寶可夢 第15季 超級願望 (合眾地區 中)
2011-09-22 首播 · 共49集
當小智與夥伴們繼續探索合眾地區時，他將面臨終極對戰挑戰——迎戰合眾聯盟冠軍阿戴克！ 與此同時，夥伴們也各自面臨試煉：一位為爭取繼續旅行的權利而戰，另一位則要直面過去捲土重來的宿敵。 三人必須聯手從三隻強大而神秘的傳說寶可夢的激烈衝突中，拯救整座島嶼！
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《寶可夢》第15季 超級願望 (合眾地區 中) 分集劇情共 49 集
第1集：道館訓練家是超級模特兒小菊兒登場2011年9月22日
小智等人為了得到第 4 個徽章，與白露來到雷文道館。雷文道館的道館訓練家，是使用電系神奇寶貝的當紅模特兒小菊兒。白露馬上就要求進行道館賽，沒想到到了對戰場地，卻發現白露的父親已經等在那裡要帶她回家。白露試著說服父親讓她繼續旅行，但是她父親卻完全聽不進去。這時候，小菊兒提議進行道館賽，讓白露的父親看看她有多少成長。接著白露答應了父親的條件，只要在與小菊兒的道館賽中輸了就會回家。於是，小菊兒的「雷電神奇寶貝」雷電斑馬與白露的「蝸牛神奇寶貝」小嘴蝸展開火熱的對戰。
第2集：雷文道館！華麗的電擊對戰！！2011年9月29日
小智在與小菊兒進行道館賽之前苦思對策。為了對抗小菊兒強大的電系神奇寶貝，他決定跳過難以讓小菊兒的神奇寶貝受到損傷的皮卡丘，另外挑選道館賽成員。這讓幹勁十足的皮卡丘感到不滿。 接著，道館賽開始。面對小菊兒的「雷電神奇寶貝」雷電斑馬，小智派出"震動神奇寶貝"藍蟾蜍對抗。具有地上系屬性的藍蟾蜍讓雷電斑馬的電系絕招失效。藍蟾蜍就像小智預料的一樣，打贏了雷電斑馬。可是，面對下一個對手「飛鼠神奇寶貝」導電飛鼠，在第一場比賽消耗不少體力的藍蟾蜍似乎開始顯露疲態！？
第3集：小智、天桐對地下鐵總控官！2011年10月6日
打完道館賽的小智一行人，決定靠參觀雷文市來打發到吊橋修好為止的一天時間。地下鐵酒侍天桐決定去搭地下鐵，參加只要集滿戳章就可以與地下鐵總控官比賽的地下鐵印章計畫。另一方面，小智與艾莉絲則是選擇四處觀光，大家各自活動度過這一天。到大競技場觀看比賽，還去欣賞音樂劇等等，小智他們在雷文市到處參觀遊玩。不過，他們發現了一隻走失的「牙神奇寶貝」牙牙，於是決定幫它找到主人。 另外，正在參加地下鐵印章計畫的天桐，遇見了一名據說與重要朋友走散的少女，開始幫她一起找那個朋友。小智與艾莉絲、還有天桐能夠找到他們各自要找的人嗎！？
第4集：小智對冠軍‧阿戴克！2011年10月13日
正要離開雷文市，前往帆巴道館的小智一行人，在表演者街道上遇見了勁敵修帝。據說他是因為小時候見過合眾聯盟的冠軍阿戴克，才決心以阿戴克為目標，成為強大的神奇寶貝訓練家。修帝是聽到阿戴克最近會出現在這附近的傳聞，才到這裡來找人的。接著，見到阿戴克的小智與修帝立刻就要求和他進行對戰。與冠軍阿戴克的對戰就此開始，為了對抗阿戴克的「撞頭牛神奇寶貝」爆爆頭水牛，小智派出最強的搭檔皮卡丘挑戰，可是……
第5集：前往彩虹另一頭！街頭沙鈴的音樂劇2011年10月27日
朝著帆巴市持續旅行的小智一行人，在某著城鎮遇到正在練舞的「仙人掌」神奇寶貝街頭沙鈴「街頭沙鈴三重奏」以及它們的訓練家。托比歐與「街頭沙鈴三重奏」想要報名神奇寶貝音樂劇的試鏡大會，為了測試實力，他們要參加這城鎮的神奇寶貝表演大會。為了得到優勝，托比歐他們不斷練習舞蹈結束前的大絕招，可是卻不順利，看到這種情況，小智他們決定一起幫忙，結果卻是！？
第6集：芽吹鹿！春夏秋冬全部到齊!!2011年11月3日
要前往帆巴市的小智一行人，在途中經過的神奇寶貝中心，遇到專門拍攝神奇寶貝的「神奇寶貝攝影師」羅伯特。他讓小智等人看了一張同為神奇寶貝攝影師的祖父拍的照片，那上面出現了有著四季不同姿態的「季節神奇寶貝」芽吹鹿齊聚的景象。羅伯特決心要找到祖父去過的地方，拍到春夏秋冬四種型態的芽吹鹿聚集在一起的照片。聽到他這種決心，小智等人也決定跟羅伯特一起去找不同外貌的芽吹鹿聚集的地方……
