寶可夢 第16季 超級願望 (合眾地區 下)
2012-10-11 首播 · 共45集
小智與他的夥伴艾莉絲、天桐剛剛挫敗了火箭隊的最新邪惡計劃，但新的危機已悄然浮現！ 此刻，手握八枚道館徽章的小智正準備迎接合眾地區的終極挑戰——寶可夢聯盟大會，他將在這裡與老對手和新勁敵交鋒，繼續向著寶可夢大師的目標進發！ 與此同時，艾莉絲正為如何與她那隻強大而倔強的快龍建立羈絆而苦惱——回到龍之鄉的探訪，能否幫助這位立志成為龍系大師的少女解開困惑？ 而在合眾聯盟之後，等待著英雄們的又將是什麼激動人心的新冒險？旅程仍在繼續，答案即將揭曉！
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《寶可夢》第16季 超級願望 (合眾地區 下) 分集劇情共 45 集
第1集：世界第一華麗的神奇寶貝!?2012年10月11日
合眾聯盟的舉辦地確定為檜垣市，小智一行人於是離開竹蘭的別墅準備前去參賽。在森林當中，他們和花園歌劇團的麻雅與"絲巾神奇寶貝"奇諾栗鼠，水樹與"花飾神奇寶貝"裙兒小姐以及紫音與"捧花神奇寶貝"羅絲雷朵有了最糟的相遇。被捲入炒炒豬與水水獺爭執的導電飛鼠撞上麻雅，結果麻雅竟說導電飛鼠和藤藤蛇都是「醜八怪」，讓艾莉絲勃然大怒！！為了要讓高傲離去的3人得到教訓，小智與天桐也都盛裝打扮，前往歌劇團員禁止男賓進入的宿舍。「綻豔方成華，敗者凋零化塵泥」！不得了的對戰即將開幕…！？
第2集：天空與大地的雙打對戰！2012年10月18日
小智一行人繼續踏上旅途前往要舉辦合眾聯盟的檜垣市。突然間，"勇猛神奇寶貝"勇士鷹、"鼴鼠神奇寶貝"螺釘地鼠以及它們的訓練家空朗&陸克兄弟出現，向小智與天桐挑戰要求進行雙打對戰！！對手的兩隻接連使出沒有任何人見過的「飛鑽翼」、「神鷹遁地」、「廻轉鋼爪」，以及其他默契配合極佳的合體絕招！相對的轟隆雉雞與花椰猴也不惶多讓的駛出合體絕招應戰！究竟最後結果如何…？接著，希望變得更強的二人，接受了天桐這個神奇寶貝酒侍的品評！稱霸天空與大地的他們，如果可以在收服水系神奇寶貝，就是海陸空齊備的世界最強組合，到底會怎麼樣？
第3集：艾莉絲、回到龍之鄉！2012年10月25日
小智一行人前往即將舉辦合眾聯盟的檜垣市，途中，他們順便前往了艾莉絲的故鄉──龍之鄉。除了向大婆婆報告旅行的狀況，艾莉絲也與兒時玩伴菖蒲重逢。這時菖蒲所培育的兩隻"亂暴神奇寶貝"雙頭龍出現了。同一天從蛋裡孵化，情同兄弟的它們，哥哥今天不知道為什麼無精打采的，當小智等人在菖蒲家用餐的時候，弟弟雙頭龍突然慌慌張張地跑來。大家跟過去一看，發現哥哥雙頭龍進化成"兇暴神奇寶貝"三頭龍！但是，三頭龍對自己的進化大吃一驚，突然開始大鬧！艾莉絲說她會設法處理，但是……
第4集：雙龍道館！艾莉絲VS夏卡！！2012年11月8日
小智一行人抵達雙龍市。雙龍道館‧道館訓練家夏卡對戰的艾莉絲充滿鬥志。可是，一想到讓她難以招架的夏卡就覺得坐立難安…。艾莉絲為了讓自己冷靜下來而爬上雙龍市的鐵塔，引起騷動。不過，與在雙龍學園生活時的舍監瑪莎女士及學園的神奇寶貝"顎斧神奇寶貝"斧牙龍重逢，讓她又重新振作起來。第一次與夏卡對戰的後，艾莉絲的獨斷獨行讓龍頭地鼠封閉了心靈…。這次一定要以兩人的搭檔合作獲勝！艾莉絲使出全力對抗夏卡！"地底神奇寶貝"龍頭地鼠將與"顎斧神奇寶貝"雙斧戰龍進行復仇對戰…！！到底會有何結果！？
