寶可夢 第12季 鑽石與珍珠 (神奧地區 3/4)
2008-12-04 首播 · 共53集
銀河隊的威脅繼續籠罩著神奧地區，小智和小光不斷被捲入這個神秘反派組織的陰謀中——同時還面臨著其他意想不到的挑戰！ 小光正忙於處理她寶可夢的各種問題，而小智與真嗣的長期競爭最終在一場全員6對6對戰中達到高潮！ 這可能是訓練方式的終極考驗——我們的英雄能否勝出？
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《寶可夢》第12季 鑽石與珍珠 (神奧地區 3/4) 分集劇情共 53 集
第1集：羊羹與洛托姆！2008年12月4日
暫時停留在水脈市的小智一行人，和久違的大木博士聯絡時，聽說了只在「森之洋館」飯店才吃得到的「森之羊羹」的事，立刻決定要去吃羊羹。但是，不巧碰上旅館停業，而且還聽說旅館有妖怪出沒！就在大家準備放棄的時候，應該沒人的旅館大門自動打開了！小智等人大吃一驚，唯獨皮卡丘發現到什麼，跑進旅館裡去了！慌忙追過去的小智他們，不得已地在寂靜的旅館中前進，面前的地板上卻出現不該在這的微波爐。和不可思議地觀看的小智等人不同，只有皮卡丘感到興味盎然。這時，微波爐突然襲擊過來了！
第2集：和寶可夢感情融洽的方法！？2008年12月11日
小智他們在等待道館訓練家歸來的同時努力特訓。小光也為了讓小山豬進化而成的"野豬寶可夢"長毛豬在下次華麗大賽出道而展開特訓，但是長毛豬卻不聽小光的話！它甚至還被食物的味道吸引，隨便跑到別地方去。這讓小光對往後能否與它好好相處感到不安。這時候，小智一行人看到了寫著「寶可夢交友訓練營」的海報！上面竟然說，只要和寶可夢一起參與課程，就能夠和它們感情變好！這樣就萬無一失！小光這麼想著，馬上就前往訓練營，但是…
第3集：戰槌龍VS護城龍！！2008年12月18日
得知道館訓練家已經回來，小智一行人立刻前往水脈道館。在大家抵達道館前的時候，聽見裡面傳來很大的爭吵聲！進去一看，在對戰場地裡的人竟然是水脈道館的館主‧東瓜，以及鋼鐵道館的館主‧瓢太！原來，這兩個人是父子！剛才的爭吵聲是都擅用由化石復活的寶可夢、還同為道館館主的這對父子，在爭論誰比較喜歡化石的聲音。而且光是爭吵還不夠，事態最後發展到對戰！東瓜以自豪的護城龍迎擊瓢太的戰槌龍！雙方都毫不相讓的大激戰！到底會怎麼樣呢！？
第4集：水脈道館戰！鋼系對戰！！2008年12月25日
期盼多時、與道館訓練家東瓜的水脈道館戰終於要開始了！小智選擇小火焰猴、泳氣鼬與天蠍王展開對戰！東瓜派出的第一隻是銅鏡怪！而小智則以適性良好的小火焰猴挑戰！小火焰猴使出炎系絕招一口氣搶功，但是對上東瓜固守防禦等待機會的戰術，一直沒法造成決定性的傷害！然而攻擊還是最大的防禦！小智堅持不減緩攻勢，強勢地繼續攻擊！是防守的東瓜，還是進攻的小智會贏呢。兩人互不相讓的信念彼此衝突，決定了第六個徽章的去向！！
第5集：迷路的吼吼鯨！2009年1月8日
為了前往舉辦下一場華麗大賽的木通鎮，小智一行人來到水脈市的碼頭。正要吃午餐的時候，寶可夢食物被突然出現的"電光寶可夢"勒克貓搶走了！小智與皮卡丘追著勒克貓進入了下水道。他們在那看到，勒克貓把寶可夢食物送給迷路的"球鯨寶可夢"吼吼鯨！勒克貓是住在下水道里的寶可夢們的領導者，它想要幫助吼吼鯨。小智知道勒克貓的心意後，主動表示要幫’忙讓吼吼鯨回到海里！可是，與勒克貓它們合作進行的計劃，規模非常大！真的能順利做到嗎！？
第6集：亞玄與路卡利歐！2009年1月15日
