X檔案 第 2 季
1994-09-16 首播 · 共25集
X檔案被封存，穆德與史考莉分別被派給不同的任務，但穆德仍時時注意任何有關X檔案的案件，並常找史考莉幫忙。由於演員吉蓮·安德森懷孕，製作人將劇情發展成斯卡琳被外星人綁架，消失了一集。當然，那時候吉蓮·安德森去醫院生產了。最終史考莉被秘密組織送回到一家醫院，自此以後，X檔案進入一新階段。這季主要仍圍著不可解釋的超自然現象及外星人打轉，結束於穆德因過分接近真相而遭迫害，千里迢迢到新墨西哥尋找證據，卻被特種部隊襲擊生死不明。
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《X檔案》第 2 季 分集劇情共 25 集
第1集：小綠人1994年9月16日
X檔案被關閉,MULDER和SCULLY也被刻意分開,MULDER失去了探尋真相的工具!MULDER該如何繼續? 一國會山議員支援MULDER前去尋找證據,MULDER隻身前往波多黎各,蒐集由射電望遠鏡接受到的外星人存在的訊號,在控制市裡發生了一系列事情. 期間,SCULLY擺脫跟蹤,順利找到MULDER,但是卻被藍寇軍發現,二人只得捨棄證據,匆忙逃命.
第2集：主人1994年9月23日
Skinner派MULDER前去調查在下水道里出現的死屍.MULDER認為SKINNER在戲弄他,憤而準備辭職. 可是接下來一工人在下水道中受到襲擊,SCULLY也從第一具屍體中解剖出一幼蟲,還有自稱MULDER在F.B.I中的朋友暗中提供資料,案情出現轉機,成為一X檔案. 襲擊者究竟是何物?自然產物還是人為? 襲擊人的目的又何在?自衛還是其他? 怪物後來命運如何?
第3集：流血1994年9月30日
弗蘭克林小鎮在公共場所接連發生命案,而襲擊者都是有著良好記錄的公民.這些人怎麼了?經過MULDER調查,發現所有案件的聯絡就是犯罪現場的電子螢幕,為什麼都會有電子螢幕呢?犯罪和螢幕會有何種關聯?SCULLY對實施犯罪的人的屍檢又會發現什麼呢? 在暴力犯罪率急劇升高的背後,有著什麼不為人知的秘密呢?
第4集：不能睡的人1994年10月7日
一箇中年人向911報警說自己家發生大火 ，但911趕到後卻並無任何火災跡象，SKINNER向M陳述了案情,M和S展開調查,這時上級派遣Alex Krycek與M搭檔,S在屍檢中推斷出死者是確信有火災發生,並窒息而死,三人在大家的幫助之下找到了一群參與越戰的軍人,後得知這樣的傢伙被做了手術使得他們喪失睡眠,以提高他們的作戰能力.但是他們展開了報復!
第5集：第四類接觸（上）1994年10月14日
DUANE BARRY是一家精神療養院的病人,他是FBI的前探員,並經常回憶自己在1985年遭UFO綁架實驗,在精神受到極度刺激之下,他逃出了病院並綁架了一幢大樓裡的人,M被指派去"協調",待事情解決後,DB卻綁架了在這次任務中表現出眾的S,在電話錄音器裡傳來了S求救的聲音......
第6集：第四類接觸（下）1994年10月21日
史卡利被杜恩強行帶走。M找到杜恩，但史卡利已經不見了，杜恩宣稱外星人帶走了她，穆德生氣之餘，打了杜恩拜瑞，就在他離開一下子，杜恩忽然死亡，M懷疑他是被毒死的。M找麥特森參議員幫忙，卻遇到X，他告訴他一切都沒有用的，官方會否定一切。史基納為了幫助穆德，打算重開X檔案～
第7集：三位一體1994年11月4日
一連串的吸血案件，每個鏡子都被砸壞，同時牆上會用被害人的血，寫著聖經的句子「凡飲我血者，將獲得永生」。每個地方都會有三個受害者。M隨後找到了血庫新進的晚班警衛約翰。審訊後約翰因為照到太陽光燒死了。根據他手上的印記，M前往一間酒吧，在那裡認識了頭號嫌疑犯克莉絲汀。但後來M得知，其實克莉絲汀也是受害者，很同情她，希望能保護克莉絲汀，但沒人能保護了克莉絲汀，因為約翰又復活了……
第8集：起死回生1994年11月11日
史卡利進了醫院，沒有人知道她打那裡來，她昏迷不醒。醫生建議史卡利太太，根據遺囑拿掉所有的儀器，讓她自然死亡。M一心只想報仇，他求助X，但X沒有理他。孤槍俠把史卡利的病歷交給一名網路駭客思考者研究，資料顯示史卡利的免疫系統遭到破壞。有人從醫院偷了史卡利的血液樣本，M一路追到地下室，X攔住他，叫他不要再追查下去，不然會害死所有人。此時史卡利的儀器被拔掉了，一切都得靠她自己
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第9集：火山口驚魂1994年11月18日
火山研究隊伍求救。M與史卡利在解救過程中發現那地方的研究設施被嚴重破壞，M在檢查時，遭到路威格的攻擊。此時研究室還有三名成員活著，崔科斯瘋狂的追殺他們。M覺得這三個人的行為舉止很奇怪。崔科斯殺了皮爾斯，他說不準任何人離開這裡。後來田中病的非常嚴重，M與路威格用擔架送他去醫院，在半路上田中發作，一種不知名的生物，從他的喉嚨爆發出來......