第5集：伊布隊出動！神奇寶貝救援隊！！2012年11月15日
來到檜垣市附近山頂的小智一行人，打算強行穿越被岩石阻礙的道路，結果差點從山崖上掉下去。這時候，帶著"進化神奇寶貝"伊布的青年巴吉爾與"太陽神奇寶貝"太陽精靈救了大家。巴吉爾與他的父親和哥哥一起組成神奇寶貝救援隊，守護城市。他帶領的隊伍名叫「伊布隊」，是由伊布與伊布的七種進化型態共同進行活動。同一時間，水壩發生事件。水壩管理室的大門被"結霜神奇寶貝"幾何雪花棟住，使得戴比困在裡面！面對越發緊急的事態，巴吉爾與小智等人前去支援。伊布隊能發揮實力嗎…！？
第6集：開幕合眾聯盟·檜垣大會！小智VS修帝2012年11月22日
小智一行人終於抵達舉辦合眾聯盟的檜垣市，並且和白露、肯尼洋、修帝及巴吉爾等人重逢。大家順利完成參賽登記後，正準備走回各自的宿舍時，在樹林裡看見了眼熟的帳棚，原來這次為了絕對不要遲到，虎徹與利歐路從三天前就在這裡紮營了，可是一詳談才發現，虎徹竟然還沒有登記參加大會。大吃一驚的小智，在通知結束參賽登記的廣播聲中，急忙拉著虎徹趕往登記櫃檯！他們到底趕不趕上？接著，預賽終於要開幕了！宿命的對決再次登場，小智的對手是修帝與君主蛇！而小智選的神奇寶貝是……
第7集：激戰！在勁敵對戰中取勝！！2012年11月29日
接連出現強烈激戰的合眾聯盟預賽中，輪到小智智的皮卡丘VS修帝的君主蛇這場對戰！君主蛇以最擅長的必殺技龍尾與困綁連續攻擊，讓皮卡丘陷入重大危機。即使拼命以十萬伏特應戰，君主蛇也有秘策應對，這次一定要贏過修帝！小智與皮卡丘可以搶下勝利嗎？接下來，勁敵們也在預賽中紛紛演出白熱化的對戰！複賽第一輪確定有虎徹與白露的對戰！大劍鬼VS騎士蝸牛的對戰，騎士蝸牛以鐵壁提升防禦力，使得大劍鬼的攻擊一直受阻。困惑不已的虎徹拉彈頭帶思索對策，究竟結果會怎樣……
第8集：牙牙！迷路走失了！2012年12月6日
合眾聯盟‧檜垣大會很快地進入賽事中盤，小智等人都先回到宿舍。這時候，皮卡丘發現到…牙牙不見了！！一查才發現，牙牙是去追空中的氣球，不小心與小智他們走散了！艾莉絲開始拼命的搜尋牙牙。另一方面，皮卡丘它們以小巷為中心四處尋找牙牙。在過程中，水水獺在巷子裡發現滿滿一箱水果，還把它們全都吃光了。可是那是住在巷子裡的"垃圾場神奇寶貝"灰塵山，從附近的住戶那裡得到的食物。水果就這樣沒了，讓"垃圾袋神奇寶貝"破破袋很難過。於是，憤怒的灰塵山找上因為發現牙牙而鬆了一口氣的皮卡丘它們…！到底會怎麼樣呢！？
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第9集：打擊鬼登場！小智對肯尼洋！2012年12月13日