第7集：滑頭小子與任性的哥德寶寶！2011年11月10日
在前往帆巴市的途中，小智他們遇到一隻哥德寶寶與它的訓練家小春，可是小春是個對任性的「凝視神奇寶貝」哥德寶寶言聽計從的訓練家。因為哥德寶寶很喜歡小智的滑頭小子，讓小春拼命地要求小智把滑頭小子讓給她。小春一直要求用自己手邊的神奇寶貝和小智交換滑頭小子，可是一直遭到拒絕。之後她提出以對戰決定的要求，沉不住氣的小智被挑釁成功，答應小春進行對戰， 展開一場滑頭小子爭奪戰。滑頭小子將有什麼樣的命運呢！？
第8集：艾莉絲與單首龍！撫養家修行!!2011年11月24日
繼續旅行前往帆巴市的小智一行人，在途中遇到神奇寶貝撫養家波比與 3 只「粗魯神奇寶貝」單首龍。這 3 只單首龍是第一次被託付給撫養家照顧，所以想逃走去找訓練家。為了幫助沒有照顧過龍系神奇寶貝的波比，來自龍之鄉的艾莉絲主動說要幫忙，小智他們也決定從旁協助。一群人便立刻開始照顧神奇寶貝，可是其中一隻特別怕生，自從被託付給撫養家之後就不吃飯、心情低落的單首龍讓大家陷入苦戰。艾莉絲努力想與它交心，只是最後的結果會如何發展呢！？
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第9集：敏捷☆戰士對幾何雪男！2011年12月1日
抵達帆巴市的小智一行人，立刻前往帆巴道館要進行道館賽。可是，道館訓練家菊老大似乎正忙著處理事情。在等待道館開門的時間，決定到帆巴市場逛逛的一行人，遇到了機車騎士查爾斯與他的搭檔「去殼神奇寶貝」敏捷蟲，並且在他們帶領下四處參觀。在大家逛街的時候遇到了小偷，這時當地的英雄 "敏捷☆戰士" 與敏捷蟲現身，幫忙逮捕了犯人。小智因此成了 "敏捷☆戰士" 迷。聽查爾斯說敏捷☆戰士晚上可能出現在港口的倉庫街，小智決定去倉庫街找他，可是！？
第10集：天桐與伯特兄弟對決爆香猴VS花椰猴!!2011年12月8日
為了準備與帆巴道館的菊老大進行道館賽，小智正勤於特訓。可是，天桐的兄弟，也是三曜道館道館訓練家之一的伯特出現了。伯特說想看看天桐修行的成果，突然要求進行神奇寶貝對戰。兄弟對戰就此開始。伯特派出搭檔「高溫」神奇寶貝爆香猴，天桐則是以「草猴」神奇寶貝花椰猴迎戰，並且漂亮地獲勝。把敗戰責任推到爆香猴身上的伯特，卻在被眾人責備之後負氣跑走。原來，伯特是因為遇上身為道館訓練家的對戰瓶頸，在與寇恩吵架之後離家出走了！？
第11集：龍捲雲VS雷電雲VS土地雲！（前篇）2011年12月15日
菊老大說只要有復活之草就考慮進行對戰，於是小智一行人立刻出發前往三雲島。抵達島上後，他們見到了藉助搭檔「花飾」神奇寶貝裙兒小姐幫忙，專門採摘復活之草的青年尤特。根據尤特的說法，最近可能是因為三雲島的土地變得貧瘠，草系神奇寶貝都失去活力，甚至連復活之草都枯萎了。尤特與小智一行人遵照三雲島的傳說，為了向豐穰之神土地雲祈願，舉行了祈雨儀式，可是這時風之神龍捲雲卻突然出現！？
第12集：龍捲雲VS雷電雲VS土地雲！（後篇）2011年12月22日
為了得到復活之草，小智一行人開始進行向豐穰之神土地雲祈願的祈雨儀式。可是，出現的卻不是土地雲，而是讓整座島陷入嚴重混亂的風之神龍捲雲與雷之神雷電雲！具有避邪作用的石碑楔石，遭到了不名人士破壞！為了平息兩隻神奇寶貝的戰鬥，小智等人努力召喚出了土地雲，可是在戰鬥當中，牙牙與哥德小童都受了重傷。而且火箭隊竟然還想捕捉因為戰鬥而耗盡體力的雷電雲、龍捲雲和土地雲這 3 只傳說的神奇寶貝！？
第13集：地底的道館賽！VS菊老大!!2012年1月5日