小智一行人在水脈市的寶可夢中心，等待前往木通鎮的船。這時他們接到一通電話。竟然是在鋼鐵島修行的阿馴打來的！不過，阿馴看來跟平常不太一樣。一問之下才知道，原來阿馴的帝王拿波突然間開始胡亂攻擊。阿馴一心想著「要查出原因！」，為了幫忙他，小智一行人也決定前往鋼鐵島！抵達鋼鐵島後，他們看到了四處大鬧的"鋼系寶可夢"們。寶可夢襲擊寶可夢的景象，讓小智他們啞口無言。面對試圖阻止暴走的小智，鋼系寶可夢們發動了攻擊！！此時，路卡利歐與一位波導使者現身保護了小智！！
第7集：鋼鐵島的遺蹟！2009年1月22日
與波導使者亞玄一起調查鋼鐵島異變的小智一行人，得知造成鋼系寶可夢暴走的原因，是覆蓋了整座島的低周波。同時，亞玄那以波導之力防禦低周波的夥伴‧路卡利歐，因為無法阻擋突然發生、直衝天際的強大能源波，還是失控暴走了！追著路卡利歐而去的小智一行人，看到的竟然是在調查巨大遺蹟的銀河隊幹部‧夥星。接著，發現是可疑裝置產生出能源的小智他們，現身對抗銀河隊。銀河隊的目的是什麼？究竟他們能不能拯救鋼系寶可夢呢！？
第8集：皮卡丘‧波加曼漂流記！2009年1月29日
小智一行人搭上船，前往下一場寶可夢華麗大賽的舉辦地木通鎮。波加曼與皮卡丘在船內遊玩，不過，它們在小智等人稍不注意的空檔，被潛入船內的火箭隊帶走了！火箭隊喊著「好棒的感覺啊～！」準備逃跑，但是海象突然惡化，讓皮卡丘它們趁機逃脫了！皮卡丘它們漂流到了一座無人島。為了回到小智等人身邊，它們努力的奮鬥，這時卻看到島上的寶可夢們在拼命搬運石頭的樣子！跟去一看，目的地有不可思議的繭和對它有反應的大量岩石…這個繭到底是什麼！？而皮卡丘它們能平安回到小智等人身邊嗎？
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第9集：愛惡作劇的霏歐納！2009年2月5日
小智他們抵達了要舉行寶可夢華麗大賽的木通鎮。不過，整個城鎮都處於熱鬧的祭典狀態，到處都在販賣"海洋寶可夢"霏歐納的商品！原來這個時期，似乎可以在木通鎮看到霏歐納。而且據說能看到霏歐納的話，幸運就會降臨。對鼓足幹勁、馬上要挑戰華麗大賽的小光來說，這是獨一無二的機會！她想著「絕對要看到霏歐納」，搭上了可以賞霏歐納的船。接著，遠方出現發光的身影…。小光他們到底能不能，遇見霏歐納得到幸運呢！？
第10集：寶可夢華麗大賽！木通大會！！2009年2月12日
小光他們結束為了明天舉行的寶可夢大賽‧木通大會所做的特訓。在期待已久的點心時間，看到最喜歡的面寶讓帕奇利茲非常開心！然而，面寶卻在眼前被"洞穴寶可夢"尖牙陸鯊踩爛了！氣到發抖的帕奇利茲，似乎因為食物的怨恨而發動了新絕招"憤怒之牙"！但是像要制止它一樣，一名協調訓練家出現了！這位少女名字叫烏拉拉，她的目標是與尖牙陸鯊一起參加華麗大型慶典，所以才來參加木通大會。而且烏拉拉不知為何對小光顯示出敵意！那種態度讓小光忍無可忍，決定在木通大會和她一決勝負，可是…
第11集：狂野君莎與搭檔聒噪鳥！2009年2月19日
小智一行人為了到切鋒市進行道館戰而持續旅行。途中，想要搶皮卡丘的火箭隊出現了！雖然皮卡丘使出"十萬伏特"驚險渡過危機，卻因為衝過頭在空中失去平衡！就在小智他們因為來不及接住皮卡丘而焦急的時候，騎著機車的君莎跳上半空中直接接住皮卡丘！在千鈞一髮之際救了它。可是，戴著墨鏡、肩上停著"音符寶可夢"聒噪鳥的這位君莎，氣質好像跟其他君莎不太一樣…。然後，這個自稱狂野君莎的人物，拜託小智一行人幫忙進行逮捕火箭隊的搜查，可是…
第12集：暴風雪中的雪妖女！2009年2月26日
小智一行人，朝著切鋒市前進，在雪地中繼續他們的旅程。但是，下個不停的雪讓他們迷路了。這時，在小智等人面前，出現了一隻向他們招手的"雪國寶可夢"雪妖女。跟過去一看，竟然有一棟小木屋！雪妖女準備了溫暖的熱湯、還有寶可夢用的浴缸。波加曼高興的跳了進去，但是下一瞬間就被凍住了！原來小木屋是個陷阱！小光質問它為什麼要這麼做，結果從更裡面傳來火箭隊喵喵的聲音。照先落入陷阱的喵喵的說法，要救波加曼就得先幫雪妖女。到底雪妖女的目的是什麼！？