第10集：紅色博物館1994年12月9日
生產牛隻的葛林鎮，忽然有高中生被綁架，後來回來他們不記得任何事情，只感到害怕。背後都被寫上了「他是一個」的字句。當地警長認為是當地的教會組織「紅色博物館」在其中做怪。M與史卡利拜訪其中一名受害者蓋瑞。他感到有動物的靈魂進入，其它都不記得，史卡利四處檢視，覺到有人在注視他們......
第11集：再生1994年12月16日
一間老人院，發生護士被強暴的事件，但沒有人相信她的說詞，因為她指出強暴她的人是隱形的老人赫爾頓,但他更本沒有能力做這種事。與此同時老人們在吃一種藥物，亞頓要他的室友史丹給他吃。沒想到亞頓吃了受不了而死亡。看護剛使用他家鄉的方法做藥給老人吃，老人們求好心切吃過了量，老人院中的怨靈開始在四處遊蕩，要如何讓這些怨靈們平息下來呢？
第12集：剃刀殺人狂1995年1月6日
鎮上忽然發生瘋狂的殺人事件，女警官BJ瑪洛與上司提爾曼有染懷有身孕，她在幽會的汽車旅館裡，忽然感到不適，跑到荒野中，挖出了一具屍體。這具屍體被證實為失蹤多年的調查員錢尼。瑪洛告訴史卡利，她懷孕後就一直在做惡夢。他們找到多年前連環兇殺案的被害人提伯多太太，原來她曾經遭寇克里的強暴，瑪洛正是寇克里的孫女，她遺傳了他的犯罪因子，因為懷孕，漸漸顯示出來，在不知情的狀態中一步步完成她祖父沒有完成的事……
第13集：摧花狂疑雲1995年1月13日
一名男子道尼費斯特，對女性的頭髮與指甲有著不尋常的戀物癖，他喜歡在殯儀館裡偷死人的頭髮或者是去盜墓。隨後又陸續發現盜墓，M相信這名戀物狂的衝動在增加，當屍體不能滿足他的時候，他就會開始尋找活人來殺，以取得屍體。一名妓女被殺，頭髮與指甲被拔，道尼開始下手殺活人。道尼在夜校，嚇壞了一名女同學，被關進了警察局，當史卡利與M來審犯人的時候，道尼愛上了史卡利的紅髮......
第14集：巫教學校1995年1月27日
四名高中學生，在森林中好玩拜魔鬼，沒想到卻惹出命案來，一名高中男生死亡。整個鎮上都有巫術與魔鬼的傳說，但史卡利不相信這種東西，正在跟M爭論時，忽然下起蟾蜍雨來。他們找到死者所就讀的克羅裡高中，發現當晚一名同學大衛杜倫也在場，同時也找到了另外二名女學生，他告訴M與史卡利，他們可能真的招喚出魔鬼來了，另一方面，老師們在門外討論，認為他們都沒有殺人，那會是誰殺的呢？
第15集：巫毒的復仇1995年2月3日
士兵麥亞平最近經常做惡夢，甚至見到早餐碗裡都蛆，他驚嚇之餘開車撞樹當場死亡，樹上留著奇怪的符號。這是北卡羅來那州的海地難民處理中心第2起自殺案件。難民營主管霍頓上校說明，他們與海地人相處的並不太好。在營中有個人叫玻維，他專門利用巫毒教來害人，已被隔離。史卡利要求檢查麥亞平的屍體，但屍體已經不見了，而穆德則找玻維談話，玻維指出霍頓上校不讓他們回到海地......
第16集：殖民地球（上）1995年2月10日
M被送進急診室生命垂危，史卡利趕來要求醫生不要替他做一般凍瘡治療，冰冷是他唯一活下去的希望。回溯事情的發生，兩星期前在北極，一架類似飛碟的的飛行器墜落海中，一些婦產科醫師死亡，這些資料被不知名人士以電子郵件送給M。M與史卡利因此前往調查。調查正在進行中M的爸爸卻讓M回家一趟，M驚奇的發現失蹤22年的薩曼莎居然回家了。另一方面史卡利繼續追查，卻被賞金獵人盯上，他居然跟M長的一模一樣……
第17集：殖民地球（下）1995年2月17日
賞金獵人抓到了史卡利，要求M拿莎曼珊交換，交換中賞金獵人和莎曼珊一同掉入河中。M將壞訊息告訴了父親，父親交給他一封莎曼珊的信。史卡利找到了莎曼珊的屍體，屍體一上岸化為一灘綠水。M進入莎曼珊說的地方，發現裡面有一堆莎曼珊，她們要求M幫忙保護最原始的那個女孩，但M沒有辦法保護她們，她們全死光了。M則得到X的幫忙得知賞金獵人在回阿拉斯加找他的飛行器，穆德怕史卡利受連累，獨自前往。
第18集：審判1995年2月24日
一隻隱形動物跑過街道造成了許多破壞，最後這隻隱形動物現身了，它是一頭大象，它累壞了倒在路旁死了。大象歌妮莎原應關在菲爾田動物園，但動物園完全沒有任何破壞，也不知道大象是如何跑出去的。同樣的事情也發生在一隻老虎身上。M決定請教動物園的猩猩蘇菲，它告訴M它害怕光。M請史卡利與安伯羅斯解剖大象，發現它曾經懷過孕，後來他們找到了老虎，解剖顯示它同樣懷過孕.M推測是外星人綁架這些動物使讓他們懷孕再拿走胎兒......