在三雲島順利取得復活之草的小智一 行人，終於可以和帆巴道館的道館訓練家菊老大進行道館賽了。從小就與神奇寶貝一同挖掘礦山的菊老大，對於以「地上」系神奇寶貝為主的力量行對戰充滿自信。接著道館賽開始。菊老大的第一隻是「沙漠鱷魚」神奇寶貝混混鱷。小智則是派出「海獺」神奇寶貝水水獺進行挑戰。雖然水水獺勇敢的施展噴射水柱進攻，卻因為混混鱷的沙雹，眼睛進了沙子。之後，混混鱷對無法準確使出絕招的水水獺發動猛攻。正當大家以為毫無勝算的時候，小智想到的作戰方式是什麼呢？
第14集：電電蟲、電蜘蛛！電石洞穴!!2012年1月12日
小智一行人繼續旅行前往吹寄市，可是皮卡丘卻在半路上，被「黏住」神奇寶貝電電蟲吸走電力。想要幫助皮卡丘的泥巴魚與導電飛鼠也同樣被吸走電力，造成體力嚴重耗損。為了救助 3 只神奇寶貝，立刻趕往神奇寶貝中心的眾人，從喬伊小姐口中得知那一帶本來是沒有電電蟲的。正當大家感到不可思議時，白露急急忙忙衝進來撞到小智。原來她正趕著要與紅豆杉博士聯絡。白露總算連絡上人在電石洞穴的博士，可是實況轉播器的通訊卻突然中斷了。看來是博士所在的洞穴裡停電了……
第15集：通訊交換進化！騎士蝸牛與敏捷蟲!!2012年1月19日
小智他們見證了白露的「蝸牛」神奇寶貝小嘴蝸，與紅豆杉博士的「啃咬」神奇寶貝蓋蓋蟲進行通訊交換的時刻。可是白露的小嘴蝸性格膽怯，就算在交換前進行對戰也是被個性積極的蓋蓋蟲壓著打，感覺並不順利。之後，終於開始進行通訊交換！小嘴蝸進化成「去殼」神奇寶貝敏捷蟲，蓋蓋重則是進化成「騎兵」神奇寶貝騎士蝸牛！！可是，來到白露身邊的騎士蝸牛與小嘴蝸的時候完全不同，變得很有攻擊性，更加難以控制。這時候，紅豆杉博士提議要與小智、天桐進行雙打對戰……
第16集：黑英雄的遺蹟！象徵鳥與死神棺!!2012年1月26日
繼續旅行前往吹寄市的小智一行人，遇上了傳說中的神奇寶貝研究者‧紅豆杉博士的父親。小智他們聽說博士說在附近找到了過去英雄與被稱為傳說的神奇寶貝‧捷克羅姆交流的遺蹟，現在正要去探查，也拜託他帶大家一起去。不過，遺蹟似乎是個被古人設定了無數陷阱的危險場所。接下來，才正開始四處探索，就突然遭到遺蹟的守護神「化獸鳥」神奇寶貝象徵鳥攻擊！小智他們驚險地逃進放在大房間裡的棺材，可是那裡竟然冒出了「棺木」神奇寶貝死神棺…而且艾莉絲變成木乃伊了！？究竟小智他們能不能平安逃離遺蹟呢！？
第17集：二對二對戰！皮卡丘・混混鱷VS蜈蚣王・蟾蜍王!!2012年2月2日
帶著墨鏡的混混鱷突然出現在小智等人面前。原來，竟然是把皮卡丘當成對手的混混鱷一路追著小智他們來了！這時候，在鎮上遇見的少年尼克，拜託小智把皮卡丘借他。問了之後才知道，因為朋友格蘭要求進行神奇寶貝對戰，可是還不是訓練家的他沒有神奇寶貝。另一方面，格蘭則是要求另一個朋友賽恩去借他父親的神奇寶貝蜈蚣王與蟾蜍王。小智答應借出皮卡丘，可是…還需要一隻神奇寶貝。這時，混混鱷主動說要參戰。皮卡丘與混混鱷的組合，到底會有什麼結果？
第18集：爆炸頭GO！爆爆頭水牛NO!!2012年2月16日
旅途中在森林裡迷路時，暖暖豬與水水獺吵了起來。這時候，小智一行人突然遭到「撞頭牛」神奇寶貝爆爆頭水牛攻擊。雖然勉強逃過一劫，可是艾莉絲、暖暖豬、水水獺、藤藤蛇與牙牙他們，和小智等人走散了。艾莉絲他們遇到來巡邏的喬伊小姐與差不多娃娃，得知自己闖進了爆爆頭水牛的棲息地。而且爆爆頭水牛具有將侵入者視為敵人攻擊的習性。為了避免遭到攻擊，喬伊小姐提供了爆炸頭假髮讓大家戴上……大家看到彼此戴上假髮的樣子後開始互相取笑，結果暖暖豬與水水獺又吵了起來。被捲入爭吵的牙牙被打飛弄丟了假髮，卻也彈到了爆爆頭水牛的頭上！牙牙會怎麼樣呢！？
第19集：吹寄道館的空想對戰！挑戰者天桐!?2012年2月23日
小智一行人終於抵達吹寄市了。他們前往吹寄道館找到館訓練家風露，可是道館卻是採取預約制。聽說這裡的對戰是採用空想對戰的方式，小智馬上就預約了下午的名額。接著就先觀察早上的道館賽狀況。沒想到，空想對戰是展示出彼此要派出的神奇寶貝，在風露的腦袋中進行模擬對戰，不實際對戰就由她判定結果！看到風露一口氣處理完 15 位挑戰者的對戰要求，深感憤怒的天桐認為「同樣身為道館訓練家的我絕對不認同！」於是要求和風露進行道館賽。風露回應天桐「道館賽不比不知道結果」的說法，開始進行實際對戰，然而！？
