X檔案 第 3 季
1995-09-22 首播 · 共24集
沿續上一季的劇情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X檔案的編劇似乎有用不完的點子。這季內容包括了湖中水怪、能控制人意識的精神病患、唐人街上的紛爭、二次大戰時日本的人體實驗等等。
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《X檔案》第 3 季 分集劇情共 24 集
第1集：外星檔案（中）1995年9月22日
S和CSM都認為M已經死了，其實他沒死，印第安老人為他進行了名為“the blessing way”的治癒儀式，救了他一命。M回來後開始著手調查他爸爸的關係網。S由於牽扯進了M的這件事中，被停職了。一次偶然的機會，她發現自己脖子後面被植入一塊電子晶片，卻沒有任何關於它的記憶。影子政府派人殺S，卻誤殺了S的姐姐Melissa。S對SKINNER產生了信任危機。
第2集：外星檔案（下）1995年9月29日
M和S找到一個二戰時期為美國政府工作過的納粹科學家，根據他提供的線索找到了一個已經荒廢的礦物開發公司。在那裡，秘密地儲存著幾十年來全美所有接種過天花疫苗的人的醫療檔案。M發現自己的檔案被做過手腳，而S的檔案在最近被更新過。M目擊了巨大的UFO升空，S在隱約中看到了little gray man。SKINNER大叔作為談判籌碼的磁帶被小克搶走了，跟此事有關的人陸續被滅口，小克也差點死掉，自此他和CSM卯上了。SKINNER大叔最後談判成功，幫助M和S恢復了公職，此事遂告一段落。
第3集：閃電人1995年10月6日
Darren是個本性靦腆的年輕人，是一次雷擊事件中唯一的生還者。這次雷擊事件中，他的身體發生了變化，自身能發出電流，還能吸引閃電。他瘋狂地喜歡自己的老師，他的追求卻得不到老師的回應，Darren爆發了……
第4集：Clyde之死1995年10月13日
連環殺人案中的被害人都是算命師，殺人手法非常殘酷，也很固定。在警方找不到有效線索時，M和S對提供線索的一個老頭兒Clyde產生了興趣，發現他有通靈的能力，能夠看到人死亡時的細節，遂找他協助破案……
第5集：死亡名單1995年10月20日
死刑犯在臨刑前發下毒誓，宣稱會死而復生，回來報復冤枉他的5個人。他死後，獄中開始有獄卒離奇死亡，更有知情人放出訊息說他生前定下過一份死亡名單……
第6集：吸脂人1995年11月3日
多起離奇死亡案件的受害人都是單身女性，屍體上都沾滿強酸消化液，屍體分解速度極快，且身體裡的脂肪成分都不見了。這些案件都是一人所為，他專門在網路上尋找受害人，以她們的脂肪作為食物。
第7集：幽靈士兵1995年11月10日
一個在戰爭中失去雙臂雙腿計程車兵把自己肉體遭受的痛苦全都歸咎於長官們，他在夢中靈魂脫離肉體，四處殺害長官們的家小，卻留著那些軍官孤獨痛苦地活在世上，以感受他的痛苦。M覺察到了這一點，把目標鎖定在這個外表看上去不可能的兇手身上……
第8集：解脫1995年11月17日
一個小女孩被綁架了，另一個曾被同一個人綁架過的女子Lucy能感應到她遭遇的一切。M很同情Lucy，認為她和小女孩之間有某種聯絡，遂要求Lucy協助破案。最後，Lucy代替小女孩死了，自己也得到了心靈上的解脫。
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第9集：撲朔迷離（上）1995年11月24日
幾個正在火車實驗室裡解剖外星人的日本醫生被一群不明身份武裝人員殺死，外星人被帶走。M從私人手中買到的錄影帶裡看到了解剖實驗，追循出處時，發現製作錄影帶的人已被殺。現場逮到了一個日本人，從他手中掌握的情報，追查到了有關軍方打撈到的UFO的線索……另一頭，S遇見了一群也曾遭受UFO 劫持的婦女，她們使她回憶起來一些片斷，告訴她會面臨可怕的病症…… M見到活體外星人被帶上火車，他不顧X先生的警告，緊追不捨……
第10集：撲朔迷離（下）1995年12月1日
NSA特工殺了火車上的日本醫生，和M起了衝突，兩人被困在實驗車廂裡。從他口中，M得知日本人已經研究出了外星人和人類的混種，他之前看到的活體外星人只不過是這個試驗的產物。位於麻風病院中的所有試驗品已被清理乾淨。火車上有生化炸彈，M被X先生救出，NSA特工和活體混種消失在大爆炸中
第11集：天啟1995年12月15日
一個男人自認是惡魔門徒，四處尋找和殺害身上會出現聖痕的人，但那些人都是冒牌貨。小男孩Kevin身上出現了聖痕，也遭到了那個人的追殺。同時，有人受上帝召喚前來保護Kevin。那個人為Kevin犧牲後，S認為自己是下一個被選中保護Kevin的人。而M自始至終不相信天啟這回事。
第12集：糞蟲大戰1996年1月5日