第13集：火箭隊解散！？2009年3月5日
火箭隊像往常一樣為了搶皮卡丘而騷擾小智一行人。但是，他們又失敗了。被皮卡丘打飛，身心都疲憊不堪的火箭隊發現一間拉麵店，馬上就衝進去要填飽肚子。而他們在那裡遇上意想不到的人物！原來那間店的店長是武藏和小次郎在火箭隊培訓所時期的學弟！而且他還想挖角喵喵到他的店裡工作。對總是失敗的火箭隊感到厭煩的喵喵，竟然接受了！而且連聽喵喵表明決心的武藏都說要退出火箭隊！只剩下小次郎一個人。究竟火箭隊會變成什麼樣子呢！？
第14集：神奇圓環！天空大決戰！！2009年3月12日
旅行途中，小智一行人經過強風鎮。在那個鎮上，正在進行由飛行系寶可夢爭奪圓環的「神奇圓環」競技大會。對「神奇圓環」興致勃勃的小智他們，決定要派姆克鳥登記參加大會！小智與姆克鳥巧妙的使用絕招通過第一輪比賽。在等待第二輪的空檔，小智一行人等在螢幕前要觀看其他參賽者的比賽。此時映入眼簾的，竟然是真司與烏鴉頭頭！兩隊都順利的晉級，終於在決賽碰上！小智VS真司。以「神奇圓環」強風鎮大會為舞台展開的比賽，最後將是誰勝誰負！？
第15集：激烈衝突！象牙豬VS波士可多拉！！2009年3月26日
朝著切鋒市前進的小智一行人，正穿越廣大的森林。半路上發現水壺已經沒水可喝的小光，一個人去裝水。此時，波士可多拉突然出現出現在小光眼前，並且發動攻擊！慌張逃命的小光在混亂中摔落山崖，被河水沖走了！努力游上岸的小光，為了找小智他們而進入森林。結果，波士可多拉又出現了！認為逃跑無法解決問題的小光決心應戰，她選擇的是唯一能與重量級的波士可多拉對抗的象牙豬！但是象牙豬又不聽話了。小光與象牙豬，到底能不能渡過這次危機呢！？
第16集：不可思議的生物 寶可夢！2009年3月26日
小智與小光講述前面集數所發生過的事情。(總集篇 第2集)
第17集：怕寂寞的雪笠怪！2009年4月2日
為了挑戰切鋒道館，在雪地中持續旅行的小智一行人為樹林龜進行特訓。這時候，就像先前的晴天是假象一樣，吹起了暴風雪！大家慌張走避，卻瞬間就被冰住！接著，出現一隻喜孜孜地看著小智他們的寶可夢。它是"樹冰寶可夢"雪笠怪！看樣子，它是為了引起人類注意才惡作劇。小智等人靠小火焰猴的火焰融冰脫困，卻又因為雪笠怪惡作劇而引發大混亂！不過，大家很難對沒有惡意的雪笠怪生氣，只有無奈地讓它同行。小智一行人與雪笠怪的旅程，到底會怎麼樣！？
第18集：進化！這時候波加曼會如何！？2009年4月2日
得知立浪鎮要辦寶可夢華麗大賽的小光，正在為華麗大賽做特訓。小光的寶可夢們就像平常一樣，活力十足的跑出精靈球。但是，只有波加曼莫名的沒精神。大家都擔心它是不是哪裡不舒服，波加曼卻還是逞強表示沒事。這時候，波加曼的身體突然開始發光！大家都為這進化的徵兆感到興奮，波加曼卻不知為何使用「忍忍」放出進化的能量！很高興看到波加曼進化的小光，無法理解它的行動。究竟拒絕進化的波加曼，真正的想法是什麼！？
第19集：寶可夢華麗大賽‧立浪大會！！2009年4月16日
立浪大會終於要開始了！只差一個緞帶勳章就能參加華麗大型慶典的小光充滿鬥志。加上青梅竹馬的勁敵健悟也要出場，讓她忙著練習。而立浪大會從第一次審查就展開激戰！比小光少一個緞帶勳章的健悟說絕對要在這場大會追上來，高分貝向小光做出宣戰佈告！而他也如宣言般以最佳表演展現出豪力的力量。相對的，小光也堅持絕不讓出第五個緞帶勳章，與融入新動作演出的雙尾怪手做出默契十足的表演！勁敵之間互不相讓的對抗。立浪緞帶勳章會落入誰手中！？
第20集：寶可夢乒乓大會！雙尾怪手加油2009年4月23日