第20集：吹寄道館VS風露！空中決戰!!2012年3月1日
天桐努力說服卻毫無成效，風露還是對空想對戰充滿自信。同樣對空想對戰懷有疑問的小智要求挑戰道館賽。面對小智的波波鴿，風露派出了波波鴿的進化型轟隆雉雞迎擊！這場比速度的空中戰，雙方展開一進一退的攻防拉鋸。雖然喚回顯露疲態的波波鴿，換上皮卡丘應戰，可是電系絕招卻悉數遭到封鎖！面對風露的王牌神奇寶貝「首席天鵝」，波波鴿已經喘不過氣…此時，波波鴿出現異狀！飛行系神奇寶貝之間的對戰將有何結果！？究竟最後，小智慧得到第六個徽章嗎！？
第21集：突破難關！登上天空之塔!!2012年3月8日
要前往雪花市的小智一行人，偶然地與肯尼洋重逢，並且知道了「許願鍾祭典」的事情，決定全體一起參加。這個祭典是要與一隻神奇寶貝組隊，通過各種競技考驗。優勝者可以得到權利，敲響據說能「實現任何願望」的「許願鍾」。小智與皮卡丘也鬥志滿滿的要得到優勝。他們立刻開始尋找借物競賽需要的「雷之石」，可是皮卡丘碰到的話就會進化！？在模仿大會上，艾莉絲變成紅豆杉博士！？天桐雖然完美的變身為小菊兒卻被倒喝采！？突破無數難關、怪問題的小智等人背後，突然冒出帶著 "腦" 神奇寶貝小灰怪的超能力者‧禮二…
第22集：東喬治格鬥大會開幕 滑頭小子對花椰猿2012年3月15日
小智一行人參加了在某格鎮舉行的對戰大會「東喬治格鬥大會。肯尼洋、白露、修帝及藍葛雷這些熟悉的勁敵接連表明參戰，開始迸出激烈的火花。「東喬治格鬥大會」的主辦者是神奇寶貝對戰俱樂部的主人東‧喬治。因為是以肉搏戰出名的格鬥大會，小智決定選擇格鬥系的滑頭小子當搭檔。第一輪當中，小智他們與亞奇的花椰猿展開激戰！但是滑頭小子因為飛膝撞失敗而動彈不得，陷入危機！花椰猿不斷使出低空踢，滑頭小子接連遭受痛擊，倒在對戰場地上了。恐怕就到此為止了……當每個人都這麼想的時候，滑頭小子受到小智鼓勵，靠毅力站起來了！接著，這時候竟然發生異變！？
第23集：不斷繼續吧，東喬治格鬥大會！赤面龍 vs 劈斬司令！！2012年3月22日
神奇寶貝對戰俱樂部的東‧喬治，舉辦了對戰錦標賽「東喬治格鬥大會」。火熱的第一輪比賽，艾莉絲選擇了龍頭地鼠當搭檔，迎戰神奇寶貝女酒侍‧赤霞珠的雙刃丸。面對水系的雙刃丸，具有地上系屬性的龍頭地鼠顯得不利…而且，赤霞珠與雙刃丸的組合搭檔，成長幅度高出神奇寶貝酒侍‧天桐的預想！艾莉絲該怎麼辦！？接著輪到藍葛雷與葛瑞絲的對戰。龍之破壞者藍葛雷，鬥志高昂地要與龍系的赤面龍對戰！具有詭異氣質的正臣與搭檔投射鬼一起出場，與杜蒙的功夫鼬激烈衝突，可是……
第24集：激戰東喬治格鬥大會！劈斬司令對炎武王！！2012年3月29日
激戰不斷的肉搏戰對戰錦標大賽「東喬治格鬥大會」，第一輪最後一場對戰，是白露的炎武王與修帝的修繕老頭激戰。這是一場最終進化型神奇寶貝的對決！面對進化後威力提升的修繕老頭，炎武王陷入苦戰遭遇危機！！就在這時候，白露做出了驚人的指示！？而且，肯尼洋與天桐展開了充滿魄力的對戰！肯尼洋的打擊鬼接連躲過天桐的花椰猴攻擊，以渾身之力使出手刀！但是，花椰猴也不甘示弱地使出咬咬攻擊企圖扭轉情勢！東‧喬治認為最有冠軍相的正臣與投射鬼，則是遊刃有餘的一路過關斬將順利晉級！？
第25集：決戰東喬治格鬥大會！投射鬼對打擊鬼2012年4月5日
肉搏對戰錦標賽「東喬治格鬥大會」的戰況越來越熱烈。準決賽的對戰組合是白露的炎武王 VS 肯尼洋的打擊鬼。面對以力量見長的炎武王，打擊鬼展現速度！利用健美增加攻擊力的打擊鬼，使出得意的手刀襲向炎武王…接下來，小智與正臣之戰揭開序幕。小智的滑頭小子在氣勢上，完全被正臣的投射鬼壓制住了。滑頭小子使出還無法完美控制的「集氣彈」來一決勝負，更展開最擅長的接近戰，使出飛膝撞挑戰投射鬼，結果卻是！？小智的比賽將有何結果！？最後打進決賽，得到優勝了又會是誰！？