小鎮上蟑螂襲擊人，好幾個人死了，造成了小鎮的恐慌。M在調查中發現了政府設在那裡的秘密實驗基地，遇見了研究蟑螂的女博士，他對她很有好感，暱稱她為Bambi，讓S很吃醋……
第13集：行星力量1996年1月26日
兩個同年同月同日出生的女孩受行星力量的影響，擁有了奇特的能力。兩人一心，除掉了很多她們看不順眼的人。對於這一連串的命案，當地人誤信是邪教所為。M從占星師那裡知道了有關星象的情況以及對人的影響力，想要制止她們……
第14集：惡魔影像1996年2月2日
一個畫家用殘酷的手法殺了好幾個人，還一直瘋狂地畫魔鬼畫像。被抓後，他辯解說魔鬼纏上了他，控制他殺人，他畫魔鬼像是為了驅魔。在他被關押期間，又發生了手法一致的殺人案。S懷疑他有共犯，M卻有點相信他，並試圖親自找到魔鬼……
第15集：追兇記（上）1996年2月9日
打撈船從北大西洋中找到一艘二戰時期的飛機，意外地把黑油從塵封已久的深海中帶到了陸上。黑油有控制人類的能力，並能在不同宿主之間自由轉移。M直覺地認為打撈船找到的東西與UFO有關，追查的過程中，開始注意到黑油的存在。他一路追到了香港，遇見了老對頭小克。最後黑油轉移到了小克身上。SKINNER因為違背上級指示繼續幫S追查MELISSA一案被CSM的殺手槍傷
第16集：追兇記（下）1996年2月16日
CSM的人仍在追蹤小克，想奪回磁帶（詳見2×25、3×01、3×02這幾集）。被黑油附身的小克擺脫M後，帶著磁帶主動找到了CSM，作為交換條件，要求回到政府藏匿打撈上來的UFO處。S抓到了殺MELISSA和打傷SKINNER的殺手，他說出了小克的動向，M和S由此追到了UFO存放地，可惜在離其只有一步之遙時被趕了出來。黑油回到了UFO中，小克被遺棄在1013號門之後……
第17集：精神力量1996年2月23日
外號叫PUSHER的人在患腦癌後，有了控制別人行為的能力。被控制者雖然保有自己的思維，卻會在他的明示和暗示下做他想讓他們做的事情。每次作案後他都以遊戲的心態給警方留下線索。M在偵破中的超群表現讓PUSHER最後選中了他做對手，M在他精神力量的控制下，跟他玩起了賭命遊戲……
第18集：阿瑪魯1996年3月8日
考古隊挖到了被土著人奉為神明的女巫阿瑪魯骨灰罈，不顧土著人的警告，將其帶回了文明世界，存放在博物館內。“騷擾阿瑪魯的人靈魂會被美洲虎吞噬”，古老的力量不希望被打擾，與此有關的人都被未知力量殺死了。M和S發現殺人的是博物館內N多貓。最後，阿瑪魯骨灰罈被送回了原處。
第19集：冥紙1996年3月29日
唐人街裡一個地下組織用高額獎金為誘餌，騙取人們參與到博命的賭博中，摘取他們的器官牟取暴利。如果有妨礙他們的人，都用殘酷的方法除去。協助M和S調查此事的亞裔探員也與地下組織有染……
第20集：外星來客1996年4月12日
一個作家為了創作以UFO綁架為題材的小說，找到了S，聽她講述了一個關於這個的真實案例。有關一對約會中被綁架的年輕人、目擊的卡車司機、發現外星人屍體的少年、黑衣人、假冒外星人的空軍飛行員、以及用催眠的方法篡改被劫持者記憶的軍方……
第21集：夢妖1996年4月26日
Skinner遭遇婚姻危機，鬱悶中的他和酒吧裡來搭訕的女人有了一夜情。未料到這個女人是妓女，死在了他的床上。種種跡象表明Skinner極有可能是兇手，而他也因自己所患的睡眠紊亂症懷疑自己，不做任何辯駁。從一開始，M就不相信是Skinner乾的。和S一起的調查中，發現果然另有隱情，此事是為了讓Skinner蒙羞繼而削弱他們的力量而蓄意嫁禍的……
第22集：湖怪1996年5月3日
某地傳說有湖怪出沒，M對那裡的幾起失蹤案件特別感興趣，帶著S趕去調查。調查過程中，還在接二連三地死人，連S的狗狗也難逃一劫。最後，M終於跟傳說中的湖怪面對面了……
第23集：有線電視陰謀1996年5月10日
某地區發生了好幾起殺人案，看上去兇手似乎都患有妄想症。M和S發現當地的有線電視訊號中被加入了能引發人們產生幻覺的訊號。S也受到了這種暗示訊號的影響，開始懷疑M。M因為是紅綠色盲而未受影響。最後，M發現這有時政府的一項實驗。
第24集：顛覆地球（上）1996年5月17日
神奇的老伯伯Jeremiah Smith用手掌就能治傷，行善之後就消失無蹤了。M和S查了同全美有好幾個名字長相都一模一樣的Jeremiah Smith。CSM似乎知道Jeremiah Smith的來歷，綁走了他，他卻消失在看完的嚴密關押之地。正當他找到M和S之際，一路追殺Jeremiah Smith的賞金獵人出現了……M的媽媽和CSM是舊識，在M家的湖邊小屋秘密見面。M的媽媽中風了，M根據她給的線索，在湖邊小屋發現了很久以前藏著的用來殺死混種的武器——一把尖錐。而這把尖錐可以用來殺死Jeremiah Smith……