白熱對戰不斷的合眾聯盟‧檜垣大會！順利晉級第二輪的小智，終於打進第三輪。對手竟然是肯尼洋！東．喬治對戰、許願鍾對戰、東喬治格鬥大會，在各大會中一起戰鬥的肯尼洋與小智，因為熟知彼此的本領，都是預想了對方選擇的神奇寶貝及絕招來準備對戰！雖然因為肯尼洋的雷電斑馬學會新絕招，出現意外的發展，不過小智的藍蟾蜍也不服輸的應戰！然後，面對肯尼洋最強的搭檔「空手道神奇寶貝」打擊鬼，上場的是一度進行對戰，體力大幅消耗的流氓鱷！惡系對上格鬥系很不利。小智要怎麼推翻這種狀況呢？
第10集：小智對虎徹！秘密武器三頭龍！2012年12月20日
晉級第4輪的小智，將要與虎徹進行對戰！第4輪的6對6的全面對戰！虎徹預告的秘密武器竟然是「兇暴神奇寶貝」三頭龍！相對於此，小智派出「礦石神奇寶貝」地幔巖一決勝負！地幔巖以絕招準確的命中威力十足的三頭龍！究竟結果會如何？接著，輪到虎徹最後的堡壘兼好搭檔「波紋神奇寶貝」利歐路上場，面對它的轟隆雉雞打算以速度決勝負，可是利歐路竟然跳到轟隆雉雞身上使出絕招！無法閃避的轟隆雉雞遭受嚴重傷害，陷入大危機！虎徹的指示乍看之下是一團亂，可是他與利歐路的默契配合卻高人一等！這時，利歐路出現異狀……
第11集：決戰合眾聯盟！皮卡丘對路卡利歐!!2013年1月10日
激戰不斷的合眾聯盟進入第四輪！小智與虎徹的對戰成為空前混戰！更意外的是虎徹的搭檔利歐路進化成為「波導神奇寶貝」路卡利歐了！路卡利歐的絕招威力大幅提升！甚至還學會新絕招，逼得小智與藤藤蛇節節敗退，而且已經連戰兩場的皮卡丘還要與路卡利歐對戰！體力嚴重消耗的皮卡丘，為了避免長期戰，決定以速度和路卡利歐拼勝負！雖然路卡利歐在對戰中佔了上風，但小智企圖靠著妙計一擊逆轉！彼此的一擊都確實生效，雙方都倒下了。要在合眾聯盟獲勝的意志相互衝突！究竟勝利女神會對誰微笑呢？
第12集：紅豆杉研究所！展開新旅行2013年1月17日
結束合眾聯盟挑戰的小智一行人，前往鹿子鎮拜訪紅豆杉博士。他們在路途中遇見了新人訓練家諾諾美，她因為個性慎重小心，所以很猶豫要不要過石橋，慌亂地僵在路中央。小智他們鼓勵諾諾美前進後，直接前往研究所。像紅豆杉博士報告完合眾聯盟的成果後，小智一行人決定回到關都地方。這時候諾諾美來到了研究所！左思右想之後，諾諾美決定第一隻神奇寶貝要選「火豬神奇寶貝」暖暖豬，並且要與小智合作進行對戰天桐 & 艾莉絲的雙打對戰！就在諾諾美開始享受對戰樂趣的時候，突然有機械在他們面前冒出來！感覺似曾相識的三人組，到底是誰…！？
第13集：朋友…他的名字是Ｎ！2013年1月24日
告別了紅豆杉博士，小智一行人搭上前往檜扇市的郵輪，前往檜扇市的途中，郵輪經過一座有著破舊實驗室的島嶼，天桐指出是不知道在研究什麼的Ｐ２實驗室。 停靠補給期間，小智和皮卡丘在船邊嬉鬧著，發現有一位青年站在碼頭上看著他們，隨後不見蹤影。 小智跟艾莉絲來到遊輪上的對戰場地準備訓練一番時，發現那位青年也上了這艘郵輪，通過聊天得知青年的名字叫做Ｎ，並且可以聽見寶可夢的心聲。 N在聊天中說起合眾的傳說和他的夢想，飽含熱情的極快語速讓小智等人瞠目結舌，可是在知道小智的心願是成為寶可夢大師時顯得很不高興，留下了小智等人離開現場。 在下午的對戰訓練中，艾莉絲的牙牙受到火箭隊的誘餌吸引，皮卡丘為了尋找牙牙而被捕獲......！？
第14集：新道館館主・黑連！2013年1月31日