第26集：拯救牙牙！鐵蟻的巢穴2012年4月12日
在前往雪花市的途中，小智的寶包繭在和艾莉絲的導電飛鼠進行對戰練習時，竟然進化成為「育兒神奇寶貝」保母蟲了！保母蟲具有用葉子製作衣服代替打招呼的習性。它馬上就先為皮卡丘他們製作葉子衣服，還幫高興得不得了的牙牙做了葉子面具。之後，在小智一行人午睡的時候，牙牙居然被鐵蟻給扛走了。它們似乎是把穿著葉子服的牙牙誤認為食糧了！為了找尋牙牙，小智他們仰賴保母蟲的絲走進迷宮般的鐵蟻巢穴。可是，裡頭有無數的鐵蟻……牙牙會怎麼樣呢！
第27集：羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇蹟前篇2012年4月19日
為了前往雪花市，小智一行人決定穿越羅斯山的洞窟，但是卻在途中迷路了。循著遠方敲打聲前進的他們，遇見正捧著大塊岩石，非常興奮的藤夫。原來身為業餘考古學者的藤夫，長年累月不斷研究，終於挖到「古代龜神奇寶貝」原蓋海龜的化石。據說原蓋海龜在很久以前就已經滅絕，可是藤夫卻說他在孩提時代曾與活生生的原蓋海龜玩耍…當大家在羅斯山探險時，突然穿越時空到了原蓋海龜的世界，讓他有了不可思議的體驗。小智等人對這番故事充滿興趣。就在這時候，化石被火箭隊給奪走了！？
第28集：羅斯山的激戰！肋骨海龜的奇蹟後篇2012年4月26日
羅斯山當中有被稱為「時間之門」的時空扭曲存在。火箭隊正計畫藉由「時間之門」穿越道過去的世界。他們打算大量捕捉過去已滅絕的神奇寶貝，藉此增強戰力征服合眾地方！！為了讓「時間之門」安定，需要「古代龜神奇寶貝」原蓋海龜的生物能量…原蓋海龜終於還是因為火箭隊的化石復原裝置，在現代世界復活了。困惑不已的原蓋海龜，立刻逃走了。小智一行人找到它，帶著它逃進森林，卻再度遭到火箭隊襲擊！此時原蓋海龜突然開始發光！？到底是怎麼了！？
第29集：炎之回憶！暖暖豬對炎武王!!2012年5月3日
小智一行人在彩穗蓬花鎮的對戰俱樂部休息，他們在那裡遇到一名叫蘇瓦瑪的少年，沒想到他就是暖暖豬的前任訓練家！而且，暖暖豬被捨棄的理由竟然是「沒有對戰的才能」。面對譴責這種做法的小智，蘇瓦瑪宣稱會用對戰證明暖暖豬有多沒用。另一方面，暖暖豬忘不掉過去的回憶，看來很沒有對戰的意願。知道暖暖豬精彩表現與勤奮努力的藤藤蛇，主動要求參與對戰。對手是炎系的「食蟻獸神奇寶貝」食蟻爐，以及暖暖豬的最終進化型態「大火豬神奇寶貝」炎武王。藤藤蛇即使處於不利狀態仍然毫不畏懼、氣勢十足地展開對戰！此時的暖暖豬卻是…
第30集：哈奇庫登場！火神蟲的聖山！！2012年5月10日
小智一行人來到雪花市附近的山上，當大家差點被落石砸中的時候，被正在山麓修行的哈奇庫與「結凍神奇寶貝」凍原熊救了一命。原來他們是演出知名電影「冰之三部曲」的電影明星。而且有機會見識哈奇庫的修行，讓電影酒侍天桐極度興奮！可是，山區突然烏雲密佈…感到擔心的哈奇庫與小智等人前往山裡查探，就看到神奇寶貝獵人林藏帶著 2 只"漂浮神奇寶貝"胖嘟嘟，打算捕捉「太陽神奇寶貝」火神蟲！小智派出混混鱷對戰，結果連混混鱷都被捉住了！事情到底會怎麼發展！？
第31集：雪花道館賽！冰之對戰場地！2012年5月17日
為了贏得第七個徽章，敲開雪花道館大門的小智，眼前是一片廣大的冰之對戰場地！道館訓練家哈奇庫最擅長運用冰系的神奇寶貝。對上"冰雪神奇寶貝"多多冰，小智派出不擅對付冰系的混混鱷！結果，多多冰發動不留反擊餘地的連續攻擊……小智只好讓受到相當損傷的混混鱷回到神奇寶貝球。倒是對冰系佔有優勢，屬於格鬥系的滑頭小子，第一次參加道館賽就表現出色！最後贏戰的敵人是雪白冰王‧凍原熊！小智相信混混鱷「絕對不會輸」的意志放手一搏！對凍原熊抱有競爭心的混混鱷，究竟能不能打贏…！？
第32集：神奇寶貝酒侍對決! 品評對戰!!2012年5月24日
