽造的，隨即發現奧菲倫將它們買下，遂懷疑是奧菲倫導演這出戲。史卡莉在驗屍時被詐屍的赫夫曼嚇了一跳，當兩人意圖逮捕奧菲輪時，赫夫曼卻活生生的出現在眼前……斯基納衝著他們大發雷霆，強制他們休假，兩人只好應邀到拍片現場找點事幹。沒過多久，影片試映了，當穆德看到片中的史卡莉拒絕了穆德的親吻並說自己喜歡的是斯基納時，忍不住跳了起來。前排斯基納回頭衝他露出了詭異的笑容……
第20集：格鬥俱樂部2000年5月7日
堪薩斯發生一場兩名警員互毆事件，經過調查，穆德和史卡莉認定事情與露露和貝蒂脫不了干係。她倆不僅長得極為相似，而且想法都如出一轍，都在印刷店工作，都跳了許多次槽，甚至愛上同一個男人。薩普斯坦這個叫蘇班尼的男人是半職業摔跤手，因為穆德對他的調查，拳擊場老闆向蘇班尼索要保證金。而為了見他，露露和貝蒂在酒館相遇，使酒館陷入混亂，老闆趁亂把錢拿走。失去資金的蘇班尼無法參賽，只能分別求助露露和貝蒂，兩人不約而同採取同樣的方式：影印鈔票。比賽當晚，穆德史卡莉來到現場，露露和貝蒂也拿著鈔票趕到，場面頓時失控，拳擊場淪為群毆場……
第21集：三個願望2000年5月14日
密蘇里一家倉儲公司的老闆突然失去了嘴巴，他一口咬定是員工安森乾的。穆德和史卡莉到安森家檢視，發現安森兄弟倆和一個神秘女性在一起。穆德勘察現場，認為那名神秘女子是傳說中的燈奴，因此可以滿足安森的願望。隨後，安森隱形後的屍體在公路邊被找到，史卡莉莫名興奮，認為這突破了現代科學的束縛。穆德在紀錄片中墨索里尼和尼克松的身邊都發現了此女的身影，更加堅定了自己的想法。當兩人再赴安森家的時候，那裡卻發生了爆炸，安森兄弟屍骨無存。穆德在廢墟中發現了燈奴，於是他擁有了三個願望，他首先許願世界和平，然而燈奴把世界上的人都變沒了，穆德只好用第二個願望把他首個願望取消。當他正字斟句酌時，史卡莉的一番話點醒了他：世界和平是每個人努力的結果，不是他一個人的願望就能達成的。面對著燈奴，他鄭重的許下了最後一個願望……
第22集：安魂曲2000年5月21日
FBI高層又在想方設法關閉X檔案，穆德據理力爭無果，忍不住教訓了前來“威脅”他的探員。他們應麥爾斯警官之邀到奧瑞岡州調查飛碟失事的事件。另一邊，行將就木的癌人將克里切克從獄中救出，讓他趕在穆德一行之前找到飛碟。一天夜裡，史卡莉找穆德告訴他自己身體不適，穆德將她攬入懷中，勸她不要再跟自己趟這趟渾水。次日，該地區又有一個年輕媽媽被劫持，麥爾斯聽了目擊者的證詞，懷疑上了自己的父親，然而面對父親他卻下不了手。穆德史卡莉來遲了一步，麥爾斯已經被劫持走了……斯基納把克里切克帶到穆德面前，差點使穆德情緒失控，克里切克把癌人的計劃和盤托出，於是穆德安頓好史卡莉，跟著斯基納出發找飛碟。史卡莉翻閱檔案，發現被劫持的人都有過腦電波異常的狀況，意識到曾出現相似症狀的穆德才有危險，頓時昏了過去。與此同時，斯基納眼睜睜看著穆德消失在能量場中，而克里切克則從樓梯上把癌人推了下去。斯基納返回總部，帶回了穆德失蹤的訊息，史卡莉悲痛萬分，同時驚奇的發現，自己竟然有了身孕……