小智到達了據聞建立了新道館的檜扇市，而這間新道館竟然與寶可夢訓練家學校合二為一！不過兼任老師的道館館主黑連只是剛剛取得資格，而且道館還未準備好。另一方面，牙牙和皮卡丘走進了廣播室，不小心讓全學校的廣播器發出刺耳的聲音，更令神寶之家的寶可夢們逃了出來！小智、艾莉絲和天桐分頭尋找走失了的寶可夢，究竟會發生什麼事？接著，小智的水水獺和黑連的忠犬寶可夢哈約克對戰，最後誰勝誰負？
第15集：阿克羅瑪VS帥哥！電漿團的陰謀2013年2月7日
等離子隊的科學家阿克羅瑪，正在使用寶可夢進行實驗。他用神秘電波照射電蜘蛛，想借此引發出它的潛在能力。凍原熊也成為實驗品，被放進機器內測試，究竟阿克羅瑪有甚麼目的？小智他們剛來到算木鎮，就被眼神奇怪的敗露球菇襲擊！他們聽說最近山上的寶可夢經常攻擊人類，而且在高處的天文台有奇怪的人出沒，於是決定前往那裡調查。途中，皮卡丘、牙牙和其他野生寶可夢突然攻擊他們！幸好得到一個登山者幫助才脫險，這個登山者的真正身份是…？
第16集：霧之算木牧場！電龍的燈光!!2013年2月14日
來到算木牧場的小智，遇上了少女艾莉，燈光神奇寶貝電龍和綿毛神奇寶貝咩利羊。電龍平常的工作是照顧咩利羊，但咩利羊卻經常不聽電龍的話。艾莉認為如果電龍學會“雷光掌”的話，就會得到認同。於是艾莉絲指派快龍作為電龍的教練，一起練習雷光掌。此時，艾莉突然發現有一隻咩利羊消失了，過了一會又再有一隻消失！爺爺認為應該有比電龍更加適合照顧咩利羊的神奇寶貝。當他們四出尋找咩利羊時，幕後黑手原來是……
第17集：N再度登場！救出勇士鷹作戰2013年2月21日
企圖征服世界的電漿團，在暗中繼續實行計劃。電漿團團員正在運送“勇猛神奇寶貝”勇士鷹，用作實驗的有機素體，N為了拯救身體虛弱的勇士鷹，潛入了電漿團的貨車內，可惜他被團員發現，受到貓鼬斬和飯匙蛇的猛烈攻擊，掉了下山崖。小智發現了受傷的N和勇士鷹，並帶他們到神奇寶貝中心治療。不過電漿團團員憑著勇士鷹身上的發信器，找到了它所在的地點，然後截斷神奇寶貝中心的電源進行偷襲。此時N向小智作出一個請求……
第18集：緊急出動！神奇寶貝海岸救援隊2013年2月28日
小智他們來到立湧市，在看見濃煙趕到現場的時候，發現神奇寶貝海岸救援隊正進行訓練。他們的成員有隊長弘人、“警戒神奇寶貝”步哨鼠、“飄浮神奇寶貝”輕飄飄和“修行神奇寶貝”雙刃丸。當中，步哨鼠希望擔當監視以外的工作，為救援隊出一分力。此時，立湧聯合工業區發生了意外！弘人雖然立即趕到現場救援，卻意外被困在地下室內！雖然N說過“不喜歡讓神奇寶貝參與危險的救援工作”，但他決定向正在外面監視的步哨鼠借用它的“感應器能力”！
第19集：燃燒吧噴火龍！VS快龍!!2013年3月7日
小智他們來到介紹關都地方的“關都博覽會”。在舞台上，“蜥蝪神奇寶貝”小火龍活潑地跟觀眾打招呼，令小智回想起自己的“火焰神奇寶貝”噴火龍，並請大木博士把它傳送過來。噴火龍曾經跟小智一起旅行，是他最強的拍檔。當小智和艾莉絲的神奇寶貝一起跟噴火龍打招呼的時候，其中一隻神奇寶貝跟噴火龍怒目相向…原來快龍跟噴火龍互相感覺到對方都是強者，希望一分高下，對戰即將開始！