小智一行人正準備要出發前往雙龍道館，取得最後一個徽章。這時候，突然出現一個宣稱正在找天桐的男人，把3個人都強押上車帶走。小智他們隨後被帶到鄰近鎮的富豪，服部的宅第。原來是服部先生希望請優秀的A級神奇寶貝酒侍幫忙，替他的寶貝女兒小桃選出第一隻搭檔的神奇寶貝。他請來的另一位酒侍黑皮諾斷言，"根神奇寶貝"百合根娃娃是最適合的神奇寶貝，但是小桃卻一臉失望…。正當天桐將小桃身上的香味當作提示思考時，號稱是S級酒侍的醋霞珠冒了出來！可是總覺得好像在哪裡看過他…！？
第33集：種子鐵球研究所！艾莉絲與雙倍多多冰2012年5月31日
打算去搭船的小智一行人，偶然遇見了龍之破壞者藍葛雷與"暴風雪神奇寶貝"雙倍多多冰。藍葛雷為了得到「提高神奇寶貝能力的苔癬」，正要去種子鐵球研究所。被勾起好奇心的小智等人也決定跟她一起去。苔癬是"刺果神奇寶貝"種子鐵球將岩石程分吸入體內後生成的。可是在以電石進行測試的房間，突然生出了大樣的苔癬，甚至覆蓋了研究所！小智等人倉皇避難，但是艾莉絲帶著牙牙、水水獺，和她最怕的冰系神奇寶貝雙倍多多冰一起被關在研究所屋頂上！雙倍多多冰和慢慢接近的苔癬都令艾莉絲感到害怕…！結果到底會怎麼樣呢！
第34集：電影對決!合眾防衛隊,出擊!!2012年6月7日
小智他們終於抵達設有道館的海港城鎮。根據天桐的說法，這裡從以前就是電影的攝影場地，最近還有電影主題樂園落成。他們在那裡碰巧與路克及"惡狐神奇寶貝"索羅亞重逢。想當電影導演的路克，受邀參加開幕前舉辦的活動，來到這裡要參加電影大賽。參加者要在影城中使用同樣的裝置、同樣的設定拍攝電影，比賽誰的作品優秀。在路克提議下，小智一行人也決定協助他拍電影。主角適合眾防衛隊的小智、皮卡丘及炒炒豬！艾莉絲飾演女主角，還因為落淚鏡頭陷入苦戰…！？
第35集：激戰立湧道館!VS霍米加(前篇)2012年6月14日
為了得到攸關合眾聯盟出場權的第8個徽章，小智終於踏進立湧道館的大門。那裡的道館訓練家是超級龐克樂團「瓦斯彈樂團」的霍米加！這間道館，既是現場演唱會場也是對戰場地！在熱愛對戰&演唱會的觀眾們包圍下，感覺就像球隊到客場比賽，不過小智還是靠皮卡丘的十萬伏特炒熱現場氣氛。接著，自信滿滿的霍米加，竟然提議要採取小智派6只神奇寶貝、自己則派3只來對戰的比賽方式…！霍米加派出她在關都收服的"毒氣神奇寶貝"瓦斯彈！小智派出轟隆雉雞對抗瓦斯彈的速度，可是卻被「泥巴爆彈」打中，陷入劇毒狀態！接下來又是毫不留情地攻擊…！究竟最後是誰會獲勝呢！？
第36集：激戰立湧道館!VS霍米加(後篇)2012年6月14日
為了得到攸關合眾聯盟出場權的第8個徽章，小智終於踏進立湧道館的大門。那裡的道館訓練家是超級龐克樂團「瓦斯彈樂團」的霍米加！這間道館，既是現場演唱會場也是對戰場地！在熱愛對戰&演唱會的觀眾們包圍下，感覺就像球隊到客場比賽，不過小智還是靠皮卡丘的十萬伏特炒熱現場氣氛。接著，自信滿滿的霍米加，竟然提議要採取小智派6只神奇寶貝、自己則派3只來對戰的比賽方式…！霍米加派出她在關都收服的"毒氣神奇寶貝"瓦斯彈！小智派出轟隆雉雞對抗瓦斯彈的速度，可是卻被「泥巴爆彈」打中，陷入劇毒狀態！接下來又是毫不留情地攻擊…！究竟最後是誰會獲勝呢！？
第37集：歌唱吧，美洛耶塔！愛的旋律！！2012年6月21日
知道合眾聯盟要在3個月後才舉行比賽的小智一行人，在天桐的提議下，決定去吃立湧市的名產‧凍原熊冰淇淋。沒想到，竟然在攤位前遇見神奧地方的冠軍‧竹蘭！原來她預定要在籠目鎮舉行的「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」進行示範表演賽。除了可以親眼見識竹蘭的對戰，只要在大會贏得優勝，還能和合眾地方的冠軍阿戴克對戰，這讓小智等人都決定參賽。一行人就這樣隨著竹蘭前往小波鎮。途中，非常罕見的"旋律神奇寶貝"美洛耶塔出現在大家面前。但是，渾身是傷的它突然倒下…！？