阿馴充滿鬥志的要與帝王拿波一起稱霸寶可夢乒乓大會。雖然還是新手，不過小智他們也報名了。寶可夢乒乓，是由寶可夢與訓練家兩人一組打球的競賽。小智選擇皮卡丘，小光則與雙尾怪手搭檔挑戰大會。他們利用開賽前的空檔進行加強特訓，而雙尾怪手在練習中利用兩條尾巴使出了強力殺球！看到這一幕的大會上屆冠軍O選手，似乎認為雙尾怪手有著過人的天分。在萬分期待下，寶可夢兵乓大會終於開始了！不同於對戰和華麗大賽的興奮就在這裡！令人屏息的激戰，優勝的桂冠究竟會落入誰手中！？
第21集：櫻花寶！讓人心疼的對戰！？2009年4月30日
在旅途中經過防空鎮的小智一行人，遇見了只喜歡可愛的寶可夢、有著怪異「個人規則」的少女馬麗玲。根據她的規則，小光的卷卷耳是合格的，波加曼卻算不可愛。被莫名其妙的「個人規則」耍得團團轉，再加上波加曼被輕視，讓小光怒上心頭，接受了馬麗玲提出的對戰！可是，馬麗玲不但不對"櫻桃寶可夢"櫻花寶發出攻擊指示，還在看到櫻花寶忍耐傷勢的時候大喊「讓人心疼的可愛！」。看到馬麗玲的對戰方式，高喊「這是不對的！」大聲抗議的人，竟然是小剛！
第22集：訓練家培育學園的小菘老師！2009年5月7日
小智一行人終於抵達切鋒市，並且與好久不見的小望會合。這時候，突然有「冰粒」朝著小智他們飛來！而發出攻擊的是"樹冰寶可夢"暴雪王，還有一名訓練家！這人的身分，竟然是切鋒道館的道館訓練家‧小菘！受到粗暴歡迎的小智等人，在知道這是小菘風格的招呼之後，毫不在意的請她帶路參觀市內。小菘帶著大家來到了訓練家培育學園，原來她是這裡的老師！小智他們對道館訓練家開的課很感興趣，但是上課時竟然開始進行寶可夢搶答式機智問答！不過這種令人驚訝的課程，其實有它的秘密存在……
第23集：切鋒道館！冰之對戰！！2009年5月14日
終於到了切鋒道館道館戰的日子！與專攻冰系寶可夢的道館訓練家‧小菘的對戰，是在神奧地方的第一次4VS4道館賽！小智以樹林龜、姆克鷹、天蠍王及小火焰猴挑戰。氣勢十足的小菘派出的第一隻是"尖爪寶可夢"狃拉！而小智則選了樹林龜。原本就很敏捷的狃拉，利用冰對戰場地更加快速度，以速度壓制樹林龜！無論適性或速度都對樹林龜不利，可是它逮到瞬間的機會，發揮出真司的土台龜教它的重量級戰鬥方式！雙方戰況勢均力敵。小智慧夠得到冰河徽章嗎！？
第24集：對戰金字塔！真司VS神代！！2009年5月21日
在切鋒市的寶可夢中心住宿的小智他們，遇到了真司的哥哥‧雷司。小智等人正為這久違重逢感到驚訝，沒想到又有更意外的人出現！關都的開拓之腦、金字塔法老神代竟然出現在當地！小智他們很高興的談起在關都的對戰，可是真司一聽說小智曾經打贏神代，馬上就變了臉色，讓人根本無法聯想到平常冷靜的真司。接著真司突然要求神代進行對戰！真司心裡究竟藏著什麼樣的想法！？
第25集：復活的雷吉奇卡斯！ J再度出現！！2009年5月28日
一輛汽車開到剛看過真司與神代對戰的小智一行人身邊，從車上下來的是守護切鋒神殿的巫女。照她的說法，神殿發生了大事！神代與小智他們趕往神殿，而在那看到的，是正襲擊神殿的寶可夢獵人J與手下！他們的目標是傳說中在神殿沉眠的雷吉奇卡斯。如果它落入J的手中就糟了！可是，他們慢了一步，被強制喚醒的雷吉奇卡斯氣到發狂，開始暴走了！而且雷吉奇卡斯前進的方向是切鋒市！到底小智他們能不能解除這場危機呢！？
第26集：電龍列車！帥哥登場！！2009年6月4日
為了前往睿智湖，小智一行人搭上了列車，並且在車上認識了一名叫做帥哥的男子。有點糊塗的帥哥買了太多特產車站便當，於是在車上把便當分送給乘客。小智他們就跟著送便當的帥哥一起到了駕駛室。那裡有"燈寶可夢"電龍在幫忙駕駛！就在大家因為寶可夢的活躍而感動的時候，發現前方的訊號燈變成紅色，於是列車緊急停車！駕駛認為沒有通知就變色的訊號很可疑，於是請車掌去調查。這時，帥哥也要求同行。但是，帥哥的行動當中隱藏了某個秘密…
第27集：全面對戰！真司VS小智 －前篇－2009年6月11日