第20集：電漿團的野心！被操縱的神奇寶貝2013年3月14日
小智一行人和N來到了下一個城鎮，而電漿團和科學家阿克羅瑪碰巧正在那城鎮進行以奇怪機器操縱神奇寶貝的實驗。“顎斧神奇寶貝”雙斧戰龍受到機器發出的電波影響，開始四周破壞，城鎮亦被暫時封鎖。艾莉絲認為龍系神奇寶貝本性善良，應該是受到其他東西影響才會失控，於是不理勸告潛入城鎮之中。她雖然派出快龍阻止雙斧戰龍，但連快龍也突然失控起來……N說他聽不到兩位“朋友”的聲音，認為它們繼續失控的話，身體會承受不住。於是他站在快龍和雙斧戰龍前面，希望能夠阻止它們，卻完全沒有效果……
第21集：N的秘密…在霧的遠方！2013年3月21日
濃霧消失後，兩位分別叫荷蓮娜和巴貝娜的小姐、“包容神奇寶貝”沙奈朵和“天體神奇寶貝”哥德小姐出現在小智他們的眼前。N在在泉水浸泡後，傷口逐漸康復，但荷蓮娜和巴貝娜對人類存有警戒心。他們身處N的隱居之地，並讓受過人類傷害的神奇寶貝在那裡調養和生活。然後，N告訴了他們自己和電漿團的瓜葛，小智終於得悉N和電漿團的關係……突然，電漿團找到了他們所在的地方並發動攻擊！荷蓮娜和巴貝娜懷疑小智他們是入侵者的同伴…龍頭地鼠和皮卡丘等神奇寶貝為了保護N一行人，奮力迎戰，究竟會有甚麼結果？
第22集：火箭隊對電漿團！喵喵與阿克羅瑪2013年3月28日
火箭隊與電漿團正面對決，當電漿團的成員追趕武藏和小次郎的時候，喵喵進入基地並邀請科學家阿克羅瑪加入火箭隊。阿克羅瑪以喵喵作為實驗的有機素體作為交換條件，喵喵答應並立刻進行實驗，被裝置的電波照射。火箭隊認為喵喵經過無數訓練，絕對不會受到控制，但當電波愈來愈強，喵喵的眼神突然有所改變！喵喵的攻擊力全面爆發，並聽從安潔的指示，開始攻擊武藏和小次郎……
第23集：白色遺蹟！小智對N!!2013年4月4日
小智一行人，到達了遺蹟附近的龍螺旋之塔，並由紅豆杉博士父親的助手迎接他們到遺蹟。博士和小智他們進入了白之遺蹟，並發現了據稱由傳說的神奇寶貝雷希拉姆變身而成的光芒石。在博士拿起光芒石的時候，它突然發出強烈的光芒！而N亦出現在遺蹟，並問博士會怎樣對待光芒石。聽到博士的答案後，N二話不說把光芒石搶走了！然後電漿團也來到遺蹟，究竟事情會怎樣發展？
第24集：電漿團襲擊！復活的儀式!!2013年4月11日
被困在遺蹟的N和小智對神奇寶貝有不同的想法。N聽到遺蹟外神奇寶貝的呼喚後變得焦急，想盡快離開地底遺蹟。小智則和神奇寶貝們同心協力，為尋找出口不斷挖掘。另一方法，艾莉絲的快龍和天桐的巖殿居蟹頑抗電漿團的攻擊，可惜被阿克羅瑪的神奇寶貝控制機阻止，紅豆杉博士、艾莉絲和天桐也被電漿團捉住。火箭隊則隔岸觀火，等待機會。小智和N終於逃出地底遺蹟，但是皮卡丘被機器控制了！最後，電漿團的總帥，魁奇思終於開始了復活雷希拉姆的儀式。
第25集：雷希拉姆對N！理想和真實的那一方2013年4月18日
荷蓮娜和巴貝娜為了保護N，出現在遺蹟並以哥德小姐和沙奈朵阻止電漿團行動。不過，她們立刻受到控制機的電波攻擊！被稱為傳說的神奇寶貝雷希拉姆終於復活，而且臉上充滿憤怒的表情。然而，阿克羅瑪遵從魁奇思的指示，成功控制了雷希拉姆，並以十字交叉火焰四處破壞。混亂中，阿克羅瑪又再次用電波瞄準反抗的皮卡丘，幸好和國際警察帥哥合作的火箭隊及時出現相助！然而，皮卡丘最後仍然被控制機的電波擊中，究竟會有甚麼結果？！奇蹟會否出現？！