第38集：波加曼VS花椰猴！華麗的對戰！！2012年6月28日
小智一行人抵達了東合眾的小波鎮。在搭車前往竹蘭說有人等待的別墅時，"旋律神奇寶貝"美洛耶塔突然出現在車裡！看來它很喜歡小智，所以跟了過來。接著，在別墅等待大家的，原來是小光與"企鵝神奇寶貝"波加曼！其實小光是為了磨練神奇寶貝協調訓練家的實力，特地來到合眾地方的。小智等人就此開始為了準備青少年杯進行集訓！這時天桐表示「想要品評神奇寶貝協調訓練家的神奇寶貝」，向小光提出對戰要求！而火箭隊正監視著他們的一舉一動…！？
第39集：大巖蛇島野外求生2012年7月5日
小智等人在竹蘭位於小波鎮的別墅，為了準備參加青少年杯而不斷特訓。想要休息一下的小光提議，到傳說有奇特的"巖蛇神奇寶貝"大巖蛇存在的無人島去玩。在大家沿著海岸邊的洞窟探險時，突然遭到大巖蛇攻擊。雖然勉強逃過一劫，小智他們卻與艾莉絲還有小光走散了。在返回海岸的路上，巨大的大巖蛇再度來襲！！面對兼具地上、岩石屬性的大巖蛇，水系的水水獺與波加曼合力擊退敵人！但是，又有更多大巖蛇冒了出來！！此時，美洛耶塔開始唱歌，它的模樣卻……
第40集：酒侍偵探天桐！消失的噴嚏熊之謎！2012年7月19日
正在小波鎮進行集訓的小智一行人，認識了在尋找"結冰神奇寶貝"噴嚏熊的少年克里斯。原來是他的噴嚏熊從應該是密室的神奇寶貝之家不見了。覺得擔心的小智等人也一起幫他尋找。天桐發揮酒侍偵探的力量，在森林中發現可疑足跡，並且推斷應該是這些足跡的主人把噴嚏熊帶走。因為牙牙發現食物殘渣，讓天桐更確定犯人身分，繼續深入森林。結果，眼前出現了邊流鼻水邊吃水果的"結凍神奇寶貝"凍原熊！不會吧！？這隻凍原熊是克里斯的…！？事件的真相究竟如何！？
第41集：艾莉絲與小霸王快龍!!2012年7月26日
在竹蘭的別墅，小智一行人才剛起床整理儀容。這時候，小波鎮突然全鎮都停電了。不久之後，君莎來別墅拜訪竹蘭。根據君莎的說法，是這個鎮上有名的小霸王"龍神奇寶貝"快龍造成停電的。但是，聽到這件事的艾莉絲堅稱「龍神奇寶貝絕對沒有壞孩子！」直接跑去變電所。追著艾莉絲，小智等人也跟著進入變電所，結果他們發現翅膀受傷的快龍躲在最裡面的房間。可是，對人類懷有戒心的快龍開始大鬧！天花板就在這時垮下來了！艾莉絲、水水獺、波加曼都被關在那個房間裡…！？
第42集：青少年杯開幕!快龍對凍原熊!!2012年8月2日
「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」終於開幕。優勝者可以和合眾地方的冠軍‧阿戴克進行對戰。大會重頭戲之一的公開示範賽，是由神奧地方的冠軍‧竹蘭派出的"超音速神奇寶貝"烈咬陸鯊，與合眾地方四天王‧嘉德麗雅的"天體神奇寶貝"哥德小姐進行對戰。氣氛熱烈的會場，到了第一輪比賽更是全場沸騰。艾莉絲的"龍神奇寶貝"快龍vs龍之破壞者‧藍葛雷的"結凍神奇寶貝"凍原熊，體型龐大的兩者展開魄力滿點的對戰！快龍面對適性很差、冰系凍原熊的攻擊，不知為何都正面迎擊接下來！大感頭痛的艾莉絲髮出的指示，它也完全無視，到底會怎麼樣…！？
第43集：力量對戰！艾莉絲對小光！2012年8月23日
「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」不斷演出熱烈戰鬥！艾莉絲的快龍將在第二輪，與神奇寶貝協調訓練家‧小光的"雙牙神奇寶貝"象牙豬對戰！艾莉絲在第一輪比賽，因為與快龍的默契問題陷入苦戰。雖然快龍這次在開場的時候聽從指示，但是這回的對戰也沒辦法照艾莉絲的意思進行…！？另一方面，小光與象牙豬展現了超群的默契配合，接連使出絕招擊中對手！這場對戰，究竟會如何演變！？此外，天桐與修帝，將要進行在東格鬥大會之後的第二次對戰！"皇家神奇寶貝"君主蛇VS石居蟹！賭上道館訓練家威嚴的品評會有何結果…！？
第44集：小智、艾莉絲、修帝！最後的對戰！2012年8月30日