小智一行人為了實現與真司全面對戰的約定，來到湖面波光粼粼的睿智湖畔。兩位風格完全相反的寶可夢訓練家，終於要展開激戰。兩人的全面對戰，應該會是雙方氣勢十足的衝突。但是，不只是真司，連小智都冷靜觀察對手的寶可夢，活用替換機制，帶出意外的發展。對戰在小智的樹林龜與真司的烏鴉頭頭對峙的瞬間，出現了變化。看到以前剛從草苗龜進化時無力招架的對手，樹林龜的鬥志如烈火般狂燃！真司與小智，無法相容的兩位訓練家在對戰最後發現的是…
第28集：全面對戰！真司VS小智！！ －後篇－2009年6月18日
真司與小智展開了一場彼此信念之爭的對戰！在雙方各有一隻寶可夢被擊倒的局面下，與真司的鴨嘴焰龍對峙的是──小智最好的搭檔皮卡丘。以信任的力量渡過以往無數危機的小智與皮卡丘，勇敢地挑戰鴨嘴焰龍！真司一直否定小智的對戰風格，但是小智與寶可夢們的羈絆在他眼前引發奇蹟！對戰尾聲，真司的圈圈熊就要打倒小智的小火焰猴時，回應小智的信賴，發揮潛力的小火焰猴出現異變！這該不會是…。勁敵對戰終於分出勝負！結果將會如何！
第29集：由克希之影！2009年6月25日
在全面對戰中輸給真司的小智，為了讓受傷的寶可夢們治療休養而前往寶可夢中心。輸給真司的事實、同伴們痛苦的模樣，雜亂的思緒折磨著小智。看到這種狀況的小光，與波加曼一起計畫，展開幫小智打氣的行動。另一方面，喬伊小姐持續治療寶可夢，在一旁幫忙的小剛為了傷勢嚴重的猛火猴去尋找樹果。小剛走到了睿智湖畔。他在那裡看到的，竟然是漂浮在湖面上的、傳說中寶可夢‧由克希的影子！
第30集：森林之王！巨蔓藤！！2009年7月2日
小智一行人朝睡蓮鎮繼續旅行。小光為了準備華麗大賽，與象牙豬努力練習。但是，並不習慣表演絕招的象牙豬失敗連連，最後還鬧彆扭跑到森林裡去了！它被急忙追上的小光說服，正要回去找大家的時候，草叢裡出現有東西再動的聲音！象牙豬與小光警戒起來，接著眼前突然出現"藤蔓寶可夢"巨蔓藤，還以「吸收」攻擊過來！象牙豬因為力量被奪走而動彈不得，但是巨蔓藤卻不知為何靠了過來，留下了香柚！奪走力量又幫忙回覆。這到底是怎麼回事！？
第31集：全員參戰！寶可夢大勝利！！2009年7月9日
朝睡蓮鎮持續旅行的小智一行人，被街上的海報吸引。那是在神奧地方大受歡迎的節目「神奧‧寶可夢大勝利」的參加者募集廣告！身為節目忠實粉絲的小光，毫不猶豫的與小智還有小剛一起登記報名。但是，這個大會其實是火箭隊辦的冒牌活動！測試運動神經和寶可夢的默契以及超越苦難能力的「神奧‧寶可夢大勝利」，是火箭隊鼓足了勁要招募優秀團員的手段！而他們注意到兩個人！雖然火箭隊想讓那兩人加入，但他們卻有著某個秘密…
第32集：天冠山的遺蹟！銀河隊的陰謀！！2009年7月23日
在前往睡蓮鎮途中，小智一行人經過將神奧地方分為東西兩邊的高山‧天冠山，在山麓看到粉紅色無殼海牛。可是，他們正在應該只有藍色無殼海牛的天冠山東側。知道這件事後，一行人決定帶粉紅色無殼海牛越過天冠山。無殼海牛與小光的波加曼成了朋友，意氣洋洋的出發。這時候，它們掉進天冠山山邊的洞穴！小智等人急著追去，卻在洞裡發現人工開鑿的隧道。一邊覺得不可思議一邊前進的他們，看到了光線！但是，走出隧道的小智一行人眼前出現意想不到的景象！
第33集：瑪力露‧波加曼‧電擊怪！！2009年8月6日
旅途中，小智一行人經過某個樹果園。被一堆珍奇樹果包圍的波加曼興奮不已，但是它突然撞到東西！原來是"水鼠寶可夢"瑪力露的尾巴。氣憤的波加曼想回頭數落對方，卻在和瑪力露視線相對時，樣子突然變得很怪！全身無力的搖來晃去，眼睛滿是愛心。難道是戀愛嗎！？它對瑪力露展開猛烈攻勢！它們開始慢慢親近，不過事情果然沒那麼順利。出現了像要破壞和樂同行的兩者感情一般的電擊！笑得囂張的電擊怪現身。突來的三角關係！波加曼的戀情將如何發展！？