第26集：再見了合眾！新的乘船之旅!!2013年4月25日
跟電漿團決戰過後，小智他們回到紅豆杉博士的研究所稍作休息。小智決定回去關都地方，而艾莉絲為了認識更多龍系神奇寶貝，天桐為了增廣見聞，兩人都決定跟小智一起前往關都地方。他們聽從紅豆杉博士的提議，決定坐船，經傑可羅拉群島前往關都地方。他們乘的船與想像中的不同，雖然有點殘舊但充滿神奇寶貝的裝置。當皮卡丘和牙牙去到神奇寶貝的遊樂場，小智他們來到客房後，兩間房間的門都突然被鎖起來了！究竟是誰設下的陰謀呢？！
第27集：香甜的三蜂蜜總是帶著危險！2013年5月2日
在傑可羅拉群島旅行的小智一行，到達了三蜂蜜島。在島上，由三蜜蜂收集的“三蜂蜜”製成的甜品十分出名。小智一行在上岸後參加抽獎，抽中了任食一百五十一種三蜂蜜甜品的特別獎！他們和旅遊發展局的職員立即前往三蜂蜜甜品工場，但原來那些職員是由火箭兵團假扮的！比卡超用十萬伏特對抗滾滾蝙蝠和哭哭面具的攻擊，卻擊中了一棵充滿鐵殼昆的樹，而且它們更進化成雙手均是毒針的大針蜂！比卡超、牙牙和水水獺在逃走的時候跟小智他們失散了，而且還遇上喵喵…
第28集：酒侍偵探天桐！大海上的密室!!2013年5月9日
小智他們決定參加船上舉行的“海洋杯錦標賽”，大會完結之後會舉行寶石收藏家莉普兒的展覽會。小智他們在船上認識了莉普兒，併到她的房間觀賞她最重視的寶石“酷豹之瞳”。另一位寶石收藏家常盧，要求莉普兒出讓“酷豹之瞳”被拒，原因是常盧拒絕讓其他人觀賞自己的收藏品。在大會完結之後，莉普兒發現“酷豹之瞳”消失了！明明房間是密室，外面又有步哨鼠監視，究竟是誰，用甚麼方法偷走寶石？！此時，酒侍偵探天桐登場！
第29集：再見了水水獺!? 邁向扇貝貝王之路！2013年5月16日
小智一行到達了即將舉行扇貝貝王爭奪戰的扇貝貝島。扇貝貝王爭奪戰的勝利者，除了可以得到扇貝貝王的稱號和金扇貝貝作獎品，還能夠跟扇貝貝女王“水水可”成為情侶！水水獺對水水可一見鍾情，誓要得到勝利。比賽中，參賽者要比拼扇貝貝的形狀和顏色，又要用扇貝貝打碎瓦片等等。除了強敵雙刃丸“卡瓦多羅”，還有一隻外貌有點奇怪，但擁有超強扇貝貝的“雙刃喵丸”。賭上扇貝貝王寶座和水水可，男人之間的真正決戰，究竟最後誰勝誰負？！
第30集：幻影之島！濃霧之中的索羅亞克!!2013年5月23日
小智一行前往馬赫拉本島的途中，在充滿濃霧的海域中看到一個十分巨大，應該是屬於神奇寶貝的影子。他們在馬赫拉本島打聽到，傳聞在相鄰的小島曾經出現過巨大神奇寶貝，於是他們立即前往該小島。突然，小島的森林裡突然出現了一隻巨大的食蟻爐！連皮卡丘的攻擊也對食蟻爐完全沒有效果。食蟻爐的攻擊使森林燃燒起來，野生的神奇寶貝都慌忙逃生，牙牙在途中被受驚的寶貝球菇攻擊，陷入了昏睡狀態。幸好小智他們找到了一間外表殘舊的神奇寶貝中心讓牙牙接受治療，但裡面的喬伊小姐和差不多娃娃有點奇怪……
第31集：洛托姆VS大木博士！2013年5月30日