終於到了「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」的準決賽！小智派出混混鱷與艾莉絲的快龍進行對戰。到了這時候，終於與快龍培養出默契的艾莉絲，開始能抓到對戰節奏並且產生自信，很順利地發動攻勢。另一方面，與龍神奇寶貝的適性處於不利地位的混混鱷，遭到快龍的大量絕招攻擊，面臨重大危機！！可是，這時混混鱷的樣子卻…！？接著，就在小智與艾莉絲的對戰越加白熱化時，修帝卻顯露出遊刃有餘的表情，斷定不管由誰勝出都只是比賽的過客。將勝過合眾地方的冠軍‧阿戴克視為唯一目標的修帝…。到底最後，優勝會落在誰手中！？！？
第45集：道別與相遇的青少年杯！2012年9月6日
在「神奇寶貝世界錦標賽青少年杯」獲得的修帝，將派君主蛇與阿戴克的爆爆頭水牛對戰！為了向阿戴克證明自己有多強，修帝徹底研究了爆爆頭水牛的特性與弱點，以準備萬全的狀態進行挑戰。相對於此，阿戴克以冠軍身分堂堂接受了這項挑戰。但是等在最後的卻是意外的結果…！？接著在大會結束後，小光與波加曼告訴大家，他們要到城都地方去參加米可利杯。小智對還沒有比試過的小光提出對戰的要求！皮卡丘VS"火山神奇寶貝"火巖鼠。彼此瞭解透徹的對手，展開一場堪稱表現旅行成果的對戰…！？
第46集：青海波道館賽!巨翅飛魚VS大劍鬼2012年9月13日
在青少年杯會場遇見的少年‧虎徹，要去贏得第8個道館徽章，小智一行人也決定陪他一起去。一行人決定前往青海波道館，可是小智與虎徹卻在半路上跟天桐、愛麗絲走散了！脫線冒失的訓練家，讓"波紋神奇寶貝"利歐路與皮卡丘只能苦笑。而且還有更多試煉等著他們…！？之後，大家在虎徹的特技幫忙下，總算抵達了道館！那裡好像是水系的道館，對戰場地被設定在海灣當中。道館訓練家西子伊派出"漂浮神奇寶貝"胖嘟嘟，而虎徹則派出"刺球神奇寶貝"堅果啞鈴進行對戰！雖然以十萬伏特給予胖嘟嘟嚴重打擊，但是在那之後，出現預料之外的狀況…！？
第47集：幼兒園大騷動！毛頭小鷹與禿鷹小子2012年9月20日
小智一行人為了準備參加合眾聯盟，正在竹蘭的別墅中進行訓練。就在讓滑頭小子練習集氣彈的時候，森林的另一頭傳來的慘叫！大家在那裡看到正在吵架的「雛鷹神奇寶貝」毛頭小鷹以及「尿布神奇寶貝」禿鷹小子…！原來是練習集氣彈打碎的石頭彈到毛頭小鷹頭上，讓它誤以為是禿鷹小子拿石頭丟它！接著神奇寶貝幼兒園的新手保母蕾拉老師出現，嘆息的說這兩隻總是這樣吵架。它們就算回到幼兒園也還是一樣吵個不停…。於是天桐決定，身為神奇寶貝酒侍的他要找出原因。就在這時候，被蕾拉老師告誡行事過當的禿鷹小子跑出了幼兒園…！？
第48集：美洛耶塔與海底的神殿！2012年9月27日
小智一行人在竹蘭的別墅進行特訓。以態度表示「我也想要對戰」的美洛耶塔，像水水獺下了挑戰書！這時候，單方面認定小智他們是壞蛋的青年拉里與「泥偶神奇寶貝」泥偶巨人突然發動攻擊！美洛耶塔立刻挺身保護小智，讓大家能夠解開誤會。原來拉里與泥偶巨人是為了保護美洛耶塔，所以走遍各地尋找它。原本住在森林深處某個秘密地點的美洛耶塔，是因為躲避不明人士攻擊，才會偶然遇見小智他們的。可是這時候，小智等人發現了可疑的監視機器！發現這個地方也有危險，眾人為了保護美洛耶塔而急忙離開別墅，可是眼前竟然出現火箭隊的老大‧坂木…！
第49集：靈獸型態合力進擊!合眾最大的危機!!2012年10月4日
合眾地方壓制計畫「暴風雨計畫」。在火箭隊設計下，美洛耶塔與小智及皮卡丘被捉到海底的神殿。原來，坂木企圖要利用龍捲雲、雷電雲與土地雲等傳說中的3只神奇寶貝來稱霸合眾地方…。由「寫形鏡」之力召喚而來的3只神奇寶貝，改變型態為靈獸型態，並在坂木的指示下開始暴走！總算成功逃脫的小智與皮卡丘，立刻前去救援發出悲鳴、痛苦不已的美洛耶塔！！為了解救同伴，皮卡丘發出的電球出現驚人的效果…！？坂木以及在他手下集結的火箭隊，與小智等人在合眾最大的戰鬥開始了！！