第34集：小光對媽媽！親子對決！！2009年8月13日
小光的媽媽‧彩子被選為雙葉祭典的委員！？聽說這件事的小智一行人來到小光的故鄉雙葉鎮。當地正進行祭典的準備，彩子也忙得不可開交！準備告一段落後，小智一行人在小光家接受款待吃晚飯。屋裡陳列著彩子在協調訓練家時期贏得的諸多獎章。再度看到這些東西的小光，心中產生某種感情。那就是，想讓媽媽看看自己成長後的力量！華麗大型慶典之前，必須超越的高牆。對手是以魅力喵、月精靈進行華麗演出的母親‧彩子，小光的魅力表演能發揮到什麼地步呢！？
第35集：拯救大木博士！牛蛙君對不良蛙！！2009年8月20日
在熱鬧滾滾的雙葉祭典中，小智一行人努力的幫忙彩子。今天的重頭戲是大木博士的寶可夢講座！但是到了約好的時間博士還沒出現。擔心他的小智等人到附近的沼澤區一帶去接他。結果卻在那看見博士被帶走！那是牛蛙君！？同一時間，在雙葉祭典拼命打工的火箭隊，打算假扮成大木博士販售商品大賺一筆。小次郎打扮得和博士一模一樣，開始營業！正準備全力做生意時，竟然因為裝得太像被當成本尊拉上演講台了！意外不斷的演講！到底會怎麼樣呢！？
第36集：天然雀、天然鳥…不可思議的森林！2009年8月27日
幫忙雙葉祭典活動的小智一行人，正在鎮上四處逛攤位的時候，阿馴出現了！與小光一樣住在雙葉鎮的阿馴，也是為了雙葉祭典回來。久違重逢，小智與阿馴決定進行對戰！在帝王拿波與皮卡丘展開激戰的時候，阿馴突然發現在天上飛行的東西！那是"精靈寶可夢"天然鳥！一發現它，阿馴就以驚人氣勢追去！據說是那隻天然鳥有秘密的樣子。他們跟去的地方，竟然是個馬戲團！？大家在那裡看到的是，前所未見的寶可夢們驚人的模樣…！
第37集：對戰大君！那名男子、名叫桄榔！！2009年9月3日
雙葉祭典的壓軸活動—對戰大會！而且，優勝者可以和神奧地方最強的開拓之腦──桄榔戰鬥！聽到這個訊息，小智當然不會放過，阿馴、小光，甚至連小剛都登記參賽了！在這場激戰不斷的大會中稱霸的是，發揮善於實戰長處的小智！他延續這股氣勢，挑戰最強的男人‧桄榔！而對手選的寶可夢是"?錐寶可夢"超鐵暴龍！那強猛踩踏大地的姿態充滿魄力！面對這個對手，小智選的是同樣以力量為主的樹林龜！激戰將至！這場戰鬥絕對不能錯過！！
第38集：史上最邪惡的波克比！2009年9月10日
小智一行人以舉辦下一場華麗大賽的睡蓮鎮為目的地。途中，他們發現一座巨大的塔，意外地進去了！可是那座塔，其實是火箭隊的秘密基地！小智等人被關在牢籠當中，讓火箭隊為了作戰成功大為得意！這時，隔壁的糧食倉庫傳來聲音。過去一看，竟然發現"針球寶可夢"波克筆的身影！送來幸福的寶可夢…本該如此的波克比，卻超愛惡作劇！它花招百出，不只是火箭隊，連小智等人都一再落入圈套。而且最後還引發大危機！最邪惡的波克比的最糟惡作劇到底為何！？
第39集：城都特展！菊草葉與小鋸鱷登場！！2009年9月17日
前往睡蓮鎮的小智一行人在旅途中經過的城鎮，發現一隻夾在建築物縫隙中的瑪力露！大家急忙救出它之後，它的訓練家正好找來。這名戴著令人印象深刻白帽子的少女，叫做琴音。她是為了在這個城鎮舉辦的特展，與名叫一成的少年一起從城都地方來的。琴音的夥伴是"葉寶可夢"菊草葉，一成的則是"大顎寶可夢"小鋸鱷。第一次見到城都的寶可夢，讓小光非常興奮！而她也得到機會，參加以寶可夢的蛋作為獎項的對戰大會！小光鬥志十足，而最後結果會如何！？
第40集：攻破地窖！？山谷的發電廠！2009年9月17日
小光正為了華麗大賽進行特訓。而加入他們旅程的琴音與一成看得目不轉睛。但是，大概是看得過於專注，琴音的瑪力露不知何時不見了！大家在四周找尋，結果發現草原另一頭有個大發電廠！一行人戰戰兢兢的進入，卻突然被巡邏的小磁怪們用電擊招呼！為了躲避小磁怪追擊而進入的房間，竟然是廠內的監控室，而且其中一個畫面照到了瑪力露！看來它是迷路誤闖發電廠的倉庫了。可是，在小智一行人踏入倉庫的那瞬間，遇上了要命的意外！結果到底會怎麼樣呢！？