小智一行為了會合神奇寶貝研究專家大木博士，來到以“電漿神奇寶貝”洛托姆聞名的洛托姆島。博士為了寫有關“洛托姆改變型態”的論文，希望能夠在這個島收服洛托姆。他們在洛托姆專用的遊樂場遇到三隻洛托姆，並希望以電系神奇寶貝的電力吸引它們。除了比卡超外，天桐的泥巴魚和艾莉絲的導電飛鼠也一起幫忙。原來電力也有分好吃難吃之分，究竟三隻神奇寶貝的電力分別是甚麼味道呢？然而，洛托姆們突然改變型態，火箭隊又從中搗亂，究竟大木博士最後能否成功收服洛托姆？
第32集：傑可羅拉群島的海賊王！2013年6月6日
火箭隊從傑可羅拉輪船的食物倉庫偷取高階的食材，卻被突然出現的藍鱷、章魚桶和瑪力露麗全部搶走。小智一行人聽到警報聲，知道有海賊出現後，為了阻止它們追到甲板。但是它們會合了在海上接應的鴨寶寶，坐著木筏成功逃走。小智唯有派出噴火龍跟蹤，希望找出它們的基地。上岸後，小智他們從君莎口中得悉那幾只神奇寶貝是作惡多端的神奇寶貝海賊團。他們跟著噴火龍的指示，找到海賊團的基地，並得悉它們成為海賊的原因。然而，海賊團不理會他們的勸告，最後唯有以對戰一分高下……
第33集：小智和巴大蝴！總有一天再見面!!2013年6月13日
到遷徙島的小智一行人，遇見一群鐵甲蛹一起進化成巴大蝴，十分感動。這個島是首席天鵝等等會遷徙的神奇寶貝，必定會途經的中途站。小智遇上一隻趕不上進化的綠毛蟲，回想起昔日跟自己一起旅行的綠毛蟲，於是決定協助它儘快進化。雖然他們立即開始特訓，但綠毛蟲總是在途中睡著，令小智他們非常著急。特訓途中，他們不小心闖進了圈圈熊的地盤，被圈圈熊追趕時，綠毛蟲挺身而出保護小智！究竟結果會怎樣呢？
第34集：小智與艾莉絲絕交!? 離別的直路2013年6月20日
小智一行人來到傑可羅拉群島中最大的島嶼大島，他們決定經橫越大島的大直路，走到大島的另一面。他們在途中遇見罕見的神奇寶貝土龍弟弟，當小智想收服它的時候，被它的噪音攻擊反擊。受到噪音影響，小智不小心踏碎了艾莉絲的花飾，牙牙亦不小心阻礙了皮卡丘出絕招，讓土龍弟弟趁機逃走，小智和艾莉絲因此吵起來。小智為了修復關係摘果實給艾莉絲吃，卻因摘了難吃的果實而產生反效果，令憤怒的艾莉絲要跟小智絕交！
第35集：向基拉祈許願吧！七日的奇蹟!!2013年6月27日
小智一行人繼續在大島旅行，在某個夜晚，遇見一千年只會甦醒七天的“許願神奇寶貝”基拉祈。在皮卡丘和牙牙跟基拉祈玩耍的時候，小智出現並嚇走了害怕人類的基拉祈。少女何莉聽到小智他們遇到基拉祈，追問基拉祈的下落。何莉希望基拉祈令這座山回覆以往山明水秀的環境。小智他們和何莉搜尋了七天，基拉祈終於出現，不過火箭隊從中破壞，並捉走基拉祈。究竟何莉的願望最後能否實現？！
第36集：光之飛碟！大宇怪之城!!2013年7月4日
小智一行人在大島的神奇寶貝中心留宿，醒來後，小智發現皮卡丘、天桐、艾莉絲和艾莉絲的都變成“腦神奇寶貝”大宇怪的樣貌。小智大嚇一跳，去找喬伊小姐和喬伊的求救，但連她們都變了大宇怪，連君莎小姐和其他居民都無一倖免！小智為了避開其他人的視線躲進小巷，並遇到躲在地下水道，正在尋找喵喵的武藏和小次郎。小智迫不得已和火箭隊合作，究竟大宇怪有甚麼可怕的陰謀?!