第19集：幽靈船1995年3月10日
M請史卡利檢查一位哈波中尉，他只有二十八歲，但看起來卻像八十歲的老公公，史卡利承認這一切很奇怪，她不明白原因。M說在挪威外海有個地點，很多船都在那裡失蹤，那裡可能時間會扭曲，亞頓號遇到了蟲洞，使得時間加速，很可能軍方在進行實驗。他將前往調查,史卡利決定一同跟去。終於他們來到亞頓號的船上，結果發生了很奇怪的現象，船上活著的人的生命都受到了威脅。。
第20集：斑身人1995年3月31日
吉布森鎮是個奇怪的地方，這裡住了許多退休的馬戲團成員，他們大多長相古怪，其中有一個叫做鱷魚人奇人，被一種東西攻擊而死。M他們找了許多的線索，但是都沒有結果，甚至於連警長都被懷疑，接著又發生了命案，這回是侏儒老闆被殺，穿身人有嫌疑，但真正的兇手卻另有其人……
第21集：巫童1995年4月14日
赫維夫婦十分疼愛弟弟泰迪，一次泰迪脫離媽媽控制跟著氣球跑，沒想到卻被遊樂場的小火車當場撞死。赫維太太的媽媽時常在查理身上畫符。她說查理是禍害，但赫維太太不相信那些說法。再接二連三失去了自己的老公和媽媽後，她終於說出查理是雙胞胎，麥可一出生就死了，根據羅馬尼亞人的人說法，必須要將靈魂切割，不然死人的世界會跟著查理，惡靈會不滿意的停留在那裡。M找來長老們幫忙，另一方面，麥可化成成查理，騙走了媽媽，史卡利趕去救赫維太太，可是也無法阻擋惡靈的力量......
第22集：剖屍1995年4月28日
一個不知名的包裹被送到監獄裡給囚犯陶倫斯，後來他感染了一種不知命的怪病，身上長出膿皰，死的非常快。二名犯人保羅與史蒂夫利用收拾陶倫斯住處的空檔逃了出去。M與史卡利被叫來協助追捕犯人，M跟著聯邦警隊追人，史卡利則留下來查到底發生了什麼事。史卡利發現，藥廠在監獄中施行藥物實驗，她在犯人的傷口中找到發病的罪魁禍首一種帶有寄生蟲的小蟲。史卡利沒有跟M說，獨自做著實驗來自救，而M則急著抓回犯人，免得傳染給更多的人……
第23集：柔光1995年5月5日
史卡利的學生凱莉萊恩遇到一個失蹤案件，幾個人無故失蹤沒有頭緒，她暗中請史卡利幫忙。案發現場沒有破壞，房門反鎖，門口留有燃燒的痕跡。M初步認為這是自發性的人體燃燒。同時極磁公司的班頓博士失蹤了五個星期。在一次黑暗物質的研究中，意外中將自己的影子燒在牆上。M他們在車站找到了博士，他告訴他們他就是黑暗物質，他的影子就像黑洞，而官方正在找他。此時萊恩受到上級壓力，不得不把案子收回，M則找來了Ｘ幫忙，但看來很可能會越幫越忙……
第24集：我們的小鎮1995年5月12日
柯恩斯檢舉雞工廠不衛生，結果他失蹤了，史卡利與M前去調查。但是工廠一切運作正常，正在他們要離開時，員工寶拉發瘋了夾持傑西，結果被警長開槍打死。史卡利驗屍發現寶拉得了一種罕見的退化性疾病，叫做克洛茲菲雅各病。M則發現寶拉已經四十七歲了，但是她仍像個女孩子沒老過。M見鎮上的河水是奇怪的紅色決定要一探河底。這一挖居然在河中找到一大堆屍體。M說有些食人族可以藉由吃人肉延長壽命......
第25集：外星檔案（上）1995年5月19日
M生病了，孤槍俠來找他，因為思考者不小心複製了一份破解了MJ檔案的密碼，但他只願跟M說這件事。M前去見第一次出場的思考者，拿到了份檔案。癌人來見M的父親比爾，希望比他能阻止M。比爾想了很久，決定將所有的事都告訴M，但在他還沒開口之前，就被ALEX殺死。史卡利來M家沒找到人，卻被暗槍打傷。她帶M去見納瓦荷老人亞伯霍斯丁，老人答應幫忙翻譯檔案，並讓M去了一個奇怪的地方......