第41集：收服到…圓陸鯊了！！2009年10月1日
與琴音、一成同行的小智一行人，在途中經過的寶可夢中心，聽到傳聞說有一隻很兇暴的"陸鯊寶可夢"圓陸鯊。兇暴就表示很強吧！這麼認為的小智積極展開圓陸鯊收服行動！但是，一旁同樣燃起鬥志的男子，竟然是平常溫和的一成！互不相讓的兩人開始競爭！相對於靠衝勁亂找的小智，冷靜動腦的一成利用圓陸鯊如同在陸地游泳的特徵，使出釣魚作戰！這招很成功，他們與釣到的圓陸鯊展開對戰！不過這隻圓陸鯊，比想像中還兇暴！收服大對決，會是誰贏呢！？
第42集：寶可夢華麗大賽！睡蓮大會！！2009年10月1日
寶可夢華麗大賽‧睡蓮大會終於開幕！從小智與桄榔的對戰中得到靈感的小光，帶著秘策前往會場。這次的勁敵，是火箭隊的武藏扮成的武藏莉娜！可是她看來跟平常不太一樣…。其實這個武藏莉娜，是為了代替感冒倒下的武藏，由小次郎扮成的小次莉娜，但是華麗大賽還是照樣開賽！小光讓波加曼展現華麗魅力，通過第一次審查。小次莉娜也以喵喵驚人的表演，意外過關！雙方終於激烈衝突！小光選擇進行出道賽的象牙豬！小光究竟能不能拿到最後的緞帶勳章！？
第43集：小智與小光！雙打對戰！！2009年10月15日
與琴音、一成告別的日子到了。小智一行人來到據說過去歷代冠軍都戰鬥過的地點睡蓮圓形競技場。最後要來場神奧VS成都的雙打對戰！小智‧小光派出猛火猴與火球鼠，琴音‧一成則選擇菊草葉與小鋸鱷展開對戰！剛開始琴音、一成藉著有適性優勢的小鋸鱷的攻擊、以及不擅應付炎系的菊草葉支援，掌握了節奏！可是，小智與小光也靠對戰經驗豐富的猛火猴，解救了小光陷入危機的火球鼠，展現出卓越的默契配合進行反擊，戰況平分秋色！究竟勝負將如何發展！？
第44集：夢妖、黑暗鴉和暗之石！2009年10月22日
為了得到第八個徽章，朝湖濱市前近的小智一行人在森林裡迷路了。這時候，"反抗寶可夢"騎拉帝納突然隨著地鳴聲出現，襲擊小智他們！才剛因為驚險逃脫而鬆一口氣，這次卻換成眼前出現洶湧大水！小智一行人被沖走，痛苦地掙扎！但是，這些意外其實都是"黑暗寶可夢"黑暗鴉製造的幻覺！解救了大家的是位帶著"尖叫寶可夢"夢妖的女性。而且她似乎和造成幻覺的黑暗鴉有深厚的關聯…。這到底是怎麼回事！？
第45集：皮卡丘波加曼，別黏在一起！2009年10月29日
小智一行人繼續旅行，朝湖濱市而去。皮卡丘與波加曼一如往常的跟在一旁。突然間，皮卡丘‧波加曼發生了異變！它們彼此都眼冒愛心，緊抱在一起不肯放手！小智與小光再怎麼努力也拉不開它們。為了解決這個異常狀況，一行人前往寶可夢中心。然而，在寶可夢中心裡，卻看到陷入同樣狀態的寶可夢與困惑的訓練家！這原因不明的狀況，讓喬伊小姐也束手無策。可是，看著這些寶可夢的小剛，發現了某個共通點！這無法理解的狀況，到底是怎麼發生的！？
第46集：紅鎖煉！銀河隊展開行動！2009年11月5日
持續旅行的小智一行人，在某個草原上發現受傷的寶可夢。靠過去一看才發現那是火箭隊的喵喵！在療傷時詢問緣由才知道，它是在城鎮外圍一座叫作「多多羅鐵工廠」的巨大建築物裡，被銀河隊打倒的！而且武藏、小次郎，還有國際刑警帥哥都被抓住了！這個重大事件，讓小智等人決心與喵喵一起潛入多多羅鐵工廠！搶奪帷幕市的隕石、調查隨意遺蹟、襲擊神和鎮，還有掌握神奧時空傳說關鍵的天冠山。所有的點連成線，銀河隊終於為最後高潮展開行動！究竟小智一行人能不能粉碎那巨大的野心呢！？
第47集：亞克諾姆‧由克希‧艾姆利多！2009年11月12日