第37集：三色堇登場！發電蜥與指路羊!!2013年7月18日
小智一行來到果實島，為了慶祝果實收成，果實島正要舉行一個盛大的祭典。他們途中遇到神奇寶貝記者三色堇。三色堇帶著指路羊和發電蜥，從卡洛斯地方來到果實島取材，她想為在祭典舉行的神奇寶貝相撲大會寫一篇報導。相撲大會的冠軍獎品是“振奮精神的頭布”和大量樹果，小智與炒炒豬、天桐與花椰猴、艾莉絲與快龍都決定參賽，究竟他們會遇上怎樣的強敵？
第38集：寶藏之謎！無人島大冒險！2013年7月25日
小智一行來到椰子島，他們聽三色堇說附近的無人島埋藏著一個與神奇寶貝有關的傳說寶藏。神奇寶貝記者三色堇曾經去過一間海盜博物館取材，並在調查後發現了寶藏的地圖和暗號。火箭隊偷聽到小智他們的對話後決定搶先一步，到無人島搶走寶藏。小智他們來到無人島後不斷受到不同的神奇寶貝襲擊，而這些申請表都有一個共通點…究竟他們最後能否成功發現寶藏！？
第39集：小椿與艾莉絲！顏色不同的赤面龍2013年8月1日
小小智一行為了與生活在洞穴的神奇寶貝見面，在洞窟島下船，並在那裡偶然重遇小椿。小椿來洞窟島是為了收服“顏色不同的赤面龍”，但在遇中與快龍走失了，於是小智他們幫忙尋找快龍。雖然成功找回小椿的快龍，但她卻與艾莉絲的快龍爭吵起來。最後，他們為了尋找顏色不同的赤面龍，向森林深處的洞穴進發，可是…
第40集：音波飛龍登場！彗星與勇者的傳說!!2013年8月15日
小智一行人來到傑可羅拉群島中某一個島，他們為了觀察“烏地多彗星”，和三色堇一起前往山頂。據說彗星出現的時候，神奇寶貝會聚集在山上，並會有不可思議的行動。他們到達山頂之後，發現了勇者烏地多曾經在此展開無數戰鬥的對戰區遺蹟。他們在陰暗的通道前進，而火箭隊早已在前面埋伏……
第41集：前進吧！指路羊！2013年8月22日
小智一行人和神奇寶貝記者三色堇，來到某個島上的神奇寶貝中心。因為三色堇要整理採訪材料，小智他們暫時代為照顧指路羊。小智對來至卡洛斯地方的指路羊十分有興趣。此時，島上的一個少年湯尼看見指路羊，並無意間碰到它的角。當人類碰到指路羊的角，它就能感應到此人的願望。指路羊得悉湯尼的願望，在小智他們波留意的情況下，讓湯尼騎上背脊，向某處進發。小智他們在尋找指路羊途中，遇上了君莎和湯尼的母親，並猜測到指路羊和湯尼的去向……
第42集：導電飛鼠加入火箭隊!?2013年9月5日
由於要等黃昏出航的船，小智一行人在草原悠閒地野餐。可是，導電飛鼠因為被艾莉絲誤會，感到不滿而獨自飛走。導電飛鼠滑翔的時候被強風吹至失去平衡，並在火箭隊眼前墜落！它與武藏和小次郎的神奇寶貝對戰，而且輕鬆獲勝。在戰鬥過後，火箭隊想說服導電飛鼠加入他們，幻想多多的導電飛鼠，竟然真的決定跟他們一起行動…？
第43集：天桐VS冰之挑戰者！三曜道館的危機2013年9月12日
小智一行人來到了巖流島，在等待天桐的兄弟伯特和寇恩途中，出現了一隻暴雪王。花椰猴和天桐之前摘了很多樹果，正當花椰猴想和暴雪王分享的時候，突然受到它攻擊。剛好在那個時候，伯特和寇恩來到，並告訴天桐暴雪王的訓練家多拉格想要拆掉三曜道館的招牌。伯特和寇恩已經在對戰中落敗，多拉格今次前來是為了擊倒剩下的天桐。為了保護三曜道館，天桐決定全力應戰！
第44集：祝福你們！直至再會那一天!!2013年9月19日
小智一行人坐船到關都地方的港口城市·枯葉市。在傑可羅拉群島旅行的日子也即將完結。火箭隊無論如何，都想在小智他們到達關都之前捉走皮卡丘，他們用巨型的氣球把客船吊起，使客船充滿混亂。火箭隊像平常一樣搶奪小智他們的神奇寶貝，但今次帕卡先生竟然協助火箭隊的惡行？
第45集：我的夢想、神奇寶貝大師!!2013年9月26日
小智環繞傑可羅拉群島的旅行，在到達關都地方的枯葉市後終於告一段落。小智跟艾莉絲和天桐告別，各自向自己的夢想進發。小智和三色堇一起回到真新鎮，在回家不久後立即前往大木博士的研究所，與神奇寶貝見面。小智回顧了在合眾地方的冒險，決定前往卡洛斯地方，實現自己成為“神奇寶貝大師”的夢想。