為了實現野心，確實進行準備的銀河隊，下一個目標是居於神奧各地湖泊的3只傳說寶可夢。而負責指揮作戰的，竟然是寶可夢獵人J！立刻將帷幕市隕石做成的「銀河炸彈」投下的J，試圖抓住3只湖中寶可夢！察覺到自身有危險的湖中寶可夢，求救的悲痛思緒沒有傳達出去嗎…。然而，相隔遙遠的小智一行人，確實感受到那股意念了！為了阻止銀河隊以及寶可夢獵人J，小智等人挺身而出！同時，神奧最強的冠軍‧竹蘭現身了！賭上神奧地方命運的決戰時刻，逼近眼前了！
第48集：帝牙盧卡與帕路奇犽！最後的戰鬥2009年11月12日
銀河隊的野心，那就是使用3只湖中寶可夢的特別力量，召喚出「被稱為神的寶可夢」帝牙盧卡與帕路奇犽，藉著娜強大的能量融合創造新世界。如果這個野心實現，神奧地方將會徹底消失。能解救這個危機的只有亞克諾姆、由克希、艾姆利多，還有能與它們同步的小智等人。但是，赤日將「神之力」移到自己手上了！而那股力量發動的時候…。赤日的理想，還有小智等人的願望終於正面衝突！時空傳說所引發的最後戰鬥。最終將會如何！？
第49集：充滿危險！小次郎的藏寶箱！！2009年11月26日
為了得到第八個徽章，小智一行人朝著湖濱市前進，並且為了道館賽特訓！這時候，連續使出「挖地洞」絕招的猛火猴，竟然發現埋在地下的藏寶箱！在樹叢間偷看大家驚訝反應的，是最愛寶物的火箭隊！雖然想要馬上出手搶奪，但是小次郎的樣子卻不同以往。原來那個藏寶箱，似乎是小次郎小時候埋的！而且，裡面放的還是絕對不能讓人看到的東西！無論如何都得把它從小智等人手中搶回來！這個藏寶箱內的秘密是什麼！？還有，等在最後的驚人真相是什麼！？
第50集：空中對戰大師登場 天蠍王對巨鉗螳螂2009年12月3日
旅途中，小智一行人來到某個處處是尖聳峭壁的地區。而"剪刀寶可夢"巨鉗螳螂與"風鈴寶可夢"風鈴鈴正在那裡進行激烈的空中戰。在觀戰的時候，巨鉗螳螂的訓練家‧光藏與他的孫子瑪悠出現了。一聊才知道，光藏是被稱為「空中對戰大師」的空中戰鬥專家，還是培養飛行系寶可夢的名人。小智立刻與天蠍王一起向他提出對戰的要求。但是，一開始對戰，天蠍王就因為無法應對當地特殊地形造成的風而不斷失誤。這讓光藏也說出嚴厲的失望評語。悔恨落淚的天蠍王，在經過特訓後再度挑戰，但是…
第51集：雙人對戰！象牙豬與火球鼠！！2009年12月10日
持續旅行的小智一行人，來到了某場華麗大賽的會場。小光最棒的勁敵‧小望，正在那裡進行賭上第5個勳章的對戰賽。小光當然不用說，再加上從切鋒市趕來的小菘一起加油，小望漂亮地贏得勝利！搶先一步取得了華麗大型慶典的出場資格！看到勁敵實力更上一層樓的小光再度堅定決心，確定下個目標是淺蔥大會！但是，這場大會採用的是小光不擅長的雙人演出。對目前實力感到不安的小光，馬上為了編出新的組合絕招開始特訓！而這場特訓引發了意想不到的狀況！！
第52集：圓陸鯊與天龍流星！！2009年12月17日
朝著淺蔥鎮繼續旅行的小智一行人，目擊到彷佛煙火的燦爛光芒在天上爆開！急忙趕往發射地點的他們，在那裡見到"哼唱寶可夢"七夕青鳥以及一位老婆婆。照婆婆的說法，她是在指導龍系寶可夢學習「天龍流星」。同時間，那裡出現一隻野生寶可夢…。是圓陸鯊！看樣子，它是想要學習「天龍流星」。從龍婆婆那邊問到方法的小智與圓陸鯊立刻開始特訓！但是，不管是幾次都不順利。不過，這隻圓陸鯊身上其實潛藏著驚人的力量！！
第53集：圓陸鯊！收服成功！！2009年12月24日
離開教導龍系寶可夢使用絕招的龍婆婆住處後，小智一行人穿越森林，抵達了某座城鎮。小智在城鎮入口發覺異樣。好像有誰在戳他的腳！？仔細一看，出現的竟然是在龍婆婆家看到的圓陸鯊！看樣子它是喜歡小智才跟過來的。小智問它要不要一起走，並且投出精靈球！收服到新同伴了…這種想法維持不到幾秒，圓陸鯊就從精靈球裡跑出來了！這讓大家覺得很不可思議。這時出現的人物，是燃起鬥志要收服圓陸鯊的阿馴！收服到這隻圓路鯊的人，會是阿馴還是小智？